View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7605_low_1 (Length: 898)

Name: NF7605_low_1
Description: NF7605
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7605_low_1
NF7605_low_1
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (426-881)||(21727158-21727609)
chr2 (198-428)||(21727798-21728028)
chr2 (1-191)||(21729397-21729587)
chr2 (295-428)||(15233881-15234014)
chr2 (295-428)||(43040867-43041000)
chr2 (288-428)||(41643020-41643160)
chr2 (295-428)||(41252541-41252675)
chr2 (295-428)||(35792925-35793058)
chr2 (296-428)||(31903400-31903531)
chr2 (295-407)||(44104564-44104677)
chr2 (371-428)||(31296209-31296266)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (277-432)||(26025528-26025683)
chr4 (278-407)||(39482009-39482138)
chr4 (295-407)||(30469231-30469343)
chr4 (297-428)||(18835833-18835964)
chr4 (295-428)||(8955794-8955927)
chr4 (295-428)||(33288422-33288556)
chr4 (295-407)||(36971195-36971307)
chr4 (295-393)||(49162249-49162347)
chr4 (295-407)||(34334479-34334594)
chr4 (295-428)||(45590868-45591001)
chr4 (288-407)||(50774069-50774188)
chr4 (303-424)||(33108924-33109045)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (277-427)||(32183481-32183631)
chr8 (295-407)||(13469526-13469637)
chr8 (277-428)||(2508796-2508947)
chr8 (295-428)||(33837747-33837880)
chr8 (295-428)||(45334294-45334427)
chr8 (295-428)||(9740111-9740245)
chr8 (295-428)||(38495490-38495623)
chr8 (295-407)||(2626256-2626368)
chr8 (295-428)||(25106337-25106470)
chr8 (295-428)||(28379073-28379206)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (288-428)||(48049128-48049268)
chr7 (293-428)||(12252198-12252333)
chr7 (276-428)||(46689993-46690141)
chr7 (277-428)||(9215463-9215613)
chr7 (277-408)||(33974640-33974771)
chr7 (278-424)||(31858093-31858239)
chr7 (289-424)||(5514909-5515044)
chr7 (277-423)||(22753068-22753214)
chr7 (295-428)||(4405235-4405368)
chr7 (295-428)||(6387710-6387843)
chr7 (295-428)||(17904289-17904422)
chr7 (295-428)||(26770305-26770438)
chr7 (295-407)||(29427182-29427294)
chr7 (295-407)||(46467353-46467465)
chr7 (294-428)||(7839186-7839316)
chr7 (295-428)||(29890844-29890977)
chr7 (297-428)||(9876389-9876520)
chr7 (277-391)||(6389887-6390001)
chr7 (295-428)||(37179349-37179483)
chr7 (295-428)||(31502670-31502805)
chr7 (277-407)||(9332467-9332598)
chr7 (318-407)||(41921896-41921984)
chr7 (287-422)||(33915850-33915984)
chr7 (297-347)||(19523813-19523863)
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (276-428)||(49040843-49040995)
chr3 (277-396)||(840730-840849)
chr3 (278-428)||(21974275-21974425)
chr3 (278-428)||(21996706-21996856)
chr3 (278-428)||(22157384-22157534)
chr3 (295-428)||(32677495-32677628)
chr3 (295-428)||(38855443-38855576)
chr3 (295-407)||(1352014-1352126)
chr3 (295-428)||(18997093-18997226)
chr3 (295-428)||(18999632-18999765)
chr3 (295-428)||(36737852-36737985)
chr3 (295-428)||(39518533-39518666)
chr3 (295-428)||(39806997-39807130)
chr3 (295-428)||(41349389-41349522)
chr3 (295-407)||(29014708-29014820)
chr3 (295-407)||(29371556-29371668)
chr3 (295-428)||(39528875-39529008)
chr3 (295-423)||(32840079-32840208)
chr3 (305-392)||(55367714-55367801)
chr3 (297-420)||(28228570-28228695)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (277-407)||(29452542-29452672)
chr6 (296-421)||(7156256-7156381)
chr6 (295-428)||(2543207-2543340)
chr6 (295-428)||(27312132-27312267)
chr6 (277-407)||(31170990-31171120)
chr6 (277-413)||(18742088-18742223)
chr6 (274-428)||(32274560-32274714)
chr6 (295-377)||(5008308-5008390)
chr6 (295-338)||(8504751-8504794)
chr6 (288-354)||(786536-786601)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (276-428)||(22645908-22646060)
chr5 (289-422)||(4939654-4939787)
chr5 (295-428)||(29875080-29875213)
chr5 (277-428)||(4695162-4695313)
chr5 (288-415)||(19574825-19574952)
chr5 (295-428)||(4145820-4145953)
chr5 (297-428)||(34208664-34208795)
chr5 (287-408)||(12096213-12096333)
chr5 (295-428)||(12398964-12399097)
chr5 (288-428)||(3077723-3077863)
chr5 (288-424)||(22528135-22528270)
chr5 (295-428)||(23090424-23090557)
chr5 (288-394)||(32144285-32144392)
chr5 (295-424)||(42757823-42757950)
chr5 (305-424)||(594124-594243)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (277-428)||(4055610-4055761)
chr1 (295-407)||(1236088-1236200)
chr1 (277-405)||(37875727-37875854)
chr1 (288-408)||(49112288-49112405)
chr1 (295-428)||(47669245-47669378)
chr1 (321-421)||(26842573-26842673)
chr1 (288-407)||(4817416-4817535)
chr1 (295-428)||(10737719-10737852)
chr1 (295-407)||(9831650-9831762)
chr1 (295-407)||(46220406-46220518)
chr1 (295-428)||(3384613-3384746)
chr1 (295-428)||(39241278-39241411)
chr1 (295-428)||(48564943-48565076)
chr1 (291-423)||(33846672-33846799)
chr1 (291-423)||(33947179-33947306)
chr1 (297-407)||(18126997-18127107)
chr1 (297-407)||(8889589-8889700)
chr1 (326-428)||(7414333-7414436)
chr1 (617-657)||(33988395-33988435)
chr1 (619-675)||(46674566-46674622)
chr1 (620-653)||(46676719-46676752)
chr1 (565-649)||(46703053-46703137)
chr1 (287-325)||(26841302-26841340)
chr1 (611-649)||(46680260-46680298)
chr1 (426-499)||(46676012-46676085)
[»] scaffold0103 (1 HSPs)
scaffold0103 (295-428)||(44746-44877)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 426 - 881
Target Start/End: Complemental strand, 21727609 - 21727158
Alignment:
Q  426 ttttatgctttatgtgttctctttctgctaaattttttgtggcataaaagcttgacaaaaatttggggttaatggccttcacattaacctccnnnnnnnn 525  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  21727609 ttttatgcttaatgtgttctctttctgctaaatcttttgtggcataaaagcttggcaaaaatttggggttaatggccttcacattaacctcctttttt-- 21727512  T
Q  526 cctttactgtttccacccttttttcagttattgtgatgcctttgctaccggagtctactgcacagaacactgcttatgtctggagtgcttaaataaacct 625  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21727511 --tttactgtttccacccttttttcagttattgtgatgcctttgctaccggagtctactgcacagaaccctgcttatgtctggagtgcttaaataaacct 21727414  T
Q  626 attaatgaagatacagttctgcaaactcgcagaaagattgagtcttgcaattcacacgtattttttcctaaagtcatatgaagttctgtttatttcctgt 725  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21727413 attaatgacgatacagttctgcaaactcgcaggaagatcgagtcttgcaattcacacgtattttttcctaaagtcataagaagttctgtttatttcctgt 21727314  T
Q  726 tcactgcggcggttgctacggtggttttatcaaccaccacgaccttttggagcctgaggtgtttcgaattgcaccgacggcggtttccttaaaccaagat 825  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21727313 tcaatgtggcggttgctacggtggttttatcaaccaccacgaccttttggagcctgaggtgtttcaaattgcaccgacgacggtttccttaaaccaagat 21727214  T
Q  826 tcccgctagttctgatgacgatgaagttgccggagataatacaccggagtctgaag 881  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  21727213 tcctgctagttccgatgacgatgaagttgctggagataattcactggagtctgaag 21727158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 198 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 21728028 - 21727798
Alignment:
Q  198 ttctatatttattttggaaaaatgattacctagttttatacatcacctaattacaaaattaatgccattgagtaggttctactccctcagttttttatct 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  21728028 ttctatatttattttggaaaaatgattacctagttttatacatcacctaattacaaaattaatgccattgagtaggttctactccctccgttttttatct 21727929  T
Q  298 tttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattca 397  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21727928 tttgatgttttagctcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattca 21727829  T
Q  398 catgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21727828 catgtgataaggcaaatgccacaactccttt 21727798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 21729587 - 21729397
Alignment:
Q  1 catctgtttgttttctacacttaagcnnnnnnnnccccctttcttcttgatttttctacaatggaagaac-aaagacctctctacattcatccttctgag 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||        |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||     
T  21729587 catctgtttgttttctacacttaagcttttttttcccc-tttcttcttgattcttctacaatggaagaacgaaaaacctatctacattcatccttctgac 21729489  T
Q  100 ttactcttggttttgcaaaatgctttgaacattccaacttttcaagtgaatctgatttgtgttggtggtctaggcacacatcctgtgttttt 191  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21729488 ttaatcttggttttgcaaaatgctttgaacattccaacttttcaagtgaatctgatttgtgttggtggtctaggcacacatcctgtgttttt 21729397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 15234014 - 15233881
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  15234014 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtatattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 15233915  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  15233914 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 15233881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 43040867 - 43041000
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  43040867 tcttttgatgttttagctattggcacaagttttaaggagtaattaaaatatataaatatttgtgtgatttttactaaaatgtccttatttatcattaaat 43040966  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  43040967 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 43041000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 288 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 41643160 - 41643020
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatg 387  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||  | |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||     
T  41643160 ttttttttcttttgatgttttaattcttggcacacattttaaagagtaattaaagtatataaatatttgtgtgttttttactaaaatgtccttatttatc 41643061  T
Q  388 attaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||| |||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  41643060 attaaattaacatgtgataaatcaaaggtcacaactacttt 41643020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 41252675 - 41252541
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatg-ttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa 393  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  41252675 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtttttttacttaaatgtccttatttatcattaaa 41252576  T
Q  394 ttcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  41252575 ttcacatgtgataaaacaaatgtcacaactacttt 41252541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 35792925 - 35793058
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||  ||||| |||||||    
T  35792925 tcttttgatgttttaactcttgacataagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtcctgatttatcattaaat 35793024  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||||| |||||  |||||| ||||||| ||||    
T  35793025 tcacatgcgataaaccaaatgtcacaactacttt 35793058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 296 - 428
Target Start/End: Original strand, 31903400 - 31903531
Alignment:
Q  296 cttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaatt 395  Q
    |||||||||||||| || ||||||| | | ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  31903400 cttttgatgttttagcttttggcacgacttttaaggagtaattaaagtatataa-tatttgtgtgtttttgaccaaaatgtccttatttatcattaaatt 31903498  T
Q  396 cacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  31903499 cacatgtgataatccaaaggtcacaactacttt 31903531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 44104564 - 44104677
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatg-ttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa 393  Q
    |||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||  ||| ||||||| || ||||| ||||||    
T  44104564 tcttttgatgttttaacttttgacataagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtttttttacttaaatgtctttatttatcattaaa 44104663  T
Q  394 ttcacatgtgataa 407  Q
    ||||||||||||||    
T  44104664 ttcacatgtgataa 44104677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 371 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 31296266 - 31296209
Alignment:
Q  371 aaatgtccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||| ||||    
T  31296266 aaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaatatcacaactacttt 31296209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 4e-56; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 277 - 432
Target Start/End: Original strand, 26025528 - 26025683
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26025528 tactccctccgttttttatcttttgatgttttagctcttggcacaagtcttagggagtaattaaagtatagaaatatttgtatgttttggactaaaatgt 26025627  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttttatg 432  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||  |||||||    
T  26025628 ccttatttatgattaaattcacatgtgataagccaaaggtcacaactagttttatg 26025683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 278 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 39482138 - 39482009
Alignment:
Q  278 actccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtc 377  Q
    ||||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  39482138 actccctccatttcttttcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtatttttgactaaaatgtc 39482039  T
Q  378 cttgtttatgattaaattcacatgtgataa 407  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  39482038 cttatttagtattaaattcacatgtgataa 39482009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 30469231 - 30469343
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  30469231 tcttttgatgttttaactcttgacacaagttttaagaagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtcattgtttatcattaaat 30469330  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  30469331 tcacatgtgataa 30469343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 297 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 18835964 - 18835833
Alignment:
Q  297 ttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattc 396  Q
    ||||||||||||| || || |||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  18835964 ttttgatgttttatcttttcgcacaaattttaaggagtaattaaaatatataaatatttgtgtgtttttaactaaaatgtccttatttatcattaaattc 18835865  T
Q  397 acatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  18835864 acatgtgataaatcaaatgtcacaactacttt 18835833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 8955794 - 8955927
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  8955794 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 8955893  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  8955894 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 8955927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 33288422 - 33288556
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtat-gttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa 393  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  ||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  33288422 tcttttgatgttttagctattgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtatttttttacttaaatgtccttatttatcattaaa 33288521  T
Q  394 ttcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  33288522 ttcacatgtgataaaccaaatgtcacaactacttt 33288556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 36971307 - 36971195
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||| ||||| ||||| |||||||    
T  36971307 tcttttgatgttttagcttttgacacaagttttaagaagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatatccttatttatcattaaat 36971208  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  36971207 tcacatgtgataa 36971195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 295 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 49162347 - 49162249
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa 393  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  49162347 tcttttgatgttttagctattggcacaagttttaaagagtaattaaagtatataaatatttgtgtgatttttactaaaatgtccttatttatcattaaa 49162249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 34334594 - 34334479
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtat---ataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgatta 391  Q
    |||||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| |||||||||||||  ||| ||||||| || ||||| ||||    
T  34334594 tcttttgatgattaaactcttaacacaagtcttaaggagtaattaaagtatataataaacatttgtatgttttttacttaaatgtctttatttatcatta 34334495  T
Q  392 aattcacatgtgataa 407  Q
    ||||||||||||||||    
T  34334494 aattcacatgtgataa 34334479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 45591001 - 45590868
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||| ||| ||||| |||||||    
T  45591001 tcttttgatgttttagctcttgacataagttgtaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgttcttatttatcattaaat 45590902  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||| |||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  45590901 tcatatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 45590868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 288 - 407
Target Start/End: Original strand, 50774069 - 50774188
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatg 387  Q
    |||||| | |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||   ||| |||||     
T  50774069 ttttttttttttttatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgttttttacttaaataatcttatttatc 50774168  T
Q  388 attaaattcacatgtgataa 407  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  50774169 attaaatttacatgtgataa 50774188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 303 - 424
Target Start/End: Original strand, 33108924 - 33109045
Alignment:
Q  303 tgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattcacatgt 402  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||| |||||||||  ||||||  | ||| ||||| |||||||| ||||||    
T  33108924 tgttttaactcttgacacaagtcttaagaaataattaaattatataaatatttctatgttttgagctaaaaaattcttatttataattaaatttacatgt 33109023  T
Q  403 gataaggcaaatgccacaactc 424  Q
     ||||| |||| | ||||||||    
T  33109024 aataagacaaaggtcacaactc 33109045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 107; Significance: 4e-53; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 277 - 427
Target Start/End: Original strand, 32183481 - 32183631
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32183481 tactccctccattttttatcttttgatgttttagctcttggcacaagtcttaaggagtaattaaagcatagaaatatttgtatgttttggactaaaatgt 32183580  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactcctt 427  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | | |||||||||    
T  32183581 ccttatttatgattaaattcacatgtgataagccaaaggtcgcaactcctt 32183631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 13469526 - 13469637
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||   || |||||||||| ||||| |||||||    
T  13469526 tcttttgatgttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttt-tccttaaatgtccttatttatcattaaat 13469624  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  13469625 tcacatgtgataa 13469637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 277 - 428
Target Start/End: Original strand, 2508796 - 2508947
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||| ||| ||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| ||||||    
T  2508796 tactccatcaatttcttttcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgt 2508895  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  2508896 ccttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 2508947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 33837747 - 33837880
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  33837747 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 33837846  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  33837847 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 33837880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 45334294 - 45334427
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  45334294 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 45334393  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  45334394 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 45334427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 9740245 - 9740111
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgt-atgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa 393  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||  | ||||  ||| ||||||| || ||||| ||||||    
T  9740245 tcttttgatgttttaactcttgacacaagttttagggagtaattaaagtatataaacatttgtgtttttttttacttaaatgtcattatttatcattaaa 9740146  T
Q  394 ttcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  9740145 ttcacatgtgataaaccaaatgtcacaactacttt 9740111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 38495490 - 38495623
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||  ||| |||| ||||| ||||| |||||||    
T  38495490 tcttttgatgttttagctcttgacataagttttaaggagtaattaaaatatataaacatttgtgtgttttttacttaaatatccttatttatcattaaat 38495589  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||||| || |||| ||||    
T  38495590 tcacatgtgataaaccaaatgtcataactacttt 38495623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 2626256 - 2626368
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa- 393  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  | | |||||||||| ||||| ||||||     
T  2626256 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtttt-tatttaaatgtccttatttatcattaaat 2626354  T
Q  394 ttcacatgtgataa 407  Q
    ||||||||||||||    
T  2626355 ttcacatgtgataa 2626368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 25106470 - 25106337
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||  | | |||| ||||| ||||| |||||||    
T  25106470 tcttttgatgttttagcttttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacacttgtgtgttttttatttaaatttccttatttatcattaaat 25106371  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  25106370 tcacatgtgataaaccaaaagtcacaactacttt 25106337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 28379206 - 28379073
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  |||||  ||| |||||||||| |||||  ||||||    
T  28379206 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtgattaaagtatataaacatttgtgcgttttttacttaaatgtccttatttatccttaaat 28379107  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||||| |||||  |||| | ||||||| ||||    
T  28379106 tcacatgcgataaatcaaaggtcacaactacttt 28379073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 101; Significance: 1e-49; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 288 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 48049268 - 48049128
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatg 387  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  48049268 ttttttatcttttgatgttttagctcttggcacaagtcttaagtagtaattaaagtatagaaatatttgtatgtttttgactaaaatgtccttatttatg 48049169  T
Q  388 attaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||||    
T  48049168 attaaatttacatgtgataagccaaaggtcacaactccttt 48049128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 293 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 12252333 - 12252198
Alignment:
Q  293 tatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaa 392  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12252333 tatcttttgatgttttaacacttggcacaagtcttaaggagtaattaatgtatagaaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttatttatgattaa 12252234  T
Q  393 attcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||||| |||| | || |||||||||    
T  12252233 attcacatgtgataagccaaaagtcataactccttt 12252198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 276 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 46690141 - 46689993
Alignment:
Q  276 ctactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatg 375  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46690141 ctactccctccattttttatcttttgatgttttagctcttggcacaaatcttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatg 46690042  T
Q  376 tccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||     |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  46690041 tc----attataattaaattcacatgtgataagccaaatgtcacaacttcttt 46689993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 277 - 428
Target Start/End: Original strand, 9215463 - 9215613
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9215463 tactccctctattttttatcttttgatgttttagctcttggtacaaatcttaagaagtaattaaagtacataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 9215562  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||  |||| ||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||    
T  9215563 cctt-attataattaaattcacatgtgataaatcaaaggtcacaactccttt 9215613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 277 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 33974771 - 33974640
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |    
T  33974771 tactcgctctgttttttatcttttgacgttttagctcttggcacaagtcttaaggagtaattaaagtatagaaatattggtatgtattggactaaaatat 33974672  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataag 408  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  33974671 ccttatttatgattaaactcacatgtgataag 33974640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 278 - 424
Target Start/End: Original strand, 31858093 - 31858239
Alignment:
Q  278 actccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtc 377  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| || |||||| ||    
T  31858093 actccttccgttttttatcttttgatgttttaactcttgacacaaatcttaaggagtaattaaagaatataaacatttgtatgtttttgattaaaatatc 31858192  T
Q  378 cttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactc 424  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||    
T  31858193 cttatttatgattaaatttacatgtgataagtcaaaggtcacaactc 31858239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 289 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 5515044 - 5514909
Alignment:
Q  289 tttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatga 388  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| || ||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  5515044 tttttatcttttgatgtattagctcttgacacaagtcttaatgaataattaaaatataaaaatatttgtatgttttgtactaaaatgttcttatttatga 5514945  T
Q  389 ttaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactc 424  Q
    |||||||||||||||||||  |||| | ||||||||    
T  5514944 ttaaattcacatgtgataaatcaaaggtcacaactc 5514909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 277 - 423
Target Start/End: Original strand, 22753068 - 22753214
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||  ||| |||| |||||||||||||  ||| | |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22753068 tactccctccatttcttatattttgatgttttagttctggacacaagtcttaatgagtaattgaagcataaaaatatttgaatgttttggactaaaatgt 22753167  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaact 423  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||    
T  22753168 ctttatttatcattaaattcacatgtgataagtcaaaggtcacaact 22753214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4405368 - 4405235
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4405368 tcttttgatgttttagctattggcacaagttttaaggagtaattaaaatatataaatatttgtgtgatttttactaaaatgtccttatttatcattaaat 4405269  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  4405268 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 4405235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 6387710 - 6387843
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  6387710 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 6387809  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  6387810 tcacatgtgataaaccaaatgtcacaactacttt 6387843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 17904422 - 17904289
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  17904422 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 17904323  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  17904322 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 17904289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 26770438 - 26770305
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||| ||||| ||||| |||||||    
T  26770438 tcttttgatgttttaattcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatatccttatttatcattaaat 26770339  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  26770338 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 26770305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 29427182 - 29427294
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| ||||||| || ||||| |||||||    
T  29427182 tcttttgatgttttacctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtctttatttatcattaaat 29427281  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  29427282 tcacatgtgataa 29427294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 46467353 - 46467465
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||| ||| ||||| |||||||    
T  46467353 tcttttgatgttttaactcttgacacaaattttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgttcttatttatcattaaat 46467452  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  46467453 tcacatgtgataa 46467465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 294 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 7839316 - 7839186
Alignment:
Q  294 atcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa 393  Q
    |||||||||| ||||| || ||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||     ||||||||||||    
T  7839316 atcttttgatattttagctgttatcacaagtattaaggagtaattaaagtatataaatatttgtatgttttgaaataaaatgta----tttatgattaaa 7839221  T
Q  394 ttcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||    
T  7839220 ttcacatgtaataaaccaaatgtcacaactccttt 7839186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 29890844 - 29890977
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  29890844 tcttttgatgttttagcttttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacacttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 29890943  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  29890944 tcacatgtgataaaccaaaagtcacaactacttt 29890977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 297 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 9876520 - 9876389
Alignment:
Q  297 ttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattc 396  Q
    |||| |||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  9876520 tttttatgttttagctattggcataagttttaaggagtaattaaaatatataaatatttgtgtgatttttactaaaatgtccttatttatcattaaattc 9876421  T
Q  397 acatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  9876420 acatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 9876389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 277 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 6390001 - 6389887
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||    
T  6390001 tactccctcaattctttttcttttgatgttttaactcttgacacaagttttaagaagtagttaaagtatataaatatttgtgtgttttttacttaaatgt 6389902  T
Q  377 ccttgtttatgatta 391  Q
    |||| ||||| ||||    
T  6389901 ccttatttatcatta 6389887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 37179349 - 37179483
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatg-ttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa 393  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||| || ||||  ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  37179349 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaatgaaagtatatagacatttgtgtgtttttttacttaaatgtccttgtttatcattaaa 37179448  T
Q  394 ttcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  37179449 ttcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 37179483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 31502670 - 31502805
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatg--ttttggactaaaatgtccttgtttatgattaa 392  Q
    ||||||||||||||| ||||||   ||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||  ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||    
T  31502670 tcttttgatgttttagctcttgatgcaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttttacttaaatgtccttatttatcattaa 31502769  T
Q  393 attcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||    
T  31502770 attcacatgtgataagccaaaagtcacaactacttt 31502805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 277 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 9332598 - 9332467
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtat-gttttggactaaaatg 375  Q
    |||||||||  ||| || ||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |  ||||  |||||||||    
T  9332598 tactccctccatttcttttcttttgatattttagctcttaacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtatttttttactaaaatg 9332499  T
Q  376 tccttgtttatgattaaattcacatgtgataa 407  Q
    ||||| ||||  ||||||||||||||||||||    
T  9332498 tccttatttagtattaaattcacatgtgataa 9332467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 318 - 407
Target Start/End: Original strand, 41921896 - 41921984
Alignment:
Q  318 cacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattcacatgtgataa 407  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  41921896 cacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgttttttt-acttaaatgtccttatttatcattaaattcacatgtgataa 41921984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 287 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 33915984 - 33915850
Alignment:
Q  287 gttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttat 386  Q
    |||||| |||||||| ||||||| || |||| | ||||| ||  |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||  ||||    
T  33915984 gtttttcatcttttggtgttttagcttttggaataagtcatagtgagtaattaaaatatatgaatatttgtatgttttgaactaaaaaatcctt-attat 33915886  T
Q  387 gattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaac 422  Q
     |||||||||| || |||||||||||| | ||||||    
T  33915885 aattaaattcatatatgataaggcaaaggtcacaac 33915850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 347
Target Start/End: Original strand, 19523813 - 19523863
Alignment:
Q  297 ttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatat 347  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  19523813 ttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatat 19523863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 276 - 428
Target Start/End: Original strand, 49040843 - 49040995
Alignment:
Q  276 ctactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatg 375  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49040843 ctactccctccgctttttatcttttgatgttttagctcctggcacaagtcttgaggagtaattaagttatagaaatatttgtatgttttagactaaaatg 49040942  T
Q  376 tccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| | | ||||||||||    
T  49040943 tccttgtttatgattaaattcacatttgataaaccaaaggtcccaactccttt 49040995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 277 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 840849 - 840730
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  840849 tactccctccattttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaagaaataattaaagtatagaaaaatttgtatgttttggactaaaatgt 840750  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattc 396  Q
    |||| |||| ||||||||||    
T  840749 ccttatttaggattaaattc 840730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 278 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 21974425 - 21974275
Alignment:
Q  278 actccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtc 377  Q
    ||||||||  ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||    
T  21974425 actccctccatttattttcttttgatgttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtctatttttgactaaaatatc 21974326  T
Q  378 cttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  21974325 cttatttagtattaaattcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 21974275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 278 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 21996856 - 21996706
Alignment:
Q  278 actccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtc 377  Q
    ||||||||  ||| || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||    
T  21996856 actccctccatttattttcttttgatgttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtctatttttgactaaaatatc 21996757  T
Q  378 cttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  21996756 cttatttagtattaaattcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 21996706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 278 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 22157534 - 22157384
Alignment:
Q  278 actccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtc 377  Q
    ||||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  22157534 actccctccatttattttcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtctatttttgactaaaatgtc 22157435  T
Q  378 cttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  22157434 cttatttagtattaaattcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 22157384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 32677495 - 32677628
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  32677495 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 32677594  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  32677595 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 32677628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 38855576 - 38855443
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  38855576 tcttttgatgttttagctattggcacaagttttaaggagtaattaaaatatataaatatttgtgtgatttttactaaaatgtccttatttatcattaaat 38855477  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  38855476 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 38855443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 1352014 - 1352126
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  1352014 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 1352113  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  1352114 tcacatgtgataa 1352126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 18997226 - 18997093
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  18997226 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgcgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 18997127  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  18997126 tcacatgtgataaaccaaaagtcacaactacttt 18997093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 18999765 - 18999632
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  18999765 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgcgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 18999666  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  18999665 tcacatgtgataaaccaaaagtcacaactacttt 18999632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 36737852 - 36737985
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||| ||||| ||||| |||||||    
T  36737852 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggaataattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatatccttatttatcattaaat 36737951  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  36737952 tcacatgtgataaatcaaatgtcacaactacttt 36737985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 39518666 - 39518533
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  39518666 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaatgagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 39518567  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||||| || |||| ||||    
T  39518566 tcacatgtgataaatcaaatgtcataactacttt 39518533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 39806997 - 39807130
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||| ||| ||||| |||||||    
T  39806997 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgttcttatttatcattaaat 39807096  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  39807097 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 39807130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 41349389 - 41349522
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  41349389 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 41349488  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  41349489 tcacatgtgataaatcaaaggtcacaactacttt 41349522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 29014708 - 29014820
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  29014708 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaagaagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 29014807  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  29014808 tcacatgtgataa 29014820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 29371556 - 29371668
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  29371556 tcttttgatgttttagctcttgacacaaattttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 29371655  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  29371656 tcacatgtgataa 29371668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 39529008 - 39528875
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  39529008 tcttttgatgttttagcttttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 39528909  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  39528908 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 39528875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 295 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 32840208 - 32840079
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatg-ttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa 393  Q
    ||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||  ||| |||||| ||| ||||| ||||||    
T  32840208 tcttttgatattttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtttttttacttaaatgttcttatttatcattaaa 32840109  T
Q  394 ttcacatgtgataaggcaaatgccacaact 423  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  32840108 ttcacatgtgataaaccaaatgtcacaact 32840079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 305 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 55367801 - 55367714
Alignment:
Q  305 ttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaa 392  Q
    ||||| ||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||    
T  55367801 ttttagctcttgatacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaa 55367714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 28228695 - 28228570
Alignment:
Q  297 ttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattg---aagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaa 393  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||||| ||||| |||||||    ||||||||||| |||||| ||||||  ||| ||||| | || ||||| ||||||    
T  28228695 ttttgatgttttggctcttgacacaagttttaagaagtaattattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgccatt-tttatcattaaa 28228597  T
Q  394 ttcacatgtgataaggcaaatgccaca 420  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||    
T  28228596 ttcacatgtgataaaccaaatgtcaca 28228570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 83; Significance: 8e-39; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 277 - 407
Target Start/End: Original strand, 29452542 - 29452672
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||  ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||    
T  29452542 tactccctctatttattttcttttgatgttttaactcttggcacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttgactaaaaagt 29452641  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataa 407  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  29452642 cattatttatcattaaattcacatgtgataa 29452672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 296 - 421
Target Start/End: Original strand, 7156256 - 7156381
Alignment:
Q  296 cttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaatt 395  Q
    |||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  7156256 cttttgatgttttagctcttgatacaagttttaaggaataattaaagtatataaatatttgtgtgtctttgactaaaatatccttatttatcattaaatt 7156355  T
Q  396 cacatgtgataaggcaaatgccacaa 421  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||    
T  7156356 cacatgtgataaaccaaatgtcacaa 7156381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 2543340 - 2543207
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| || ||| ||||||  ||| ||||||| || ||||| |||||||    
T  2543340 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaagaagtaattaaagtatataaacatctgtgtgttttttacttaaatgtctttatttatcattaaat 2543241  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  2543240 tcacatgtgataaaccaaatgtcacaactacttt 2543207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 27312132 - 27312267
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttgg-cacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatg-ttttggactaaaatgtccttgtttatgattaa 392  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||    
T  27312132 tcttttgatgttttagctcttagacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttttacttaaatgtccttatttatcattaa 27312231  T
Q  393 attcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  27312232 attcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 27312267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 277 - 407
Target Start/End: Original strand, 31170990 - 31171120
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||  ||| || ||||||||| |||||  |||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| || |||||| |    
T  31170990 tactccctccatttcttttcttttgatattttagttcttagcacaaattttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtatttttgattaaaatat 31171089  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataa 407  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  31171090 ccttatttatcattaaattcacatgtgataa 31171120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 277 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 18742223 - 18742088
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |    
T  18742223 tactccctccatttcttttcttttgatgttttacctcttggcacaagtcttaaggaataattaatgtataaaaatatttgtgtgtttt-gactaaaatat 18742125  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaa 413  Q
    |||| | ||| | ||||||| ||||| ||||| ||||    
T  18742124 ccttatatatcaataaattctcatgtcataagccaaa 18742088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 274 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 32274714 - 32274560
Alignment:
Q  274 ttctactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaa 373  Q
    ||||||||||||  ||  || ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||    
T  32274714 ttctactccctccattcattttcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaa 32274615  T
Q  374 tgtccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||| | ||||| |||||| |||||| ||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  32274614 tgtccgtatttatcattaaagtcacatatgataaaccaaaggtcacaactacttt 32274560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 295 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 5008390 - 5008308
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtc 377  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||    
T  5008390 tcttttgatgttttagctcttaacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgttttttacttaaatgtc 5008308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 295 - 338
Target Start/End: Original strand, 8504751 - 8504794
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaatt 338  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||    
T  8504751 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaatt 8504794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 288 - 354
Target Start/End: Original strand, 786536 - 786601
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatt 354  Q
    ||||||||||||| ||| ||||  ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  786536 ttttttatcttttaatgctttagttcttg-cacaagtcttaaggaataattaaagtatagaaatatt 786601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 81; Significance: 1e-37; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 276 - 428
Target Start/End: Original strand, 22645908 - 22646060
Alignment:
Q  276 ctactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatg 375  Q
    ||||||||||| ||| || |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  22645908 ctactccctcaatttcttttcttttaatgttttagctcttggcacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgttttttactaaaata 22646007  T
Q  376 tccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  22646008 tccttatttatcattaaattcacatgtgataaatcaaaagtcacaactacttt 22646060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 289 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 4939787 - 4939654
Alignment:
Q  289 tttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatga 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||||| | | || ||||| |    
T  4939787 tttttatcttttgatgttttaactcttgacataagtcttaataagtaattaaaatatataagtatttgtatgttttggattaaaaagcctttatttataa 4939688  T
Q  389 ttaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaac 422  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  4939687 ttaaattcacatgtgataagtcgaatgtcacaac 4939654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 29875213 - 29875080
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  29875213 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 29875114  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  29875113 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 29875080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 277 - 428
Target Start/End: Original strand, 4695162 - 4695313
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||  ||| || |||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| ||||||    
T  4695162 tactccctccatttcttttcttttgatgttatagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgt 4695261  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||    
T  4695262 ccttatttattattaaattcacatgtgataaaccaaatgtcacaactacttt 4695313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 288 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 19574952 - 19574825
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatg 387  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| |  ||||| ||  || |||||     
T  19574952 ttttttattttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaagaagtaattaaagtatataaatatttgtattttttagggtaaaaagtttttatttata 19574853  T
Q  388 attaaattcacatgtgataaggcaaatg 415  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||    
T  19574852 attaaattcacatacgataagtcaaatg 19574825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4145953 - 4145820
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  4145953 tcttttgatgttttagttcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 4145854  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  4145853 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 4145820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 297 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 34208795 - 34208664
Alignment:
Q  297 ttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattc 396  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||||    
T  34208795 ttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaattc 34208696  T
Q  397 acatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||| ||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  34208695 acatatgataaaccaaaggtcacaactacttt 34208664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 287 - 408
Target Start/End: Original strand, 12096213 - 12096333
Alignment:
Q  287 gttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttat 386  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||||| |||||| |||||||||||||| ||  |||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  12096213 gttttttatcttgtgatgttt-agctcttgacacaagacttaaggagtaattaaatcatataagtatttgtatcttatggactaaaatgtccttctttat 12096311  T
Q  387 gattaaattcacatgtgataag 408  Q
     ||||||||| |||||||||||    
T  12096312 aattaaattcgcatgtgataag 12096333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 12398964 - 12399097
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||| ||| ||||| |||||||    
T  12398964 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgttcttatttatcattaaat 12399063  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  12399064 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 12399097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 288 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 3077863 - 3077723
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatg 387  Q
    |||||| | |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||  ||| |||||||||| |||||     
T  3077863 ttttttttttttttatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatc 3077764  T
Q  388 attaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||| |||||||||   ||||| ||||||| ||||    
T  3077763 attaaattcatatgtgataaacaaaatgtcacaactacttt 3077723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 288 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 22528270 - 22528135
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatg 387  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| | ||| ||||||| |||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||    
T  22528270 ttttttatcatttaatgttttaatttttgacacaagttttaagc-gtaattaaagtatagaaatatttgtatgttttggattaaaatatttttatttatg 22528172  T
Q  388 attaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactc 424  Q
    |||||||||| |||||||||| |||| | ||||||||    
T  22528171 attaaattcatatgtgataagccaaaggtcacaactc 22528135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23090557 - 23090424
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||||| | ||||  ||| |||||| ||| ||||| |||||||    
T  23090557 tcttttgatgttttacctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatacaaacatttgtgtattttttacttaaatgttcttatttatcattaaat 23090458  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||| ||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  23090457 tcacatatgataaaccaaaggtcacaactacttt 23090424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 288 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 32144392 - 32144285
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggc-acaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttat 386  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||| |  | |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||    
T  32144392 ttttttatcttttgatgtttaagctcttagatataagtcttaaggagtaattaacgtatataaatatttttatgtttcgaactaaaaagtccttgtttat 32144293  T
Q  387 gattaaat 394  Q
     |||||||    
T  32144292 aattaaat 32144285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 295 - 424
Target Start/End: Original strand, 42757823 - 42757950
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||   |||| ||||||  ||| ||||||  || ||||| |||||||    
T  42757823 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaa-cgttgtgtgtttt-tacttaaatgtttttatttatcattaaat 42757920  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactc 424  Q
    |||||||||||||  |||||| || |||||    
T  42757921 tcacatgtgataaaccaaatgtcataactc 42757950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 305 - 424
Target Start/End: Original strand, 594124 - 594243
Alignment:
Q  305 ttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattcacatgtga 404  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||||| ||||||||||||||| || |||||  || | |||||||| |||||||     
T  594124 ttttaactcttaacacaagtcttaaggagtaattaaaacataaaaatatttatatgttttggactaagatatccttaatttttattaaatttacatgtgt 594223  T
Q  405 taaggcaaatgccacaactc 424  Q
    |||  |||||  ||||||||    
T  594224 taaaccaaatatcacaactc 594243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 277 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4055761 - 4055610
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    ||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||    
T  4055761 tactcccttcgttctttttcttttgatgttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttcacttaaatgt 4055662  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    | || ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||  |||||| ||||    
T  4055661 ctttatttatcattaaattcacatgtgataaaccaaatgttacaactacttt 4055610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Original strand, 1236088 - 1236200
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  1236088 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 1236187  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  1236188 tcacatgtgataa 1236200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 277 - 405
Target Start/End: Original strand, 37875727 - 37875854
Alignment:
Q  277 tactccctcagttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgt 376  Q
    |||||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  37875727 tactccctccatttcttttcttttgatgttttagctcttggcacaagtcttaaggaataattaatgtatagaaatatttgtatgtttt-gactaaaatat 37875825  T
Q  377 ccttgtttatgattaaattcacatgtgat 405  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  37875826 ccttatttatcattaaattcacatttgat 37875854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 288 - 408
Target Start/End: Original strand, 49112288 - 49112405
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatg 387  Q
    ||||||||||||| ||||||||  |||| |   ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  49112288 ttttttatcttttcatgttttagttcttag---aagtcttaaagagtaattaaagtataaaaatatttgtatgttttggactaaaatatccttatttatg 49112384  T
Q  388 attaaattcacatgtgataag 408  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  49112385 attaaattcacatgtggtaag 49112405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 47669378 - 47669245
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  47669378 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 47669279  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  47669278 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 47669245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 321 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 26842673 - 26842573
Alignment:
Q  321 aagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccaca 420  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  26842673 aagtcttaaggagtaattaaagtatagaaatatgtatatgttttagactaaaatatccttatttatgattaaattcacatgtgataagtcaaatgtcaca 26842574  T
Q  421 a 421  Q
    |    
T  26842573 a 26842573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 288 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 4817535 - 4817416
Alignment:
Q  288 ttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatg 387  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||  ||| |||||||||| |||||     
T  4817535 ttttttttttttttatgttttaactcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtgttttacttaaatgtccttatttatc 4817436  T
Q  388 attaaattcacatgtgataa 407  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  4817435 attaaattcacatgtgataa 4817416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 10737719 - 10737852
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  10737719 tcttttgatgttttagctcttgatacaagttttaaggagcaattaaagtatataaatatttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 10737818  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    ||| |||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  10737819 tcagatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 10737852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 9831762 - 9831650
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| |||||| ||| ||||| |||||||    
T  9831762 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaaatgttcttatttatcattaaat 9831663  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  9831662 tcacatgtgataa 9831650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 295 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 46220518 - 46220406
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||  ||| || ||||||| ||||| |||||||    
T  46220518 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtattttttacttaattgtccttatttatcattaaat 46220419  T
Q  395 tcacatgtgataa 407  Q
    |||||||||||||    
T  46220418 tcacatgtgataa 46220406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Original strand, 3384613 - 3384746
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||  ||| ||||||  || ||||| |||||||    
T  3384613 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacgtttgtgtgttttttacttaaatgtttttatttatcattaaat 3384712  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  3384713 tcacatgtgataaatcaaaggtcacaactacttt 3384746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 39241411 - 39241278
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| || || | ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| | ||| ||||| |||||||    
T  39241411 tcttttgatgttttagctcttgacataaattttaagaagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttgaccaaaatattcttatttatcattaaat 39241312  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  39241311 tcacatgtgataaatcaaaagtcacaactacttt 39241278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 48565076 - 48564943
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||  || ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  48565076 tcttttgatgttttggcttttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacacttgtgtgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 48564977  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  48564976 tcacatgtgataaaccaaaagtcacaactacttt 48564943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 291 - 423
Target Start/End: Original strand, 33846672 - 33846799
Alignment:
Q  291 tttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgatt 390  Q
    |||||||||||||||||||| |||||     |||||||| |||||||| || |||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||  |||||||| |||    
T  33846672 tttatcttttgatgttttaattcttg-----agtcttaaagagtaattaaaatatataaataattgtatattttggattaaaaagtatttgtttataatt 33846766  T
Q  391 aaattcacatgtgataaggcaaatgccacaact 423  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  33846767 aaattcacatgtaataagtcaaatgtcacaact 33846799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 291 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 33947306 - 33947179
Alignment:
Q  291 tttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgatt 390  Q
    |||||||||||||||||||| |||||     |||||||| |||||||| || |||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||  |||||||| |||    
T  33947306 tttatcttttgatgttttaattcttg-----agtcttaaagagtaattaaaatatataaataattgtatattttggattaaaaagtatttgtttataatt 33947212  T
Q  391 aaattcacatgtgataaggcaaatgccacaact 423  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  33947211 aaattcacatgtaataagtcaaatgtcacaact 33947179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 297 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 18127107 - 18126997
Alignment:
Q  297 ttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattc 396  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||  ||| |||| | ||| ||||| |||||||||    
T  18127107 ttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaacatttgtgtgtgttttacttaaatattcttttttatcattaaattc 18127008  T
Q  397 acatgtgataa 407  Q
    |||||||||||    
T  18127007 acatgtgataa 18126997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 297 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 8889700 - 8889589
Alignment:
Q  297 ttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatg-ttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaatt 395  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||| | |||||| || ||||  ||| ||||||| || ||||| ||||||||    
T  8889700 ttttgatgttttagctcttgacacaagttttaagaagtaattaaagtatatatacatttgtgtgtttttttacttaaatgtcattatttatcattaaatt 8889601  T
Q  396 cacatgtgataa 407  Q
    ||||||||||||    
T  8889600 cacatgtgataa 8889589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 7414436 - 7414333
Alignment:
Q  326 ttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatg-ttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaattcacatgtgataaggcaaatgccacaactc 424  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||  ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||     
T  7414436 ttaaggagtaattaaagtatataaatatttgtgtgtttttttacttaaatatccttatttatcattaaattcacatatgataaaccaaatgtcacaacta 7414337  T
Q  425 cttt 428  Q
    ||||    
T  7414336 cttt 7414333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 617 - 657
Target Start/End: Original strand, 33988395 - 33988435
Alignment:
Q  617 aataaacctattaatgaagatacagttctgcaaactcgcag 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33988395 aataaacctattaatgaagatacagttctgcaaacttgcag 33988435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 619 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 46674622 - 46674566
Alignment:
Q  619 taaacctattaatgaagatacagttctgcaaactcgcagaaagattgagtcttgcaa 675  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  46674622 taaacctattaatgaagatacacttcttcaaactcgcatgaagattgagtcatgcaa 46674566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 620 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 46676752 - 46676719
Alignment:
Q  620 aaacctattaatgaagatacagttctgcaaactc 653  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46676752 aaacctattaatgaagatacagttctgcaaactc 46676719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 565 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 46703137 - 46703053
Alignment:
Q  565 ctttgctaccggagtctactgcacagaacactgcttatgtctggagtgcttaaataaacctattaatgaagatacagttctgcaa 649  Q
    ||||||| | ||||||||||||| || ||  |||| |||||  || ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  46703137 ctttgctgctggagtctactgcataggaccttgctcatgtcaagactgcttgaataaagctattaatgaagataaagttctgcaa 46703053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 287 - 325
Target Start/End: Original strand, 26841302 - 26841340
Alignment:
Q  287 gttttttatcttttgatgttttaactcttggcacaagtc 325  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  26841302 gttttttatcttttgttgttttaactcttagcacaagtc 26841340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 611 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 46680298 - 46680260
Alignment:
Q  611 tgcttaaataaacctattaatgaagatacagttctgcaa 649  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46680298 tgcttgaataaacctattaatgaagattcagttctgcaa 46680260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 426 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 46676085 - 46676012
Alignment:
Q  426 ttttatgctttatgtgttctctttctgctaaattttttgtggcataaaagcttgacaaaaatttggggttaatg 499  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| ||  ||| ||| ||||||| |||||| | ||||||    
T  46676085 ttttatgcttaacgtgttctctttctgctaatttttttttgatatataagattgacaagaatttgagcttaatg 46676012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0103 (Bit Score: 67; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0103
Description:

Target: scaffold0103; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 295 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 44877 - 44746
Alignment:
Q  295 tcttttgatgttttaactcttggcacaagtcttaaggagtaattgaagtatataaatatttgtatgttttggactaaaatgtccttgtttatgattaaat 394  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  44877 tcttttgatgttttagctcttgacacaagttttaaggagtaattaaagtatataaatatttg--tgttttttacttaaatgtccttatttatcattaaat 44780  T
Q  395 tcacatgtgataaggcaaatgccacaactccttt 428  Q
    |||||||||||||  |||| | ||||||| ||||    
T  44779 tcacatgtgataaaccaaaggtcacaactacttt 44746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University