View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7562_low_1 (Length: 749)

Name: NF7562_low_1
Description: NF7562
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7562_low_1
NF7562_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (14-732)||(8192668-8193390)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (39-732)||(42350510-42351233)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 732
Target Start/End: Original strand, 8192668 - 8193390
Alignment:
Q  14 atataagatatataatgcattaactattaactatacaacataaaatgaaaagacttgccaattatacctgacagaacgccgtaaaatagccctcgcttcc 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8192668 atataaaatatataatgcattaactattaactatacaacataaaatgaaaagacttgccaattatacctgacagaacgccgtaaaatagccctcgcttcc 8192767  T
Q  114 cctggctttccttccttcnnnnnnnccatctcccgaatctgtcaaatgacaccaccttccatctgtaatgcagcataccaaaaagaggggagaaacgaga 213  Q
    ||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8192768 cctggctttccttccatctttttttccatctcccgaatctgtcaaatgacaccaccttccatctgtaatgcagcataccaaaaagaggggggaaacgaga 8192867  T
Q  214 aaggtaagaagttaccttccacttaaatctatcatctaacatgcttttttgagcatctgttagtttcccaacaaatctccatatgtcctcacctgcatag 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8192868 aaggtaagaagttaccttccacttaaatctatcatctaacatgcttttttgagcatctgttagtttcccaacaaatctccatatgtcctcacctgcatag 8192967  T
Q  314 caaggcggaaagaaaacaactcagcaaggccaataggtat----tatgatcaaaattaaaccaaatttttgcatctaaattcttgaaaataatcacttca 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8192968 caaggcggaaagaaaacaactcagcaaggccaaaaggtatgtattatgatcaaaattaaaccaaatttttgcatctaaattcttgaaaataatcacttca 8193067  T
Q  410 tccatagataaggacaaatgaataagtcgtgtagtttaaatatttaagaggaaacacagcagcccaaatcaactaaatgatgcagatataccttcttcca 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8193068 tccatagataaggacaaatgaataagtcgtgtagtttaaatattgaagaggaaacacagcagcccaagtcaactaaatgatgcagatataccttcttcca 8193167  T
Q  510 aataaatttccatttcaacctcagaaaaataataaaaaggggagggaacaaattttttacaagtgcaatgaagatagatttgtacagggtataccatacc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8193168 aataaatttccatttcaacctcagaaaaataataaaaaggggagggaacaaattttttacaggtgcaatgaagatagatttgtacagggtataccatacc 8193267  T
Q  610 gagaatcttataaccagtggcaagtgcatttaatgcagctttcctaatatccccatcccgctcggctgttaaacttgcaacaatttgcaatgatttcagt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8193268 gagaatcttataaccagtggcaagtgcatttaatgcagctttcctaatatccccatcccgctcggctgttaaacttgcaacaatttgcaatgatttcagt 8193367  T
Q  710 tgcccactaatctgtccacataa 732  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  8193368 tgcccactaatctgtccacataa 8193390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 39 - 732
Target Start/End: Original strand, 42350510 - 42351233
Alignment:
Q  39 attaactatacaacataaaatgaaaagacttgccaattatacctgacagaacgccgtaaaatagccctcgcttcccctggctttccttccttcnnnnnnn 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||           
T  42350510 attaactatacaacataaaatgaaaagacttgcccattttccctgacagaacgccgtaaaatagccctagcttcccctggctttccttccttcttctttt 42350609  T
Q  139 ccatctcccgaatctgtcaaatgacaccaccttccatctgtaatgcagcataccaaaaagaggggagaaacgagaaaggtaagaagttaccttccactta 238  Q
    |||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||    
T  42350610 ccatctcccggacctgtcaaattacaccaccttc-atcggtaatgcagcatatcaaaaagagaggagaaatgtgaaaggtaagaacttaccttccactta 42350708  T
Q  239 aatctatcatctaacatgcttttttgagcatctgttagtttcccaacaaatctccatatgtcctcacctgcatagcaaggc---ggaaagaaaacaactc 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||| |||||| ||||    
T  42350709 aatctatcatctaacatgcttttttgagcatctgttagtttcccgacaaatctccatatgtcctcacctgcatagcaatgtcatggaaggaaaactactc 42350808  T
Q  336 agcaaggccaataggtattatgatcaaa-----------------attaaaccaa---atttttgcatctaaattcttgaaaa-taatcacttcatccat 414  Q
    ||  ||||||| |||||||||||| |||                 ||||||  ||   |||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||    
T  42350809 agacaggccaaaaggtattatgataaaaaaataataataataataattaaataaataaatttttgcatcttaaatcttgaaaaattatcacttcatccat 42350908  T
Q  415 agataaggacaaa------tgaataagtcgtgtagtttaaatatttaagaggaaacacagcagcccaaatcaactaaatgatgcagatataccttcttcc 508  Q
    ||||||||| | |      ||||| ||||||||||||||| |||  | |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  42350909 agataaggatataaatgactgaatgagtcgtgtagtttaagtatagaggaggaaacacgggagcccaagtcaactaaatgatgcagatatactttcttac 42351008  T
Q  509 aaataaatttccatttcaacctcagaaaaataataaaaaggggagggaacaaattttttacaagtgcaatgaagatagatttgtacagggt-ataccata 607  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||| |||||| || |||||    
T  42351009 aaataaatttccttttcaacctcagaaaaataatagaaaagggcgagaacaaattttttacaagttccatgaagatgaatttgtgcagggttatgccata 42351108  T
Q  608 ccgagaatcttataaccagtggcaagtgcatttaatgcagctttcctaatatccccatcccgctcggctgttaaacttgcaacaatttgcaatgatttca 707  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42351109 ccgagaattttataaccagtggcaagtgcatttaaggcagctttcctaatatccccatcccgttcggccgttaaacttgcaacaatttgcaatgatttca 42351208  T
Q  708 gttgcccactaatctgtccacataa 732  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  42351209 gttgcccactaatctgtccacataa 42351233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University