View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7573_low_2 (Length: 642)

Name: NF7573_low_2
Description: NF7573
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7573_low_2
NF7573_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-632)||(388018-388649)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 388649 - 388018
Alignment:
Q  1 atcaccatcaaaatcatattcataacacgacgaattttgtttattttcctggaaaaccgcgatggtcacgcgacatgccaatgacactaacctatggctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  388649 atcaccatcaaaatcatattcataacaagacgaattttgtttattttcctggaaaaccgcgatggtcacgcgacatgccaatgacactaacctatggctt 388550  T
Q  101 ctcaagtgactacatgattcataacttgagcatacaagagataagagaagcattcaaacgagctttctctagatggagttcagttattccagttggtttc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  388549 ctcaagtgactacatgattcataacttgagcatacaagagataagagaagcattcaaacgagctttctctagatggagttcagttattccagttagtttc 388450  T
Q  201 gtcgaatcaaaggactatggtttcgctgatataaaaataggattttatagtggtgaccatggtgatggtgagccatttgatggagttcttggtgtgttag 300  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  388449 gtcgaatcagaggactatggtttcgctgatataaaaataggattttatagtggtgaccatggtgatggtgagccatttgatggagttcttggtgtgttag 388350  T
Q  301 ctcattcgttctcaccggagatcggaagacttcacctcgatgcagccgagacttgggcagttgatttcggtgtaacgaaatcggaggtggcaattgattt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  388349 ctcattcgttctcaccggagatcggaagacttcacctcgatgcagccgagacttgggcagttgatttcggtgtaacgaaatcggaggtggcaattgattt 388250  T
Q  401 agagtcagttgcaacacatgagattggacatttgttgggtttgtcacatagttctttgaaagaggcagtaatgtatccaagtttaaggccaagagataaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  388249 agagtcagttgcaacacatgagattggacatttgttgggtttgtcacatagttctttgaaagaggcagtaatgtatccaagtttaaggccaagagataaa 388150  T
Q  501 agagctgatttgaatattgatgatattaaaggtgtacaatctctttatggttctaatcctaattttagatctcagtggtcatcattggaatctgatatct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  388149 agagctgatttgaatattgatgatattaaaggtgtacaatctctttatggttctaatcctaattttagatctcagtggtcatcattggaatctgatatct 388050  T
Q  601 ccacaaatcatggtgcaaaatttggagttgac 632  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  388049 ccacaaatcatggtgcaaaatttggagttgac 388018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University