View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7577_2D_low_5 (Length: 969)

Name: NF7577_2D_low_5
Description: NF7577_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7577_2D_low_5
NF7577_2D_low_5
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (484-947)||(11901800-11902263)
chr5 (1-458)||(11901319-11901777)
chr5 (487-929)||(11860312-11860751)
chr5 (484-938)||(11828168-11828619)
chr5 (487-929)||(12039077-12039516)
chr5 (4-428)||(12039554-12039979)
chr5 (493-944)||(11731942-11732393)
chr5 (212-423)||(11828659-11828870)
chr5 (212-419)||(11860795-11861002)
chr5 (5-156)||(11861038-11861189)
chr5 (15-156)||(11828906-11829047)
chr5 (212-428)||(11732458-11732674)
chr5 (14-152)||(11732735-11732876)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 484 - 947
Target Start/End: Original strand, 11901800 - 11902263
Alignment:
Q  484 tcatcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgtt 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901800 tcatcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgtt 11901899  T
Q  584 ctagatgcgatatttctaactggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctccagtgattacttgtttcttgctggccacaaagagtgg 683  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11901900 ctagatgcgatatttccaaccggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctccagtgattacttgtttcttgctggccacaaagagtga 11901999  T
Q  684 caatgtttgtaaagaagtgagcttatttataccacttggcatgtgagttagatccaggcatccctcaatgtcaagatggttgaggcaactcaggccatcc 783  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902000 caatgtttgtaaagaagtgagcttatttataccacttggcatgtgagttagatccaggcatccctcaatgtcaagatggttgaggcaactcaggccatcc 11902099  T
Q  784 aagtcttttggcaattccttgaggatgtgacattgtgataatttcaatgtttgcaagtggataagctttgtgatggaactaggtagcttttctatgttgt 883  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902100 aagtcttttggcaattccttgaggatgtgacattgtgataatttcaatgtttgcaagtggataagcttagtgatggaactaggtagcttttctatgttgt 11902199  T
Q  884 tatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacctcctcaatagatgttggaaccatcttaat 947  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11902200 tatgagaaagatctagatacctcaagtacttcacctcctcaatagatgttggaaccatcttaat 11902263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Original strand, 11901319 - 11901777
Alignment:
Q  1 accaggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattaccccaaatctcattt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901319 accaggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattaccccaaatctcattt 11901418  T
Q  101 ttccaccaacttttcagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatggnnnnnnnn-tattgctgtagtagaggaaggggtattaccaactt 199  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||         |||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  11901419 tcccaccaacttttcagattaggacaatccgaaattgtaagttccttcaaggatggaaaaaacaatattggggtagtagaggaaggggaattaccaactt 11901518  T
Q  200 gannnnnnncttcaatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcatttggg 299  Q
    ||       || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901519 gattgttttctgcaatgaatttcagagagtccagtctccgaatttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcatttggg 11901618  T
Q  300 acagtcgttcaaggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaattc 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901619 acagtcgttcaaggtaaacttaacaagacactggatggaatggagccagttagacaaggtgtgacgattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaattc 11901718  T
Q  400 ggatgtggctcaagacaatcaagcaactttttgtctatatctttgacttggcttacctt 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  11901719 ggatgtggctcaagacaatcaagcaactttcggtctatatctttgacatggcttacctt 11901777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 487 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 11860751 - 11860312
Alignment:
Q  487 tcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgttcta 586  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |    
T  11860751 tcatgatcccatcttagagtcaagaactcgaggtgttgcttatttttcaaaaaatcatctttagcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttcaa 11860652  T
Q  587 gatgcgatatttctaactggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctccagtgattacttgtttcttgctggccacaaagagtggcaa 686  Q
    |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||   |||||||||||||||| || || |||| |||    
T  11860651 gatgagaaatttccaagtggcctctcagattgttaagatctgtgagtgatcttagtcctcccgtga---cttgtttcttgctggctacgaaaagtgacaa 11860555  T
Q  687 tgtttgtaaagaagtgagcttatttataccacttggcatgtgagttagatccaggcatccctcaatgtcaagatggttgaggcaactcaggccatccaag 786  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||   | |||| |    
T  11860554 tgtttgcaaagaagtaagcttatttatcccacttggcatttgagttagatccaagcatccctctaagtcaagatgattgaggcaactcaaatcgtccatg 11860455  T
Q  787 tcttttggcaattccttgaggatgtgacattgtgataatttcaatgtttgcaagtggataagctttgtgatggaactaggtagcttttctatgttgttat 886  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  11860454 tcttttggcaattccttgaggacatgacattgagacagtttcaatgtttgcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctctatgttgttat 11860355  T
Q  887 gggaaagatctagatacctcaagtacttcacctcctcaataga 929  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11860354 gggaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaataga 11860312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 484 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 11828619 - 11828168
Alignment:
Q  484 tcatcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgtt 583  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||| |||||    
T  11828619 tcatcgtgatcccatcttagagtcaagaactcaaggtgttgtttatttttcaaaaaatcatctttagcagcttcttttgatggagagaacttgatttgtt 11828520  T
Q  584 ctagatgcgatatttctaactggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctccagtgattacttgtttcttgctggccacaaagagtgg 683  Q
    | ||||||   ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||   |||||||||||||||| || || ||||     
T  11828519 ccagatgcataatttccaagtggcccctcagattgttaagatctgtgagtgatcttagtcctcccgtga---cttgtttcttgctggctacgaaaagtga 11828423  T
Q  684 caatgtttgtaaagaagtgagcttatttataccacttggcatgtgagttagatccaggcatccctcaatgtcaagatggttgaggcaactcaggccatcc 783  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| || | |||||||||||| ||||||||||   |||||    
T  11828422 caatgtttgcaaagaagtgagcttacttattccacttggcatttgagttagatccaagcatccatctaagtcaagatggttaaggcaactcaaatcatcc 11828323  T
Q  784 aagtcttttggcaattccttgaggatgtgacattgtgataatttcaatgtttgcaagtggataagctttgtgatggaactaggtagcttttctatgttgt 883  Q
    | ||||||||||||||| |||||||  |||||| | || | |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| || |||||||    
T  11828322 atgtcttttggcaattctttgaggacatgacatcgagacagtttcaacgtttgcaagtggataagatttgttatgcaactaggaagcttctccatgttgt 11828223  T
Q  884 tatgggaaagatctagatacctcaagtacttcacctcctcaatagatgttggaac 938  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  11828222 tatgtgaaagatctagatacctcaagtacttcacatcctcaatagagcttggaac 11828168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 487 - 929
Target Start/End: Complemental strand, 12039516 - 12039077
Alignment:
Q  487 tcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgttcta 586  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||| ||||||| ||||||||||| ||||  |||||| ||| | |||||| |||||||||| |    
T  12039516 tcatgatcccatcttagagtcaagaacccaaggtattttttgtttttcaaaaattcatctttagcaatttccttggattgcgagaacttgacttgttcca 12039417  T
Q  587 gatgcgatatttctaactggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctccagtgattacttgtttcttgctggccacaaagagtggcaa 686  Q
    ||||||| ||||| |  || |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |   | | ||||||||| || |||||||||| |||    
T  12039416 gatgcgaaatttccatgtgacctctcagtttgttgagatcggtgagttctcttagtcctcctgtaa---cgtatttcttgctagctacaaagagtgacaa 12039320  T
Q  687 tgtttgtaaagaagtgagcttatttataccacttggcatgtgagttagatccaggcatccctcaatgtcaagatggttgaggcaactcaggccatccaag 786  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||   |||||| |    
T  12039319 tgtttgtaaagaagtgagcttatttatcccacttggcatttgagttagatccaagcatccctctaagtcaagatggttgaggcaactcaaatcatccatg 12039220  T
Q  787 tcttttggcaattccttgaggatgtgacattgtgataatttcaatgtttgcaagtggataagctttgtgatggaactaggtagcttttctatgttgttat 886  Q
    |||||||||||||||||||| |  |||||||| || | |||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  12039219 tcttttggcaattccttgagaaaatgacattgagaaagtttcaacgtttgcaagtggataagagttgtgatgcaactaggaagcttctctatgttgttat 12039120  T
Q  887 gggaaagatctagatacctcaagtacttcacctcctcaataga 929  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12039119 gagaaagatctagatacctcaagtacttcacctcttcaataga 12039077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 4 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 12039979 - 12039554
Alignment:
Q  4 aggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattaccccaaatctcatttttc 103  Q
    ||||||||| |||||||||||||| || || ||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||| |    
T  12039979 aggatatagtggcatgcaagctaacttggggcaatattggacatttagtttggaaatgcaactgaaagatggtctatcattatcccatatctcagtttcc 12039880  T
Q  104 caccaacttttcagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatggnnnnnnnn-tattgctgtagtagaggaaggggtattaccaacttgan 202  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||     
T  12039879 caccaactgtttagatttggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatggaaaaaataatattggtgtagtaaaggaagggaaattaccaacttgat 12039780  T
Q  203 nnnnnncttcaatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcatttgggaca 302  Q
           | ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| || ||    
T  12039779 tgttttttgcaatgaatttcagtgagtccaaccttcgaagttggagaaccttgagatgtggaagctcatccattggcgggagaaattcgcattttgggca 12039680  T
Q  303 gtcgttcaaggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaattcgga 402  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| || |  |||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |    
T  12039679 gtcattcaaggtaaacttaacaagacaatgaagtgaaccgaaccagtcagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaataacactctcagattcgaa 12039580  T
Q  403 tgtggctcaagacaatcaagcaactt 428  Q
     ||||| ||| ||| |||||| ||||    
T  12039579 ggtggcacaatacagtcaagcgactt 12039554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 493 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 11732393 - 11731942
Alignment:
Q  493 tcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgttctagatgcg 592  Q
    ||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||| ||||||| || ||||||     
T  11732393 tcccatcttagagtcaaatgctgaatgtgttgtttatttttcacaaattcatctttagccgcttcgttggatggagagaacttgacttgctccagatgca 11732294  T
Q  593 atatttctaactggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctccagtgattacttgtttcttgctggccacaaagagtggcaatgtttg 692  Q
    | ||||| |  | | |  | || ||||| ||||  |||||||| ||||||||||| |||    | ||||||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  11732293 aaatttccagtttgtccttgaggttgttgagatttgtgagttcccttagtcctccggtgtcagcatgtttcttgctggccacgaaaagtgacaatgtttg 11732194  T
Q  693 taaagaagtgagcttatttataccacttggcatgtgagttagatccaggcatccctcaatgtcaagatggttgaggcaactcaggccatccaagtctttt 792  Q
    ||| |||||||| |||| ||| ||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||| | ||||  | | ||||||||||    
T  11732193 taaggaagtgagtttatctatcccggttggcatgtgagttagatccaagcaaccctcaatgttaagatggctgaggcgagtcagatccttcaagtctttt 11732094  T
Q  793 ggcaattccttgaggatgtgacattgtgataatttcaatgtttgcaagtggataagctttgtgatggaactaggtagcttttctatgttgttatgggaaa 892  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |  || | |||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |    
T  11732093 ggcaattccttgaggacatgacagtaggagagtttcaaggtttgcaaatggataagctttgtgatgcaactaggaagcttctctatgttgttgtgggata 11731994  T
Q  893 gatctagatacctcaagtacttcacctcctcaatagatgttggaaccatctt 944  Q
    |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| || |||||    
T  11731993 gatctagaaacctcaagtatttcatctcctcaatagaggttggtacaatctt 11731942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 212 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 11828870 - 11828659
Alignment:
Q  212 caatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcatttgggacagtcgttcaa 311  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  11828870 caataaatttcaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctcatccattggtgggagaaattcgcatttgggacagtcattcaa 11828771  T
Q  312 ggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaattcggatgtggctca 411  Q
    ||||||||||||||| ||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||  |||||| ||  || ||| ||||||||||      
T  11828770 ggtaaacttaacaaggcattgaagtgaagcgagccagttagacaatgtgtgaccgttgtacccgacaactaatagcacttgcagatttggatgtggctgg 11828671  T
Q  412 agacaatcaagc 423  Q
    ||||||||||||    
T  11828670 agacaatcaagc 11828659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 212 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 11861002 - 11860795
Alignment:
Q  212 caatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcatttgggacagtcgttcaa 311  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  11861002 caatgaatttcaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggtgggagaaatttgcaattgggacagtcgttcaa 11860903  T
Q  312 ggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaattcggatgtggctca 411  Q
    |||||| ||| ||||  |||| |  |||  |||||| ||||||||  |||| |||| |||||| ||||  |||||| || ||| |||| ||||||||||     
T  11860902 ggtaaatttaccaaggaattgaagtgaagcgagccaattagacaacatgtggccatggtacccgacaactaatagctctttcagattctgatgtggctcg 11860803  T
Q  412 agacaatc 419  Q
    ||||||||    
T  11860802 agacaatc 11860795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 11861189 - 11861038
Alignment:
Q  5 ggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattaccccaaatctcatttttcc 104  Q
    |||||||| |||||| ||||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||  || || |||| ||    
T  11861189 ggatatagtggcatggaagctaactgaggacaatattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatcattttcccgtatgtctttttccc 11861090  T
Q  105 accaacttttcagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatgg 156  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11861089 accaactttttagattaggacaatctgagattgcaagttccttcaaggatgg 11861038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 15 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 11829047 - 11828906
Alignment:
Q  15 gcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattaccccaaatctcatttttccaccaactttt 114  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| || ||||||| |||||||| |||    
T  11829047 gcatgcaagctaattgaggacagtattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatcattgtcccatatgtcattttcccaccaaccttt 11828948  T
Q  115 cagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatgg 156  Q
     || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  11828947 tagtttaagacaatctgagattgttagttccttcaaggatgg 11828906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 212 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 11732674 - 11732458
Alignment:
Q  212 caatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcatttgggacagtcgttcaa 311  Q
    |||||||||  ||||| ||||  |||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||| || ||||| | |||||| ||||||||  ||||    
T  11732674 caatgaattcaagagattccaacctccgaagatggagagccttgagatttggaaggtgatcgattggcggtagaaatttgcatttaggacagtcactcaa 11732575  T
Q  312 ggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaattcggatgtggctca 411  Q
    ||||||||||||||| ||||| |  |||| |||||| ||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||  || ||||||| ||| |||| |      
T  11732574 ggtaaacttaacaaggcattgaagcgaatcgagccatttagataaggtgcggccattgtaccctacaatgaatagaactttcaaattgggaggtggttgg 11732475  T
Q  412 agacaatcaagcaactt 428  Q
    ||||| ||||| |||||    
T  11732474 agacattcaagtaactt 11732458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 14 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 11732876 - 11732735
Alignment:
Q  14 ggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattaccccaaatc---tcatttttccaccaac 110  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||| |  ||   | |  ||   ||||||| ||||||||    
T  11732876 ggcacgcatgctaatttaggacaacatcggatatttagttttgaaatgcaagggaaagatggtctgttttttttcaatgtcttatcattttcccaccaac 11732777  T
Q  111 ttttcagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaagg 152  Q
    |||  || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  11732776 tttcgagtttaggacaatccgaaattgtaagctccttcaagg 11732735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University