View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7546_low_5 (Length: 355)

Name: NF7546_low_5
Description: NF7546
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7546_low_5
NF7546_low_5
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (18-346)||(10716711-10717039)
chr5 (89-346)||(10740541-10740798)
chr5 (167-336)||(10746935-10747104)
chr5 (167-340)||(10216669-10216842)
chr5 (167-340)||(11048577-11048750)
chr5 (130-340)||(10565143-10565353)
chr5 (89-339)||(10604869-10605119)
chr5 (70-340)||(10611826-10612096)
chr5 (85-292)||(7193169-7193376)
chr5 (90-292)||(10652045-10652247)
chr5 (177-296)||(10763063-10763182)
chr5 (86-292)||(10659924-10660130)
chr5 (90-339)||(10588273-10588522)
chr5 (167-296)||(10559062-10559191)
chr5 (89-296)||(9836170-9836377)
chr5 (81-340)||(10581119-10581371)
chr5 (170-296)||(19605788-19605914)
chr5 (19-59)||(10612144-10612184)
chr5 (167-270)||(9825270-9825373)
chr5 (66-105)||(10738281-10738320)
chr5 (211-254)||(35376658-35376701)
chr5 (211-254)||(35423917-35423960)
chr5 (212-254)||(35755060-35755102)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (167-340)||(7409-7582)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (167-340)||(12899686-12899859)
chr6 (116-340)||(12948760-12948984)
chr6 (81-340)||(12958194-12958453)
chr6 (167-340)||(12932395-12932568)
chr6 (167-340)||(12907306-12907479)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (167-340)||(17923323-17923496)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (170-254)||(39875815-39875899)
chr1 (170-254)||(39883938-39884022)
chr1 (170-254)||(39890892-39890976)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (185-259)||(28605820-28605894)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (176-294)||(31467091-31467209)
chr3 (210-254)||(1153992-1154036)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (209-254)||(29623027-29623072)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 18 - 346
Target Start/End: Original strand, 10716711 - 10717039
Alignment:
Q  18 gaaacatgtagcaaaagctattaatacaatgccactagtaaattattgagttaggttcatgagtttaaaaaatacctgggggagcatatccaatgctccc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10716711 gaaacatgtagcaaaagctattaatacaatgccactagtaaattattgagttaggttcatgagtttaaaaaatacctgggggagcatagccaatgctccc 10716810  T
Q  118 ttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  10716811 ttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatca 10716910  T
Q  218 tcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10716911 tcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgt 10717010  T
Q  318 ttaacctatgaccaaggtccaatattctt 346  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  10717011 ttaatctatgaccaaggtccaatgttctt 10717039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 89 - 346
Target Start/End: Original strand, 10740541 - 10740798
Alignment:
Q  89 atacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgccaa 188  Q
    |||||||| |||||||| ||||   | ||||||||||||| |||||| || ||||| | |||||||  | ||||  | ||||||||| ||||||||||||    
T  10740541 atacctggaggagcatagccaacagttccttttattccaattgtactagtttccttgtgagaggtatcgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaa 10740640  T
Q  189 aatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatg 288  Q
    |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10740641 aatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgttcacattcttggtgaagataatg 10740740  T
Q  289 taatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaatattctt 346  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  10740741 taatgcagtggcgacatcgttcatgatgtttaatctatgaccaaggtccaatgttctt 10740798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 167 - 336
Target Start/End: Original strand, 10746935 - 10747104
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |    
T  10746935 gagacaagttttgctatgccaaaatcagtcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttgagatcacagtgaatgactaattgct 10747034  T
Q  267 cacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtc 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |  || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||    
T  10747035 cacattcttggtgaagataatgtaatgttgaagcaacatcgataatgatgtttaatctgtggccaaggtc 10747104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 167 - 340
Target Start/End: Original strand, 10216669 - 10216842
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |    
T  10216669 gagacaaatgttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcattcagaagaacattgcttggctttagatcacaatgaataatcaattgct 10216768  T
Q  267 cacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10216769 cacattcttgatgcagataatgtaatgccgaagcaacatcgataatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 10216842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 167 - 340
Target Start/End: Original strand, 11048577 - 11048750
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |    
T  11048577 gagacaagttttgcaatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcgtcgttaagaagaacattacttggctttagatcacaatgaataatcaattgct 11048676  T
Q  267 cacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11048677 cacattcttgatgcagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgatgtttaacctatcaccaaggtccaat 11048750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 130 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 10565353 - 10565143
Alignment:
Q  130 tgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggaca 229  Q
    |||||| ||||  |||| ||||||| |||||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  10565353 tgtacttgtatttttataagaggtactgccaatagctgagacgagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggata 10565254  T
Q  230 ttgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgac 329  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||   |||||||||||||||||||  || |||||||| || |||| ||| ||||||     
T  10565253 ttgcttggctttagatcacaatgaatgaccaattcttcacattctctatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgataataatgtataatctatgag 10565154  T
Q  330 caaggtccaat 340  Q
    ||| |||||||    
T  10565153 caaagtccaat 10565143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 89 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 10605119 - 10604869
Alignment:
Q  89 atacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgccaa 188  Q
    |||||||| |||||||||||||   | |||||||| |||| |||||| ||||   ||| |||||||   |||||   |||||| ||| ||||||||||||    
T  10605119 atacctggaggagcatatccaacagttccttttatcccaattgtactagtatttatatgagaggtaccaccaatggacgagaccagtcttgctatgccaa 10605020  T
Q  189 aatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatg 288  Q
    |||||  | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  10605019 aatcactcacatgagcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgactaattgctcacattcttgatgaagataatg 10604920  T
Q  289 taatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaa 339  Q
     |||||||  || ||||| |  |||||||| || || | ||||||||||||    
T  10604919 caatgcagaagcaacatcaaaaatgatgttaaatcttttaccaaggtccaa 10604869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 70 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 10612096 - 10611826
Alignment:
Q  70 aggttcatgagtttaaaaaatacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgag 169  Q
    |||||||||| |||| || |||||||| |||||||| ||||   ||||||| ||||||| |||  | |||| ||||| ||||| |   |||||  |||||    
T  10612096 aggttcatgaatttagaacatacctggaggagcatagccaacagtccctttaattccaattgtcttagtattcttatgagaggaaccaccaatggccgag 10611997  T
Q  170 acaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcac 269  Q
    |||||| |||||||||||||||||  | |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  ||||| ||||    
T  10611996 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgtgcaaccatatcatcatcaagtaggacattgcttggctttatatcacaatgaaggaccaattgctcac 10611897  T
Q  270 attcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    |||| |  |||||||||||||||||||   | ||||| || ||||||||||| |||||||  |||||||||    
T  10611896 attcattatgaagataatgtaatgcagaaccaacatccataatgatgtttaatctatgactgaggtccaat 10611826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 85 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 7193376 - 7193169
Alignment:
Q  85 aaaaatacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatg 184  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||  ||||||| ||||||| |||||| || ||   || ||||||   | ||||| | ||||||||| ||||||||    
T  7193376 aaaaatacctggaggagcatagccaatagtccctttaattccaattgtactagtttctcgatgagaggtgtcgtcaataactgagacaagtcttgctatg 7193277  T
Q  185 ccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagat 284  Q
    |||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||  | ||||| |    
T  7193276 ccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaatgatcgattgctcacattcaagatgaaggt 7193177  T
Q  285 aatgtaat 292  Q
    ||||||||    
T  7193176 aatgtaat 7193169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 90 - 292
Target Start/End: Original strand, 10652045 - 10652247
Alignment:
Q  90 tacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgccaaa 189  Q
    ||||||| |||||||| ||||   ||||||| ||||||| |||||| || ||||| | ||||||| || ||||  | ||||||||| |||||||||||||    
T  10652045 tacctggaggagcatagccaacagtccctttaattccaattgtactagtttccttgttagaggtattgtcaatggctgagacaagtcttgctatgccaaa 10652144  T
Q  190 atcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatgt 289  Q
    ||||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    ||| |||||||| || ||||| ||||||    
T  10652145 atcactcacatgagcaaccatgtcgtcatcaagaaggacattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcatgatgaaggtaatgt 10652244  T
Q  290 aat 292  Q
    |||    
T  10652245 aat 10652247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 177 - 296
Target Start/End: Original strand, 10763063 - 10763182
Alignment:
Q  177 ttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttg 276  Q
    ||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||| ||||||||| |    
T  10763063 ttgctattccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcacattctcg 10763162  T
Q  277 gtgaagataatgtaatgcag 296  Q
     |||||||||||||||||||    
T  10763163 atgaagataatgtaatgcag 10763182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 86 - 292
Target Start/End: Original strand, 10659924 - 10660130
Alignment:
Q  86 aaaatacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgc 185  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||   ||||||| ||||||| ||||||    ||||| | |||||||  | ||||  | ||||||||| |||||||||    
T  10659924 aaaatacctggaggagcatagccaacagtccctttaattccaattgtactaaattccttgtgagaggtatcgtcaatggctgagacaagtcttgctatgc 10660023  T
Q  186 caaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagata 285  Q
    ||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    ||| |||||||| || ||||| ||    
T  10660024 caaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattacttggctttagatcacaatgaatgaccgcttgctcacattcgtgatgaaggta 10660123  T
Q  286 atgtaat 292  Q
    |||||||    
T  10660124 atgtaat 10660130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 90 - 339
Target Start/End: Original strand, 10588273 - 10588522
Alignment:
Q  90 tacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgccaaa 189  Q
    ||||||| |||||||| ||||   ||||||| ||||||| |||||| || |||| || ||| ||     ||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  10588273 tacctggaggagcatagccaacagtccctttaattccaattgtactagtttcctgatgagatgtgtcttcaataactgagacaagtcttgctatgccaaa 10588372  T
Q  190 atcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatgt 289  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| ||  |  || |||||||| || ||||||||||||    
T  10588373 atcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacgttgcttggctttatatcacaatgaaggaccacctgctcacattcatgatgaagataatgt 10588472  T
Q  290 aatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaa 339  Q
    | |||||  || | ||||||  |||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  10588473 agtgcagaagcaatatcgatagtgatatttaatctatgaacaaggtccaa 10588522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 167 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 10559191 - 10559062
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||  | ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||| |    
T  10559191 gagacgagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaacattgtcttcatcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgct 10559092  T
Q  267 cacattcttggtgaagataatgtaatgcag 296  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  10559091 cacattctcgatgaagataatgtaatgcag 10559062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 89 - 296
Target Start/End: Original strand, 9836170 - 9836377
Alignment:
Q  89 atacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgccaa 188  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||  |  |||||| || ||||||| |||||||  | ||||  | |||| |||| ||||||||||||    
T  9836170 atacctgggggagcatagccaatggtccctgatattgtagttgtactagtttccttatgagaggtaccgtcaatggctgagataagtcttgctatgccaa 9836269  T
Q  189 aatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatg 288  Q
    |||||  | | ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||  | ||| ||||||||    |||||||||||    
T  9836270 aatcactcacgtgagcaaccatgttatcatcgagaaggatgttgcttggcttgatatcacaatgaatgaccacttgctcacattcacaatgaagataatg 9836369  T
Q  289 taatgcag 296  Q
    ||||||||    
T  9836370 taatgcag 9836377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 81 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 10581371 - 10581119
Alignment:
Q  81 tttaaaaaatacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgc 180  Q
    ||||||| |||||  | |||||||| |||||  | ||||||||||||  |||||| |||| ||||| || ||||   | |||  | ||||||||| ||||    
T  10581371 tttaaaacatacccagaggagcatagccaattgttccttttattccagttgtactagtattcttatgagtggtaccacaaatggctgagacaagtcttgc 10581272  T
Q  181 tatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtga 280  Q
    | |||||||||||  | |||||    |||||||||||||||||||     |||||||||| ||||||||| ||| ||  ||||| ||||||||| | |||    
T  10581271 tgtgccaaaatcactcacatga----ccatgtcatcatcaagaagtg---tgcttggctttagatcacaacgaaggaccaattgctcacattctcgatga 10581179  T
Q  281 agataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    ||||||||||||||||  || ||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  10581178 agataatgtaatgcagaagcaacatccataatgatgtttaatctatgaccaaggttcaat 10581119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 170 - 296
Target Start/End: Original strand, 19605788 - 19605914
Alignment:
Q  170 acaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcac 269  Q
    |||||| |||||||||||||||||  | |||| ||||| || || || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||| ||||    
T  19605788 acaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgtgcaacgatatcgtcgtcaataaggacattgcttggctttagatcacaatgaaggaccaattgctcac 19605887  T
Q  270 attcttggtgaagataatgtaatgcag 296  Q
    |||| || ||||| |||||||||||||    
T  19605888 attcatgatgaaggtaatgtaatgcag 19605914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 10612184 - 10612144
Alignment:
Q  19 aaacatgtagcaaaagctattaatacaatgccactagtaaa 59  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10612184 aaacatgtagcaaaagctattaatacaatgccactagtaaa 10612144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 9825373 - 9825270
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||  ||| |||| ||| || || ||||||| ||||| ||| |||||||| | ||||||||||| ||||||||| |    
T  9825373 gagacaagtcttgcaatgccaaaatcactcgcctgagaaacaatatcttcatcaacaaggatattacttggctttatatcacaatgaaggattaattgct 9825274  T
Q  267 caca 270  Q
    ||||    
T  9825273 caca 9825270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 105
Target Start/End: Original strand, 10738281 - 10738320
Alignment:
Q  66 agttaggttcatgagtttaaaaaatacctgggggagcata 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10738281 agttaggttcatgagtttaaaaaatacctggaggagcata 10738320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 211 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 35376701 - 35376658
Alignment:
Q  211 gtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaa 254  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  35376701 gtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacaatgaa 35376658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 211 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 35423960 - 35423917
Alignment:
Q  211 gtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaa 254  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  35423960 gtcatcatcaagaagaacattgcttggtttaacatcacaatgaa 35423917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 212 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 35755102 - 35755060
Alignment:
Q  212 tcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaa 254  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  35755102 tcatcatcaagaagaacattgcttggcttaatatcacagtgaa 35755060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 167 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 7582 - 7409
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |    
T  7582 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttagatcacaatgaagtattaattgct 7483  T
Q  267 cacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  7482 cacattctcgatgaagttaatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaat 7409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 167 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12899859 - 12899686
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||| |    
T  12899859 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggctttatatcacaatgaaagactaattgct 12899760  T
Q  267 cacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  12899759 cacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaat 12899686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 116 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12948984 - 12948760
Alignment:
Q  116 ccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcat 215  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||| ||  |||    ||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  12948984 ccttttattccaattgtactagtattcttattagaggtactggaaatggttgagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcat 12948885  T
Q  216 catcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgat 315  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||| ||||||| | | |||||||||||||||||||  || |||||||| |||||    
T  12948884 catcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggactaattgctcacattatcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgataatgat 12948785  T
Q  316 gtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    |||||| ||| ||| ||||| ||||    
T  12948784 gtttaatctacgacgaaggttcaat 12948760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 81 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12958453 - 12958194
Alignment:
Q  81 tttaaaaaatacctgggggagcatatccaatgctcccttttattccaactgtactggtatccttatcagaggtaatgccaatatccgagacaagttttgc 180  Q
    ||||||| ||||| || |||||||| ||||   | ||||||||||||| ||| || |||| ||||| |||||||  |  |||    ||||||||| ||||    
T  12958453 tttaaaacatacccggaggagcataaccaactgttccttttattccaattgtgctagtattcttattagaggtaccggaaatggttgagacaagtcttgc 12958354  T
Q  181 tatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattcttggtga 280  Q
    ||| |||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| || ||||||||| | |||    
T  12958353 tattccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcaccatcaagaaggacattgcttggctttagatcacagtgaaggattaactgctcacattctcgatga 12958254  T
Q  281 agataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  12958253 agataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaat 12958194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 167 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12932568 - 12932395
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || |    
T  12932568 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaactgct 12932469  T
Q  267 cacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    |||||||| | ||||| ||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  12932468 cacattctcgatgaaggtaatgcaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaat 12932395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 167 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 12907479 - 12907306
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||| || |    
T  12907479 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcaaatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatggaggattaactgct 12907380  T
Q  267 cacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  12907379 cacattctcgatgaagataatgtaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctaagaccaaggttcaat 12907306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 98; Significance: 3e-48; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 167 - 340
Target Start/End: Original strand, 17923323 - 17923496
Alignment:
Q  167 gagacaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgtt 266  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| || |    
T  17923323 gagacaagtcttgctatgccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggttttagatcacaatgaaggattaactgct 17923422  T
Q  267 cacattcttggtgaagataatgtaatgcagtggcgacatcgatcatgatgtttaacctatgaccaaggtccaat 340  Q
    |||||||| | ||||| ||||| |||||||  || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  17923423 cacattctcgatgaaggtaatgcaatgcagaagcaacatcgatgatgatgtttaatctatgaccaaggttcaat 17923496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 254
Target Start/End: Original strand, 39875815 - 39875899
Alignment:
Q  170 acaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaa 254  Q
    |||||| | |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||    
T  39875815 acaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39875899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 254
Target Start/End: Original strand, 39883938 - 39884022
Alignment:
Q  170 acaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaa 254  Q
    |||||| | |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||    
T  39883938 acaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcgtcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39884022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 170 - 254
Target Start/End: Original strand, 39890892 - 39890976
Alignment:
Q  170 acaagttttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaa 254  Q
    |||||| | |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||||    
T  39890892 acaagtctggctaagccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcatcttcaagaaggacattgcttggttttaaatcacaatgaa 39890976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 185 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 28605894 - 28605820
Alignment:
Q  185 ccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgatt 259  Q
    |||||||||  | |||||||||||||||||| || |||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  28605894 ccaaaatcactcacatgagcaaccatgtcattatgaagaagaatattgcttggctttaaatcacaatgaatgatt 28605820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 176 - 294
Target Start/End: Original strand, 31467091 - 31467209
Alignment:
Q  176 tttgctatgccaaaatcagccgcatgagcaaccatgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaatgattaattgttcacattctt 275  Q
    ||||||||||||||||||  | ||||||| |||||   |||||||||||| || ||||| ||||| | ||||||||||||||    ||| | |||||| |    
T  31467091 tttgctatgccaaaatcactcacatgagctaccatagaatcatcaagaagaacgttgctaggctttaaatcacaatgaatgacaggttgctgacattcat 31467190  T
Q  276 ggtgaagataatgtaatgc 294  Q
    | ||||||||||| |||||    
T  31467191 gatgaagataatgaaatgc 31467209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 210 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 1154036 - 1153992
Alignment:
Q  210 tgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaa 254  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  1154036 tgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaatatcacagtgaa 1153992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 209 - 254
Target Start/End: Original strand, 29623027 - 29623072
Alignment:
Q  209 atgtcatcatcaagaaggacattgcttggcttaagatcacaatgaa 254  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  29623027 atgtcatcatcaagaagaacattgcttggcttaacatcacagtgaa 29623072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University