View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7569_low_10 (Length: 377)

Name: NF7569_low_10
Description: NF7569
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7569_low_10
NF7569_low_10
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (18-367)||(34305027-34305376)
chr6 (34-355)||(10402275-10402595)
chr6 (17-364)||(32120457-32120802)
chr6 (61-355)||(32116208-32116499)
chr6 (18-355)||(7199814-7200150)
chr6 (18-300)||(29337379-29337663)
chr6 (56-189)||(45096-45229)
chr6 (18-245)||(8374647-8374875)
chr6 (34-354)||(22986465-22986787)
chr6 (34-354)||(23801607-23801929)
chr6 (96-203)||(26225050-26225156)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (18-351)||(27337223-27337556)
chr5 (18-367)||(433822-434172)
chr5 (18-351)||(15291267-15291600)
chr5 (116-256)||(6821543-6821683)
chr5 (19-80)||(3113681-3113742)
chr5 (18-53)||(25662859-25662894)
chr5 (18-77)||(26009732-26009791)
chr5 (47-135)||(6534023-6534111)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (18-353)||(5827784-5828123)
chr7 (19-336)||(47679652-47679967)
chr7 (56-354)||(19277737-19278035)
chr7 (47-214)||(4175739-4175904)
chr7 (18-150)||(32585677-32585809)
chr7 (29-97)||(24528131-24528199)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (18-354)||(9684656-9684992)
chr2 (18-335)||(20142005-20142317)
chr2 (18-255)||(28225530-28225762)
chr2 (18-354)||(41867149-41867485)
chr2 (18-249)||(18744364-18744595)
chr2 (28-364)||(19161059-19161393)
chr2 (18-213)||(17345168-17345363)
chr2 (262-367)||(28225805-28225910)
chr2 (17-211)||(8588615-8588808)
chr2 (18-222)||(34185432-34185634)
chr2 (18-116)||(44686947-44687045)
chr2 (27-142)||(40856911-40857025)
chr2 (153-199)||(33611960-33612006)
chr2 (19-64)||(4412597-4412642)
chr2 (18-114)||(33612032-33612127)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (20-351)||(28040372-28040702)
chr1 (19-337)||(19035958-19036273)
chr1 (18-313)||(7794200-7794492)
chr1 (38-364)||(37200805-37201129)
chr1 (28-200)||(38732123-38732295)
chr1 (87-337)||(972251-972505)
chr1 (35-178)||(36154680-36154823)
chr1 (18-176)||(15585390-15585548)
chr1 (151-355)||(7435009-7435213)
chr1 (204-301)||(22375320-22375417)
chr1 (21-77)||(7434958-7435014)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (20-353)||(56461357-56461689)
chr4 (18-354)||(53171028-53171364)
chr4 (84-347)||(23808948-23809210)
chr4 (18-184)||(16958065-16958230)
chr4 (34-156)||(25707049-25707171)
chr4 (38-104)||(24222441-24222507)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (18-351)||(49018482-49018814)
chr3 (18-364)||(29862328-29862676)
chr3 (19-329)||(52411171-52411478)
chr3 (34-174)||(53786254-53786389)
chr3 (37-136)||(35236677-35236776)
chr3 (311-355)||(6252480-6252524)
chr3 (34-221)||(43123698-43123884)
chr3 (313-355)||(6174367-6174409)
chr3 (93-141)||(7501640-7501688)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (18-336)||(37517619-37517938)
chr8 (18-304)||(24125557-24125843)
chr8 (18-311)||(25021084-25021379)
chr8 (120-337)||(10950457-10950674)
chr8 (120-337)||(10958462-10958679)
chr8 (34-212)||(500773-500951)
chr8 (191-354)||(4700343-4700506)
chr8 (38-214)||(139853-140027)
chr8 (51-197)||(40840116-40840262)
chr8 (18-64)||(39435197-39435243)
chr8 (29-103)||(42921622-42921696)
chr8 (27-136)||(43134874-43134984)
chr8 (94-139)||(10190150-10190195)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (18-298)||(20251-20535)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 18 - 367
Target Start/End: Original strand, 34305027 - 34305376
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  34305027 ccatcaattgggatacctagaataaaatcttgagcatgtgctgcttccaaacatccaaaaacttccttctgtcttgcggtcatgtcaaacttaacttcca 34305126  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34305127 tatcttgaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 34305226  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34305227 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatctgagtccataccacatatcccactgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgc 34305326  T
Q  318 gccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctaccgctaagtataa 367  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34305327 gccctagaagccacaaaagcgtacgaggaagcctctaccgctgagtataa 34305376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 34 - 355
Target Start/End: Original strand, 10402275 - 10402595
Alignment:
Q  34 ctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaatttt 133  Q
    |||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||     
T  10402275 ctagaagaaaatcttgagtatgcgccgcttgaaaacatccaaacactgccttctgtctagtggtcatgtcaaacttaacttccatatcttgaacgattt- 10402373  T
Q  134 actaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaaga 233  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||  ||||    
T  10402374 actaaaaagagcactcgtcaaaacatgttgtgctttaggagggacgatgtccttacaagtaaaactgctaacgtcaaaatcaggaatcgtatcgcaaaga 10402473  T
Q  234 ccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccacaa 333  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||    
T  10402474 ccatccaaagcattatcaaaatccgagtccataccacatatcccactatctctcaaaatatgatcttgtagcattcaagactgcgtcctagaagccacaa 10402573  T
Q  334 aagcatacgaggaagcctctac 355  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  10402574 aagcatacgaggaagcctctac 10402595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 364
Target Start/End: Original strand, 32120457 - 32120802
Alignment:
Q  17 accatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcc 116  Q
    ||||||||| | |||| | ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| | || |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32120457 accatcaatcgagataacaagaagaaaatcatgagcatgtcctacttgcaaacatcctataattgtcttctgtcttgtggtcatgtcaaacttaacttcc 32120556  T
Q  117 atatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctg 216  Q
    ||||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||| || ||||||| |||||||    
T  32120557 atatcttgaacactttacctaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacgttgtcttcgcaagtaaaattgctaacgtc-aaatctg 32120655  T
Q  217 gaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactg 316  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||    
T  32120656 gaatcgtaccatgaagaccatccaaagcattatcaaaatccgagttcatgccacatatcacactatctctcaaaatatgatcttgtggcacccaagaatg 32120755  T
Q  317 cgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctaccgctaagta 364  Q
     |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  32120756 tgccctaaaagccac-aaagcatatgaggaagcctctactgctgagta 32120802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 61 - 355
Target Start/End: Original strand, 32116208 - 32116499
Alignment:
Q  61 cttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatg 160  Q
    |||||||||| || |||| |  ||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  32116208 cttgcaaacagcctaaaattatcttctgtctcgtggttgtgtcaaacttaacttccatatcttgaacacttttactaaaaagatcactcgtcaaaacatg 32116307  T
Q  161 ttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgag 260  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||   |||    
T  32116308 ttgtgctttaggaaggacgttgtctttgctagtaaaactgctaacgtc-aaatctggaatcgtaccacgaagatcatccaaagcattatcaaaaaccgag 32116406  T
Q  261 accataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctac 355  Q
     | ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||    
T  32116407 -cgataccacatatcccaatgtctcttacaatatgatcttgtagcacccaagactgtgccctagaagccac-aaagcctatgagtaagcctctac 32116499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 7200150 - 7199814
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||| || ||||| |||| |||| |||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||    
T  7200150 ccatcaattgagatagctagaagaaaatcctgagcatgttcttcttgccaacacccaagaactactttctgtcttgtggtcatatcaaacttcacttcca 7200051  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| | ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | | |||||||  |   || | ||||| |    
T  7200050 tatcttgatcaattttactaaaaa-agcattcaccaaaacatgttgtgctttaggagggacgaagtccttactactaaaactactttagtgacaatctag 7199952  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgc 317  Q
    |||||||||   |||||||||||   |||| || ||||  |||  ||||||||  ||| || | ||||| |||||||||| ||||     |||||| |      
T  7199951 aatcgcaccacaaagaccatccatgacattgtctaaatcagagttcataccactcatctcactttctcttaaaatatgatattgtcacgtccaagattag 7199852  T
Q  318 gccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctac 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7199851 gccctagaagccacaaaagcatacgagaaagcctctac 7199814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 29337663 - 29337379
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  29337663 ccatcaatcaggatagctagaagaaaatcctgagcatgtgctgcttgcaaacaccccaaaacggccttctgtctagaggtcatgtcaaacttaacttcca 29337564  T
Q  118 tatcttca-acaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactg-ttaacgtcaaaatct 215  Q
    |||||| |    |||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || | || ||||||||||    
T  29337563 tatcttgattttattttactaaaaagggcactcaccaaaatatgttgtgctttaggatggacgatgtccttgcaagtaaaaatgctaaatgtcaaaatct 29337464  T
Q  216 ggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatctt 300  Q
     |||| | |||   |||| |||  ||| || |||||||  ||| | ||||| ||| ||||| | | |||||||||||||||||||    
T  29337463 agaattgtaccacaaagatcatttaaaacaatatcaaagattgtgtccatatcacttatcctactatctctcaaaatatgatctt 29337379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 56 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 45229 - 45096
Alignment:
Q  56 tgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaa 155  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  45229 tgctgcttgcaaacatccaaaaattaccttttgtcccgtggtcatgtcaaacttaacttccatattctgaacacttttactaaaaagagcactcgccaaa 45130  T
Q  156 acatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgc 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45129 acatgttgtgctttaggagggacggtgtctttgc 45096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 8374875 - 8374647
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | ||||||| | |||||||  ||||||||||| || || |||||||    
T  8374875 ccatcaataaggatagctagaagaaaatattgagcatgtgttgtttgcaaacaccgaaaaactactttctgtcgcgtggtcatgtcaaatttcacttcca 8374776  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctt--taggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatct 215  Q
    |||| | |||| |||||||||||||| |  ||  ||||| ||| |||||||  || |||||| ||||||||||| ||||||| || ||| |||||||| |    
T  8374775 tatcctgaacacttttactaaaaaga-cgttcatcaaaatatgatgtgctttatatgagggatggtgtccttgctagtaaaattgctaaagtcaaaattt 8374677  T
Q  216 ggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagca 245  Q
      ||||| ||| | ||||||||| ||||||    
T  8374676 aaaatcgtaccataaagaccatcaaaagca 8374647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 354
Target Start/End: Original strand, 22986465 - 22986787
Alignment:
Q  34 ctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaatttt 133  Q
    |||||| | ||| ||||||||||| |||||| | | | ||||||||| | |||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||||| |||| ||||    
T  22986465 ctagaatataattttgagcatgtgttgcttgaagagacccaaaaactgctttctttcttgtggacatgtcaaacttcactttcttatctttaacactttt 22986564  T
Q  134 actaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttag-gagggacggtgtccttgcaagtaaaactgtt-aacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaa 231  Q
    ||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||||  ||  ||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||| | | | |     
T  22986565 actaaaaaagacacacgccaaaacatattgtgctttagcaagacacgatgtccttgctagtaaaactgttaaaagtcaaaatatggaatcgtatcctaat 22986664  T
Q  232 gaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccac 331  Q
    ||| ||| |||||| ||| |||||  ||| |||||| || ||||| | |  || ||| ||||||||||||||| |||||| | ||  ||||| ||||||     
T  22986665 gactatcaaaagcactataaaaatcagagcccatacaacgtatcctactacctttcataatatgatcttgtagcacccaatattggaccctataagccat 22986764  T
Q  332 aaaagcatacgaggaagcctcta 354  Q
    |||||| || ||| || ||||||    
T  22986765 aaaagcgtatgagaaaacctcta 22986787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 23801929 - 23801607
Alignment:
Q  34 ctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaatttt 133  Q
    |||||| | ||| ||||||||||| |||||| | | | ||||||||| | |||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||||| |||| ||||    
T  23801929 ctagaatataattttgagcatgtgttgcttgaagagacccaaaaactgctttctttcttgtggacatgtcaaacttcactttcttatctttaacactttt 23801830  T
Q  134 actaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttag-gagggacggtgtccttgcaagtaaaactgtt-aacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaa 231  Q
    ||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||||  ||  ||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||| | | | |     
T  23801829 actaaaaaagacacacgccaaaacatattgtgctttagcaagacacgatgtccttgctagtaaaactgttaaaagtcaaaatatggaatcgtatcctaat 23801730  T
Q  232 gaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccac 331  Q
    ||| ||| |||||| ||| |||||  ||| |||||| || ||||| | |  || ||| ||||||||||||||| |||||| | ||  ||||| ||||||     
T  23801729 gactatcaaaagcactataaaaatcagagcccatacaacgtatcctactacctttcataatatgatcttgtagcacccaatattggaccctataagccat 23801630  T
Q  332 aaaagcatacgaggaagcctcta 354  Q
    |||||| || ||| || ||||||    
T  23801629 aaaagcgtatgagaaaacctcta 23801607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 96 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 26225156 - 26225050
Alignment:
Q  96 gtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaa 195  Q
    |||||||| || || |||||| |||||| |||| ||||||||||| | ||||| |||||| || ||| |   |||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  26225156 gtcatgtcaaatttcacttccgtatcttgaacatttttactaaaagg-gcacttgccaaatcacgttatttcttagaagggatggtgtcctttcaagtaa 26225058  T
Q  196 aactgtta 203  Q
    ||||||||    
T  26225057 aactgtta 26225050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Original strand, 27337223 - 27337556
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  27337223 ccatcaattgggatagctaaaagaaaatcttgagcatgtggtggttgcaaacatcccaaaactgccttctgtctagtggtcatgtcaaacttaacttcca 27337322  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27337323 tatcttgaacaactttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgctaacgtcaaaatctgg 27337422  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgc 317  Q
    |||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||   || |||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27337423 aatcgttccgcgaagatcatccaaagcattatcaaaatccaagtccatgccacatatctcactgtctctcaaaatatgatcttgtagcacccaagactgc 27337522  T
Q  318 gccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcct 351  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  27337523 gccctagaaaccacaaaagcgtacgaggaagcct 27337556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 18 - 367
Target Start/End: Original strand, 433822 - 434172
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||| || ||||||| |||||    
T  433822 ccatcaattgggatagctagaagaaaatcttgagcatgtggtgcttgcaaacatcctaaaactaccttctgcctagtggtcatttcaaacttaagttcca 433921  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaa-catgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctg 216  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  433922 tatcttgaacaactttactaaaaagaggactcaccaaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgctaacgtcaaaatctg 434021  T
Q  217 gaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactg 316  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||   || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  434022 gaatcgttccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatccaagtcaataccacatatcccactgtctctcaaaatatgatattgtagcacccaagactg 434121  T
Q  317 cgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctaccgctaagtataa 367  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||| ||| |||||||    
T  434122 cgccctagaagccacaaaagcgtgcaaggaagcctctactgctgagtataa 434172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 15291600 - 15291267
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  15291600 ccatcaattgggatagctagaagaaaatcccgagcatgtgctgcttgcaaacatcccaaaattgccttctgtctcgtggtcatgtcaaacttaacttcca 15291501  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||      
T  15291500 tatcttgaacacttttactaaaaagagcactcgtcaaaacatgttccgctttaggagggacggtgtctttgctagtaaaactgctaacgtcaaaatctaa 15291401  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgc 317  Q
    ||| | |||  |||||||||||||| ||||||| ||||  ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||     
T  15291400 aattgtaccacgaagaccatccaaaacattatcgaaatccgagtccataccatatatctcattgtctctcaaaatatgatcttgtagcatccaagactgt 15291301  T
Q  318 gccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcct 351  Q
    | |||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  15291300 gtcctaaaagccataaaagtatacgaggaagcct 15291267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 116 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 6821683 - 6821543
Alignment:
Q  116 catatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatct 215  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6821683 catatcttgaacacttttactaaaaagagcactcgccaaaacattttatattttaggagggacgatgtctttgctagtaaaactgttaacgtcaaaatct 6821584  T
Q  216 ggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatt 256  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  6821583 ggaatcgtaccacgaagaccatccaaaatattgtcaaaatt 6821543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 3113742 - 3113681
Alignment:
Q  19 catcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaact 80  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  3113742 catcaatcgggatagctaggagaaaatcttgagcatgtgctgcttccaaacaccctaaaact 3113681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 25662894 - 25662859
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagca 53  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25662894 ccatcaattgggatagctagaagaaaatcttgagca 25662859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 26009791 - 26009732
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaa 77  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||   ||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  26009791 ccatcaatggggataactagaagaaaactctgagcatatgctgcttgcaaaaatccaaaa 26009732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 6534111 - 6534023
Alignment:
Q  47 ttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttac 135  Q
    |||| ||||||| |||| ||||||||  |||||   ||||| |||  || ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  6534111 ttgaacatgtgccgcttacaaacatcataaaaccatcttctatctaatgatcatgtcaaacttaacttccatatcttaaacacttttac 6534023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 18 - 353
Target Start/End: Original strand, 5827784 - 5828123
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |    
T  5827784 ccatcaattgggatagctagaagaaaattttgagcatgtgctgcttgcaaacatcctaaaactgccttctgtctagtggccatgtcaaacttaacttcta 5827883  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  5827884 tatcttgaccaattttattaagaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactactaatgtcaaaatctgg 5827983  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagacc----ataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaaga 313  Q
    ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    |||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  5827984 aatcgtacagcgaagaccatccaaagcattatcaaaattcgagtccatatataccacatatctcactatctctcaaaatatgatcttgtagctcccaaga 5828083  T
Q  314 ctgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctct 353  Q
     ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  5828084 ttgcgccctagaagtcacaaaagcgtatgaggaagcctct 5828123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 336
Target Start/End: Original strand, 47679652 - 47679967
Alignment:
Q  19 catcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccat 118  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  47679652 catcaatcaggatagctagaagaaaatcctgagcatgtgctacttgcaaacatcctaaaactgtcttctgtctagtggtcatgtcaaacttaacttccat 47679751  T
Q  119 atcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgga 218  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  47679752 atcttgaacaattttactaaaaagagtactctccaaaacatgtggtgctttaggagggac--aatccttgcaagtaaaactactaacgtcaaaatttgga 47679849  T
Q  219 atcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcg 318  Q
    |||| | |  ||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||     
T  47679850 atcgtaacacgaagatcatccaaaacattatcaaaatctgagtccatacgacatatcacactgtctctcaaaatatgatcttgtagcatccaagactgca 47679949  T
Q  319 ccctagaagccacaaaag 336  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  47679950 ccctagaagtcacaaaag 47679967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 56 - 354
Target Start/End: Original strand, 19277737 - 19278035
Alignment:
Q  56 tgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaa 155  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  19277737 tgctgcttgcaaacatccaaaaatcgccttctgcctcgtggtcatgtcaaacttgacttccatatcctggacacttttactaaaaagagcactcaccaaa 19277836  T
Q  156 acatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaat 255  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| || |||| |||| ||||| ||||| ||   ||||||||||||||||| |||||||||    
T  19277837 acatgttgtgctttaggagggacgatgtctttgctagtaaaaatgctaacatcaatatctgaaatcgtactacgaagaccatccaaagcactatcaaaat 19277936  T
Q  256 ttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctcta 354  Q
      ||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||||    
T  19277937 ccgagtccatgccacataacccactgtctctcaaaatatgatcttgtagcacccaagactgtgccctagaaaccaccaaagcgtacgagaaagcctcta 19278035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 47 - 214
Target Start/End: Original strand, 4175739 - 4175904
Alignment:
Q  47 ttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaaaagagca 146  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| || ||||||  ||||| ||| ||||||||||| || ||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||    
T  4175739 ttgaccatgtgcagcttgcaaacaccctaaaactatcttctatctagtggtcatgtcaaa-ttagcttccatatcttgaacacttttacaaaaaaga-ca 4175836  T
Q  147 ctcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatc 214  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4175837 ctcgccaaagcatgttgtgctttaacagggacggtgtccttgcaagtaaaattgttaacgtcaaaatc 4175904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 150
Target Start/End: Original strand, 32585677 - 32585809
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||  ||||| | ||||||||||| |||| || || || |||||||||||| |||  |  ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  32585677 ccatcaatcaggatagccagaagaaaatcatgagaatatgttgattgcaaacatcctaaaggtgtcttctgtctagtggtcatgtcaaacttaactttca 32585776  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcg 150  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  32585777 tatattaaacaattttactaaaaagagcactcg 32585809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 97
Target Start/End: Original strand, 24528131 - 24528199
Alignment:
Q  29 gatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggt 97  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||    
T  24528131 gatagctagaagaaaatcctgagcatattatgcttgcaaacatccaaatattgccttctgtctcgtggt 24528199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 9684992 - 9684656
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  9684992 ccatcaatagggatagctagaagaaaatcttgagtatgtgctgcttgcaaacatccaaaaattgccttctgtctcgtggtcatgtcaaacttaacttcca 9684893  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgc-aagtaaaactgttaacgtcaaaatctg 216  Q
    |||| | |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||| || |||| ||||||||||    
T  9684892 tatcctgaacacttttattaaaaagagcactcaccaaaacatgttgtgctttaagagggacgatgtctttgctaagtaaaaatgctaacatcaaaatctg 9684793  T
Q  217 gaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactg 316  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||    
T  9684792 gaatcgcaccacgaagaccatccaaagcattatcaaaattcgagtccatgccacataacccactgtctctcaaaatatgatcttgtagcacccaag-ttg 9684694  T
Q  317 cgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctcta 354  Q
     |||||||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  9684693 tgccctagaagccacaaaagcgtatgaagaagcctcta 9684656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 18 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 20142317 - 20142005
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||     ||||||||||||| |||||||||||||    
T  20142317 ccatcaatcgggatagctagaagaaaatcctgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaattgcctt-----ttgtggtcatgtcaaacttaacttcca 20142223  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||| | |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||    
T  20142222 tatcctgaacgcttttactaaaaagagcactcgccaagacatgttgtgctttaggagagacggtgtctttgctagtaaaactgctaacatcaaaatctgg 20142123  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgc 317  Q
    ||||| |||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||     
T  20142122 aatcgtaccacaaagaccatctaaagcattatcaaaattcgaatccatgccacataacccactgtctctcaaaatatgatcttgtaacacccaagactgt 20142023  T
Q  318 gccctagaagccacaaaa 335  Q
       |||||||||||||||    
T  20142022 aatctagaagccacaaaa 20142005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 255
Target Start/End: Original strand, 28225530 - 28225762
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
T  28225530 ccatcaattgg-atagctagaagaaaatcttgagcatgtgcttcttgcaaacatccaaaacccgccttctgtctagtggtcatgtcaaacataacttcca 28225628  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28225629 tatcttgaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaatatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 28225728  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaat 255  Q
    ||||| | || |||||    ||||||||||||||||||    
T  28225729 aatcgtatcgcgaaga----ccaaagcattatcaaaat 28225762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 41867485 - 41867149
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||| |  ||||||||||| ||||| |||||||    
T  41867485 ccatcaatcgggatagctagaagaaaattctgagcatgtgctgcttgcaaacattcaaaaatcgccttctgccccgtggtcatgtcaaacttgacttcca 41867386  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||  ||||||| || |||| ||||||| |||    
T  41867385 tatcctggacacttttactaaaaagagcactcgccaaaatatgttgtgttttaggagggacagtgtctttgttagtaaaaatgctaacatcaaaatatgg 41867286  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgc 317  Q
    ||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||| ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||     
T  41867285 aatcgtactatgaagaccatcaaaagcattatcaaaatccgagtccatgccatataacccactgtctctcaaaatatgatcttataacacccaagactgt 41867186  T
Q  318 gccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctcta 354  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  41867185 gccctagaagccacaaaagtgtacgaggaagcctcta 41867149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 18744595 - 18744364
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  18744595 ccatcaatcgggatagctagaagaaattcttgagcatttggtgcttgcaaacatccaaaaattgccttctgtctcgtggtcatctcaaacttaacttcca 18744496  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||    
T  18744495 tatcctgaacacttttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagagacggtgtctttgctagtaaaactgctaacatcaaaatctgg 18744396  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattat 249  Q
    ||| | |||  |||||||||||||||||||||    
T  18744395 aattgtaccacgaagaccatccaaagcattat 18744364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 28 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 19161393 - 19161059
Alignment:
Q  28 ggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaac 127  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||||| |||  |  ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  19161393 ggatagctagaagaaaatcctgagcatatattgcttgcaaacatcctaaagttgtcttctgtctcgtgatcatgtcaaacttaacttccatatcttgaac 19161294  T
Q  128 aattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatcgcaccg 227  Q
    | |||||  |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||  |||     
T  19161293 atttttatgaaaaagagcacttgccaaa-catgttgtgcattaggagggacggtgtttttgctagtaaa-ctgctaacatcaaaatctggaatcatacca 19161196  T
Q  228 tgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaag 327  Q
     || ||| ||| ||||||||||||||||  ||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||    
T  19161195 cgaggacaatcaaaagcattatcaaaatccgaatccatatcacatatctcattgtctctcaaaatatgatcttgtagcacccaagactgtgtcatagaag 19161096  T
Q  328 ccacaaaagcatacgaggaagcctctaccgctaagta 364  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||    
T  19161095 ccacaaaagcgtacgacgaagcatctactgctgagta 19161059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 213
Target Start/End: Original strand, 17345168 - 17345363
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |  ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  17345168 ccatcaattgggatagctagaagaaaatcttgagcatgtggttcttgcaaacatccaaaaattgtcttttgtctggtggtcatgtcaaacttaacttcca 17345267  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaat 213  Q
    |||  | |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| || |||| |||||||    
T  17345268 tatgctgaacacttttactaaaaagagcactcaccaaaacaagttgtgctttaggagggacggcgtctttgctagtaaaattgctaacatcaaaat 17345363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 262 - 367
Target Start/End: Original strand, 28225805 - 28225910
Alignment:
Q  262 ccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctaccgctaa 361  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  28225805 ccataccacatatcccaatgtctctcaaaatatgatcttgtagcacccaagactgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctacctctga 28225904  T
Q  362 gtataa 367  Q
    ||||||    
T  28225905 gtataa 28225910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 211
Target Start/End: Original strand, 8588615 - 8588808
Alignment:
Q  17 accatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcc 116  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| |  | ||||||  ||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||||    
T  8588615 accatcaatagggataactagaagaaaatcatgagcatggac-gcttgcaaaaactctaaaactatcttatgtttagtggtcatgtcaaacttgacttcc 8588713  T
Q  117 atatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaa 211  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8588714 atatcttgaacacttttattaaaaaggacactcgccaaaacatgttgtgcttttggagggatgttgcccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaa 8588808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 34185634 - 34185432
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||| || | |||||||| |||| ||||| ||||||| || ||| ||| || ||||||| || ||||| |||||||    
T  34185634 ccatcaatatggatatctagaagaaaatatttatcatgtgctacttgtaaacacccaaaaa-ttgctt-tgtgttttggtcatctcaaacttcacttcca 34185537  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||  ||||||||| |    
T  34185536 tatcttgaacacttttactaaaaaaggcactcgccaaaatatgttctactttaggtgggacggtgttcttgcaagtaaaactactaaattcaaaatctag 34185437  T
Q  218 aatcg 222  Q
    |||||    
T  34185436 aatcg 34185432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 116
Target Start/End: Original strand, 44686947 - 44687045
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcc 116  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| | ||||| ||||||||||||    
T  44686947 ccatcaattgagatagctagaagaaaatcttaagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaactgccttctatctagtgtttatgtcaaacttaacttcc 44687045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 142
Target Start/End: Original strand, 40856911 - 40857025
Alignment:
Q  27 gggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaa 126  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||    |||||||| ||||||||||  ||||| |||| |||||| | ||    
T  40856911 gggatagctagaagaaaatcatgagcatgt-ctgcttgcaaacacgcaaaaacgattttctgtctggtggtcatgttaaactttactttcatatcctaaa 40857009  T
Q  127 caattttactaaaaag 142  Q
    || |||||||||||||    
T  40857010 cacttttactaaaaag 40857025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 153 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 33612006 - 33611960
Alignment:
Q  153 aaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaact 199  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  33612006 aaaacatgttgtgttttaggagggatggtatccttgcaagcaaaact 33611960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 4412642 - 4412597
Alignment:
Q  19 catcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttg 64  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  4412642 catcaatcgggatagctagaagaaaatcctgagcatgtgttgcttg 4412597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 18 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 33612127 - 33612032
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaactt 114  Q
    |||||||| |||||  |||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||| || |||| |  ||| ||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  33612127 ccatcaatagggattgctagaa-aaaatcacgagcatgtgttgcttgcaaacaccctaaaattatcttttgtcttgtgataatgtcaaacttaactt 33612032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 20 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 28040702 - 28040372
Alignment:
Q  20 atcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccata 119  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  28040702 atcaatcgggatagctagaagaaaatcttgagcatgttctgcttgcaaacatccaaaaattgccttctgtctcgtggtcatgtcaaacttaatttccata 28040603  T
Q  120 tcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaa 219  Q
    || | | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  28040602 tcctga-catttttactaaaaagagcactcgcaaaaacatgttgtgctttaggagggatggtgtcattgctagtaaaactgctaacatcaaaatctagaa 28040504  T
Q  220 tcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgc 319  Q
    ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||   || |||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||    
T  28040503 tcgtaccacgaagaccatccaaagcattatcaaaatccaagtccatgccacataacccactgtctctcaaaatttgatcttgtatgacccaagactgtgc 28040404  T
Q  320 cctagaagccacaaaagcatacgaggaagcct 351  Q
    | |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  28040403 cttagaagccacaaaagtgtacgaggaagcct 28040372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 19 - 337
Target Start/End: Original strand, 19035958 - 19036273
Alignment:
Q  19 catcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccat 118  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  19035958 catcaatcgggatagctagaagaaaatcccgagcatgtgctgcttgcagacatccaaaaattgccttttgtctcgtggtcatgtcaaacttaacttccat 19036057  T
Q  119 atcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgga 218  Q
    ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || | |||||||||| |||| | ||||||||||    
T  19036058 atcctgaacacttttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttatgagggacgg-gtcttttctagtaaaactgctaacataaaaatctgga 19036156  T
Q  219 atcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcg 318  Q
    ||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| |  |||| || ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||  |    
T  19036157 atcccaccacgaagacaatccaaagcattatcaaaatctgagtccatgc--cataacctattgtctctcaaaatatgtccttgtagcacccaagactatg 19036254  T
Q  319 ccctagaagccacaaaagc 337  Q
    |||||||||||||||||||    
T  19036255 ccctagaagccacaaaagc 19036273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 7794492 - 7794200
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||  ||||| ||| ||||||||| |||||||||| || ||   |||  || ||||||  ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  7794492 ccatcaataaggatagctataagaaaatcatgagcatgtgatgtttttgaacgccctaaaactatcttctgtctagtggtcatgtaaaacttaacttcca 7794393  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    ||| || |||  ||||||||||| |||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||| | |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  7794392 tattttgaac--ttttactaaaacgagcactcgctaaaatatgttatgttttaggagggacgatatccttgcaagtaaaactactaa-gtcaaaatctgg 7794296  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaaga 313  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||   || | ||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  7794295 aatggtaccgtgaagaccatccaaaacattatcaaaatccaagtctatatcacatatcccactatctctcataatatgatcttgtagcacccaaga 7794200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 364
Target Start/End: Original strand, 37200805 - 37201129
Alignment:
Q  38 aagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttacta 137  Q
    ||||||||  |||||||||||| |||||||||| |  |||| |  ||| ||  | ||||||||||| || |||||||||||||||| |||| |||| |||    
T  37200805 aagaaaatgatgagcatgtgctacttgcaaacaccttaaaattgtcttatgcgtagtggtcatgtcaaatttaacttccatatcttgaacacttttccta 37200904  T
Q  138 aaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaagaccat 237  Q
    |||||  ||||| |||||||||  || ||||||||| |||||  || |||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||  ||  ||||| |||    
T  37200905 aaaaggacactcaccaaaacat--tgcgctttaggatggacgacgtgcttgcaagtaaaactactaatgtcaaaatttggaatcgtgccacgaagatcat 37201002  T
Q  238 ccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccacaaaagc 337  Q
    |||||||||||| |||| | ||| ||||| ||| |||||||   |||||||||||||||| || ||| ||| ||||||| ||| || |||||||||||||    
T  37201003 ccaaagcattataaaaaatcgagtccataacacttatcccaccatctctcaaaatatgatattttagcacctaagactgtgccttataagccacaaaagc 37201102  T
Q  338 atacgaggaagcctctaccgctaagta 364  Q
     |  |||||| ||||||| ||| ||||    
T  37201103 gtttgaggaatcctctactgctgagta 37201129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 28 - 200
Target Start/End: Original strand, 38732123 - 38732295
Alignment:
Q  28 ggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaac 127  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||| || || ||||| ||||||||| |||| |  ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  38732123 ggatagctacaagaaaatcatgagaatttgttgctttcaaacatcctaaaagtgacttctgtctagtgatcatgtcaaacttaacttccatatcttgaac 38732222  T
Q  128 aattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactg 200  Q
    | ||||||||||| |  || ||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||||||    
T  38732223 acttttactaaaatggacaatcgtcaaaacttgttgtgctttaggaaggacgttgtccttctaagtaaaactg 38732295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 87 - 337
Target Start/End: Original strand, 972251 - 972505
Alignment:
Q  87 tgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtcct 186  Q
    |||||||| ||| |||  |||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||| ||    
T  972251 tgtcttgttgtcttgttaaacttaactttcatatcttgaacactttcactaaaagga-cactcgccaaaacatgttgtg-tttagaaaggacgatgtgct 972348  T
Q  187 tgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttga-gaccat-accac----atatcccatt 280  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| | ||| || ||  ||||||| |||||||||||| | ||||| |||   |||| |||||     ||||| | |    
T  972349 tgcaagtaaaattgctaacgtcaaaatttagaaccgtacgatgaagactatccaaagcattgtgaaaatctgatttccataaccactactttatcctaat 972448  T
Q  281 gtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccacaaaagc 337  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||| | || ||||| ||||||||||||||    
T  972449 atctctcaaaatttgatcttgtagcacccaatattgtgccctggaagccacaaaagc 972505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 35 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 36154823 - 36154680
Alignment:
Q  35 tagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaatttta 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||  | |||||||   || |||||||| |||||| | ||||| | ||||| ||| | |||| |||||    
T  36154823 tagaagaaaatcttgagcatgtgctgtatgcaaactccaaaaaactattttatgtcttgtagtcatgccaaacttcatttccacatcctaaacactttta 36154724  T
Q  135 ctaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggac 178  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36154723 ctaaaaagggaactcgccaaaacatgttgtgttttaggagggac 36154680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 176
Target Start/End: Original strand, 15585390 - 15585548
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| | |||| | ||| |  |||||| ||||  | |||||    
T  15585390 ccatcaatagggatagctaaaagtaaatcttgagcatgtgttgcttgcaaatacccaaaaactgcattctattttgcgtccatgtcaaactgtatttcca 15585489  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggaggg 176  Q
    | || | |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  15585490 tgtcctgaacacttttactaaaaagggcactcgtcaaaacatgtcgagctttaggaggg 15585548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 151 - 355
Target Start/End: Original strand, 7435009 - 7435213
Alignment:
Q  151 ccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatc 250  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||  ||| |||||||||| |||| | ||   |||||||||||||| |||  ||    
T  7435009 ccaaaacatgttatgcttttggagggacgatgtccttactagtaaaactactaaagtcaaaatctagaatggtactacgaagaccatccaaaacatcgtc 7435108  T
Q  251 aaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcc 350  Q
    |||||  ||| ||||   |  |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || | ||| ||||| |||||||| || |||||| ||    
T  7435109 aaaatcagagtccatgttagttatctcactgtctctcaaaatatgatcttgtagcacgaaagattgggtcctggaagcaacaaaagcgtatgaggaaacc 7435208  T
Q  351 tctac 355  Q
    |||||    
T  7435209 tctac 7435213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 301
Target Start/End: Original strand, 22375320 - 22375417
Alignment:
Q  204 acgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttg 301  Q
    |||||||||| | |||||| |||   |||||||||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||| | |  || ||||||||||||||||||||||    
T  22375320 acgtcaaaatttagaatcgtaccacaaagaccatccaaagcattctcataatccgagtccataccacttctatcagtgtctctcaaaatatgatcttg 22375417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 77
Target Start/End: Original strand, 7434958 - 7435014
Alignment:
Q  21 tcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaa 77  Q
    ||||| ||||||  ||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  7434958 tcaatagggataaatagaaaaagatcttgaacatgtgctgcttgtaaacatccaaaa 7435014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 20 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 56461689 - 56461357
Alignment:
Q  20 atcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccata 119  Q
    |||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  56461689 atcaattatgatagctagaaaaaaatcttgagcatgtgctgtttgcaaacatcctaaaacttccttctgtctagtggtcatgtg-aacttaacttccata 56461591  T
Q  120 tcttcaacaattttactaaaaaga-gcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgga 218  Q
    |||| |||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||  || |||||||||| ||    
T  56461590 tcttgaacacttttactaaaaaaaagcactcgccaaaatatgttgtgctttaggagggacaatgtccttgctagtaaaactgccaatgtcaaaatctaga 56461491  T
Q  219 atcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcg 318  Q
    |||| |||  |||||| |||||||||||||| ||||| | ||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  56461490 atcgtaccacgaagac-atccaaagcattattaaaatctaagtgcataccacatatcccactgtctctcaaaatatgatcttgtagcacccaagattgcg 56461392  T
Q  319 ccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctct 353  Q
    ||||||||||||||||| | ||| | |||||||||    
T  56461391 ccctagaagccacaaaaacgtacaaagaagcctct 56461357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 354
Target Start/End: Original strand, 53171028 - 53171364
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  53171028 ccatcaattaggatagctagaagaaaatcctgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaattgttttctttctcgtggttatgtcaaacttaacttcca 53171127  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||  |||| ||||||||||     
T  53171128 tattttgaacacttttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacgatgtctttgctagtaaaactactaacatcaaaatctga 53171227  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgc 317  Q
    |||||||||  |||||| |||||||  |||||||||||  |||  ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||     
T  53171228 aatcgcaccacgaagacaatccaaaatattatcaaaatccgagttcatgccacataacccactgtctctcaaaatatgatcttgtagcacctaagattgt 53171327  T
Q  318 gccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctcta 354  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||    
T  53171328 gccctagaagccacaaaagcttacaaaaaagcctcta 53171364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 84 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 23809210 - 23808948
Alignment:
Q  84 ttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgt 183  Q
    ||||| ||| |||||||||| || || ||||||||||||| |||| |||||||||||| | || || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  23809210 ttctgccttatggtcatgtcaaatttcacttccatatcttgaacatttttactaaaaaaaccaatcaccaaaatatgttgtgctttatgagggacggtgt 23809111  T
Q  184 ccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtc 283  Q
    |||| | |||||||||  ||| |||||||| |  ||||  |||  ||||||||||||||||| | | |||||  ||| ||||| ||| ||| ||| ||||    
T  23809110 ccttactagtaaaactactaaagtcaaaatttaaaatcataccacgaagaccatccaaagcaatgtgaaaatcggagtccatatcacttattccactgtc 23809011  T
Q  284 tctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaa 347  Q
    |||||| |||||||||| ||  |||||||| || |||||| |||| |||||||||||| |||||    
T  23809010 tctcaatatatgatctt-tatcacccaagattgggccctacaagctacaaaagcatacaaggaa 23808948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 184
Target Start/End: Original strand, 16958065 - 16958230
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||| || || ||||| |||||||||||||    
T  16958065 ccatcaatgaggatagctagaagaaaatctagagcatgtgctgcttgcaaatatcctaaaattgccttctgtctcgtagttatgtcaaacttaacttcca 16958164  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtc 184  Q
    |||| | | || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||    
T  16958165 tatcgtgagcacttttactcaaaagagcactcg-caaaacatgttgtgctttatgaggaacagtgtc 16958230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 34 - 156
Target Start/End: Original strand, 25707049 - 25707171
Alignment:
Q  34 ctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaatttt 133  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||||||| || |||| ||||    
T  25707049 ctagaagaaaatcctcagcatgtgctgcttgcaaacatcctaaaacttccttctgtctagtaattatgtcaaacttaacttccatattttaaacactttt 25707148  T
Q  134 actaaaaagagcactcgccaaaa 156  Q
    |||||||||| || |||| ||||    
T  25707149 actaaaaagatcattcgctaaaa 25707171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 104
Target Start/End: Original strand, 24222441 - 24222507
Alignment:
Q  38 aagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtct 104  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| || | | |||| ||||||||||||||||    
T  24222441 aagaaaattttgagcatgtgatgcttgcaaacacccaacaattactttctctcttgtggtcatgtct 24222507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Original strand, 49018482 - 49018814
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| |  ||| ||||| ||||||| ||| |||||||||| ||    
T  49018482 ccatcaatcaggatagctagaagaaaatcatgagcatgtactgcttgcaaacatcctaaaattgtcttttgtctcgtggtcacgtcaaacttaacttaca 49018581  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||| |||||||||| |||||||||||||| |    
T  49018582 tatcttgaaaacttttattaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagagacaatgtctttgctagtaaaactgctaacgtcaaaatctag 49018681  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgc 317  Q
    ||||| | |  ||| |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||     
T  49018682 aatcgtagcacgaaaaccatccaaagcattatc-aaattcgagtccataccacgtatctcattgtctctcaaaatatgattttgtagcacccaagactgt 49018780  T
Q  318 gccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcct 351  Q
    |||||| |||||||| |||| || ||||||||||    
T  49018781 gccctataagccacagaagcgtaagaggaagcct 49018814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 18 - 364
Target Start/End: Original strand, 29862328 - 29862676
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| |||||| | || ||||  ||| ||||||| |||||||||||||    
T  29862328 ccatcaatcgagatagctagaagaaaatcatgagcatgtgttgtttgcaaacatcctaaaactgcattatgtcgagtgatcatgtcaaacttaacttcca 29862427  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaaga---gcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatc 214  Q
    |||||| |||| |||||||||||| |   ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||  ||| | |||||||    
T  29862428 tatcttgaacacttttactaaaaaaaacagcattggccaaaacatgttgtgctttaggagggacgatgtccttgttagtaaaactactaatgccaaaatc 29862527  T
Q  215 tggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagac 314  Q
    | |||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  29862528 tagaatcgtaccacgaagaccatccaaagcattatcaaaatccgagtctataccacacatcccactgtctctcaaaatat-atcttgtagcacccaagac 29862626  T
Q  315 tgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctaccgctaagta 364  Q
    ||| ||||| || |||||||| | ||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  29862627 tgcaccctaaaaaccacaaaaacgtacgaagaagcctctactgctgagta 29862676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 52411478 - 52411171
Alignment:
Q  19 catcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccat 118  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| || |||| |  ||| |||||  || ||||| | ||||||||||||||    
T  52411478 catcaatcgggatagctagaagaaaatcatgagcatgcgctgcatgcaaacaccctaaaattgtcttttgtctaatgttcatgccaaacttaacttccat 52411379  T
Q  119 atcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgga 218  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |    
T  52411378 atctttaacacttttactaaaaagagcactcgctaaaacatgt---gctttaggaaggacggtgtccttgcaagtaaaactgataatgtcaaaatttgaa 52411282  T
Q  219 atcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcg 318  Q
    |||| |||  ||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||    
T  52411281 atcgtaccacgaagaccattcaaagcattatcaaaatccgagtccataccacatattagattgtctctcaaaatatgatcatgtagcatccaagattgcg 52411182  T
Q  319 ccctagaagcc 329  Q
    |||||||||||    
T  52411181 ccctagaagcc 52411171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 34 - 174
Target Start/End: Original strand, 53786254 - 53786389
Alignment:
Q  34 ctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaatttt 133  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||||      ||||||||| |||| |||| ||||    
T  53786254 ctagaagaaaatcttgagcatgtggtgcttgcaaacatccaaaaattgccttatgtctcgtggtcatgtc-----aaacttccatgtcttgaacactttt 53786348  T
Q  134 actaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggag 174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  53786349 actaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgttttaggag 53786389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 37 - 136
Target Start/End: Original strand, 35236677 - 35236776
Alignment:
Q  37 gaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttact 136  Q
    |||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||||   ||||||||| ||| || |||| |||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  35236677 gaagaaaatcttgatcatatactacttgcaaacatccaaaaaccgtcttctgtctagtgatcctgtcaaacttaactttcatatcttgaagaattttact 35236776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 311 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 6252524 - 6252480
Alignment:
Q  311 agactgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctac 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6252524 agactgcgccctagaagccacaaaagcgtacgaggaagcctctac 6252480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 221
Target Start/End: Original strand, 43123698 - 43123884
Alignment:
Q  34 ctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaatttt 133  Q
    ||||| |||| | ||||||||||| ||||| |||||| | |||||  |  ||| || ||||||||||||| ||||| | ||| |||| || |||| ||||    
T  43123698 ctagaggaaagttttgagcatgtgttgcttacaaacacctaaaaatgtt-ttcggtattgtggtcatgtcaaactttatttcaatatgttgaacactttt 43123796  T
Q  134 actaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatc 221  Q
    | ||||||   ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||  || || | ||||||| |||||| |||||| ||| |||||    
T  43123797 attaaaaaagacactcaccaatacatgttgtactttaggagggacggcatctttactagtaaaattgttaaagtcaaactctagaatc 43123884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 313 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 6174409 - 6174367
Alignment:
Q  313 actgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctctac 355  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6174409 actgtgccttagaagccacaaaagcgtacgaggaagcctctac 6174367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 93 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 7501688 - 7501640
Alignment:
Q  93 gtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaaaa 141  Q
    ||||||||||  |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  7501688 gtggtcatgtgaaacttaactttcatatcttaaacacttttactaaaaa 7501640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 37517619 - 37517938
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  37517619 ccatcaatcgggatacttagaagaaaatcatgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaattatcttctatctcgtggtcatgtcaaacttaactttca 37517718  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||| | || | |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||||||| |      
T  37517719 tatcatgaaaactttttctaaaaagaacactcgccaaaacatgtcgtgctttaggagggacggtgtcattgctagtaaaactgctaacatcaaaatttta 37517818  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagta-cccaagactg 316  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||  |    
T  37517819 aatcgtaccacgaagaccatccaaagcattttcaaaatccgagtccatgccacataacccactgtctctcaaaatatgatcttgtagcaccccaagatcg 37517918  T
Q  317 cgccctagaagccacaaaag 336  Q
     |||||||||||||||||||    
T  37517919 tgccctagaagccacaaaag 37517938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Original strand, 24125557 - 24125843
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | || | | ||| || ||| || |||||||| |||||||||||||    
T  24125557 ccatcaatcgggatagctagaagaaaatcctgagcatgtgatgcttgcaaacattctaatattgcctcctatctcgttgtcatgtcaaacttaacttcca 24125656  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||| |||||||||  |||| ||||||||||     
T  24125657 tatcttgaacacttttactaaaaagagcactcaccaaaacatgttatgctttaggaggggcgatgtctttgctagtaaaactactaacatcaaaatctga 24125756  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtag 304  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24125757 aatcgtaccacgaagaccatccaaagcattttcaaaattcgagtccataccatatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtag 24125843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 25021379 - 25021084
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttcca 117  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |  |||| ||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  25021379 ccatcaatatggataactagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacaccctaaatccgccttatgtctagtggtcatatcaaacttaacttcca 25021280  T
Q  118 tatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctgg 217  Q
    |||||| ||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| || |||||| ||| |||||||||||||| |    
T  25021279 tatcttgaacacctttaataaaaagggcactcgccaaaacatgttgtgctttaggaaggacaatgtcctcgccagtaaagctgctaacgtcaaaatctag 25021180  T
Q  218 aatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccaca--tatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaa 311  Q
    ||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||    
T  25021179 aatcgtaccacgaagatcatccaaagcattatcaaaattcgactccataccacacgtatcccactgtctctcaaaatgtgatattgtagcacccaa 25021084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 120 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 10950674 - 10950457
Alignment:
Q  120 tcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaa 219  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||    
T  10950674 tcttgaacacttttactataaagagcactcgtcaaaacatgttgtgctttagaaggaatggtgtccttgcaagtaaaattgctaacgtcaaaatttgaaa 10950575  T
Q  220 tcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgc 319  Q
    | | | |  ||||||||| ||||  ||||| || ||| ||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||    
T  10950574 ttgtatcacgaagaccattcaaaaaattataaacattcgagtctataccacttatcccactgtctctcaaaatatgatcttgtagcacccaaggttgtgc 10950475  T
Q  320 cctagaagccacaaaagc 337  Q
    ||  ||||||||||||||    
T  10950474 cccggaagccacaaaagc 10950457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 120 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 10958679 - 10958462
Alignment:
Q  120 tcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatctggaa 219  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||    
T  10958679 tcttgaacacttttactataaagagcactcgtcaaaacatgttgtgctttagaaggaatggtgtccttgcaagtaaaattgctaacgtcaaaatttgaaa 10958580  T
Q  220 tcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatcttgtagtacccaagactgcgc 319  Q
    | | | |  ||||||||| ||||  ||||| || ||| ||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||    
T  10958579 ttgtatcacgaagaccattcaaaaaattataaacattcgagtctataccacttatcccactgtctctcaaaatatgatcttgtagcacccaaggttgtgc 10958480  T
Q  320 cctagaagccacaaaagc 337  Q
    ||  ||||||||||||||    
T  10958479 cccggaagccacaaaagc 10958462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 34 - 212
Target Start/End: Original strand, 500773 - 500951
Alignment:
Q  34 ctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaatttt 133  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||| |  ||||| | | ||| | ||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  500773 ctagaagaaaatcatgagcatatgctgcttgcaaatatcctaaaattgtcttctttttcgtgtttatgttaaacttaacttccatatcttgaacactttt 500872  T
Q  134 actaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaa 212  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || || | | ||||| || |||||||||||    
T  500873 actaaaaaaagcactcgccaaaacatgttgtgctttaaaagggacggtatctttactaataaaattgctaacgtcaaaa 500951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 191 - 354
Target Start/End: Original strand, 4700343 - 4700506
Alignment:
Q  191 agtaaaactgttaacgtcaaaatctggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaa 290  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||  |||  |||||||| ||||||| | |||||||||    
T  4700343 agtaaaactgctacagtcaaaatctagaatcgtaccacgaagaccatccaaagcattgtcaaaatcagagttcataccacttatcccactatctctcaaa 4700442  T
Q  291 atatgatcttgtagtacccaagactgcgccctagaagccacaaaagcatacgaggaagcctcta 354  Q
     |||||||||| ||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4700443 gtatgatcttgaagcgcccaagattggaccctggaagccacaaaagtgtacgaggaagcctcta 4700506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 38 - 214
Target Start/End: Original strand, 139853 - 140027
Alignment:
Q  38 aagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttacta 137  Q
    |||||||| ||||||||||  || | ||||||| |||||| || | |||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||| | |||| || |||||    
T  139853 aagaaaattttgagcatgttttgttcgcaaacaaccaaaa-ctactttctatctcgtggtcatgtcaaacttcacttccacatccttaacatttctacta 139951  T
Q  138 aaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaatc 214  Q
    |||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||  |||| |||| |||||||||| ||| |||||||||    
T  139952 aaaaggacactcaccaaaacatgttgtgc-ttaggaggaacaatgtcattgctagtaaaactgataaagtcaaaatc 140027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 51 - 197
Target Start/End: Original strand, 40840116 - 40840262
Alignment:
Q  51 gcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaaaagagcactcg 150  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |   || |||||||||| ||| |  || || | ||||||||| | |||| ||||||||||||   ||||||    
T  40840116 gcatgtgctgcttgcaaacacccaaaaattgttttgtgtcttgtgggcatattaaattttagttccatatcctgaacacttttactaaaaatgacactcg 40840215  T
Q  151 ccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaa 197  Q
     |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  40840216 tcaaaacatgttcggctttaagagggacggtgtccttgctagtaaaa 40840262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 64
Target Start/End: Original strand, 39435197 - 39435243
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttg 64  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39435197 ccatcaattgggatagctagaagaaaatcttgagcatgtggtgcttg 39435243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 42921696 - 42921622
Alignment:
Q  29 gatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtc 103  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |  |||| | |||||| ||| |||||||||||    
T  42921696 gatagctagaagaaaatcctaagcatgtgttgcttgcaaacaccttaaaattaccttctatctagtggtcatgtc 42921622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 136
Target Start/End: Original strand, 43134874 - 43134984
Alignment:
Q  27 gggatacctagaagaaaatcttgagcatgtgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctg-tcttgtggtcatgtctaacttaacttccatatcttca 125  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||| || | |||| | |||||| ||||||  |||||  ||||||||||||||| |||  ||||||||||| || |    
T  43134874 gggatagctagaagaaaatcttaaacatatgatacttggagacatcctaaaactatcttctactcttgtggtcatgtcaaacacaacttccatattttaa 43134973  T
Q  126 acaattttact 136  Q
    ||| |||||||    
T  43134974 acacttttact 43134984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 94 - 139
Target Start/End: Original strand, 10190150 - 10190195
Alignment:
Q  94 tggtcatgtctaacttaacttccatatcttcaacaattttactaaa 139  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  10190150 tggtcatgtcaaacttaacttctatatcttaaacaattttcctaaa 10190195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 298
Target Start/End: Original strand, 20251 - 20535
Alignment:
Q  18 ccatcaattgggatacctagaagaaaatcttgagcatg----tgctgcttgcaaacatccaaaaacttccttctgtcttgtggtcatgtctaacttaact 113  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||    || ||| ||||||||  | ||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  20251 ccatcaattgggatagctacaagaaaatcctgagcatgcatgtgttgcatgcaaacactctaaaactgtcttctgtctagtggtcatgtcaaacttaact 20350  T
Q  114 tccatatcttcaacaattttactaaaaagagcactcgccaaaacatgttgtgctttaggagggacggtgtccttgcaagtaaaactgttaacgtcaaaat 213  Q
    | |||||||| |||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||    
T  20351 ttcatatcttgaacacttttattaaaaagggcattcgccaaaacatgttgtgctttaggagagacggagtctttgcaagtaaaattgttaatgtcaaaat 20450  T
Q  214 ctggaatcgcaccgtgaagaccatccaaagcattatcaaaatttgagaccataccacatatcccattgtctctcaaaatatgatc 298  Q
    ||| ||| ||||   |||||||||  ||| |||||||||||| |||| |||||| || ||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  20451 ctgaaattgcactacgaagaccataaaaaacattatcaaaatctgagtccatactacttattccactgtctcttaaaatatgatc 20535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University