View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7550_low_56 (Length: 323)
Name: NF7550_low_56
Description: NF7550
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7550_low_56 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 700926 - 700630
Alignment:
| Q |
17 |
agttgtaatcattgtgttagacaccataactacttgattatccagttatgtaatatagttcatttgttagtctctactctaccattcaagattaatcaaa |
116 |
Q |
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| T |
700926 |
agttgtaatcattgtgttagacaccataactacttgattatccagttatgtaatatagttcatttgttagtctctactctaccattcaagattaatcaaa |
700827 |
T |
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| Q |
117 |
attgatatcttccactgtggaggcatttctcatgcaaattctccattttatgttgttttgcttcctctttatatttttattattttgctatcaactttga |
216 |
Q |
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| T |
700826 |
attgatatcttccactgtggaggcatttctcatgcaaattctccattttatgttgttttgcttcctctttatatttttattattttgctatcaactttga |
700727 |
T |
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| Q |
217 |
aagtgcgctaaatttgaactaagaagaactcaatattaattattggagatatatattatgttaggtgtttgtgataatctgtaatattaaatattct |
313 |
Q |
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| T |
700726 |
aagtgcactaaatttgaactaagaagaactcaatattaattattggagatatatattatgttaggtgtttgtgataatctgtaatattaaatattct |
700630 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 769225 - 768929
Alignment:
| Q |
17 |
agttgtaatcattgtgttagacaccataactacttgattatccagttatgtaatatagttcatttgttagtctctactctaccattcaagattaatcaaa |
116 |
Q |
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| T |
769225 |
agttgtaatcattgtgttagacaccataactacttgattatccagttatgtaatatagttcatttgttagtctctactctaccattcaagattaatcaaa |
769126 |
T |
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| Q |
117 |
attgatatcttccactgtggaggcatttctcatgcaaattctccattttatgttgttttgcttcctctttatatttttattattttgctatcaactttga |
216 |
Q |
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| T |
769125 |
attgatatcttccactgtggaggcatttctcatgcaaattctccattttatgttgttttgcttcctctttatatttttattattttgctatcaactttga |
769026 |
T |
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| Q |
217 |
aagtgcgctaaatttgaactaagaagaactcaatattaattattggagatatatattatgttaggtgtttgtgataatctgtaatattaaatattct |
313 |
Q |
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| T |
769025 |
aagtgcactaaatttgaactaagaagaactcaatattaattattggagatatatattatgttaggtgtttgtgataatctgtaatattaaatattct |
768929 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 17 - 313
Target Start/End: Original strand, 36959176 - 36959472
Alignment:
| Q |
17 |
agttgtaatcattgtgttagacaccataactacttgattatccagttatgtaatatagttcatttgttagtctctactctaccattcaagattaatcaaa |
116 |
Q |
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| T |
36959176 |
agttgtaatcattgtgttagacaccataactacttgattatccagttatgtaatatagttcatttgttagtctctactctacaattcaagattaatcaaa |
36959275 |
T |
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| Q |
117 |
attgatatcttccactgtggaggcatttctcatgcaaattctccattttatgttgttttgcttcctctttatatttttattattttgctatcaactttga |
216 |
Q |
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| T |
36959276 |
attgatatcttccactgtggaggcatttctcatgcaaattctccattttatgttgttttgcttcctctttatatttttattattttgctatcaactttga |
36959375 |
T |
|
| Q |
217 |
aagtgcgctaaatttgaactaagaagaactcaatattaattattggagatatatattatgttaggtgtttgtgataatctgtaatattaaatattct |
313 |
Q |
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| T |
36959376 |
aagtgcactaaatttgaactaagaagaactcaatattaattattggagatatatattatgttaggtgtttgtgataatctgtaatattaaatattct |
36959472 |
T |
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