View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7574_low_4 (Length: 346)

Name: NF7574_low_4
Description: NF7574
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7574_low_4
NF7574_low_4
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (119-328)||(21088462-21088670)
chr3 (13-289)||(23465328-23465604)
chr3 (13-291)||(23406672-23406950)
chr3 (13-291)||(23474335-23474613)
chr3 (60-289)||(23353825-23354054)
chr3 (13-289)||(23449195-23449471)
chr3 (13-291)||(23441803-23442081)
chr3 (13-290)||(23455958-23456235)
chr3 (13-289)||(23480685-23480961)
chr3 (13-275)||(23435407-23435669)
chr3 (13-289)||(23500958-23501234)
chr3 (13-291)||(23388312-23388590)
chr3 (61-291)||(21087310-21087540)
chr3 (60-291)||(36025390-36025618)
chr3 (103-289)||(36004631-36004817)
chr3 (112-266)||(36017317-36017471)
chr3 (13-62)||(21086891-21086940)
chr3 (108-266)||(36034223-36034385)
chr3 (130-291)||(36009677-36009838)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (60-291)||(13500-13731)
[»] scaffold0570 (2 HSPs)
scaffold0570 (13-291)||(9562-9840)
scaffold0570 (191-283)||(3305-3397)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (108-266)||(16334662-16334820)
chr2 (108-266)||(16124831-16124989)
chr2 (108-266)||(16126984-16127142)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (98-266)||(12894610-12894778)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (123-248)||(167562-167687)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (209-251)||(11125522-11125564)
chr8 (201-238)||(6097893-6097930)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 21088670 - 21088462
Alignment:
Q  119 caacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctatgcttcc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21088670 caacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcacgtgtatctattgttatcttttcagaaaactatgcttcc 21088571  T
Q  219 tcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacctgnnnnnnnacaaaatagatccattacat 318  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  21088570 tcaaaatggtgcttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacctg-ttttttacaaaatagatccattacat 21088472  T
Q  319 atgaagaagc 328  Q
    ||||||||||    
T  21088471 atgaagaagc 21088462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 13 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 23465604 - 23465328
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    ||||||| |||||||| |||||||    ||| ||||||| ||| |  ||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||  | ||||  |||||||||    
T  23465604 aatatgaggtttttcttagctttcgaggtgaggatactcgcagaaacttcactagccatctttacgacgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttat 23465505  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23465504 agacaacaatgagcttcaaaaaggagatgagatctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactat 23465405  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacc 289  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  23465404 gcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaaaaagattcttgaatgcaagaaatatatggaacagattgtgatacc 23465328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 23406950 - 23406672
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    ||||||| |||||||| |||||||    ||| ||||||| ||| |  ||||| |||||||||||||  |||||||| ||||  | | ||  || ||||||    
T  23406950 aatatgaagtttttcttagctttcgaggtgaggatactcgcagaaacttcactagccatctttatgacgctctgagccgaaagaaaattaaaatctttat 23406851  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23406850 agacaacaatgagcttcaaaaaggagatgagatctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactat 23406751  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacctg 291  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23406750 gcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaaaaagattcttgaatgcaagaaatatatggaacagattgtgatacctg 23406672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 23474613 - 23474335
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||    ||| ||||| | ||| |  |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||  |||||||||    
T  23474613 aatatgacgtttttcttagctttcgaggtgaggatacccgcagaaacttcacatgccatctttatgatgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttat 23474514  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  |||| |||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||||  ||| ||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23474513 agacaacaatgagcttcaaaaaggagataagatatcgccagcactcatcagagccattgaggagtcacatgtgtctattgtcatcttctcagaaaactat 23474414  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacctg 291  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  23474413 gcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaaaaagattcttgaatgcaagaaatatatggtacagattgtgatacctg 23474335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 60 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 23354054 - 23353825
Alignment:
Q  60 ttcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattca 159  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| || ||||  | ||||  ||||||||||||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||    
T  23354054 ttcacgagccatctttatgatgctctaagccgaaagacagttgaaacctttatagacaacaatgagcttcaaaaaggagatgagatctcggcagcactca 23353955  T
Q  160 tcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatg 259  Q
    || |||| ||||||||||||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  23353954 tcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaaaaagattcttgaatg 23353855  T
Q  260 caagaaatttatggaacagattgtgatacc 289  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  23353854 caagaaatatatgtaacagattgtgatacc 23353825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 13 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 23449471 - 23449195
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||    ||| ||||||| ||| |  ||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||  | ||||  ||| |||||    
T  23449471 aatatgacgtttttcttagctttcgaggtgaggatactcgcagaaacttcactagccatctttatgatgctttgagccgaaagaaagttgaaacatttat 23449372  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  |||| ||||||  ||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23449371 agacaacaatgagcttcgaaaaggagatgagatctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactat 23449272  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacc 289  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  23449271 gcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaaaaagattcttgaatgcaagaaatatatgcaacagattgtgatacc 23449195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 23442081 - 23441803
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||    ||| ||||| | ||| |  |||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||  | ||||  |||||||||    
T  23442081 aatatgacgtttttcttagctttcgaggtgaggatacccgcagaaacttcacatgccatctttatgatgctcggagccgaaagaaagttgaaacctttat 23441982  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  |||| |||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||||  ||| ||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23441981 agacaacaatgagcttcaaaaaggagataagatatcgccagcactcatcagagccattgaggagtcacatgtgtctattgtcatcttctcagaaaactat 23441882  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacctg 291  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  23441881 gcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaaaaagattcttgaatgcaagaaatatatggtacagattgtgatacctg 23441803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 23456235 - 23455958
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||    ||| ||||||| ||| |  ||||||||||||||||||| |||| |||||||||  | ||||  |||||| ||    
T  23456235 aatatgacgtttttcttagctttcgaggtgaggatactcgcagaaacttcacaagccatctttatgatgctttgagtcgaaagaaagttgaaaccttcat 23456136  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  |||| || ||| |||||||||| |||||||| ||| || ||||| || | ||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||||| |||     
T  23456135 agacaacaatgaccttcaaaaaggagatgagatctcaccaacactcatcaaaaccattgaggagtcacatgtgtctattgtcatcttctcagaaaactac 23456036  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacct 290  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||    
T  23456035 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgatctcaaaaagattctagaatgcaagcaatatatggaacagatcgtgatacct 23455958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 23480961 - 23480685
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||    ||| ||||||| ||| |  ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||  |||||||||    
T  23480961 aatatgacgtttttcttagctttcgaggtgaggatactcgcagaaacttcaccagccatctttatgatgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttat 23480862  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  ||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23480861 agacaacaataagcttcaaaaaggagatgagatctcgccagcactcatcaaagccattgagaagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactat 23480762  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacc 289  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| || |||||| |||||||||||    
T  23480761 gcttcttcaaaatggtgcttgaatgagctcaagaagattcttgaatgcaagaaatataaggaacacattgtgatacc 23480685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 23435669 - 23435407
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||    ||| ||||| | ||| |  |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||  |||||||||    
T  23435669 aatatgacgtttttcttagctttcgaggtgaggatacccgcagaaacttcacatgccatctttatgatgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttat 23435570  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23435569 agacaacaatgagcttcaaaaaggagatgagatctcgccagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactat 23435470  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaa 275  Q
    ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  23435469 gcttcttcaaaatggtgcttaaatgagctcaaaaagattctagaatgcaagcaatatatggaa 23435407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 23501234 - 23500958
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    |||||||| ||||||| |||||||    ||| ||||||| ||| |  ||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||  | ||||  |||||||||    
T  23501234 aatatgacatttttcttagctttcgaggtgaggatactcgcagaaacttcactagccatctttacgacgctctgagccgaaagaaagttgaaacctttat 23501135  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23501134 agacaacaatgagcttcaaaaaggagatgagatctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactat 23501035  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacc 289  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  23501034 gcttcgtcaaaatggtgcttgaatgagctcaaaaagattcttgaatgtaagaaatatatggagcagattgtgatacc 23500958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 13 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 23388590 - 23388312
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||    ||| ||||||| ||| |  ||||| ||||||||||||| | ||||||| ||||  | ||||  |||||||||    
T  23388590 aatatgacgtttttcttagctttcgaggtgatgatactcgcagaaacttcacgagccatctttatgatactctgagccgaaaaaaagttgaaacctttat 23388491  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
    |||  |||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||   || || ||| | ||||| |||||||  |||    
T  23388490 agacaacaatgagcttgaaaaaggagatgagatctcaccagcactcatcaaagccattgaggagtcacacgtgtcaattatcatcttctcagaaaattat 23388391  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacctg 291  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  23388390 gcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaagaagattcttcaatgcaagaaatatatgcaacagattgtgatacctg 23388312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 61 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 21087540 - 21087310
Alignment:
Q  61 tcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcat 160  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| | ||  |  |||  ||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||  ||||| | |||| | ||||    
T  21087540 tcacaagccatctttatgatgctctgagccaaaataatgttcaaacctttatagacaacaataagcttaaaaaaggagataagatcacaccagaactcat 21087441  T
Q  161 cgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgc 260  Q
    | |||| ||||| ||||||  || ||| ||||  ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21087440 caaagccattgaagagtcacatgcatcgattgacatcttctcagaaaactacgcttcctcaaaatggtgcttgaatgagctcaaaaagattctagaatgc 21087341  T
Q  261 aagaaatttatggaacagattgtgatacctg 291  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  21087340 aagaaatataaggaacaaattgtgatacctg 21087310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 60 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 36025618 - 36025390
Alignment:
Q  60 ttcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattca 159  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||   ||| | |||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |    
T  36025618 ttcacaagccatctttatgaagctctgagc--aagaa-agttataacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgagatctcgtcagcactga 36025522  T
Q  160 tcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatg 259  Q
    || ||||||||||| |||| | || |||||| || ||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||   ||||||| ||||||    
T  36025521 tcaaagctattgagaagtcgtctgcatctatcgtcatcttctcaaaagactatgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcgtcaagattctagaatg 36025422  T
Q  260 caagaaatttatggaacagattgtgatacctg 291  Q
    |||||||  ||  | |||||||||||||||||    
T  36025421 caagaaagataatggacagattgtgatacctg 36025390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 103 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 36004817 - 36004631
Alignment:
Q  103 taacctttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttc 202  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||| || || | || |||||| || ||||| ||    
T  36004817 taacatttatagatgacaatgagcttgaaaaaggagacgagatctcgtcagcactgatcaaagctattgaagattcgtctgcatctatcgtcatcttctc 36004718  T
Q  203 agaaatctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacc 289  Q
    | ||  ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||   ||||||| |||||| ||||||  |  || |||||||||||||||    
T  36004717 aaaagactacgcttcctcaaaatggtgcttgaatgaactcgtcaagattctagaatgtaagaaagatcagggacagattgtgatacc 36004631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 112 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 36017471 - 36017317
Alignment:
Q  112 tagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatcta 211  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||||||  || |||||| || || || ||  ||  |||    
T  36017471 tagatgacagcgagcttgaaaaaggagacgagatctcatcagcactgatcaaagccattgaggagtcagatgcatctatagtcatattctcgaaagacta 36017372  T
Q  212 tgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaa 266  Q
    |||||| || ||||| || |||||||| |||   ||||||| |||||||||||||    
T  36017371 tgcttcttctaaatgatgcttgaatgaactcgtcaagattctagaatgcaagaaa 36017317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 13 - 62
Target Start/End: Original strand, 21086891 - 21086940
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattc 62  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  21086891 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaggatactcgcagtacattc 21086940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 108 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 36034385 - 36034223
Alignment:
Q  108 tttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatc----tattgttatcttttca 203  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||||||  || |||    |||  | || || |||    
T  36034385 tttatagacgacagcgagcttgaaaaaggagacgagatctcatcagcactgatcaaagccattgaggagtcagatgcatctctatatattcatattctca 36034286  T
Q  204 gaaatctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaa 266  Q
     ||  ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||    
T  36034285 aaagactatgcttcttcaaaatggtatttgaatgaactcgtcaagattctagaatgcaagaaa 36034223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 36009838 - 36009677
Alignment:
Q  130 aaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctatgcttcctcaaaatggtg 229  Q
    |||||||||| ||||| ||  || || | ||| |||| |||||||||||||    |||||| || ||||||||| ||   |||||||| |||||||||||    
T  36009838 aaaaaggagatgagatatcatcatcactaatcaaagccattgaggagtcatacacatctatagtcatcttttcaaaagattatgcttcttcaaaatggtg 36009739  T
Q  230 tttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacctg 291  Q
     |||||||| |||   || |||| ||||||||| |||  | ||| ||| |||||||||||||    
T  36009738 cttgaatgaactcgtcaaaattctagaatgcaaaaaagatttgggacaaattgtgatacctg 36009677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 108; Significance: 3e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 60 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 13731 - 13500
Alignment:
Q  60 ttcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattca 159  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||  ||||  | | ||  ||||||||| ||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||    
T  13731 ttcagaagccatctttatgatgctctgatccgaaagaaaattgaaacctttatggacaacaatgagcttcaaaaaggagatgagatctcggcagcactca 13632  T
Q  160 tcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatg 259  Q
    || |||| ||||||||||||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||    
T  13631 tcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgcttaaatgagctcaaaaagattcttgaatg 13532  T
Q  260 caagaaatttatggaacagattgtgatacctg 291  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13531 caagaaatatatggaacagattgtgatacctg 13500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0570 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 2)
Name: scaffold0570
Description:

Target: scaffold0570; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 291
Target Start/End: Original strand, 9562 - 9840
Alignment:
Q  13 aatatgacgtttttctcagctttcataatgaagatactctcagtacattcacaagccatctttatgctgctctgagtcgaagcatagttttaacctttat 112  Q
    |||||||| ||||||| |||||||    ||| ||||||| ||| |  || |||||||||||||||| ||||||||| ||||  | | ||  |||||||||    
T  9562 aatatgacatttttcttagctttcgaggtgaggatactcgcagaaacttaacaagccatctttatgatgctctgagccgaaagaaaattgaaacctttat 9661  T
Q  113 agatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctat 212  Q
     ||  |||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||||  || ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  9662 ggacaacaatgagcttcaaaaaggagatgagatctcggcagcactcatcaaagccattgaggagtcacatgcatctattgtaatcttctcagaaaactat 9761  T
Q  213 gcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgtgatacctg 291  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  9762 gcttcctcaaaatggtgcttaaatgagctcaaaaagattcttgaatgcaagcaatatatggaacagatggtgatacctg 9840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0570; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 191 - 283
Target Start/End: Original strand, 3305 - 3397
Alignment:
Q  191 tgttatcttttcagaaatctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaatttatggaacagattgt 283  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  3305 tgttatcttctcataaaactatgcttcctcaaaatgatgcttgaatgagctcaaaaagattatagaatgctagaaatatatggaacagattgt 3397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 108 - 266
Target Start/End: Original strand, 16334662 - 16334820
Alignment:
Q  108 tttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaa 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| | ||| |||| ||||| |||||||||| |||||| || ||||| |||||||    
T  16334662 tttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagatgagatctcatcagcactgatcaaagccattgaagagtcatgtgcatctatagtcatcttatcagaaa 16334761  T
Q  208 tctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaa 266  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||    
T  16334762 actatgcttcttcaaaatggtgtttgaatgaactcgtcaagattctagaatgcaagaaa 16334820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 16124989 - 16124831
Alignment:
Q  108 tttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaa 207  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||| | ||| |||| ||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||     
T  16124989 tttatagacgacagcgagcttaaaaaaggagatgagatctcatcagcactgatcaaagccattgaagagtcatgtgcatctatagtcatcttttcagaag 16124890  T
Q  208 tctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaa 266  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||    
T  16124889 actatgcttcttcaaaatggtgtttgaatgaactcgtcaagattctagaatgcaagaaa 16124831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 16127142 - 16126984
Alignment:
Q  108 tttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaa 207  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||  ||||| | ||| |||| ||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||     
T  16127142 tttatagacgacagcgagcttaaaaaaggagatgagatctcatcagcactgatcaaagccattgaagagtcatgtgcatctatagtcatcttttcagaag 16127043  T
Q  208 tctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaa 266  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||    
T  16127042 actatgcttcttcaaaatggtgtttgaatgaactcgtcaagattctagaatgcaagaaa 16126984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 98 - 266
Target Start/End: Original strand, 12894610 - 12894778
Alignment:
Q  98 agttttaacctttatagatgacaacgagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatc 197  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| ||| |||| ||||||||||||| || ||||||||| |||    
T  12894610 agttataacctttatagatgacaatgagcttcaaaaaggagatgagatatcctcagcattgatcaaagccattgaggagtcatatgcatctattgtcatc 12894709  T
Q  198 ttttcagaaatctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagattcaagaatgcaagaaa 266  Q
    || |||  |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||||    
T  12894710 ttctcaatagactatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgaactcgtcaagattctagaatgcaagaaa 12894778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 123 - 248
Target Start/End: Original strand, 167562 - 167687
Alignment:
Q  123 gagcttaaaaaaggagacgagatctcgccagcattcatcgaagctattgaggagtcatgtgtatctattgttatcttttcagaaatctatgcttcctcaa 222  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| || ||||| |||| |||||||||| |  || ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||     
T  167562 gagcttcaaaaaggagatgagatctcgccaacactcatcaaagccattgaggagtaacatgcatctattgtcatcttctcagaaaactatgcttcctcat 167661  T
Q  223 aatggtgtttgaatgagctcaaaaag 248  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  167662 aatggtgcttgaatgagatcaaaaag 167687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 209 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 11125564 - 11125522
Alignment:
Q  209 ctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatgagctcaaaaagatt 251  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||    
T  11125564 ctatgcttcctcaacatggtgtttggatgagctaaaaaagatt 11125522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 201 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 6097930 - 6097893
Alignment:
Q  201 tcagaaatctatgcttcctcaaaatggtgtttgaatga 238  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6097930 tcagaaaactatgcttcctcaaaatggtgtttggatga 6097893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University