View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7595_low_4 (Length: 606)

Name: NF7595_low_4
Description: NF7595
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7595_low_4
NF7595_low_4
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (6-606)||(480434-481029)
chr8 (94-516)||(475054-475477)
chr8 (100-516)||(457391-457816)
chr8 (88-516)||(449108-449520)
chr8 (351-518)||(468757-468924)
chr8 (100-275)||(468516-468691)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (99-518)||(27489794-27490212)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 521; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 521; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 606
Target Start/End: Original strand, 480434 - 481029
Alignment:
Q  6 ctatattattctaagatagataaatgtaatcaaaactagttattctatttactnnnnnnnnnnnnnnnnnacctttgtcatgttataccttcatcaggtt 105  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  480434 ctatattattctaata-agataaatgtaatcaaaactagttattctatttacttatatatcatata----acctctgtcatgttataccttcatcaggtt 480528  T
Q  106 ccagcttatgcaagccatcctaattacttgtcatttacagcatggatgtgtttaatgtctacatttcaatcaacagtagtcacattattcgtggaatcag 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  480529 ccagcttatgcaagccatcctaattacttgtcatttacagcatggatgtgtttaatgtctacatttcaatcaacagtagtcacattattcgtggaatcag 480628  T
Q  206 acctaaatgtttggaagatcaattctttgcttcaatttggttgcattttatatgcagtatgtggatgatttttcattatgatacaactatacttgtatat 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  480629 acctaaatgtttggaagatcaattctttgcttcaatttggttgcattttatatgcagtatgtggatgaattttcattatgatacaactatacttgtatat 480728  T
Q  306 atataaataaattaatacatcatcagtgcctaattagcagtaattacattttgtagggaatcatgggatctgcagtaacattctatcttcaagcatggtg 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  480729 atataaataaattaatacatcatcagtgcctaattagcagtaattacattttgtagggaatcatgggatctgcagtaacattctatcttcaagcatggtg 480828  T
Q  406 catttcaaagagaggacctctcttctctgctatgtttaatcctcttttcacattaattgtgactgtatttgctatcttgttgcttcatgaggaaatatac 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  480829 catttcaaagagaggacctctcttctctgctatgtttaatcctcttttcacattaattgtgactgtatttgctatcttgttgcttcatgaggaaatatac 480928  T
Q  506 attggaaggtagtgatatattcaagctctgattattaatcaagattcttgctatcacaaatagagtaataggagatttcgtccccgtgagcttagctcag 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  480929 attggaaggtagtgatatattcaagctctgattattaatcaagattcttgttatcacaaatagagtaataggagatttcgtccccgtgagcttagctcag 481028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 94 - 516
Target Start/End: Original strand, 475054 - 475477
Alignment:
Q  94 cttcatcaggttccagcttatgcaagccatcctaattacttgtcatttacagcatggatgtgtttaatgtctacatttcaatcaacagtagtcacattat 193  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||| || |||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| || |||||||| |||    
T  475054 cttcttcaggttccagcttatgcaagtcatcccaattatttatcactttcagcatggatgtgtttcatggcaacattacaatcagcattagtcacactat 475153  T
Q  194 tcgtggaatcagacctaaatgtttggaagatcaattctttgcttcaatttggttgcattttatatgcagtatgtggatgatttttcattatgatacaact 293  Q
    || | ||  ||||||| ||||  ||||| || |||||| | |||||||||||||||  |||||||||||||||   || ||||| ||| ||||||||||     
T  475154 tcttagagccagaccttaatgcatggaaaattaattctctacttcaatttggttgcgctttatatgcagtatgcccat-attttccatgatgatacaaca 475252  T
Q  294 atacttgtatatatataaataaattaatacatcatcagtg-cctaattagcagtaatta----cattttgtagggaatcatgggatctgcagtaacattc 388  Q
    ||||||||||||||    || ||||||||||   | |||| ||||||| | | ||| ||    ||||||| ||||||| ||||| |||||| |   |||     
T  475253 atacttgtatatatt---attaattaatacacattgagtggcctaatttgtaataaataaatacattttgcagggaattatggggtctgcatttgtattt 475349  T
Q  389 tatcttcaagcatggtgcatttcaaagagaggacctctcttctctgctatgtttaatcctcttttcacattaattgtgactgtatttgctatcttgttgc 488  Q
    | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| || ||| |  |||||||| |||| ||| |||||||||    
T  475350 tgtctccaagcatggtgcattacaaagagaggacctctcttctctgcagtgtttagtcctctcttaacaattcttgtgactatattggctgtcttgttgc 475449  T
Q  489 ttcatgaggaaatatacattggaaggta 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  475450 ttcatgaggaaatatacattggaaggta 475477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 100 - 516
Target Start/End: Original strand, 457391 - 457816
Alignment:
Q  100 caggttccagcttatgcaagccatcctaattacttgtcatttacagcatggatgtgtttaatgtctacatttcaatcaacagtagtcacattattcgtgg 199  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||  |||| |||||||||||||| || ||||| |||||| || || | || |||||| |||    
T  457391 caggttccagcttacgcaagccatcctaattatatatcattgtcagcttggatgtgtttaatttcaacattacaatcatcaatactgacgttattcttgg 457490  T
Q  200 aatcagacctaaatgtttggaagatcaattctttgcttcaatttggttgcattttatatgcag--tatgtggatgatttttcattatgatacaactatac 297  Q
    |  ||||||| ||||  ||||| || |||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||  ||||||| | ||| ||  | ||||||     ||||    
T  457491 agccagacctgaatgcatggaaaattaattctctacttcaatttgggtgcactttatatgcagtatatgtggttaattatttttcatgata-----atac 457585  T
Q  298 ttgtatatatataaataaattaatacatcatcagt-gcctaattagcagtaat-------tacattttgtagggaatcatgggatctgcagtaacattct 389  Q
    || |||||| |||||||||| |||||||  | ||| |||||||| |  |||||       ||||||||| ||||||| ||||| |||||| |   ||| |    
T  457586 ttatatataaataaataaatgaatacattttaagtggcctaatttgttgtaataaataaatacattttgcagggaattatggggtctgcatttgtatttt 457685  T
Q  390 atcttcaagcatggtgcatttcaaagagaggacctctcttctctgctatgtttaatcctcttttcacattaattgtgactgtatttg----ctatcttgt 485  Q
     ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||| || | |    ||  ||||     
T  457686 gtctccaagcatggtgcattacaaagagaggacctctcttctctgcaatgtttaatcctctcttaacagtgattgtgactatactagctgcctgccttgc 457785  T
Q  486 tgcttcatgaggaaatatacattggaaggta 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  457786 tgcttcatgaggaaatatacattggaaggta 457816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 88 - 516
Target Start/End: Original strand, 449108 - 449520
Alignment:
Q  88 ttataccttcatcaggttccagcttatgcaagccatcctaattacttgtcatttacagcatggatgtgtttaatgtctacatttcaatcaacagtagtca 187  Q
    ||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| || |||||  |||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||| || ||||      
T  449108 ttatatcttcctcaggttccatcttacgcaagccatcctaattatttatcattgtcagcctggatgtgtataatgtcaacattacaatcatcaatagtgg 449207  T
Q  188 cattattcgtggaatcagacctaaatgtttggaagatcaattctttgcttcaatttggttgcattttatatgcagtatgtggatgatttttcattatgat 287  Q
    || ||||| | ||  || || | ||||  |||||||| || ||| |  ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  449208 cactattctttgagccaaacttgaatgcatggaagattaaatctctagttcaactcggttgcactttatatgcagtatgtggatgaattttcatgatgat 449307  T
Q  288 acaactatacttgtatatatataaataaattaatacatcatcagtgcct-aattagcagtaattacattttgtagggaatcatgggatctgcagtaacat 386  Q
    |                ||||||| |||||||||| |||||||||| || |||| | | ||| || |||||  ||||||| |||||||| |||||   ||    
T  449308 a----------------tatataa-taaattaatatatcatcagtggcttaatttgtaataaatatatttttcagggaattatgggatcagcagttttat 449390  T
Q  387 tctatcttcaagcatggtgcatttcaaagagaggacctctcttctctgctatgtttaatcctcttttcacattaattgtgactgtatttgctatcttgtt 486  Q
    | | ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||   |||| |||||||||||||||| |||  ||||||    
T  449391 tttgtctccaagcatggtgcattaaaaagagaggacctctcttctctgcaatgtttagtcctctcaacacaataattgtgactgtattggcttccttgtt 449490  T
Q  487 gcttcatgaggaaatatacattggaaggta 516  Q
     ||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  449491 tcttcatgaggagatatacaccggaaggta 449520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 351 - 518
Target Start/End: Original strand, 468757 - 468924
Alignment:
Q  351 acattttgtagggaatcatgggatctgcagtaacattctatcttcaagcatggtgcatttcaaagagaggacctctcttctctgctatgtttaatcctct 450  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  468757 acattttgcagggagttatgggatctgcagtaatatactgtctccaagcatggtgcatttcaaggagaggacctctcttctctgctatgtttactcctgt 468856  T
Q  451 tttcac-attaattgtgactgtatttgctatcttgttgcttcatgaggaaatatacattggaaggtagt 518  Q
    |||||| |||| |||| |||||||| |||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  468857 tttcacaattatttgt-actgtattggctgccattttgcttcatgaggaaatatacattggaaggtagt 468924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 100 - 275
Target Start/End: Original strand, 468516 - 468691
Alignment:
Q  100 caggttccagcttatgcaagccatcctaattacttgtcatttacagcatggatgtgtttaatgtctacatttcaatcaacagtagtcacattattcgtgg 199  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||   |||||||||||||| ||| | ||||| |||||| || |||||||| ||||| | |    
T  468516 caggttccagcttatgcaagtcatcccaattacttatcactttgtgcatggatgtgtttcatggcaacattacaatcagcattagtcacactattcttag 468615  T
Q  200 aatcagacctaaatgtttggaagatcaattctttgcttcaatttggttgcattttatatgcagtatgtggatgatt 275  Q
    |  ||||| | ||||  |||||||| || ||| |||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||    
T  468616 agccagactttaatggatggaagattaagtctctgcttcaatttggtagcgctttatatgctgtatgtggatgatt 468691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 99 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 27490212 - 27489794
Alignment:
Q  99 tcaggttccagcttatgcaagccatcctaattacttgtcatttacagcatggatgtgtttaatgtctacatttcaatcaacagtagtcacattattcgtg 198  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||  ||| ||  || |||| ||||||||||||||| | ||||| |||||| || |||| ||| ||||| ||    
T  27490212 tcaggttccagcatatgcaagccatccaaataccttatctctttcagcctggatgtgtttaatggcaacattacaatcatcactagtgacactattcatg 27490113  T
Q  199 gaatcagacctaaatgtttggaagatcaattctttgcttcaatttggttgcattttatatgcagtatgtggatgatttttcattatgatacaactatact 298  Q
    ||  |||| |||||||  |||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||||| ||  |||||    
T  27490112 gaggcagatctaaatgcgtggaagattacttctctacttcaatttggttgcattttatattcagtatgtggatgatcttccatgatgatataaaaatact 27490013  T
Q  299 tgtatatatataaataaattaatacatcatcagtg-cctaattagcagtaattacattttgtagggaatcatgggatctgcagtaacattctatcttcaa 397  Q
    ||| ||||||||  |||||| ||||||||||| |  ||||||||  | ||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||| | || | ||| |||    
T  27490012 tgtctatatata--taaattgatacatcatcattttcctaattaagaataaatacattttgtagggagttatgggatccgcagtagccttgtgtctccaa 27489915  T
Q  398 gcatggtgcatttcaaagagaggacctctcttctctgctatgtttaatcctcttttcacattaattgtgactgtatttgctatcttgttgcttcatgagg 497  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||    
T  27489914 gcatggtgcatttcaagaagaggacctctattctctgctatgtttactcctgtttccacattaattgtgactgtattagctgttttgttgcttcatgagg 27489815  T
Q  498 aaatatacattggaaggtagt 518  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  27489814 aagtatacattggaaggtagt 27489794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University