View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7607_high_3 (Length: 662)

Name: NF7607_high_3
Description: NF7607
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7607_high_3
NF7607_high_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-650)||(6185853-6186482)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 622; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 650
Target Start/End: Original strand, 6185853 - 6186482
Alignment:
Q  21 ccagctatataacatggtgaataatttaaaccctatgatgtgtttgagttgaacatatcttggattcagaagtatttgttggaattttcctattgctaga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6185853 ccagctatataacatggtgaataatttaaaccctatgatgtgtttgagttgaacatatcttggattcagcagtatttgttggaattttcctattgctaga 6185952  T
Q  121 ccacaaaatctacatgatatgtcacatacaaatatcttaattatttgtgttatgcaaatgaatgtgataattataactatatatataaatcacatttcac 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6185953 ccacaaaatctacatgatatgtcacatacaaatatcttaattatttgtgttatgcaaatgaatgtgataattataactatatatataaatcacatttcac 6186052  T
Q  221 aaggaagataaattattggaatgattggagcatgattgcaggttacctttagggtttaggtgtctagctagttgtttttgctacaattgtggctaagtgt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6186053 aaggaagataaattattggaatgattggagcatgattgcaggttacctttagggtttaggtgtctagctagttgtttttgctacaattgtggctaagtgt 6186152  T
Q  321 tttctcaattattttacatgatagctatgtaacaagtaaagattattattatgaaaatgaaaagaacagaaaacaaggggaaggtcaaaataaaatataa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6186153 tttctcaattattttacatgatagctatgtaacaagtaaagattattattatgaaaatgaaaagaacagaaaacaaggggaaggtcaaaataaaatataa 6186252  T
Q  421 taaatgtcacaataagttggtattgttcaattgcggagcaaagtgtctacaaagtcttcattcagctctaatgattgtcatgcatttgaataaacaattc 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6186253 taaatgtcacaataagttggtattgttcaattgcggagcaaagtgtctacaaagtcttcattcagctctaatgattgtcatgcatttgaataaacaattc 6186352  T
Q  521 aatttaaaaattcctcaaacacattcatgtgccaacaaggtgattgaacttaaatttctacacggcaagccgaaaagttaattttataagctattgagat 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6186353 aatttaaaaattcctcaaacacattcatgtgccaacaaggtgattgaacttaaatttctacacggcaagccgaaaagttaattttataagctattgagat 6186452  T
Q  621 tatactatcattacaatttcatgtgatttt 650  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  6186453 taaactatcattacaatttcatgtgatttt 6186482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University