View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7511_low_2 (Length: 381)

Name: NF7511_low_2
Description: NF7511
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7511_low_2
NF7511_low_2
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-365)||(38320964-38321328)
chr8 (1-365)||(38325714-38326078)
chr8 (5-365)||(38300219-38300579)
chr8 (1-365)||(38316869-38317233)
chr8 (2-365)||(38313460-38313823)
chr8 (5-365)||(38308866-38309226)
chr8 (2-365)||(38306138-38306491)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-365)||(38850112-38850476)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38321328 - 38320964
Alignment:
Q  1 tcatcatcctttcagccattctccttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321328 tcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtt 38321229  T
Q  101 tgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321228 tgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacacacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaa 38321129  T
Q  201 ggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321128 ggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtca 38321029  T
Q  301 tagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 365  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321028 tagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 38320964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38326078 - 38325714
Alignment:
Q  1 tcatcatcctttcagccattctccttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||    
T  38326078 tcatcatcctttcagccattctctttataacttcatcttcatctcccaaagtagcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaattacaaatt 38325979  T
Q  101 tgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaa 200  Q
     ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  38325978 ggaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttagcagtttcacaaaaaggcaacaagaatgcacagatcttttctactcttttctactcttctaccgaa 38325879  T
Q  201 ggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtca 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  38325878 ggacataactcataattatcctcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcagactca 38325779  T
Q  301 tagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 365  Q
    |||||  |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  38325778 tagacgagtcctgatgcaagcgaacggaactatcgacaccaccaaccttttcaatgcattcctta 38325714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 5 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38300579 - 38300219
Alignment:
Q  5 catcctttcagccattctccttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaa 104  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  38300579 catcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaaggcattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaa 38300480  T
Q  105 gtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggac 204  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38300479 gtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggac 38300380  T
Q  205 ataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcataga 304  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  |  |||     
T  38300379 ataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgagttcactcttttagg 38300280  T
Q  305 catgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 365  Q
    | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  38300279 cgtgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactcctta 38300219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38317233 - 38316869
Alignment:
Q  1 tcatcatcctttcagccattctccttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  38317233 tcatcatcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaacacaagtt 38317134  T
Q  101 tgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaa 200  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |  ||    
T  38317133 tgaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaa 38317034  T
Q  201 ggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtca 300  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||    
T  38317033 ggacataactggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactca 38316934  T
Q  301 tagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 365  Q
    |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38316933 tagacatgtccagatgcaggcaaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactcctta 38316869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38313823 - 38313460
Alignment:
Q  2 catcatcctttcagccattctccttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgttt 101  Q
    |||||| |||| ||||||||||  || |  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||     
T  38313823 catcatacttttagccattctcgctacaaattcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaatacaagttg 38313724  T
Q  102 gaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaag 201  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||    
T  38313723 gaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttctgccgcag 38313624  T
Q  202 gacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcat 301  Q
    ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  38313623 gacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcat 38313524  T
Q  302 agacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 365  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313523 agacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 38313460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 5 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38309226 - 38308866
Alignment:
Q  5 catcctttcagccattctccttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtttgaa 104  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  38309226 catcctttcaaccattctctttatatcttcatcttcatctcccaaattatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttggaa 38309127  T
Q  105 gtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggac 204  Q
    ||| |||||| ||  ||||| ||| |||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  38309126 gtacgatgtgttgcaccatttatcgtgttggcagtttcgctaaaaggcaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttctgccgcaggac 38309027  T
Q  205 ataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcataga 304  Q
    || | ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||  ||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  38309026 atgaatcataaccatcgtcatacaagtgaagactttcaaatgcaagctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcataga 38308927  T
Q  305 catgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 365  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38308926 catgtctagatgcaaacgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactcctta 38308866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 2 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38306491 - 38306138
Alignment:
Q  2 catcatcctttcagccattctccttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgttt 101  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||     
T  38306491 catcatccttttagccattctcgctataacttcatcttcatctcccaaactatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaatacaagttg 38306392  T
Q  102 gaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaag 201  Q
    ||||| ||||||| ||  ||||| |||||||| |||||||| |  |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||          ||||    
T  38306391 gaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacgaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccactcttttgca----------gaag 38306302  T
Q  202 gacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcat 301  Q
    ||||  |  |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||     ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306301 gacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcat 38306202  T
Q  302 agacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 365  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306201 agacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaacgcactcctta 38306138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Original strand, 38850112 - 38850476
Alignment:
Q  1 tcatcatcctttcagccattctccttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaatacatgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||    
T  38850112 tcatcatcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgtaaaaaatacaagtt 38850211  T
Q  101 tgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaa 200  Q
     ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |  |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||    
T  38850212 ggaagtaggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacaggaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttccgccgaa 38850311  T
Q  201 ggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtca 300  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| || |||||||||  ||| | |||    
T  38850312 ggacataaatcataactatcatcatacaagtgaaaactttcaaacgcacaccggtatttaagagctctttcaagcaacatataagttgaactcaaactca 38850411  T
Q  301 tagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactcctta 365  Q
    |||| || |||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38850412 tagatatatccaaatgtaagtgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaaagcactcctta 38850476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University