View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7548_low_1 (Length: 898)

Name: NF7548_low_1
Description: NF7548
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7548_low_1
NF7548_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-860)||(29338706-29339568)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 724; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 724; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 860
Target Start/End: Original strand, 29338706 - 29339568
Alignment:
Q  1 taaccgcaatcttttttatcggttaaaattcacctgtcccataattaggtgggacctatatgaattgcgataaatagaagagttattgaaatgtgtttta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29338706 taaccgcaatcttttttatcggttaaaattcacctgtcccataattagatgggacctatatgaattgcgataaatagaagagttattgaaatgtgtttta 29338805  T
Q  101 gaaagtgtgattgtaacaaatgtgattctttataggaaaattacaacaatttgagacatcgaataggactatgattagggagggagcatcaagttgagac 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  29338806 gaaagtgtgatcgtaacaaatgtgattctttataggaaaatgacaacaatttgagacatcgaataggacttaaattagggagggagcatcaagttgagac 29338905  T
Q  201 gtaagtaattaacccaaaagaaagagattggagggatgtcatggccctcaatttctctcattaagctgacagtttttgaatagaagataatggtgggatg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29338906 gtaagtaattaacccaaaagaaagagattggagggatgtcatggccctcaatttttctcattaagctgacagtttttgaatagaagataatggtgggatg 29339005  T
Q  301 ctccattatttcatgcacgaaattataaaatcataatgaccataggtccaatgtacttgcttcttttcaatttcaacttgggacagtacctttttctttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29339006 ctccattatttcatgcacgaaattataaaatcataatgaccataggtccaatgtacttgcttcttttcaatttcaacttgggacagtacctttttctttc 29339105  T
Q  401 tttgttctttaaattcagccacacgaattgttatctcattggttgtgggggtacttttcactcacgnnnnnnnnaaaatcacacatgtttaagaactgct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  29339106 tttgttctttaaattcagccacacgaattgttatctcattggttgtgggggtacttttcactcacgttttttaaaaaatcacacatgtttaagaactgct 29339205  T
Q  501 tttccaacaaattatgttagaattacgc-tttgagacaatacaaaattgaatgta--nnnnnnnnnnnnnnnnaatttggaggtcgaaaaactattttcc 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||    
T  29339206 tttccaacaaattatgttagaattacgcttttgagacaatacgaaattgaatgtattttttattttattttttaatttggaggtcgaaaaactattttcc 29339305  T
Q  598 ctatgacatgattgatcacagatattaggtcttgctccggactagacctacggtgacaagctcgctccaccaacacaatagcaattgagaacctcatcta 697  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29339306 gtatgacatgattgatcacagatattaggtcttgctccggactagacctacggtgacaagctcgctccaccaacacaatagcaattgaaaacctcatcta 29339405  T
Q  698 gaacacggagcacgcggatcatcatcacaatcatacattaagaagatcatcggtctctcacatctcacctccgacaatatgtcactatctaacctaagtg 797  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29339406 gaacacggagcacgcggatcatcatcacaatcatacattaagaagatcatcggcctctcacatctcacctccgacaatatgtcaatatctaacctaagtg 29339505  T
Q  798 agatggatccataaatatactatactcctgccaaaataattaataacaaattgttgaaatgtg 860  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29339506 agatggatccataaatatactatactcctgccaaaataattaataacaaattgttgaaatgtg 29339568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University