View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7580_low_3 (Length: 716)

Name: NF7580_low_3
Description: NF7580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7580_low_3
NF7580_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-710)||(26029137-26029833)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 26029833 - 26029137
Alignment:
Q  20 ttggatcattctattgttggttcatcatctatct-tttatatgaaactaatcacttta-----atatactataatcttgtagtaacgtattaattcagat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26029833 ttggatcattctattgttggttcatcatctatctctttatatgaaactaatcactttactttaatatactataatcttgtagtaacgtattaattcagat 26029734  T
Q  114 ttatttattttttaatttatatccagaatcaacaaattaaaactta-tatgaaacagaaagcatatgatatatatacctcttcttgaactccatactgag 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26029733 ttatttattttttaatttatatccagaatcaacaaattaaaacttaatatgaaacagaaagcatatgatatatatacctcttcttgaactccatactgag 26029634  T
Q  213 cagcagtgtcaatgtgtctatatccagcctagagacaaaattcaaaattttcattttacaaaaaactattaatattcatcatgaataatataatgattct 312  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26029633 cagcagtgtcaatatgtctatatccagcctaaagacaaaattcaaaattttcattttacaaaaa-ctattaatattcatcatgaataatataatgattct 26029535  T
Q  313 caaaaactgatctcaatctcaatatgttacataagttacctcagtaatggctgtgaagacagaattgatagcttgtgaaccagatttccatgtgcctaat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26029534 caaaaactgatctcaatctcaatatgttacataagttacctcagtaatggctgtgaagacagaattgatagcttgtgaaccagatttccatgtgcctaat 26029435  T
Q  413 ccaatagcaggaatgctatgtccactcaaaagatcaaatgactttgtctttggttcatgtggcttaactgtttgtgccatttttaataaattcaatgctt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26029434 ccaatagcaggaatgctatgtccactcaacagatcaaatgactttgtctttggttcatgtggcttaactgtttgtgccatttttaataaattcaatgctt 26029335  T
Q  513 tctaagataatgttaatttgtttcttgtgaatcatatgatataattataaccaaagagtctttgtggaataagcggacatgtaggagttcattgagtaac 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26029334 tctaagataatgttaatttgtttcttgtgaatcatatgatataattataaccaaagagtctttgtggaataagcggacatgtaggagttcattgagtaag 26029235  T
Q  613 aaaacatgatacctatttgcatgctagatagtagacacgttcctttctattttagtctacgtgttctctttctaactcctttcttctcttcatctcac 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26029234 aaaacatgatacctatttgcatgctagatagtagacacgttcctttctattttagtctacgtgttctcttcctaactcctttcttctcttcatctcac 26029137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University