View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7597_high_1 (Length: 832)

Name: NF7597_high_1
Description: NF7597
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7597_high_1
NF7597_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-815)||(53581690-53582493)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 676; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 676; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 815
Target Start/End: Complemental strand, 53582493 - 53581690
Alignment:
Q  13 aatatcagtgaggcacaattttt-acaggtttgcatcaatggcggagctaggagtaannnnnnnaggggcaatttctttagtgtgtgtgtctctattata 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53582493 aatatcagtgaggcacaattttttacaggtatgtatcaatggcggagctaggagtaatttttttaggggcaatttctttagtgtgtgtgtctctattata 53582394  T
Q  112 agaagtaaaaggtacatgttgtataggtattgaccaatcctgttaaggtcctactgaaacaacaattggttggctttgattcccaacatatgctagacct 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53582393 agaagtaaaaggtacatgttgtataggtattgaccaatcctgttaaggtcctactgaaacaacaattggttggctttgattaccaacatatgctagacct 53582294  T
Q  212 aattgatcccctgaacttcttgtggggtgtaggtgacatagttgttatgttacaagaattggctcgtctagggaaccatatattcagttaagcggattct 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53582293 aattgatcccctgaacttcttgtggggtgtaggtgacatagttgttatgttacaagaattggctcgtctagggaaccatatattcagttaagcggattct 53582194  T
Q  312 agaaaaggacgataacaaatgggaaagtggttgtttattccatggctccccgagtgataatattaaaactagtgtaagttagtgtggttactttaaatta 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53582193 agaaaaggacgataacaaatgggaaagtggttgtttattccatggctccccaagtgataatattaaaactagtgtaagttagtgtggttactttaaatta 53582094  T
Q  412 caaaatctcatgaaaccttataagttataacttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacttgagaacgagataactttaaggtactatttaggtatttact 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53582093 caaaatctcatgaaaccttataagttataacttg-aaaagaaaagaaaaaaaaaatacttgagaacgagataactttaaggtactatttaggtatttact 53581995  T
Q  512 actactatattattgtatggtgaatatggctaagctatctttagactattatcgttaaacgcgcaactatgcatattcggagaaaaaatagtattgcttg 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53581994 actactatattattgtatggtgaatatggctaagctatctttagactattatcgttaaacgcgcaactatgcatattcggagaaaaaatagtattgcttg 53581895  T
Q  612 ttcccaaaccactagtatggaaaacaaacatacaaatcattgttgtctcttcaac-aaaacaaatcaaatttgtatagattagttacaagaagttattta 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53581894 ttcccaaaccactagtatggaaaacaaacatacaaatcattgttgtatcttcaacaaaaaaaaatcaaatttgtatagattagttacaagaagttattta 53581795  T
Q  711 cattcccatatagcattgagaagttagtgaggtagaacaagatcccatatatgtacgttacttacctttccttaatttccactgacatttattcatgaaa 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53581794 cattcccatatagcattgagaagttagtgaggtagaacaagatcccatatatgtacgttacttacctttccttaatttccactgacatttattcatgaaa 53581695  T
Q  811 cacct 815  Q
    |||||    
T  53581694 cacct 53581690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University