View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7591_low_1 (Length: 692)
Name: NF7591_low_1
Description: NF7591
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7591_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 678
Target Start/End: Original strand, 13598666 - 13599302
Alignment:
| Q |
46 |
gaataaggacagcgaatgaatcattttaaaatatgaatataaacagtgttgaacacggtatacatgtactgtcccattttccataattacgcgcttatag |
145 |
Q |
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| T |
13598666 |
gaataaggacagcgaatgaatcattttaaaatatgaatataaacagtgttgaacacggtatacatgtactgtcccattttccataattacgcgcttatag |
13598765 |
T |
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| Q |
146 |
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245 |
Q |
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| T |
13598766 |
aattatttcagatcctgaaaaaaacaatgaaatcattcacttccaatgaaacatcttctaactctaaatacttggtttattggtaaaccataagttttag |
13598865 |
T |
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| Q |
246 |
actcgaaagtcacatgtttgagccatgttagagttggtaaacgatgagttttagatttgaaagtcacacgtttgagtcgtgttaagagattttagaagta |
345 |
Q |
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| T |
13598866 |
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13598964 |
T |
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| Q |
346 |
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443 |
Q |
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| T |
13598965 |
tctgaactttgtcaaggcttttcataacgatgtaattttataaatttggattaaatttttatcattcaaaatagtttaaaatgatttacattaatataaa |
13599064 |
T |
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| Q |
444 |
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543 |
Q |
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| T |
13599065 |
atgtttcgattgaattttataattttttatatggaatcgaaatttataattaatcatgtaaaaataaaaaaattagttaatataggtactattttatatt |
13599164 |
T |
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| Q |
544 |
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640 |
Q |
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| T |
13599165 |
atttgaaatatatacacacacataatatttgttatatataaaagaacaaactaaattagaagacatggtactttaatcactttagttttgtcacttttat |
13599264 |
T |
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| Q |
641 |
atgcggtttctattttatgttattagcttggatgatgt |
678 |
Q |
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| T |
13599265 |
atgcggtttctattttatgttattaacttggatgatgt |
13599302 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 460; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 9425991 - 9425352
Alignment:
| Q |
46 |
gaataaggacagcgaatgaatcattttaaaatatgaatataaacagtgttgaacacggtatacatgtactgtcccattttccataattacgcgcttatag |
145 |
Q |
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| T |
9425991 |
gaataaggacagcgactgaatcattttaaaatatgaatataaacagtgttgaacacggtatacatgtactgtcccattttccataattacgcgcttatgg |
9425892 |
T |
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| Q |
146 |
aattatttcagatcctgnnnnnnncaatgaaatcattcacctccaatgaagcatcttctaactctaaatacttggtttattggtaaaccataagttttag |
245 |
Q |
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| T |
9425891 |
aattatttcagatcctgaaaaaaacaatgaaatcattcacttccaatgaagcatcttctaactctaaatacttggtttattggtaaaccataagttttag |
9425792 |
T |
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| Q |
246 |
actcgaaagtcacatgtttgagccatgttagagttggtaaacgatgagttttagatttgaaagtcacacgtttgagtcgtgttaagagattttagaagta |
345 |
Q |
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| T |
9425791 |
actccagagtcacacgtttgagccatgttagagttggtaaacgatgagttttagatttgaaagtcacacgtttgagtcgtgttaagagtttttagaagga |
9425692 |
T |
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| Q |
346 |
ggtgaac--tgtcaaggcttttcataacgatgtaattttataaatttggattaaatttttatcattcaaaatagtttaaaatgatttacattactataaa |
443 |
Q |
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| T |
9425691 |
ggtgaactttgtcaaggcttttcataatgatgtaattttacaaatttggattaaatttttatcattcaaaatagtttaaaatgatttacattaatataaa |
9425592 |
T |
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| Q |
444 |
gtgtttcgattgaattttataattttttatatggaatcgaaatctataattaatcatgtnnnnnnnnnnnnnttagttaatataggtactgttttatatt |
543 |
Q |
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| T |
9425591 |
gtgtttcgattgaattttgtaattttttatatggaatcgaaatttataattaatcatgcaaaaataaaaaaattaattaatataggtactattttatatt |
9425492 |
T |
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| Q |
544 |
atttgaa----atatacacacacataatatttgttatatataaaagaacaaactaaattagaagacatggtactttaatcactttagttttgtca-tttt |
638 |
Q |
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| T |
9425491 |
atttgaaatatatatacacacacataatatttgttacatataaaacaacaaactaaattagaagacatggtactttaatcactttacttttgtcactttt |
9425392 |
T |
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| Q |
639 |
atatgcggtttctattttatgttattagcttggatgatgt |
678 |
Q |
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| T |
9425391 |
atatgcagtttctattttatgttattaacttggatgatgt |
9425352 |
T |
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