View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7531_low_4 (Length: 379)

Name: NF7531_low_4
Description: NF7531
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7531_low_4
NF7531_low_4
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (12-355)||(1044071-1044414)
chr5 (12-362)||(1033684-1034034)
chr5 (12-355)||(1065686-1066029)
chr5 (12-355)||(1071413-1071756)
chr5 (12-355)||(1058594-1058937)
chr5 (19-343)||(1640541-1640865)
chr5 (12-355)||(1053329-1053672)
chr5 (274-355)||(1046919-1047000)
chr5 (12-196)||(1046654-1046838)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (12-113)||(44171262-44171363)
chr3 (12-113)||(44191558-44191659)
chr3 (39-123)||(54102841-54102925)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 12 - 355
Target Start/End: Original strand, 1044071 - 1044414
Alignment:
Q  12 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1044071 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctttggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 1044170  T
Q  112 gactatcaccttttgcagaatatgcagaaagtaaagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatattcttta 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1044171 gactatcaccttttgcagaatatgcagaaagcggagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatattcttta 1044270  T
Q  212 ctgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggcactttcatg 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1044271 ctgtcacatggtggaaccaagaataaaatcagcttctgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggctctttcatg 1044370  T
Q  312 gttgcaggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagc 355  Q
    | ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  1044371 gctgcaggaggctatgacagacaagacgggatcgatgctatagc 1044414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 12 - 362
Target Start/End: Original strand, 1033684 - 1034034
Alignment:
Q  12 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  1033684 acagatgaatatggtggatcccttgagaatcgttgtcgatttgcattggaagttgttgacgctgttgtgaatgagataggagcagaaagagttggaatta 1033783  T
Q  112 gactatcaccttttgcagaatatgcagaaagtaaagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatattcttta 211  Q
    || ||||||||||||| ||| || |||||  || ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1033784 gattatcaccttttgcggaacattcagaatctagagactccaatcccacagaattgggactttatatggttaatgccctcaataagtacaatattcttta 1033883  T
Q  212 ctgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggcactttcatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1033884 ctgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgcccatgagaaaggctttcaatggtactttcatg 1033983  T
Q  312 gttgcaggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagcagataat 362  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1033984 gttgcgggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagcagataat 1034034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 12 - 355
Target Start/End: Original strand, 1065686 - 1066029
Alignment:
Q  12 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 111  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||| || ||||||||| || |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| | ||||||||| |    
T  1065686 acagatgaatatggtgggtctctggagaaccgctgtcgatttgctttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggagcagaaagagttggaataa 1065785  T
Q  112 gactatcaccttttgcagaatatgcagaaagtaaagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatattcttta 211  Q
    || ||||||||||||| || ||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||   |||||||||    
T  1065786 gattatcaccttttgcggagtatgcagaatgtggagactccaaccccaatgaattgggactttatatggtcaatgccctcaataaatatggtattcttta 1065885  T
Q  212 ctgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggcactttcatg 311  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| |   || |||||  | |||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  1065886 ctgtcatatggtggaaccaagaatgaaaactgttggtgaaaaaactgaatgccccgacagccttgtgccaatgagaaaggccttcaaaggcactttcatg 1065985  T
Q  312 gttgcaggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagc 355  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  1065986 gttgcaggaggttacgaccgacatgatgggatcaatgccatagc 1066029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 12 - 355
Target Start/End: Original strand, 1071413 - 1071756
Alignment:
Q  12 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 111  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||| | ||||||||| |    
T  1071413 acagatgagtatggtggatcccttgagaaccgttgtcggtttgctttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggaacagaaagagttggaataa 1071512  T
Q  112 gactatcaccttttgcagaatatgcagaaagtaaagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatattcttta 211  Q
    || |||||||||||||||| ||| ||||| ||  ||||||||| || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  1071513 gattatcaccttttgcagagtattcagaatgtggagactccaaccctaaagaattgggactttatatggttaatgccctcaataaatacggtattcttta 1071612  T
Q  212 ctgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggcactttcatg 311  Q
     ||||||||||||||||||||||| | | |   || |||||  | |||| ||||  |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  1071613 ttgtcacatggtggaaccaagaatgataactgttggtgaaaaaactgaatgccccgacagccttgtgccaatgagaaaggccttcaaaggcactttcatg 1071712  T
Q  312 gttgcaggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagc 355  Q
    |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||    
T  1071713 gttgcaggaggttacgaccgacatgatgggatcaatgccatagc 1071756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 12 - 355
Target Start/End: Original strand, 1058594 - 1058937
Alignment:
Q  12 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||  ||  | |||||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||| |  ||||||||    
T  1058594 acagatgaatatggtggatcccttgagaaccgttgtcggattgttttggaagttgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagatagaactggaatta 1058693  T
Q  112 gactatcaccttttgcagaatatgcagaaagtaaagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatattcttta 211  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||| |||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||   |||||||||    
T  1058694 gattatcacctttttcagaatatgcagaatgtgtagactctaatcccagagaattgggactttatatggctaatgccctcaataaatatggtattcttta 1058793  T
Q  212 ctgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggcactttcatg 311  Q
    ||||||  |||||||||||||||| ||| |   | ||||||  |||||| || || |||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||    
T  1058794 ctgtcatgtggtggaaccaagaatgaaaactgttaatgaaagaattgaatgctctcacagccttgtgccgatgagaaaggccttcaaaggcactttcctg 1058893  T
Q  312 gttgcaggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagc 355  Q
    | |||||||||||| ||| || | |||||||||||||| |||||    
T  1058894 gctgcaggaggttacgaccgaaatgatgggatcaatgccatagc 1058937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 1640865 - 1640541
Alignment:
Q  19 aatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaattagactatc 118  Q
    ||||||||||| |||| || || |||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  1640865 aatacggtggaacccttgaaaaccgttgtcgattcgctttggaaattgttgaagcagttgtgaatgagataggtgcagaaagagttggaattagattatc 1640766  T
Q  119 accttttgcagaatatgcagaaagtaaagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatattctttactgtcac 218  Q
     ||||| |||||||||| |||| ||  ||||||||||||  | |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  1640765 gcctttcgcagaatatggagaatgtggagactccaatcctgaagaattggggctttatatggttaatgccctcagtaaatacaatattctttactgtcac 1640666  T
Q  219 atggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggcactttcatggttgcag 318  Q
    ||||||||||||||||| ||| | | |  |||||   ||||| | | | ||||  |||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| |    
T  1640665 atggtggaaccaagaatgaaaactattactgaaaaagttgaatgtcttcacagcttggtgccaatgagaaaagccttcaatggaacttttatagttgccg 1640566  T
Q  319 gaggttatgacagacaagatgggat 343  Q
    |||| |||    |||||||||||||    
T  1640565 gaggctattcgcgacaagatgggat 1640541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 355
Target Start/End: Original strand, 1053329 - 1053672
Alignment:
Q  12 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 111  Q
    ||||||||||| |||||| |||| || ||||||||| |||||  | ||||| |||||||||| ||||  ||||||||||| ||||| | ||||||||| |    
T  1053329 acagatgaatatggtggaacccttgaaaatcgttgtagatttgttttggaaattgttgaagctgttgcaaatgagataggtgcagaaagagttggaataa 1053428  T
Q  112 gactatcaccttttgcagaatatgcagaaagtaaagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataagtacaatattcttta 211  Q
     | |||||||||||| | ||| || |||  ||  |||||| |||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||   |||||||||    
T  1053429 aattatcaccttttgaaaaatttggagattgtggagactcaaatccccaagaattgggactttatatggtgaatgccctcaataaatatggtattcttta 1053528  T
Q  212 ctgtcacatggtggaaccaagaataaaatcaaatgatgaaacgattgaaagcccttacagtctggtgccaatgagaaaggctttcaatggcactttcatg 311  Q
     ||||| |||||||||||||||||  ||     |||||| |  | |||| | | ||| ||  ||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||| |||    
T  1053529 ttgtcatatggtggaaccaagaatggaaattcttgatgagaaaactgaatgtcattatagcttggtgtcaataagaaaggttttcaatggaacttttatg 1053628  T
Q  312 gttgcaggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagc 355  Q
    ||| | ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  1053629 gttactggaggctatgaaagacaagatggaatcaatgctatagc 1053672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 274 - 355
Target Start/End: Original strand, 1046919 - 1047000
Alignment:
Q  274 tggtgccaatgagaaaggctttcaatggcactttcatggttgcaggaggttatgacagacaagatgggatcaatgctatagc 355  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  1046919 tggtgccagtgagaaaggctttcaatggcactttcatggttaccggaagctatgaaagactagacgggatcaatgctatagc 1047000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 196
Target Start/End: Original strand, 1046654 - 1046838
Alignment:
Q  12 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 111  Q
    ||||||||||| |||||| | || || || ||||||  ||||  | ||||| |||||||||| ||||| |||||||| || || || | ||||||||| |    
T  1046654 acagatgaatatggtggaactcttgaaaaccgttgtaaatttgttttggaaattgttgaagctgttgtaaatgagattggtgccgaaagagttggaataa 1046753  T
Q  112 gactatcaccttttgcagaatatgcagaaagtaaagactccaatcccaatgaattgggacttcatatggttaatgccctcaataa 196  Q
     ||||||||||||| |||| |  | |||| ||  |||||| ||||| || | |||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  1046754 aactatcacctttttcagatttcgaagaatgtggagactcaaatccgaaggcattggggctttacatggttaatgccctcaataa 1046838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 12 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 44171363 - 44171262
Alignment:
Q  12 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44171363 acagatgaatatggtggatccctagagaaccgatgttggtttggattggaagttgttgaagctgttgtgaatgagataggagcagaaaaagttggaatta 44171264  T
Q  112 ga 113  Q
    ||    
T  44171263 ga 44171262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 12 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 44191659 - 44191558
Alignment:
Q  12 acagatgaatacggtggatccctcgagaatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaatta 111  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44191659 acagatgaatatggtggatccctagagaaccgatgttggtttggattggaagttgttgaagctgttgtgaatgagataggagcagaaaaagttggaatta 44191560  T
Q  112 ga 113  Q
    ||    
T  44191559 ga 44191558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 39 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 54102925 - 54102841
Alignment:
Q  39 aatcgttgtcgatttcctctggaagttgttgaagcagttgtgaatgagataggagcagataaagttggaattagactatcacctt 123  Q
    ||||||||||| || ||||| || |||||  ||||||||||  ||||||| ||||| || ||||||||  ||||||| |||||||    
T  54102925 aatcgttgtcgcttccctctagaggttgtgaaagcagttgttgatgagattggagctgacaaagttggtgttagactttcacctt 54102841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University