View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7614_low_1 (Length: 488)

Name: NF7614_low_1
Description: NF7614
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7614_low_1
NF7614_low_1
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (22-478)||(3723127-3723584)
chr3 (22-478)||(3355381-3355837)
chr3 (22-477)||(3219486-3219941)
chr3 (35-476)||(3308658-3309102)
chr3 (101-479)||(3302039-3302417)
chr3 (43-479)||(3202598-3203034)
chr3 (92-479)||(3215213-3215600)
chr3 (65-475)||(3196426-3196836)
chr3 (177-473)||(3320399-3320701)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (425-468)||(11116170-11116213)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 3723584 - 3723127
Alignment:
Q  22 ttgtggaaccactttcaacttagggttgttgttaaatttgagatgttcaagacaaagtaaagctccattctctatagtgatagaacttagcttatttaat 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3723584 ttgtggaaccactttcaacttagggttgttgttaaatttgagatgttcaagacaaagtaaagctccattgtctatagtgatagaacttagcttatttaat 3723485  T
Q  122 ctagtgagatccagttcccttagttttggaaacccttcaacatgaaaatgtaaactttcaccagaaaagg-catcatcccacaaattcagcctcaataga 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3723484 ctagtgagatccagttcccttagttttggaaacccttcaacatgaaaatgtaaactttcaccagaaaagggcatcatcccacaaattcagcctcaataga 3723385  T
Q  221 ctaggcaaattcttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggca 320  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3723384 ctaggcaaattcttcaaagagtctagtggatcactgactaagttagataagccaggtcttaacttcacaagatacttgagatttggagtccaatcaggca 3723285  T
Q  321 actttgttagtcttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtt 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3723284 actttgttagtcttcctttcaagttgagcacaataagatcaggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtt 3723185  T
Q  421 tggagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattct 478  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3723184 ttgagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattct 3723127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 478
Target Start/End: Original strand, 3355381 - 3355837
Alignment:
Q  22 ttgtggaaccactttcaacttagggttgttgttaaatttgagatgttcaagacaaagtaaagctccattctctatagtgatagaacttagcttatttaat 121  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||    
T  3355381 ttgtggaaccaccttcaactcggggttgttgttaaatctgatatgatcaagacaaagtaaagctccattgtctatagtgatagaacttagcttactcaat 3355480  T
Q  122 ctagtgagatccagttcccttagttttggaaacccttcaacatgaaaatgtaaactttcaccagaaaaggcatcatcccacaaattcagcctcaatagac 221  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  3355481 ctagtgagatcaagttcccttagttttggaaacccttcaacttgaaagtgtaaactttcaccagaaaaggcatcatcccacaaattcagcctcaacaaac 3355580  T
Q  222 taggcaaattcttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaa 321  Q
    | ||||||||||||||||| | || ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3355581 ttggcaaattcttcaaagagtttaatggatcagtggctatgttagataagccaagtcttaacttcacaaggtacttgagatttggaatccaatcaggcaa 3355680  T
Q  322 ctttgttagtcttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgttt 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3355681 ctttgttagtcttcctttcaagttgagcacaataagatcgggtggtgctgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtgatgttt 3355780  T
Q  422 ggagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattct 478  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3355781 agagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattct 3355837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 22 - 477
Target Start/End: Original strand, 3219486 - 3219941
Alignment:
Q  22 ttgtggaaccactttcaacttagggttgttgttaaatttgagatgttcaagacaaagtaaagctccattctctatagtgatagaacttagcttatttaat 121  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  3219486 ttgtggaaccaccttcaactgaggattgttgttaaatctgaaatgatcaagaccaagtaaagcacccttctctatagtgattgaacttagtttattcaat 3219585  T
Q  122 ctagtgagatccagttcccttagttttggaaacccttcaacatgaaaatgtaaactttcaccagaaaaggcatcatcccacaaattcagcctcaatagac 221  Q
    ||||||||||| |||||| | || ||  |||||||| |||| | |||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |     
T  3219586 ctagtgagatcaagttccttcagcttaagaaaccctccaacttcaaaatgcaaattatcaccagaaaatgcatcatcccacagattcaacctcaataaat 3219685  T
Q  222 taggcaaattcttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaa 321  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||||||||||    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||    
T  3219686 ttggcaagttcttcaaagagtctagtggatcatgttcgaagttagataagccaagccttaacttcacaagatattggagttttggaatccaattaggcaa 3219785  T
Q  322 ctttgttagtcttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgttt 421  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||   | ||||||||||| ||     
T  3219786 ctttgttagtctacctttcaagttgagcactttaagattaggtggagttgatataaaatccaagtcaagaatttcatcctccgctatagcagtaatattc 3219885  T
Q  422 ggagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattc 477  Q
     |||||||||| || ||||||| |||||||| |   ||||||||||| ||||||||    
T  3219886 agagattcaagatggttcatctgttgtattgtattgcataatgcattaccatattc 3219941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 35 - 476
Target Start/End: Original strand, 3308658 - 3309102
Alignment:
Q  35 ttcaacttagggttgttgttaaatttgagatgttcaagacaaagtaaagctccattctctatagtgatagaacttagcttatttaatctagtgagatcca 134  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||| |||  |||||||||  || ||||||  | |  |||||||  |||||||||||  |||||||||| ||||| ||||    
T  3308658 ttcaactgaggattgtttttaaatctgaagtgttcaagattaactaaagcatcttcgtctatagatatagaacttagtctatttaatcttgtgagttcca 3308757  T
Q  135 gttcccttagttttggaaacccttcaacatgaaaatgtaaactttcaccagaaaaggcatcatcccacaaattcagcctcaatagactaggcaaattctt 234  Q
      ||| | || || ||||||||| |    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||    
T  3308758 actccttcagcttcggaaaccctcctctctgaaaatgtaatctttcaccagaaaaggcatcatcccacaaattcagcctaaataaactagttaaattctt 3308857  T
Q  235 caaagaatctagtggatcactgact-aagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagtct 333  Q
    |||||| |||||||||||| | | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||     
T  3308858 caaagagtctagtggatca-tcattgaagttagataaaccaagtcttaacttcacaagatactggaggtttggaatccaatcaggcaaccttgttaatcc 3308956  T
Q  334 tcctttcaagttgagcacagtaagat---cgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattca 430  Q
     |||||||||||||| ||  | ||||     |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || | |  || ||||||||||  ||| ||||    
T  3308957 gcctttcaagttgagaactcttagattaggtggtggagttgatataaaatccaagtcaaggatttcattctcatctttaacagtaatgttaagaggttca 3309056  T
Q  431 aggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatatt 476  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||    
T  3309057 aggtttttcatctcttgtattgcatcgcatagtgcatttccatatt 3309102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 101 - 479
Target Start/End: Original strand, 3302039 - 3302417
Alignment:
Q  101 atagaacttagcttatttaatctagtgagatccagttcccttagttttggaaacccttcaacatgaaaatgtaaactttcaccagaaaaggcatcatccc 200  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||  ||| | || |||||||||||| |    | |||||| |   ||||||||||||||||||||||||    
T  3302039 atagaacttagtttacttaatcttgtgagatccaactccttcagctttggaaaccctcctttcttaaaatgcagtatttcaccagaaaaggcatcatccc 3302138  T
Q  201 acaaattcagcctcaatagactaggcaaattcttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgag 300  Q
    |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||||    | ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||    
T  3302139 acaaattcagcctcaacaaactaggtaaattcttcaaagagtctagtggatcatcttcgaagttagataaaccaagtcttagcttcacaagagacttgag 3302238  T
Q  301 atttggaatccaatcaggcaactttgttagtcttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctcc 400  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |||||||| | |||||||||||||||  |||||  || ||||| ||||   | |||||||||||||||||| |||    
T  3302239 atttggaatccaattgggcaacttggttagtctacatttcaagttgagcactctaagacgggatggagctgatgcaagatccaagtcaaggatttcatcc 3302338  T
Q  401 ttaacgatagcagtaatgtttggagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattctt 479  Q
    |||   ||||||  ||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  3302339 ttagttatagcaccaatattaagagattcaagttgtttcatctcttgtattgcagcagataatgcagttcgatattctt 3302417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 43 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 3203034 - 3202598
Alignment:
Q  43 agggttgttgttaaatttgagatgttcaagacaaagtaaagctccattctctatagtgatagaacttagcttatttaatctagtgagatccagttccctt 142  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||  || ||||||  | || |||||||  | | |||||||  |||||||||| ||||||||||  ||| |     
T  3203034 agggttgttgttaaatctgaagtgttcaagatcaactaaagcatctttgtctatagatacaaaacttagtctatttaatcttgtgagatccaactccttc 3202935  T
Q  143 agttttggaaacccttcaacatgaaaatgtaaactttcaccagaaaaggcatcatcccacaaattcagcctcaatagactaggcaaattcttcaaagaat 242  Q
    || || ||||||||| ||||   |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| | | | ||||||||||||||||  |    
T  3202934 agcttaggaaaccctccaactgaaaaatgtaaactatcaccagaaaatgcatcgtcccacaaattcaacctcaacaaatttggcaaattcttcaaagtgt 3202835  T
Q  243 ctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagtcttcctttcaa 342  Q
    |||||||||||    | ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||    
T  3202834 ctagtggatcatgttcaaagttagataagctaagccttagcttcacaagatattggagttttggaatccaattaggcaactttgttagtctaccttccaa 3202735  T
Q  343 gttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaaggtgtttcatc 442  Q
    |||||| ||  ||||||  ||||||| |||||  |||||||||||||| ||| | |||| | | ||||||||||| | | |||||||||| || ||||||    
T  3202734 gttgagtactttaagattaggtggagctgatacaaaatccaagtcaagaattacttcctcatctatagcagtaatatatagagattcaagatggttcatc 3202635  T
Q  443 tcttgtattgcagcacataatgcatttccatattctt 479  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  3202634 ttttgtattgtagcacataattcatttccatattctt 3202598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 92 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 3215600 - 3215213
Alignment:
Q  92 tctatagtgatagaacttagcttatttaatctagtgagatccagttcccttagttttggaaacccttcaacatgaaaatgtaaactttcaccagaaaagg 191  Q
    |||||||  |||||||||||  |||||||||| ||||||||||  ||| | || |||||||||||| |    | |||||| || |||||||||||||| |    
T  3215600 tctatagatatagaacttagtctatttaatcttgtgagatccaactccttcagctttggaaaccctcctttcttaaaatgcaatctttcaccagaaaaag 3215501  T
Q  192 catcatcccacaaattcagcctcaatagactaggcaaattcttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaag 291  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | | |||| ||| | |||||||| ||||||||||||      ||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  3215500 catcatcccataaattcagcctcaacaaattaggtaaagtattcaaagagtctagtggatcatctttgaagttagataaaccaagtcttagcttcacaag 3215401  T
Q  292 atacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagtcttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaagg 391  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||  |||||   | ||||| ||||   | |||||||||||||    
T  3215400 atactggagatttggaatccaattaggcaactttgttagtctacatttcaaattgagcactctaagacgagatggagctgatgcaagatccaagtcaagg 3215301  T
Q  392 atttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattctt 479  Q
    ||||| ||||||   ||||||  ||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3215300 atttcatccttagttatagcaccaatattaagagattcaagttgtttcatctcttgtattgcagcagataatgcatttccatattctt 3215213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 65 - 475
Target Start/End: Original strand, 3196426 - 3196836
Alignment:
Q  65 tgttcaagacaaagtaaagctccattctctatagtgatagaacttagcttatttaatctagtgagatccagttcccttagttttggaaacccttcaacat 164  Q
    |||||||||| |||||||||  |  | |||||||  | |||||||||  |||||||||| ||||| ||||  ||| ||||  | ||||||||| |  | |    
T  3196426 tgttcaagaccaagtaaagcatctctatctatagatacagaacttagtctatttaatctggtgaggtccaactcctttagcatcggaaaccctccttctt 3196525  T
Q  165 gaaaatgtaaactttcaccagaaaaggcatcatcccacaaattcagcctcaatagactaggcaaattcttcaaagaatctagtggatcactgactaagtt 264  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||  | | | ||||||||||||||||| ||||||||||||  | | || ||    
T  3196526 gaaaatgcaaactttcaccagcaaatgcatcatcccacaaaataagcctcatcaaatttggcaaattcttcaaagagtctagtggatcatggtcaaattt 3196625  T
Q  265 agataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagtcttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggt 364  Q
    | | ||||||||   || |||||||| ||| |  || |||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||| ||||||||  |||||| ||||    
T  3196626 acaaaagccaagcactagcttcacaatatattcaagttttggaatccaatcgggaaactttgttagtctagctttcaaattgagcactttaagatagggt 3196725  T
Q  365 ggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatg 464  Q
    |||| |||||  |||||||||||||||||||| |||| |   ||||||||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  3196726 ggagctgatacaaaatccaagtcaaggatttcttcctcagttatagcagtaatatttagagattcaaggttgatcatctcttgtactgcagtacatactg 3196825  T
Q  465 catttccatat 475  Q
    |||||||||||    
T  3196826 catttccatat 3196836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 177 - 473
Target Start/End: Original strand, 3320399 - 3320701
Alignment:
Q  177 tttcaccagaaaaggcatcatcccacaaattcagcctcaatagactaggcaaattcttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaag 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||| |||||||||||||| ||||||||||||    | ||||||||||| |||||    
T  3320399 tttcaccagaaaaggcatcatcccacaaattcagcctaaacaaattaggtaaattcttcaaagagtctagtggatcatcttcgaagttagataaaccaag 3320498  T
Q  277 tcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagtcttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtgg------agtt 370  Q
     ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||  ||||||  |||||      ||||    
T  3320499 ccttaacttcacaagatattggagttttggaatccaattaggaaactttgttaatctacctttcaagttgagaactctaagattaggtggtggatcagtt 3320598  T
Q  371 gatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttc 470  Q
    ||||  ||||||||||||||||| || | || |    || ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||| | ||||    
T  3320599 gatacaaaatccaagtcaaggatatcattctcatttttaacagtaatgttgagagattcaagatgtttcatctcttgtactgcatcgcataattcgtttc 3320698  T
Q  471 cat 473  Q
    |||    
T  3320699 cat 3320701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 425 - 468
Target Start/End: Original strand, 11116170 - 11116213
Alignment:
Q  425 gattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatt 468  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  11116170 gattcaaggtgttgcatctcttctattgcagcacttaatgcatt 11116213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University