View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7607_low_7 (Length: 598)

Name: NF7607_low_7
Description: NF7607
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7607_low_7
NF7607_low_7
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (2-585)||(28872947-28873532)
chr5 (64-550)||(9503928-9504419)
chr5 (546-583)||(28872042-28872079)
chr5 (188-232)||(3031645-3031689)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (64-550)||(21793853-21794344)
chr2 (64-569)||(5983690-5984203)
chr2 (64-550)||(45496416-45496907)
chr2 (64-550)||(45504158-45504649)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (64-550)||(7500732-7501223)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (64-499)||(16847231-16847671)
chr4 (291-550)||(53008545-53008809)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (64-513)||(61396-61849)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (330-550)||(11096404-11096625)
chr8 (80-443)||(15141883-15142254)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (507-570)||(9426855-9426918)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (539-585)||(12221455-12221501)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (541-585)||(44968595-44968638)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 547; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 547; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 585
Target Start/End: Original strand, 28872947 - 28873532
Alignment:
Q  2 ggatgtcgaagaatatccatgggtacggatagtatattagtatcatacacgtccccaccccattgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaact 101  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28872947 ggatgtcaatgaatacccatgggtacggatagtatattagtatcatacacgtccacaccccattgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaact 28873046  T
Q  102 gtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctc--atcttcttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaa 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28873047 gtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctctcatcttcttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaa 28873146  T
Q  200 tgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttacactctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttc 299  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28873147 tgcatcccatgtctccttcgcgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttacactctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttc 28873246  T
Q  300 ttcttcaatatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctataccttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatc 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28873247 ttcttcaatatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctataccttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctgaagatc 28873346  T
Q  400 accttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgcaggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattct 499  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28873347 gccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgcaggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattct 28873446  T
Q  500 ctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaactg 585  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28873447 ctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaactg 28873532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 64 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 9504419 - 9503928
Alignment:
Q  64 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 163  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  9504419 ttgtaagattgatcaccttatcaaagtattgactaacagattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaaggttgaagtctcacctt 9504320  T
Q  164 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 263  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  9504319 cttcaacttaccatcaccataatacaatttctctaatgtatcccatgtctccttcacgctttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 9504220  T
Q  264 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 358  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||     |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||| |    
T  9504219 ctctgatgcatcaagaacagagcttttccatctttcttcttcaattctttatgcgttgcttgttgtacatcagttgcatttgctgccagtgctggtatcc 9504120  T
Q  359 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 458  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||    
T  9504119 cttcattcacaacttcaagtacatcctggaacctgaagatcaccttcatcttcacgatccattaatcaaagttctttccttcaaagattggtagatgcgc 9504020  T
Q  459 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 550  Q
    | ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  9504019 aagaatattgttgttataagttgccattcttcacgaattctctaacaacgatgaacgaaccaggctctgttataccaatttgatggaacaat 9503928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 546 - 583
Target Start/End: Original strand, 28872042 - 28872079
Alignment:
Q  546 acaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaac 583  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28872042 acaatgtgtaaagattaaatgaaaaacaacacaaaaac 28872079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 188 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 3031689 - 3031645
Alignment:
Q  188 caatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||||||||    
T  3031689 caatttctccaatgcatcccatgtctcatttgcactttcataatg 3031645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 292; Significance: 1e-163; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 64 - 550
Target Start/End: Original strand, 21793853 - 21794344
Alignment:
Q  64 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 163  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21793853 ttgtaagattgatcaccttatcaaagtattgactaacaaattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 21793952  T
Q  164 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 263  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  21793953 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctaatgcatcccatgtctcctacgcgctttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 21794052  T
Q  264 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaat-----atgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 358  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| | ||||     ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |    
T  21794053 ctctgatgcatcaagaacaaagcttttccatctttcttttgcaattctttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgccagtgctggtatcc 21794152  T
Q  359 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 458  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |  |||||||| |     
T  21794153 cttcattcacaacttcaagtacatcctggaacctgaagatcaccttcatcttcacgatccattgatcaaagttcttgtcttcaaagattggtagatgcgt 21794252  T
Q  459 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 550  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  21794253 aggaatgttgttgttatgagttgccattcttcacgaattctctaacaacaatgaacgaaccaggctctgttataccaatttgatggaacaat 21794344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 64 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 5984203 - 5983690
Alignment:
Q  64 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 163  Q
    |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5984203 ttgtaagattgagcaccttatcaaagtattgactaacagattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 5984104  T
Q  164 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 263  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  5984103 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctattgcatcccatgtctgcttcgcgctttcataatgcatggtcttctcaaagatctcattgcttaca 5984004  T
Q  264 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttca-----atatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 358  Q
    |||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||      |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |    
T  5984003 ctct-atgcatcaagaacaaagcttttccatctttcttcttcatttctttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgccagtgctggtatcc 5983905  T
Q  359 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 458  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||    
T  5983904 cttcattcacaacttcaagtacatcctggaatctgaagatcacattcattttcacgatccattgatcaaagttcttgccttcaaagactggtagatgcgc 5983805  T
Q  459 aggaatattgttgttgtgagttacc----attcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaatatgt 554  Q
    | ||||||||||||| |||||| ||    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| | |    
T  5983804 aagaatattgttgttatgagttgccatatattcttcacgaattttctaacaacaatgaacgaaccaggctctgctataccaatttgatggagcaatgtat 5983705  T
Q  555 aaagattgaatgaaa 569  Q
     || |||||||||||    
T  5983704 gaaaattgaatgaaa 5983690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 64 - 550
Target Start/End: Original strand, 45496416 - 45496907
Alignment:
Q  64 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 163  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45496416 ttgttagattgatcaccttatcaaagtattgactaacatattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 45496515  T
Q  164 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 263  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  45496516 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctaatgcatcccatgtcttcttcgcgctttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 45496615  T
Q  264 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 358  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||     |||||| || || ||||| ||||||| |||||||||| |||| || ||| |    
T  45496616 ctctgatgcatcaagaacagagcttttccatctttcttcttcaattctttatgtgctgcttattgtaaatcagttacattcgctgccagtgctggtatcc 45496715  T
Q  359 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 458  Q
     |||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||    
T  45496716 tttcaatcacaacttcaagtacatcttggaacctgaagatcaccttcatattcactatgcattgatcaaagttcttgccttcaaatattggtagatgcgc 45496815  T
Q  459 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 550  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  45496816 aggaatattgttgttatgagttgccattcttcacaaattctctaacaacaatgaacaaaccaggctctactataccaatttgatggaacaat 45496907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 64 - 550
Target Start/End: Original strand, 45504158 - 45504649
Alignment:
Q  64 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 163  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45504158 ttgttagattgatcaccttatcaaagtattgactaacatattcttcttcttccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 45504257  T
Q  164 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 263  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  45504258 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctaatgcatcccatgtcttcttcgcgctttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 45504357  T
Q  264 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 358  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||     |||||| || || ||||| ||||||| |||||||||| |||| || ||| |    
T  45504358 ctctgatgcatcaagaacagagcttttccatctttcttcttcaattctttatgtgctgcttattgtaaatcagttacattcgctgccagtgctggtatcc 45504457  T
Q  359 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 458  Q
     |||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||    
T  45504458 tttcaatcacaacttcaagtacatcttggaacctgaagatcaccttcatattcactatgcattgatcaaagttcttgccttcaaatattggtagatgcgc 45504557  T
Q  459 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 550  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  45504558 aggaatattgttgttatgagttgccattcttcacaaattctctaacaacaatgaacaaaccaggctctactataccaatttgatggaacaat 45504649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 64 - 550
Target Start/End: Original strand, 7500732 - 7501223
Alignment:
Q  64 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 163  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7500732 ttgtaagattgatcaccttatcaaagtattgactaacaaattcttcttattccattgtcaacacttcatactgtcttctcaaagcttgaagtctcacctt 7500831  T
Q  164 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 263  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  7500832 cttcaacttaccatcaccagaatacagtttctctaatgcatcccatgtctccttcgcactttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgcttaca 7500931  T
Q  264 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 358  Q
    ||||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||     |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |  || |    
T  7500932 ctctgatgcatcaagaatagagcttttccatctttcttcttcaattctttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgccagtgccggaatcc 7501031  T
Q  359 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 458  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||    
T  7501032 cttcattcacaacttcaagtacatcctggaccctgaagatcaccttcatcttcacgatccattgatcaaagttcttgccttcaaagattggtagatgcgc 7501131  T
Q  459 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 550  Q
    ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  7501132 aggaatattattgttatgagttgccattcttcacgaattctctaacaacaatgaacgaaccaggctctgttataccaatttgatggaacaat 7501223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 64 - 499
Target Start/End: Original strand, 16847231 - 16847671
Alignment:
Q  64 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 163  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  16847231 ttgtaagattgatcaccttatcaaagtattgactaacaaattcttcttcttccattgtcaacacttcataatgtcttctcaaagcttgcagtctcacctt 16847330  T
Q  164 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 263  Q
    |||||| |||||||| |||||||  | |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  16847331 cttcaatttaccatcaccagaatatagtttctctaatgcatccaatgtctccttcgcgctttcataatgcatgatcttcttaaagatctcattgcttaca 16847430  T
Q  264 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 358  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||     |||||| || ||||| ||||||||||||||||||| | |||| || ||| |    
T  16847431 ctctgatgcatcaagaacagagcttttccatttttcttcttcaattctttatgtgctgcttgttatacatcagttgcattcgctaccagtgctggtatcc 16847530  T
Q  359 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 458  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||||||| | ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||||| ||    
T  16847531 cttcattcacaacttcaggtacaacctggaacttgaagatcaccttcatcttcatgatccattgatcaaagttcttgccttcaaagattagtagatgcgc 16847630  T
Q  459 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattct 499  Q
    ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  16847631 aggaatattgttgttatgagttgctattcttcacgaattct 16847671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 291 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 53008809 - 53008545
Alignment:
Q  291 ccatctttcttcttcaat-----atgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctataccttcattcacaacttcaagtatatcct 385  Q
    ||||||||||||||||||     ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||| || |||||    
T  53008809 ccatctttcttcttcaattctttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgccagtgctggtatcccttcattcacaacttcaaatacatcct 53008710  T
Q  386 ggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgcaggaatattgttgttgtgagttaccat 485  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||    
T  53008709 ggaacctgaagatcaccttcatcttcacggtccattgatcaaagttcttgccttcaaagattggtagatgcgcaggaatattgctgttatgagttgacat 53008610  T
Q  486 tcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaat 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||| ||||||||||    
T  53008609 tcttcacgaattctctaacaacaatgaacgaaccagactctgctataccaatttgatggaacaat 53008545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 64 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 61849 - 61396
Alignment:
Q  64 ttgtaagattaatcactttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatctt 163  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||  ||    
T  61849 ttgtaagattga-caccttatcaaagtattgactaacatattcttcttcttccattgtcaatacttcatattgccttctcagagcttgaagcctcacttt 61751  T
Q  164 cttcaacttaccatccccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtgctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttaca 263  Q
     ||||  ||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||    
T  61750 gttcagtttaccatccgcatcatacaatttctccaatgcatcccatatctcctttgcactttcataatgcatgatcttctcaaagatctcattgctcaca 61651  T
Q  264 ctctgatgcatcaagaacatagttttcccatctttcttcttcaa-----tatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctatac 358  Q
     |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||     |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  61650 ttctgatgcatcaagaacacagctttaccatctttcttcttcaaatatttatgtgctgcttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttggtatgc 61551  T
Q  359 cttcattcacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgc 458  Q
    ||||||||| | |||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||  |  ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | ||    
T  61550 cttcattcatagcttcaactacatcctggaaccttaagatcaccttcatctccataatccattgatcaaaattctttccttcaaaaactggtagaagcgc 61451  T
Q  459 aggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaa 513  Q
    | |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  61450 aagaatattgctgttatgagttaccattcttcacaaattttctaacaacaatgaa 61396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 330 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 11096625 - 11096404
Alignment:
Q  330 agttgcattcgctgctagtgttgctataccttcatt-cacaacttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaa 428  Q
    ||||||||||||||  |||| || ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  11096625 agttgcattcgctgtcagtgctggtatcccttcatttcacaacttcaagtacatcctggaacctgaagatcactttcatcttcacgatccattgatcaaa 11096526  T
Q  429 gttcttgccttcaaaaacaggtagatgtgcaggaatattgttgttgtgagttaccattcttcacgaattctctaacaacaatgaatgaaccaggctttgt 528  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||    
T  11096525 gttcttgccttcaaagattggtagatgcgcaggaatattgttgttatcagttgtcattcttcacgaattctctaacaacaatgaacgaactaggctctgt 11096426  T
Q  529 tataccaattttatggaacaat 550  Q
    ||||||||||| ||||||||||    
T  11096425 tataccaatttgatggaacaat 11096404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 80 - 443
Target Start/End: Original strand, 15141883 - 15142254
Alignment:
Q  80 tttatcaaagtattgactaactgtttcttcttcttccattgtcaatacctcatattgtcttctcaaagcttgaagtctcatcttcttcaacttaccatcc 179  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||     
T  15141883 tttatcaaagtattgacttatggtttcttcttcctccatagtcaaaacttcatactgtcttctcaaaacttgaagcctcaccttcttcaatttaccatct 15141982  T
Q  180 ccagaatgcaatttctccaatgcatcccatgtctccttcgtg---ctttcataatgaatgatcttctcaaacatctcatttcttacactctgatgcatca 276  Q
    |||||||  || || |||||||| ||||| ||||||| | |    ||||||||||| | |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |    
T  15141983 ccagaatataacttttccaatgcttcccaagtctcctcctttgcactttcataatgcacgatcttctcaaatatctcattgctcacactctgatgcatga 15142082  T
Q  277 agaacatagttttcccatctttcttct-----tcaatatgtgttgtttgttgtacatcagttgcattcgctgctagtgttgctataccttcattcacaac 371  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||     ||  | | || ||||| ||| | ||| || ||||||| |||||||| || || ||  |||||||| ||    
T  15142083 agaacatggctttcccatctttcttctttgcatccctgtttgctgtttattgcatatctgtagcattcgatgctagtgctggtacactatcattcactac 15142182  T
Q  372 ttcaagtatatcctggaacctaaagatcaccttcatctttacgatccaatgatcaaagttcttgccttcaaa 443  Q
    |||||| | |||||| |||||  |||| ||||||||||| |||||||| |||||  | ||||||||||||||    
T  15142183 ttcaagaacatcctgaaacctgcagataaccttcatcttcacgatccattgatcgtaattcttgccttcaaa 15142254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 507 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 9426918 - 9426855
Alignment:
Q  507 caatgaatgaaccaggctttgttataccaattttatggaacaatatgtaaagattgaatgaaaa 570  Q
    ||||||| ||||||| || || ||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  9426918 caatgaaggaaccagactctgctataccaatttgatggaacaatgtctaaagattgaatgaaaa 9426855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 539 - 585
Target Start/End: Original strand, 12221455 - 12221501
Alignment:
Q  539 ttatggaacaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaactg 585  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  12221455 ttatagaacaatatgtaaagattgaatgaaaaccaacactaaaactg 12221501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 541 - 585
Target Start/End: Original strand, 44968595 - 44968638
Alignment:
Q  541 atggaacaatatgtaaagattgaatgaaaaacaacacaaaaactg 585  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  44968595 atggaacaatgtgtaaaggttgaatg-aaaacaacacaaaaactg 44968638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University