View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7599_1D_high_1 (Length: 989)

Name: NF7599_1D_high_1
Description: NF7599_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7599_1D_high_1
NF7599_1D_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-974)||(23332892-23333847)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 896; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 896; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 974
Target Start/End: Original strand, 23332892 - 23333847
Alignment:
Q  19 catcaacatgcacaccatattccttggcgaaacacgatggcaaccttgtcttcggctgaccaacacatcaaacacatgacacggttagttccaatcaaca 118  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332892 catcaacatgcaaaccatattccttggcgaaacacgatggcaaccttgtcttcggctgaccaacacatcaaacacatgacacggttagttccaatcaaca 23332991  T
Q  119 taccaaaacagtgcaatgcccactaatgaaccgactaactacatagcatgaatgataattgacagtcttgatcctaacttgacaaccaagaaatatcagc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23332992 taccaaaacagtgcaatgcccacaaatgaaccgactaactacatagcatgaatgataattgacagtcttgatcctaacttgacaaccaagaaatatcagc 23333091  T
Q  219 gtaagtattgtataactttcagaaaatgcaccaagaaacaaataagtcttcgtagcattacattccaaaagtagccaaattaaaaccatcgcctaatatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333092 gtaagtattgtataactttcagaaaatgcaccaagaaacaaataagtcttcatagcattactttccaaaagtagccaaattaaaaccatcgcctaatatt 23333191  T
Q  319 caaaacaacatgtggccagcaaaatagagaagaacaaacatctattttccacgcaaacctttttgagttaattaatgctgcaaaatttacgttggttaat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333192 caaaacaacatgtggccagcaaaatagagaagaacaaacatctattttccacgcaaacctttttgagttaattaatgctgcaaaatttacgttggttaat 23333291  T
Q  419 taaaatctggtgctcagcttaattttaatggtcaagatagaaagactccataagaaaaaatacggcagtccaaaaagaatccaccacactggttgcaaat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333292 taaaatctggtgctcagcttaattttaatggtcaagacagaaagactccataagaaaaaatacagcagtccaaaaagaatccaccacactggttgcaaat 23333391  T
Q  519 ttgttatactttttgggagtattacacatagctagaggcaaactcctaaaatgttcgcaatttatcttatgccctgtcgtgcgcatcttcgtaatgacga 618  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  23333392 ttgttataccttttgggagtattacacatagctagaggcaaactcctaaaatgttcgcaatttatcttatgccccatcgtgcgcatcttcgtaatgacga 23333491  T
Q  619 cattaagcaagccaacgaaatcatttgaattagggattttgtccaacgtaattcagcatattataatgattgtttcatcagaaagcagttgacatataaa 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23333492 cattaagcaagccaacgaaatcatttgaattagggattttgtccaacgtaagtcagcatattataatgattgttccatcagaaagcagttgacatataaa 23333591  T
Q  719 aaatcacttacagttgcggtctcaagctctgcataatatgtattcagcaatcgcatctcttgaagggaaagctcatcagcaacacgaacaacagttcctg 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23333592 aaatcacttacagttgcggtctcaagctctgcataatatgtattcagcaatcgcatctcttgaagggaaagctcatcagcaacacgaacaacagttcctg 23333691  T
Q  819 aggtaacgacaatgtgtacatttttcctggtaaatcatgacacaatatatcaaaacagcaaaaaattacataaaacaaacttatcaacctctttggggga 918  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23333692 aggcaacgacaatgtgtacatttttcctggtaaatcatgacacaatatatcaaaacagcaaaaaattacataaaacaaacttatcaacctcttgggggga 23333791  T
Q  919 gtactgcttcagctgcattctggcacacaattttatcggtcaacttcgtgatgtcc 974  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23333792 gtactgcttcagctgcattccggcacacaattttatcggtcaacttcgttatgtcc 23333847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University