View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7528_low_1 (Length: 785)

Name: NF7528_low_1
Description: NF7528
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7528_low_1
NF7528_low_1
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (16-670)||(32764929-32765583)
chr1 (112-666)||(32754235-32754800)
chr1 (298-626)||(16776213-16776544)
chr1 (677-763)||(32754116-32754202)
chr1 (58-115)||(32754829-32754886)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 32765583 - 32764929
Alignment:
Q  16 tgagaagaaaagatacagaagtgggtgaattccattaatacgtctaattgttgaccatggtttgatgtattataaatacccgtggtttgtgcctagtttt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32765583 tgagaagaaaagatacagaagtgggtgaattccattaatacgtctaattgttgaccatggtttgatgtattataaatacccatggtttgtgcctagtttt 32765484  T
Q  116 gaaactaaatctgattttcataatgccatttcttatttattacaacgacactgtttcctgatttaattaattagaataatgtaatagtatccattgtcag 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  32765483 gaaactaaatctgattttcataatgccatttcttatttattacaacgacactgtttcctgatttaattaattaatataatgtaatagtatccattgtcag 32765384  T
Q  216 accttcaaattgcgggtgtctgattttataagttgatcaaacagttatttgcaacatttacagtttctctgctttctggagtgaaattgatcaaacatct 315  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32765383 accttcaaattgtgggtgtctgattttataagttgatcaaacagttatttgcaacatttacagtttctctgctttctggagtaaaattgatcaaacatct 32765284  T
Q  316 aggcaccgcatatctagggagaagacagatgtaactttgaaagtagtagtgaaacacttctttatcatgaaagatatcacctctactttggtaatggagt 415  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32765283 aggcgccgcatatctagggagaagacagatgtaattttgaaagtagtagtgaaacacttctttatcatgaaagatatcacctctactttggtaatggagt 32765184  T
Q  416 ccttgtatagtggattgaaggctctcgaaggccagactagnnnnnnngaatggaaaaaattgttggattctgaagaaataccaacacctattgttcatgt 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  32765183 ccttgtatagtggattgaaggctctcgagggtcagactagcaaaaaagaatggaaaaaattgttggattctgaaaaaataccaacacctattgttcgcgt 32765084  T
Q  516 tgagaatgacatgtttgtactggtggatgatgttttactgcttcttgaaagggctgctacagaaccgctccctccaaaagatgaaaaggatcctcaaaat 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  32765083 tgagaatgacatgtttgtactggtggatgatgttttactgcttcttgaaagggctgctacagaaccgctccctccaaaagatgaaaagggtccccaaaat 32764984  T
Q  616 cgcacgaaggtaagatgtagaacaatttttgtcaaagcaactaaggatttacttg 670  Q
     | ||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32764983 tgtacgaaggtaagatttagaataatatttgttaaagcaactaaggatttacttg 32764929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 112 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 32754800 - 32754235
Alignment:
Q  112 ttttgaaactaaatctgattttcataatgccatttcttatttattacaacgacactgttt--cctgatttaattaattagaataatgtaatagtatccat 209  Q
    |||| ||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||| ||| |||||| |||  |  ||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||    
T  32754800 tttttaaattaaatttgatttttatattgccatttcgtatttattgcaatgacactttttttctcgatttaattaactaataaaatgtgatagtatccat 32754701  T
Q  210 tgtca---------gaccttcaaattgcgggtgtctgattttataagttgatcaaacagttatttgcaacatttacagtttctctgctttctggagtgaa 300  Q
    || ||         |||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||| |||| |||||||| |||||||||| | |||    
T  32754700 tgccacttgtgccagacctttaagttgtgggtgtctgattttataagctgatcaaacagtaatgtgcaatatttgcagtttctttgctttctggggggaa 32754601  T
Q  301 attgatcaaacatctaggcaccgcatatctagggagaagacagatgtaactttgaaagtagtagtgaaacacttctttatcatgaaagatatcacctcta 400  Q
     |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||  |||| ||||    
T  32754600 gttgatcaaacatctaggcgccgcatgtctagggagaagacagatgtaattttgaaagtagtagtgaaacacttctttattgagaaagaagtcacttcta 32754501  T
Q  401 ctttggtaatggagtccttgtatagtggattgaaggctctcgaaggccagactagnnnnnnngaatggaaaaaattgttggattctgaagaaataccaac 500  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||       |  |||  ||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  32754500 ctttggttatggattccttgtatagtggattgaaggctcttgagggccagactagcaagaaaggttgggtaaaattgttggattctgaagaaacaccagc 32754401  T
Q  501 acctattgttcatgttgagaatgacatgtttgtactggtggatgatgttttactgcttcttgaaagggctgctacagaaccgctccctccaaaagatgaa 600  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||    
T  32754400 acctattgttcgtgttgagaaggatatgtttgtactggtggacgatattttaccacttcttgaaagggctgctatagaaccacttcctccaaaagatgaa 32754301  T
Q  601 aaggatcctcaaaatcgcacgaaggtaagatgtagaacaatttttgtcaaagcaactaaggattta 666  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  32754300 aagggtccccaaaatcgtacgaaggtaagatttagaataatgtttgttaaagtaactaaggattta 32754235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 298 - 626
Target Start/End: Original strand, 16776213 - 16776544
Alignment:
Q  298 gaaattgatcaaacatctaggcaccgcatatctagggagaagacagatgtaactttgaaagtagtagtgaaacacttctttatcatgaaagatatcacct 397  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||  | ||||    
T  16776213 gaaattgaccaaacttctaggcgccgcatgtctagggaaaaaacagatgtaattttgaaagtagtagtaaaacacttctttatagagaaagaagtgacct 16776312  T
Q  398 ctactttggtaatggagtccttgtatagtggattgaaggctctcgaaggccagactagnnnnnnngaatggaa----aaaattgttggattctgaagaaa 493  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |        ||| || |    ||||||||||||  |||||||||    
T  16776313 ctactttggtgatggactccttatatagtggattgaaggctcttgaaggccagacca-agtccaagaaaggtagggtaaaattgttggacgctgaagaaa 16776411  T
Q  494 taccaacacctattgttcatgttgagaatgacatgtttgtactggtggatgatgttttactgcttcttgaaagggctgctacagaaccgctccctccaaa 593  Q
    | ||| | || ||||| | || |||||| || |||||||||||||||||||||||| || || | ||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||    
T  16776412 tgccagctccaattgtccgtgctgagaaagatatgtttgtactggtggatgatgttctattgttacttgagagggctgctatagaacctctccctcctaa 16776511  T
Q  594 agatgaaaaggatcctcaaaatcgcacgaaggt 626  Q
    |||||| || | ||||||||||||||| |||||    
T  16776512 agatgagaaaggtcctcaaaatcgcacaaaggt 16776544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 677 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 32754202 - 32754116
Alignment:
Q  677 tgagcattgaaccaattgaaatgtgatggtattgatgcaactgtggaagggaatttttagaggatgaagttttggtcaaaagagtag 763  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  32754202 tgagcattgagccaattgaaatgtgatggtattgatacaaccgtggaaggaaattttcagaggataaagttttggttataagagtag 32754116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 32754886 - 32754829
Alignment:
Q  58 tctaattgttgaccatggtttgatgtattataaatacccgtggtttgtgcctagtttt 115  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||    
T  32754886 tctaattgttgatcatgatttgatgtattataaataccctcagtttatgcctagtttt 32754829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University