View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7615_high_2 (Length: 868)

Name: NF7615_high_2
Description: NF7615
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7615_high_2
NF7615_high_2
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (16-849)||(22366167-22366991)
chr3 (16-663)||(22628869-22629510)
chr3 (16-851)||(22440977-22441812)
chr3 (16-830)||(22633717-22634525)
chr3 (17-663)||(22435057-22435697)
chr3 (16-663)||(22466380-22467015)
chr3 (16-663)||(22356407-22357057)
chr3 (16-349)||(22352544-22352878)
chr3 (385-831)||(22352092-22352535)
chr3 (16-229)||(37929610-37929823)
chr3 (767-833)||(22429841-22429907)
chr3 (63-152)||(22430124-22430213)
chr3 (19-431)||(22457162-22457562)
chr3 (19-431)||(22480143-22480543)
chr3 (184-303)||(22429993-22430112)
chr3 (768-830)||(22434893-22434955)
chr3 (59-110)||(30988275-30988326)
chr3 (767-827)||(22466216-22466276)
chr3 (765-807)||(22434812-22434854)
chr3 (781-830)||(22456778-22456827)
chr3 (781-830)||(22479759-22479808)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (16-114)||(29604400-29604498)
chr4 (767-829)||(29604073-29604135)
chr4 (601-663)||(29604239-29604301)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 16 - 849
Target Start/End: Complemental strand, 22366991 - 22366167
Alignment:
Q  16 atttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22366991 atttgcaagcttagaaagctacgccattttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 22366892  T
Q  116 attcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatctt 215  Q
    ||  |||||||||| |||||  | |||||||||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||| ||||||  |||    
T  22366891 atgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataatagagtcgtagagctaattgaagagctaggaaaactaaagcagctaagggaattgggctt 22366792  T
Q  216 gcacggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagtcaacttagacaca 315  Q
    |  ||||||||||| | ||| |||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| | |  || |||    
T  22366791 ggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcttcaatcaataagatgcaacaactggagaaactaaatattagtggagtcgaatatgagaca 22366692  T
Q  316 ttaattgatctggatttgaattcacccccacctatggttcaacgtgttaaatttcgtgggaaattaaataagttgcctgagtggattccaaaactccaaa 415  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||  | |    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  22366691 ttcattgatctggatttgaattcacccccacctatgcttcaacatattggactctacgggaatttaaagaagtttcctgagtggattccaaaactcacaa 22366592  T
Q  416 atcttgttaagctgaagatgatattttcga---tggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtttatataaaatgccaaacttgttgtccctctt 512  Q
    | |||||| |  ||||| ||| | || |||    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||      
T  22366591 accttgttgacatgaaggtgagacttacgaaggaggaagggaacgatgcaatgaaattactccaaagt---------atgccaaacttgttgtccctcca 22366501  T
Q  513 tttctatggtagaggtaatgaagataaattggaaagtttacattttgaagatggaggctttatgaatttgaaggaactacgtcttgctaatttctataac 612  Q
    | ||| |||| |   | ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||   |||| |||||| ||||||||     ||| | ||||| |||||    
T  22366500 tatctctggtggtaattatgaagacaaattggaaaggttacattttcaagttgga---tttaagaatttaaaggaactgtcgattgatcatttcaataac 22366404  T
Q  613 ttgagttacatccttattgacgatggtgcattgggttctctggaaaagctcttattatgcggcacctacaaactgagaacgttaccaactggcattaaac 712  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| |||| |||   |||| ||||| |  | ||||||  |  ||||||||||||||| |||    
T  22366403 ttgagtcacatccttattgacgaaggtgcgttgagttctctgaaaaaactcactttatacggcaacccccaactgacgagtttaccaactggcattcaac 22366304  T
Q  713 acttaaagaagcttaaagtactcgatctttatcaatcaagtgatgaacttaaagagagcattgctcctgatgaaggaaaagagcattggatcttcaagca 812  Q
    ||||| | |||||| |||| |||   |||  | |    ||||  ||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22366303 acttacaaaagcttgaagttctctggcttgctgatatgagtgtggaacttatacagagcattgctcctgataaaggaaaagagcattggatcttcaagca 22366204  T
Q  813 agtgccctttgtagaaattgtctaattgagagataaa 849  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22366203 agtgccctttgtagaaattgactaattgagagataaa 22366167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 22629510 - 22628869
Alignment:
Q  16 atttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 115  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22629510 atttgcatgcttagaaagctacgccattttttaggcattcgtatgtctttgattgagttgaaggatagtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 22629411  T
Q  116 attcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatctt 215  Q
    ||   |||| |||| |||||    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  22629410 atagtgtttgtttagatgataaggaagatgaaaatgataatagagtggtagagctaatcgaagatctaggaaagctaaatcagctaagggaattggtctt 22629311  T
Q  216 gcacggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagtcaacttagacaca 315  Q
    || ||||||||||| | ||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| | |  ||||||    
T  22629310 gctcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaacaattggagaaactacaaattagtggagtccaatatgacaca 22629211  T
Q  316 ttaattgatctggatttgaattcacccccacctatggttcaacgtgttaaatttcgtgggaaattaaataagttgcctgagtggattccaaaactccaaa 415  Q
    || ||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||| |   |||  | || || || || |||||||||||| |||||||||| |    
T  22629210 ttcattgatctggattagaagtcacccccacctaggcttcaacgtgttaaactctatggatattttaagaaattacctgagtggatttcaaaactccaga 22629111  T
Q  416 atcttgttaagctgaagatgatattttcgatggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtttatataaaatgccaaacttgttgtccctcttttt 515  Q
    |||||||||||||||   ||||  || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||         |||| ||| ||| ||||||||| | |    
T  22629110 atcttgttaagctgagagtgatgcttacgaagcaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagt---------atgcgaaaattgctgtccctctatgt 22629020  T
Q  516 ctatggtag---aggtaatgaagataaattggaaagtttacattttgaagatggaggctttatgaatttgaaggaactacgtcttgctaatttctataac 612  Q
    |  ||||||    | | ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||  | ||  |    |  |||||    
T  22629019 cagtggtagtgatgattatgaagacaaattggaaaggttacattttcaagatggatggtttatgaatttgaaggaactaactatttttggacttgataac 22628920  T
Q  613 ttgagttacatccttattgacgatggtgcattgggttctctggaaaagctc 663  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||    
T  22628919 ttgagttacatcgttattgacgaaggttcattgggctctctgaaaaagctc 22628869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 16 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 22441812 - 22440977
Alignment:
Q  16 atttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22441812 atttgcaagcttagaaagctacgccattttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 22441713  T
Q  116 attcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatctt 215  Q
     |   ||  | |||||||||  | ||  |||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||  |||    
T  22441712 gtggagtacacttaaatgatagtgaacgtgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaaggaaattgggctt 22441613  T
Q  216 gcacggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagt-caactta--gac 312  Q
    |  ||||||||||| | ||| |||||||||| |||| | |||||| ||  ||||||||||| | |||||||||   ||||||||||| |||  ||   ||    
T  22441612 gaccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttctcaatcaacgagatgcaacaattggagaaactaattattagtggagtccaatctactaac 22441513  T
Q  313 acattaattgatctggatttgaattcacccccacctatggttcaacgtgttaaatttcgtgggaaattaaataagttgcctgagtggattccaaaactcc 412  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||     
T  22441512 acattcattgatctggatttgaattcacccccacctaagcttcaacatgttaaattcgacgggaatttatataagtttcctgagtggattcaaaaactca 22441413  T
Q  413 aaaatcttgttaagctgaagatgatattttcgatggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtttatataaaatgccaaacttgttgtccctctt 512  Q
     ||| ||||||||||| |   ||| | || ||| | ||   |||||||||||||||||||||  ||||         |||||||||||||||||||||      
T  22441412 gaaaccttgttaagcttagagtgacacttacgaagcaacaaaatgatgcaatgaaattactcataagt---------atgccaaacttgttgtccctcca 22441322  T
Q  513 tttct---atggtagag---gtaatgaagataaattggaaagtttacattttgaagatggaggctttatgaatttgaaggaactacgtcttgctaatttc 606  Q
    | |||   |||||   |    | ||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| |||| | |||| ||||||||||||||||  | ||  | |||||    
T  22441321 tatctcggatggttctgattattatgaagacaaattcgaaaggttacattttcaagttggatggtttacgaatttgaaggaactaattatttttcatttc 22441222  T
Q  607 tataacttgagttacatccttattgacgatggtgcattgggttctctggaaaagctcttattatgcggcacctacaaactgagaacgttaccaactggca 706  Q
     |||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||| |||   |||| |   || |  | ||||||  |||||||||| |||||    
T  22441221 aataaattgagatatatccttattgacgaaggtgcattcggttgtctgaaaatgctaaaattagggtccatcccccaactgatgacgttaccaagtggca 22441122  T
Q  707 ttaaacacttaaagaagcttaaagtactcgatctttatcaatcaagtgatgaacttaaagagagcattgctcctgatgaaggaaaagagcattggatctt 806  Q
    || |||||||| | |||||| |||| |||  ||||||| |    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22441121 ttcaacacttacaaaagcttgaagttctcattctttatgatatgagtgatgaacttaaagagagtattgcttctgatgaaggaaaagagcattggatctt 22441022  T
Q  807 caagcaagtgccctttgtagaaattgtctaattgagagataaaag 851  Q
    ||| |||||||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||    
T  22441021 caaccaagtgccctctgtcgtaattttctaattgagagataaaag 22440977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 16 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 22634525 - 22633717
Alignment:
Q  16 atttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 115  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22634525 atttgcaagcttaaaaagctacgccattttataggctatcaaatgtctctgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 22634426  T
Q  116 attcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatctt 215  Q
    ||  |||||||||| | |||| | |||||||| ||||| ||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||  ||||| || ||||| | |||    
T  22634425 atgaggtttatttagacgatgatgaagatgaagatgataatagagtggtagagttaatagaagagctaggaaagctaaagcagcttagggaattaagctt 22634326  T
Q  216 gcacggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagtcaacttagacaca 315  Q
    |  ||||||||||| | ||| |||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||| | ||||||||| | ||||| ||| |||  |   |||||    
T  22634325 ggtcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaacaagatgcaacaattggagaaactaaatattagaggaatcagatataacaca 22634226  T
Q  316 ttaattgatctggatttgaattcacccccacctatggttcaacgtgttaaatttcgtgggaaattaaataagttgcctgagtggattccaaaactccaaa 415  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||   ||| | |||   || ||||||||||||||| |||||||||||     
T  22634225 ttcattgatatggatttgaattcacccccaccaaagcttcaacgtgttaaacttatagggtatttattgaaattgcctgagtggatttcaaaactccaat 22634126  T
Q  416 atcttgttaagctgaagatgatattttcgatggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtttatataaaatgccaaacttgttgtccctcttttt 515  Q
    |||| |||||| ||||| |||   || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||         ||||||||||||||||||||     |    
T  22634125 atctcgttaagttgaaggtgacgattacgaaggaagggaatgatgcaatgaaattactcaaaagt---------atgccaaacttgttgtcccttgaaat 22634035  T
Q  516 ctatggtaga----ggtaatgaagataaattggaaagtttacattttgaagatggaggctttatgaatttgaaggaactacgtcttgctaatttctataa 611  Q
    ||  ||| ||     ||  |||| | | |||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||   | ||  | |||||| |||    
T  22634034 ctccggt-gattttagtgttgaaaacacattggagaggttacattttgaagatggatggtttatgaatttgaagaacctggctatttttgatttctttaa 22633936  T
Q  612 cttgagttacatccttattgacgatggtgcattgggttctctggaaaagctcttattatgcggcacctacaaactgagaacgttaccaactggcattaaa 711  Q
     |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||   ||    | || |  | ||||||  | |||||||||||||||| ||    
T  22633935 gttgagtcacatccttattgacgaaggtgcattgggttctctgagaaagctcactttgaaagccatccccgaactgatgatgttaccaactggcattcaa 22633836  T
Q  712 cacttaaagaagcttaaagtactcgatctttatcaatcaagtgatgaacttaaagagagcattgctcctgatgaaggaaaagagcattggatcttcaagc 811  Q
    |||||| | |||||| |||| |||  |||| ||      ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22633835 cacttacacaagcttgaagttctctgtcttcatttgatgagttatgaacttaaacagagcattgctcctaatgaaggaaaagagcattggatattcaagc 22633736  T
Q  812 aagtgccctttgtagaaat 830  Q
    |||||||||||||||||||    
T  22633735 aagtgccctttgtagaaat 22633717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 17 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 22435697 - 22435057
Alignment:
Q  17 tttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaa 116  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||  | ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  22435697 tttgcaagcttagaaagctacgtcattttttaggcgattctctgtctttgattcatttgaaggatggtattggaggcatgacatcgctacaaactctaag 22435598  T
Q  117 ttcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatcttg 216  Q
    |   ||| | ||| |||||| | |||||||||||||| ||||  | ||||||||||||  |||||| ||||||||||  ||||| || ||||||  ||||    
T  22435597 taaagttaaattagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaatcatagagctaggaaagctaacacagcttagggaattgggcttg 22435498  T
Q  217 cacggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagtcaacttagacacat 316  Q
       | ||||||   | ||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||||||  ||||||||| ||| || |||  |||| |||| |||||||  |    
T  22435497 gttgttgttagtggtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcatgaactagagagactgcatatttttggaatcaaattagacattt 22435398  T
Q  317 taattgatctggatttgaattcacccccacctatggttcaacgtgttaaatttcgtgggaaatt-aaataagttgcctgagtggattccaaaactccaaa 415  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| | | | ||| ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  22435397 tcattgatctggatttgaattcacccccacctaggcttgaacgtgttaaact-ctttggatattcaaataagtttcctgagtggatttcaaaactccaaa 22435299  T
Q  416 atcttgttaagctgaagatgatattttcgatggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtttatataaaatgccaaacttgttgtccctcttttt 515  Q
    |||||||||||||| |  ||  |  || || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||         |||||||||||||||||||||  | |    
T  22435298 atcttgttaagctggatttgccacgtttgaaggaagtgaatgatgcaatgaaattacttcaaagt---------atgccaaacttgttgtccctccatat 22435208  T
Q  516 ctatggtaga---ggtaatgaagataaattggaaagtttacattttgaagatggaggctttatgaatttgaaggaactacgtcttgctaatttctataac 612  Q
    || ||||      | | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||  | |||||| || |    
T  22435207 ctctggtgttcctgattatgaagacaaattggaaaggttacattttgaagatggatggtttatgaatttgaaggaactatatcttcgtgatttctgtagc 22435108  T
Q  613 ttgagttacatccttattgacgatggtgcattgggttctctggaaaagctc 663  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  22435107 ttgagtaacatccttattgacgaaggtgcattgggttctctgaaaaagctc 22435057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 16 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 22467015 - 22466380
Alignment:
Q  16 atttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22467015 atttgcaagcttagaaagctacgccatttattaggcgattgtatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatctctacaaactctaa 22466916  T
Q  116 attcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatctt 215  Q
     |   ||||||||| ||||   | |||||||||||||| ||||| | |||||||||||  ||||||| |||||||||| | || ||||| |||||| |||    
T  22466915 gtgaagtttatttagatgagaatgaagatgaaaatgataatagagtagtagagctaattcaagagctaggaaagctaaataagataagaaaattgagctt 22466816  T
Q  216 gcacggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagtcaacttagacaca 315  Q
    |   |||||||||| | ||| |||||||||| |||| |||||||| ||| | ||||||||| | ||||||||||   |||  ||||  | ||      ||    
T  22466815 gataggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaatcaaatgcaacaaatggagaaactac---ttatcggaggaatct------ca 22466725  T
Q  316 ttaattgatctggatttgaattcacccccacctatggttcaacgtgttaaatttcgtgggaaattaaataagttgcctgagtggattccaaaactccaaa 415  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||    || | ||||  ||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  22466724 ttcattggtctggatttgaattcacccccacctaggcttcaacgtgttaaacttgactggcatttaagaaagttacctgagtggatttcaaaactcaaaa 22466625  T
Q  416 atcttgttaagctgaagatgatattttcgatggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtttatataaaatgccaaacttgttgtccctcttttt 515  Q
    |||||||| |||| ||| ||| | ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||  ||||| |||    
T  22466624 atcttgttgagctcaaggtgacagttaggaaggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagt---------atgccaaacttgttgctcctctgttt 22466534  T
Q  516 ------ctatggtagaggtaatgaagataaattggaaagtttacattttgaagatggaggctttatgaatttgaaggaactacgtcttgctaatttctat 609  Q
          | ||||| |   | ||||||| ||||| |||||| |||||||| | |||||  | |||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  22466533 cactggcgatggtcgccattatgaagacaaatttgaaagtatacattttcaggatgggtggtttaagaatttgaaggaactatatcttactaatttctat 22466434  T
Q  610 aacttgagttacatccttattgacgatggtgcattgggttctctggaaaagctc 663  Q
      ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  22466433 tccttgagtcacatccttatagacgaaggtgcattgggttctctgaaaaagctc 22466380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 16 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 22357057 - 22356407
Alignment:
Q  16 atttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  22357057 atttgcaagcttagaaagctacgccatttattaggcaactttatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcgctacaaactctaa 22356958  T
Q  116 attcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatctt 215  Q
    ||   ||||||||| |||||  | |||||||||||||| ||||| | |||||| |||| |||||||| ||||| ||||  ||||| || ||||||| |||    
T  22356957 atagtgtttatttagatgattatgaagatgaaaatgataatagagttgtagagttaatagaagagctgggaaaactaaagcagcttagggaattgagctt 22356858  T
Q  216 gcacggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagtc--aa-------- 305  Q
    |  |||| ||| || | ||| |||||||| | |||| |||||||| ||| |||||||| || | |||||||||   ||||  ||||||  ||            
T  22356857 gagcggtcttaagagtaaatatatgagtggtatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaattggagaaactaagtattaaaggagtcggaatcggaatg 22356758  T
Q  306 --cttagacacattaattgatctggatttgaattcacccccacctatggttcaacgtgttaaatttcgtg---ggaaattaaataagttgcctgagtgga 400  Q
       |  | | |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |     |||||||||||||||||||||||||    
T  22356757 ggatatggcgcattcattgatcttgatttgaattcacccccacctatgcttcaacgtgttaaacttcaagaccttaaattaaataagttgcctgagtgga 22356658  T
Q  401 ttccaaaactccaaaatcttgttaagctgaagatgatattttcgatggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtttatataaaatgccaaactt 500  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||  | |   || ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||         |||||||| ||    
T  22356657 tttcaaaactccaaaatcttgtcaagctgaatgtaagccttacgagggaagtgaatgatgcaatgaaattactccaaagt---------atgccaaattt 22356567  T
Q  501 gttgtccctctttttctatggtagaggtaatgaagataaattggaaagtttacattttgaagatggaggctttatgaatttgaaggaactacgtcttgct 600  Q
    ||||||||||   |||| ||    ||| |||    || || ||||||||||||||||  |||||||| | |||| ||| ||||||||||||  |||||||    
T  22356566 gttgtccctcgaattctttgaggaaggaaat---tatgaagtggaaagtttacatttccaagatggatggtttaagaacttgaaggaactatatcttgct 22356470  T
Q  601 aatttctataacttgagttacatccttattgacgatggtgcattgggttctctggaaaagctc 663  Q
    |||||||  || |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  22356469 aatttcttcaatttgagtcacatcctaattgacgaaggtgcattgggttctctgaaaaagctc 22356407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 16 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 22352878 - 22352544
Alignment:
Q  16 atttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaa-ctcta 114  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||| || | |  |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22352878 atttgcaagcttagaaagttacgccattttttaggcaaccaaatgtctttgattcaattgaaagatggtattggaggcatgacatccctacaaaactcta 22352779  T
Q  115 aattcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatct 214  Q
    | |   ||||||||| |||| |   |||||||||||||   |||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| || ||| |||    
T  22352778 agtgatgtttatttagatgaaggagaagatgaaaatgacagtagagttgtagagctaattgaagagctaggaaagctaaatcagctaagggagttggtct 22352679  T
Q  215 tgcacggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagtcaacttagacac 314  Q
    || |||||||||||| | ||| |||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||| || | ||||||||| | |||| |||||||       ||||    
T  22352678 tgtacggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaactatatattattggagtcgtgccttacac 22352579  T
Q  315 attaattgatctggatttgaattcacccccaccta 349  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22352578 attcattgatctggatttgaattcacccccaccta 22352544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 385 - 831
Target Start/End: Complemental strand, 22352535 - 22352092
Alignment:
Q  385 aagttgcctgagtggattccaaaactccaaaatcttgttaagctgaagatgatattttcgatggaagggaatgatgcaatgaaattactccaaagtttat 484  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  |||   || ||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||        
T  22352535 aagttgcctgagtggatttcaaaactccagaatcttgttaagctgaaagtgaatcttccgaagccagagaatgatgcaatgaaattactccaaagt---- 22352440  T
Q  485 ataaaatgccaaacttgttgtccctctttttctatggtagaggtaa------tgaagataaattggaaagtttacattttgaagatggaggctttatgaa 578  Q
         |||||||| ||||||||||||  |||   |||| | ||| |      |||||| || || ||||||||||||||| |||| ||    ||||||||    
T  22352439 -----atgccaaatttgttgtccctcacttttgctggtggtggtcaccgttatgaagacaatttcgaaagtttacattttcaagaagggttgtttatgaa 22352345  T
Q  579 tttgaaggaactacgtcttgctaatttctataacttgagttacatccttattgacgatggtgcattgggttctctggaaaagctcttattatgcggcacc 678  Q
    ||||||| |||||  ||||||| ||||| || | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||   |||||   ||      
T  22352344 tttgaagaaactatatcttgctgatttccatgaattgagtcacatccttattgacgaaggtgcattgggttctctgaaaaagctcactttatggtacatt 22352245  T
Q  679 tacaaactgagaacgttaccaactggcattaaacacttaaagaagcttaaagtactcgatctttatcaatcaagtgatgaacttaaagagagcattgctc 778  Q
      | ||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |  ||||| |||| |||  |||| || |    ||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  22352244 ccccaactgatgacgttaccaactggcattcaacacttacacgagcttcaagttctccgtcttcattatatgagtgaagaacttagacagagcattgctc 22352145  T
Q  779 ctgatgaaggaaaagagcattggatcttcaagcaagtgccctttgtagaaatt 831  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  22352144 ctgatgaaggaaaagaacgttggatcttcaaccaagtgccctctgtagaaatt 22352092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 37929823 - 37929610
Alignment:
Q  16 atttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaa 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||   ||||||| ||| |   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37929823 atttgcaagcttagaaagctacgttgttttttaggctctgaaatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcctgacatccctacaaactctaa 37929724  T
Q  116 attcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatctt 215  Q
    ||   || |||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||  |||    
T  37929723 atgaagtatatttagatgatgatgaagatgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaagggaattgggctt 37929624  T
Q  216 gcacggtgttagga 229  Q
    |  |||||||||||    
T  37929623 ggccggtgttagga 37929610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 767 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 22429907 - 22429841
Alignment:
Q  767 agagcattgctcctgatgaaggaaaagagcattggatcttcaagcaagtgccctttgtagaaattgt 833  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22429907 agagcattgttcccgatgaaggagaagagcattggatcttcaagcaagtgccctctgtagaaattgt 22429841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 63 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 22430213 - 22430124
Alignment:
Q  63 tttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaattcggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatga 152  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| | |||| | |||||||| ||||    
T  22430213 tttgattgaattgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagggaggtttatttagacgatgatgaagatgaagatga 22430124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 22457562 - 22457162
Alignment:
Q  19 tgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatt 118  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||  || ||||   ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |     
T  22457562 tgcaagcttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtg 22457463  T
Q  119 cggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatcttgca 218  Q
      ||||||||| |||        |  ||||||||      | ||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||  || ||||| |||||| |||||      
T  22457462 atgtttatttagatg------gcggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgat 22457375  T
Q  219 cggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagtcaacttagacacatta 318  Q
    |||||||||||  | ||  ||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||| || | ||||||||||| ||| | | |  |   |  |||||| |     
T  22457374 cggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatgacacagtt 22457275  T
Q  319 attgatctggatttgaattcacccccacctatggttcaacgtgttaaatttcgtgggaaattaaataagttgcctgagtggattccaaaactccaaaatc 418  Q
    |||||  || ||||||||||||| ||||||||| ||| || | |||   ||  |||||| ||| | | |||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  22457274 attgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttcgacatcttactcttgatgggaagttagagatgttgcctctgtggattccaaaacttcaaaatc 22457175  T
Q  419 ttgttaagctgaa 431  Q
    |||||||||||||    
T  22457174 ttgttaagctgaa 22457162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 22480543 - 22480143
Alignment:
Q  19 tgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaaatt 118  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||  || ||||   ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |     
T  22480543 tgcaagcttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtg 22480444  T
Q  119 cggtttatttaaatgatgttaaagatgaaaatgatcatagaatggtagagctaatcgaagagcttggaaagctaattcagctaagagaattgatcttgca 218  Q
      ||||||||| |||        |  ||||||||      | ||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||  || ||||| |||||| |||||      
T  22480443 atgtttatttagatg------gcggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgat 22480356  T
Q  219 cggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagagaaactacagattagtggagtcaacttagacacatta 318  Q
    |||||||||||  | ||  ||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||| || | ||||||||||| ||| | | |  |   |  |||||| |     
T  22480355 cggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgcaaacggatatgacacagtt 22480256  T
Q  319 attgatctggatttgaattcacccccacctatggttcaacgtgttaaatttcgtgggaaattaaataagttgcctgagtggattccaaaactccaaaatc 418  Q
    |||||  || ||||||||||||| ||||||||| ||| || | |||   ||  |||||| ||| | | |||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  22480255 attgacatgcatttgaattcaccaccacctatgcttcgacatcttactcttgatgggaagttagagatgttgcctctgtggattccaaaacttcaaaatc 22480156  T
Q  419 ttgttaagctgaa 431  Q
    |||||||||||||    
T  22480155 ttgttaagctgaa 22480143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 184 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 22430112 - 22429993
Alignment:
Q  184 ggaaagctaattcagctaagagaattgatcttgcacggtgttaggactgaatttatgagtgctttatcatcctcaattaataagatgcaacaactagaga 283  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||  ||||  ||||||| ||| | ||| ||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||  || | ||||    
T  22430112 ggaaagctaaatcagctaagggaattgggcttggccggtgtttggagtaaatatatgagtgctttatgttcctcaatcaatcagatgcacgaattggaga 22430013  T
Q  284 aactacagattagtggagtc 303  Q
    ||||| | ||||||||||||    
T  22430012 aactaaatattagtggagtc 22429993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 768 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 22434955 - 22434893
Alignment:
Q  768 gagcattgctcctgatgaaggaaaagagcattggatcttcaagcaagtgccctttgtagaaat 830  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||    
T  22434955 gagcattgatcctgatgaaggagaaaagcatttgatcttcaagcaagtgccctctatagaaat 22434893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 59 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 30988326 - 30988275
Alignment:
Q  59 tgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaac 110  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  30988326 tgtctttgattcagttaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 30988275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 767 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 22466276 - 22466216
Alignment:
Q  767 agagcattgctcctgatgaaggaaaagagcattggatcttcaagcaagtgccctttgtaga 827  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||| |||||| |||||||||||    
T  22466276 agagtattgctcctgatgacggaaaagagcatccgattttcatgcaagttccctttgtaga 22466216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 765 - 807
Target Start/End: Complemental strand, 22434854 - 22434812
Alignment:
Q  765 agagagcattgctcctgatgaaggaaaagagcattggatcttc 807  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  22434854 agagagcattgttcctgatgaaggagaagtgcattggatcttc 22434812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 781 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 22456827 - 22456778
Alignment:
Q  781 gatgaaggaaaagagcattggatcttcaagcaagtgccctttgtagaaat 830  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  22456827 gatgaaggaaaagtgcattggagcttcaagcatgtgcccgtggtagaaat 22456778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 781 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 22479808 - 22479759
Alignment:
Q  781 gatgaaggaaaagagcattggatcttcaagcaagtgccctttgtagaaat 830  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||    
T  22479808 gatgaaggaaaagtgcattggagcttcaagcatgtgcccgtggtagaaat 22479759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 9e-20; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 29604498 - 29604400
Alignment:
Q  16 atttgcaagcttagaaaactacgccattttttatgctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactcta 114  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| || |||   ||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29604498 atttgcaagcttagaaagctgcgccattttctaggcttgagtatgtcttggattcaattgaaggatggtcttggaggcatgacattcctacaaactcta 29604400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 767 - 829
Target Start/End: Complemental strand, 29604135 - 29604073
Alignment:
Q  767 agagcattgctcctgatgaaggaaaagagcattggatcttcaagcaagtgccctttgtagaaa 829  Q
    ||||||||||||| |   ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29604135 agagcattgctcccgtcaaaggaaaagagtattggatcttcaagcaagtaccctttgtagaaa 29604073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 601 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 29604301 - 29604239
Alignment:
Q  601 aatttctataacttgagttacatccttattgacgatggtgcattgggttctctggaaaagctc 663  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||  || |||||||  ||||||||    
T  29604301 aatttcgataacttgagttgcatccttattgacgaaggtgcggtgtgttctcttaaaaagctc 29604239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University