View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7539_low_3 (Length: 727)

Name: NF7539_low_3
Description: NF7539
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7539_low_3
NF7539_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (23-717)||(43520463-43521157)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 679; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 679; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 717
Target Start/End: Original strand, 43520463 - 43521157
Alignment:
Q  23 ttcctctttaaaaattctcttcaaatgtacattagtcaaaaccatctataagatgtacacactactttgcaactaaaaccggtgtcaatcatcattagag 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43520463 ttcctccttaaaaattctcttcaagtgtacattagtcaaaaccatctataagatgtacacactactttgcaactaaaaccggtggcaatcatcattagag 43520562  T
Q  123 ttccattattttttggtaaagctaataatttcataacttacaaagtaagttcaacttgagcataaatatataatatagaatatgcttagaggagaaccat 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43520563 ttccattattttttggtaaagctaataatttcataacttacaaagtaagttcaacttgagcataaatatataatatagaatatgcttagaggagaaccat 43520662  T
Q  223 agaaaattatttacattagagcggtccattataacgggaaacaaatatcccgattccctaatgataatcaagtgatgaatgattatataagagaccttaa 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43520663 agaaaattatttacattagagcggtccattataacgggaaacaaatatcccgattccctaatgataatcaagtgatgaatgattatataagagaccttaa 43520762  T
Q  323 tattagaaaagggtggtcaaaagtttaatattaaccgtaatttaggttgaacacattccataatcaattaatgttcttttctactttgcttcccctgggt 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43520763 tattagaaaagggtggtcaaaagtttaatattaaccgtaatttaggttgaacacattccataatcaattaatgttcttttctactttgcttcccctgggt 43520862  T
Q  423 cccttaatagatttttattaagttcaatatttcaatcacctctaagttaataggttctaataaaaaatgatatgttaatgtcttagtgcttcttggcaga 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43520863 cccttaatagatttttattaagttcaatatttcaatcacctctaagttaataggttctaataaaaaatgatatgttaatgtcttagtgcttcttggcaga 43520962  T
Q  523 ggttacccattcttattcttatataacatattgtggtagtggtgagatgtttgtgattttatttagagtttatatattagaatactattgaatttaatga 622  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43520963 ggttacccattcttattcttatacaacatattgtggtagtggtgagatgtttgtgattttatttagagtttatatattagaatactattgaatttaatga 43521062  T
Q  623 aagtatattttaggtataagcaagggcagaactataaagatttcttgcattgagtggaacaaatcgattaaaaaagaatgggttttgattttcat 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43521063 aagtatattttaggtataagcaagggcagaactataaagatttcttgcattgagtggaacaaatcgattaaaaaagaatgggttttgattttcat 43521157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University