View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7585_low_6 (Length: 360)

Name: NF7585_low_6
Description: NF7585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7585_low_6
NF7585_low_6
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (150-342)||(5767987-5768179)
chr7 (150-342)||(25419498-25419690)
chr7 (150-338)||(47233745-47233933)
chr7 (188-342)||(39066831-39066985)
chr7 (150-337)||(44393700-44393881)
chr7 (283-327)||(47932975-47933019)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (150-342)||(13433376-13433568)
chr6 (150-273)||(16712037-16712155)
chr6 (283-327)||(16857246-16857290)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (150-342)||(36991070-36991262)
chr5 (150-338)||(21604992-21605178)
chr5 (206-338)||(37301967-37302099)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (150-342)||(2504924-2505116)
chr4 (150-342)||(46092330-46092522)
chr4 (150-342)||(46134855-46135047)
chr4 (150-338)||(53830428-53830616)
chr4 (150-338)||(34737725-34737910)
chr4 (150-327)||(21802938-21803111)
chr4 (151-337)||(5430742-5430927)
chr4 (150-328)||(2500570-2500745)
chr4 (206-327)||(21632748-21632869)
chr4 (206-337)||(20036315-20036446)
chr4 (283-327)||(43943476-43943520)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (150-342)||(7574014-7574206)
chr2 (150-342)||(16668609-16668801)
chr2 (153-338)||(41646633-41646819)
chr2 (224-286)||(43564242-43564304)
chr2 (221-286)||(29455452-29455517)
chr2 (150-180)||(29455527-29455557)
chr2 (150-180)||(43564317-43564347)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (150-342)||(13786256-13786448)
chr1 (150-341)||(25807694-25807886)
chr1 (151-335)||(22912455-22912635)
chr1 (214-346)||(23726012-23726143)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (150-342)||(52349753-52349945)
chr3 (150-338)||(48266296-48266483)
chr3 (150-336)||(35870376-35870562)
chr3 (234-337)||(26215317-26215420)
chr3 (150-251)||(26215432-26215529)
chr3 (283-327)||(5884423-5884467)
chr3 (283-327)||(54945777-54945821)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (206-351)||(8150470-8150615)
chr8 (150-337)||(20171990-20172171)
chr8 (150-327)||(10186396-10186569)
chr8 (206-327)||(4138366-4138487)
chr8 (221-286)||(918949-919014)
chr8 (150-267)||(11428069-11428182)
chr8 (294-337)||(11428184-11428227)
[»] scaffold0516 (1 HSPs)
scaffold0516 (206-351)||(3265-3410)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (283-327)||(10171-10215)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Original strand, 5767987 - 5768179
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5767987 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 5768086  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5768087 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaattgattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 5768179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Original strand, 25419498 - 25419690
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25419498 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 25419597  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25419598 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 25419690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 150 - 338
Target Start/End: Original strand, 47233745 - 47233933
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47233745 gataatataagcaacatatatataagcttataaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 47233844  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttg 338  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  47233845 ttaaaatgtaaccccttaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatgaagtgtttttg 47233933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 188 - 342
Target Start/End: Original strand, 39066831 - 39066985
Alignment:
Q  188 tgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattac 287  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39066831 tgaggagccttatagtaataaacttgtatgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattat 39066930  T
Q  288 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39066931 aatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 39066985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 150 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 44393881 - 44393700
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  44393881 gataacataagcaacatatatatgagcttagaaaa---tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataatt 44393788  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagttttt 337  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44393787 ttaaaatgaaacccctcactattaataaaatggattataatacattcattgtgtaacttccatgaagtgaagtaaatagagagttttt 44393700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 327
Target Start/End: Original strand, 47932975 - 47933019
Alignment:
Q  283 attacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  47932975 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 47933019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Original strand, 13433376 - 13433568
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13433376 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 13433475  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13433476 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 13433568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 150 - 273
Target Start/End: Original strand, 16712037 - 16712155
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| |||||||| |   ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16712037 gataacataagcaacatatatatgagcttagaaaaaaatgaggagttttatggtga---ac--gtgtgtgtaagatgattgattaagaatatgaataatt 16712131  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatatta 273  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  16712132 ttaaaatgtaacccctcactatta 16712155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 16857290 - 16857246
Alignment:
Q  283 attacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  16857290 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 16857246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 36991262 - 36991070
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36991262 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 36991163  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36991162 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatagattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 36991070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 150 - 338
Target Start/End: Original strand, 21604992 - 21605178
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21604992 gataacataagcaacatatata--agcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 21605089  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttg 338  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  21605090 ttaaaatttaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatgaagtgtttttg 21605178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 206 - 338
Target Start/End: Original strand, 37301967 - 37302099
Alignment:
Q  206 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaa 305  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37301967 taaacttgtgtgtgtaagtggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaaccctccattattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaa 37302066  T
Q  306 cttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttg 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37302067 cttgcatgaagtgaagtaaatggagtgtttttg 37302099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Original strand, 2504924 - 2505116
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2504924 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 2505023  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2505024 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 2505116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 46092522 - 46092330
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46092522 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 46092423  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  46092422 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggcaagtttttgtaac 46092330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 46135047 - 46134855
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46135047 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 46134948  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  46134947 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggcaagtttttgtaac 46134855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 150 - 338
Target Start/End: Original strand, 53830428 - 53830616
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53830428 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 53830527  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttg 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  53830528 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatagagtgtttttg 53830616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 150 - 338
Target Start/End: Original strand, 34737725 - 34737910
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34737725 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagaggattgatcaagaatatgaataatt 34737821  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttg 338  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  34737822 ttaaaatgtaacccctcattgttaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtagatggagtgtttttg 34737910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 150 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 21803111 - 21802938
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||       ||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  21803111 gataacataagcaacacata-ataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagattattgattaagaatatgaacaatt 21803016  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21803015 ttaaaacgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcaagaagtgaagtaaatg 21802938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 151 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 5430927 - 5430742
Alignment:
Q  151 ataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattt 250  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||| ||||| ||||   |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  5430927 ataacataagcaacatatatatgagcttagaaaaaa-tgaggagttttatagtaa---acttgtgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataattt 5430832  T
Q  251 taaaatgtaacccctcaatatta---ataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagttttt 337  Q
    ||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5430831 taaaatgtaacccctcactattattaataaaatggattataatacattcattgtgtaacttccatgaagtgaagtaaatggagagttttt 5430742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 150 - 328
Target Start/End: Original strand, 2500570 - 2500745
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||       |||| || ||||| ||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  2500570 gataatataagcaacatatatgtaagcttagaaaaaaatgagtagatttatagtaa---acttgtgtgtgtaagaggattgatcaagaatacaaataatt 2500666  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatgg 328  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2500667 ttaaaatgtaaccgcacaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgcaacttgcatgaagtgaagtaaatgg 2500745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 206 - 327
Target Start/End: Original strand, 21632748 - 21632869
Alignment:
Q  206 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaa 305  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  21632748 taaacttgtgtgtgtaagaagattgattaagaatatgaacaattttaaaacataacccctcaatattaataaaatggatcataatgcattcatcgtgtaa 21632847  T
Q  306 cttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  21632848 cttgcaagaagtgaagtaaatg 21632869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 206 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 20036446 - 20036315
Alignment:
Q  206 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaa 305  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||    
T  20036446 taaacttgtgagtgtaagaggattgattaagaatatgattaattttaaaatgtaactgctcaatattaataaaatgaattataatgcattcattatgcaa 20036347  T
Q  306 cttgcatgaagtgaagtaaatggagagttttt 337  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  20036346 cttgcatgaagtgaagtaactgaagtgttttt 20036315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 43943520 - 43943476
Alignment:
Q  283 attacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  43943520 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 43943476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Original strand, 7574014 - 7574206
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7574014 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 7574113  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7574114 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 7574206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Original strand, 16668609 - 16668801
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  16668609 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgatcaagaatatgaataatt 16668708  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16668709 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattatgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 16668801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 153 - 338
Target Start/End: Original strand, 41646633 - 41646819
Alignment:
Q  153 aacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnn-tgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatttt 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41646633 aacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatttt 41646732  T
Q  252 aaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttg 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  41646733 aaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattaaaatacattcattgtgtaacttgcatgaaatgaagtaaatggagtgtttttg 41646819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 224 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 43564304 - 43564242
Alignment:
Q  224 aggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggatta 286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43564304 aggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggatta 43564242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 221 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 29455517 - 29455452
Alignment:
Q  221 aagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggatta 286  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29455517 aagaggattaattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcgatattaataaaatggatta 29455452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 150 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 29455557 - 29455527
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttag 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29455557 gataacataagcaacatatatataagcttag 29455527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 150 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 43564347 - 43564317
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttag 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43564347 gataacataagcaacatatatataagcttag 43564317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 13786448 - 13786256
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13786448 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 13786349  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13786348 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 13786256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 150 - 341
Target Start/End: Original strand, 25807694 - 25807886
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnn-tgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataat 248  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25807694 gataacataagaaacatatatataagcttagaaaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataat 25807793  T
Q  249 tttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaa 341  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25807794 tttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggaaagtttttgtaa 25807886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 151 - 335
Target Start/End: Original strand, 22912455 - 22912635
Alignment:
Q  151 ataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattt 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| || ||||   | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22912455 ataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagcttaatagtaa---attcgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattt 22912551  T
Q  251 taaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagttt 335  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||    
T  22912552 taaaatgtaactcctc-atattaataaaatggtttataatgcattcattttgtaacatgcaagaagtgaagtaaatggagtgttt 22912635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 214 - 346
Target Start/End: Original strand, 23726012 - 23726143
Alignment:
Q  214 tgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatg 313  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  23726012 tgtgtgcaagaggattgattaagaatatgaataattt-aaaatgtaaccgtttaatattaataaaatggattataattcattcattgtgcaacttgcatg 23726110  T
Q  314 aagtgaagtaaatggagagtttttgtaacagat 346  Q
    || ||||||||||| || ||||||| |||||||    
T  23726111 aaatgaagtaaatgaagtgtttttgcaacagat 23726143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 156; Significance: 8e-83; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 150 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 52349945 - 52349753
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52349945 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaatttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatataaataatt 52349846  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52349845 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaac 52349753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 150 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 48266483 - 48266296
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48266483 gataacataagcaacatatatataagcttagaaaaaaatgaggagctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 48266384  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttg 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48266383 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagt-aagtaaatggagagtttttg 48266296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 150 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 35870562 - 35870376
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||       |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35870562 gataacataagcaacatatatataagtttagaaaaaaatgaggacctttatagtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 35870463  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttt 336  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35870462 ttaaaatgtaacctctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttt 35870376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 234 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 26215420 - 26215317
Alignment:
Q  234 aagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagt 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26215420 aagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcgctattaataaaatggattataacacattcattgtgtaacttccatgaagtgaagtaaatggagagt 26215321  T
Q  334 tttt 337  Q
    ||||    
T  26215320 tttt 26215317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 150 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26215529 - 26215432
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  26215529 gataacataagcaacatatatatgagcttagaaaaaa-tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataatt 26215434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 327
Target Start/End: Original strand, 5884423 - 5884467
Alignment:
Q  283 attacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  5884423 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 5884467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 327
Target Start/End: Original strand, 54945777 - 54945821
Alignment:
Q  283 attacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  54945777 attataatgcattcattgtacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 54945821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 206 - 351
Target Start/End: Original strand, 8150470 - 8150615
Alignment:
Q  206 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaa 305  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  8150470 taaacttgtgtgtgtaagaggactgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaattgattataatgcattcattgtgtaa 8150569  T
Q  306 cttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaacagatcggaa 351  Q
    || |||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||    
T  8150570 ctcgcataaagtgaagtaaatggagtgtttttgcaactgatgggaa 8150615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 150 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 20172171 - 20171990
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||| ||||   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  20172171 gataacataagcaacatatatatgagcttagaaaa---tgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataatt 20172078  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagttttt 337  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20172077 ttaaaatgaaacccctcactattaataaaatggattataatacattcattgtgtaacttccatgaagtgaagtaaatagagagttttt 20171990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 150 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 10186569 - 10186396
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||| |       ||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10186569 gataacataagcaacacata-ataagcttggaaaaaaatgaggagctttatagtaa---acttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaacaatt 10186474  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  10186473 ttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattataatgcattcattgtgtaacttgcaagaagtgaggtaaatg 10186396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 206 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 4138487 - 4138366
Alignment:
Q  206 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaa 305  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  4138487 taaacttgtgtgtgtaagagtcttgattaagaatatgaacaattttaaaacgtaacccctcaatattaataaaatagattataatgcattcattgtgtaa 4138388  T
Q  306 cttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  4138387 cttgcaagaagtgaagtaaatg 4138366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 221 - 286
Target Start/End: Original strand, 918949 - 919014
Alignment:
Q  221 aagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggatta 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  918949 aagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggatta 919014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 150 - 267
Target Start/End: Original strand, 11428069 - 11428182
Alignment:
Q  150 gataacataagcaacatatatataagcttagnnnnnnntgaggagctttatggtaataaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataatt 249  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||||||||||| ||||   |||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  11428069 gataacataagcaacatatatatgagcttagaaaaaa-tgaggagctttatcgtaa---acttctgtgtgtaagatgattgactaagaatatgaataatt 11428164  T
Q  250 ttaaaatgtaacccctca 267  Q
    ||||||||||||||||||    
T  11428165 ttaaaatgtaacccctca 11428182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 294 - 337
Target Start/End: Original strand, 11428184 - 11428227
Alignment:
Q  294 ttcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatggagagttttt 337  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  11428184 ttcattgtgtaacttccatgaagtgaagtaaatggatagttttt 11428227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0516 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0516
Description:

Target: scaffold0516; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 206 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 3410 - 3265
Alignment:
Q  206 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaacccctcaatattaataaaatggattacaatgcattcattgtgtaa 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||    
T  3410 taaacttgtgtgtgtaagaggattgattaagaatatgaataattttaaaatgtaaccgcttaatattaataaaatggattataattcaatcattgtgcaa 3311  T
Q  306 cttgcatgaagtgaagtaaatggagagtttttgtaacagatcggaa 351  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||| ||||    
T  3310 cttgcatgaagtgaagtaaatgaagtgtttttgcaactgatgggaa 3265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 283 - 327
Target Start/End: Original strand, 10171 - 10215
Alignment:
Q  283 attacaatgcattcattgtgtaacttgcatgaagtgaagtaaatg 327  Q
    |||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  10171 attataatgcattcattgcacaacttgcatgaagtgaagtaaatg 10215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University