View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7539_low_2 (Length: 983)

Name: NF7539_low_2
Description: NF7539
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7539_low_2
NF7539_low_2
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (126-967)||(45616170-45617012)
chr7 (19-78)||(45616062-45616122)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 743; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 743; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 126 - 967
Target Start/End: Original strand, 45616170 - 45617012
Alignment:
Q  126 gttgattgacttgattttgtgacagtttctatcaaacaaacttagattaa-ttaattagatctttctttgctaccaaattaacagccacatacattccat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616170 gttgattgacttgattttgtgacagtttctatcaaacaaacttgaattaaattaattagatatttctttgctaccaaattaacagccacatacattccat 45616269  T
Q  225 agttgaacaaatgattggctttagcttatatatcatcaatcattgcacatgcatcaaatattcctttacccaccaacta--attaatttggatttctaag 322  Q
    || | |||||||||||||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  45616270 agctaaacaaatgattggctttagcat-tataccaccaatcattgcacatgcatcaaatattcctttacccaccaactataattaatttggatttctaag 45616368  T
Q  323 aataaccgaacaagttatagactctgaatatacaacgtgattgatttataaccatgtgttttcatgttttaaaatgatgtaattttgtctctactcattg 422  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616369 aataacagaacaagttatagactctgaatatacaacgtgattgatttataaccatgtgttttcatgttt-aaaatgatgtaattttgtctctactcattg 45616467  T
Q  423 gaacatggtggcaacaatgtgctatataagatgtttaattcagctcttgcttgttcattaaaaccactaattaacactgtcagtaccatgttgcaaatga 522  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616468 gaacatggtggcaacaatgtgttatataagatgtttaattcagctcttgcttgttcattaaa-ccactaattaacactgtcagtaccatgttgcaaatga 45616566  T
Q  523 gtttgcagtatttggctagcaaacgcatgagatttggctatgaaaagttaacaagtaaaaggatgatgagagtaggaaaacgttgcatttgggtgaagtc 622  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616567 gtttgcagtatttggctaccaaacgcatgagatttggctatgaaaagttaacaagtaaaaggatgatgagagtaggaaaacgttgcatttgggtgaagtc 45616666  T
Q  623 tttgaatggaaaactacgtggtctaaggttatcacgttctaggaagtttttctctacaatgctcttttcaactagaattgtaagaatctacaatgatatt 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616667 tttgaatggaaaactacgtggtctaaggttatcacgttctaggaagtttttctctacaatgctctattcaactagaattgtaagaatctacaatgatatt 45616766  T
Q  723 gtgaacaaaattatgaacatggaaaacagttatccagttattgttctacctactcaatggggtcttcctgttctgtctcacccctcagttgtttgcagaa 822  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45616767 gtgaacaaaattatgaacatggaaaacagttatccagttattgttctacctactcaatggggtcttcctgttctgtctcatccctcagttgtttgcagaa 45616866  T
Q  823 ggagtgtaatggtccctccaaacag-aaagtgactttctattagtccttttcaattcattcatttctgctcaataaacttctatgctattgctatggaat 921  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616867 ggagtgtaatggtccctccaaacagaaaagtgactttctattagtccttttcaattcattcatttctgctcaataaacttctatgctattgctatggaat 45616966  T
Q  922 atgcatgttgtggttattgacttttattctttttcattcatgttat 967  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616967 atgcatgttgtggttattgacttttattctttttcattcatgttat 45617012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 78
Target Start/End: Original strand, 45616062 - 45616122
Alignment:
Q  19 catcagtcaaaaataaaata-ttaaatcatagactaaacaataagagtaattagtaggcac 78  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45616062 catcagtcaaaaataagatacttaaatcatagactaaacattaagagtaattagtaggcac 45616122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University