View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7615_low_1 (Length: 921)

Name: NF7615_low_1
Description: NF7615
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7615_low_1
NF7615_low_1
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (23-908)||(27062123-27063002)
chr3 (107-908)||(27069274-27070075)
chr3 (411-908)||(27085634-27086131)
chr3 (211-732)||(27056268-27056790)
chr3 (109-380)||(27040925-27041196)
chr3 (630-908)||(27041375-27041653)
chr3 (109-907)||(27098001-27098796)
chr3 (161-380)||(27085414-27085633)
chr3 (411-563)||(27041197-27041349)
chr3 (447-907)||(27105335-27105795)
chr3 (422-676)||(27045580-27045834)
chr3 (100-311)||(27045255-27045466)
chr3 (161-237)||(27079617-27079693)
chr3 (109-363)||(27105000-27105257)
chr3 (107-152)||(27056182-27056227)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (318-374)||(19414221-19414277)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 908
Target Start/End: Original strand, 27062123 - 27063002
Alignment:
Q  23 ggggttacaagtttacaacccaatcatgagcgaatcaacagcacactgcaccagccaccatatccaaatccactttaatttctataaagaaatcttaaag 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27062123 ggggttacaagtttacaacccaatcatgagcgaatcaacagcccgctgcaccagccaccatatccaaatccactttaatttctataaagaaaccttaaag 27062222  T
Q  123 cttcaatttcgtccttaaacttaggcatagcagaaacggggagtgaagtaaatatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttatt 222  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27062223 cttcaatttcgtccttgaacttaggcatagcagcaacggggagtgaagtaaatatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttatt 27062322  T
Q  223 aggtgatgagaaaatgcatacatcgacggtggcaagcatcttgcatggtgcaggtagaaaattcactaattcataacttccaaaatctaaattttcctga 322  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27062323 agctgatgagaaaatgcatgcatcgacggtggcaagcatcttgcatggtgcaggtagaaaattcactaattcataacctccaaaatctaaattttcctga 27062422  T
Q  323 aaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgcaccactagcttccaattccatgcttaaaccatcctcttgatttgtctcataagagtttattg 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  27062423 aaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgcaccactagcttccaattccatgcttaaaccatcctcttgatttgtctccaaagagtttattg 27062522  T
Q  423 agtttcttacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacgatttcatagagtggcatttcgtcgagttcactcacttttaa 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27062523 agtttcttacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacgattttatagagtggcatttcatcgagttcactcacttttaa 27062622  T
Q  523 aacaacttttgcatctatggtagaattgccataataccctttaggtaaagtttcataatccatcaagtttcgtctgataccaactaacacatttagcatt 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27062623 aacaacttttgcatctatggtagaattgccataataccctttaggtaaagtttcataatccatcaagtttcgtctgataccaactaacacatttagcatt 27062722  T
Q  623 gttttgtcattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttatattttcattttcat 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||| |    
T  27062723 gttttgtcattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttat------attttcgt 27062816  T
Q  723 tcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaacaattatgcttaataatttcagtattaggttgattcacaaagggtgaaaa 822  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27062817 tcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaacaatattgcttaataattttagtattaggttgattcacaaagggtgaaaa 27062916  T
Q  823 tgcaacagattctctgtccatggggcattgtggaaatggttgtgtagttattgttccaacttggttttctctttcccacacaggtt 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27062917 tgcaacagattctctgtccatggggcattgtggaaatggttgtgtagttattgttccaacttggttttctctttcccacacaggtt 27063002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 107 - 908
Target Start/End: Original strand, 27069274 - 27070075
Alignment:
Q  107 taaagaaatcttaaagcttcaatttcgtccttaaacttaggcatagcagaaacggggagtgaagtaaatatcctaactcctccatccattgatggatcat 206  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27069274 taaagaaaccttaaagcttcaatttcgtccttgaacttaggcatggcatcaacagggagtgatgtgaaaatcctaactcctccatccattgatggatcat 27069373  T
Q  207 gatcatcaagtttattaggtgatgagaaaatgcatacatcgacggtggcaagcatcttgcatggtgcaggtagaaaattcactaattcataacttccaaa 306  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||  |||||||| | |||||| | ||||||    
T  27069374 gatcatcaagtttattaggagacgagaaaatgcacgcatcaacggtagcaagcatcttgcacggtgctggtactaaattcacaacttcatagcctccaaa 27069473  T
Q  307 atctaaattttcctgaaaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgcaccactagcttccaattccatgcttaaaccatcctcttgatttgtc 406  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  27069474 atctatattttcatgaaaacccaaatgcttccactctgtcaaaactgttactgcaccacttgcttccaattccatgctgaaatcctcctcttgatttgtc 27069573  T
Q  407 tcataagagtttattgagtttcttacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacgatttcatagagtggcatttcgtcga 506  Q
    ||   |||||| ||||| ||  | ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  27069574 tccacagagttgattgaattagtaacataatcagtggtgaaagaaatatttttagtctctttaatcagcttaacaatttcatagagtggcatttcatcga 27069673  T
Q  507 gttcactcacttttaaaacaacttttgcatctatggtagaattgccataataccctttaggtaaagtttcataatccatcaagtttcgtctgataccaac 606  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  27069674 gctcactcacttttaaaacaacttttgcatccatggtagaattcccgtaataccctttcggtaaagtatcaaaatccatcaagttacgtctcataccaac 27069773  T
Q  607 taacacatttagcattgttttgtcattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaacctt 706  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |    
T  27069774 taacatattcagcattgttttatcattgctgctaagctttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagaacttcaaaagttgtaaaccct 27069873  T
Q  707 atattttcattttcattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaacaattatgcttaataatttcagtattaggttgat 806  Q
    || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||  |||||||| |||||    
T  27069874 attttttcacttttattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaagaatattgcttaataattgtagtattagtttgat 27069973  T
Q  807 tcacaaagggtgaaaatgcaacagattctctgtccatggggcattgtggaaatggttgtgtagttattgttccaacttggttttctctttcccacacagg 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||    
T  27069974 tcacaaagggtgaaaatgcaacagattttctgtccatgggacattgtggaaaaggttgtatagctattgatccaacttgtgtttctctttcccacacagg 27070073  T
Q  907 tt 908  Q
    ||    
T  27070074 tt 27070075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 411 - 908
Target Start/End: Original strand, 27085634 - 27086131
Alignment:
Q  411 aagagtttattgagtttcttacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacgatttcatagagtggcatttcgtcgagttc 510  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||  |    
T  27085634 aagagtttattgagtttgtaacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaatggtttcatagagtggcatttcgttgagcac 27085733  T
Q  511 actcacttttaaaacaacttttgcatctatggtagaattgccataataccctttaggtaaagtttcataatccatcaagtttcgtctgataccaactaac 610  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||  ||||||||       
T  27085734 actcacttttaaaacaacatttacatctataatagaattcccataataccctttaggtaaagtatcataatcctttaagttgcgtctactaccaactgca 27085833  T
Q  611 acatttagcattgttttgtcattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttatat 710  Q
    |   |||||  ||||    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27085834 atggttagcgctgttaaaccattgcttttaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttatat 27085933  T
Q  711 tttcattttcattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaacaattatgcttaataatttcagtattaggttgattcac 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||  || ||||| ||   |||||||  |||||| ||    
T  27085934 tttcattttcattcatcaaactcaacttaagtcttcttatcatttcaccctctactttaaaacaatattgtttaattatcgtagtattattttgatttac 27086033  T
Q  811 aaagggtgaaaatgcaacagattctctgtccatggggcattgtggaaatggttgtgtagttattgttccaacttggttttctctttcccacacaggtt 908  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27086034 aaagggtgaaagtgaaacagattctcggtccatgggacattgtggaaaagtttgtatagctattgatccaacttgtttttctctttcccacacaggtt 27086131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 211 - 732
Target Start/End: Original strand, 27056268 - 27056790
Alignment:
Q  211 atcaagtttattaggtgatgagaaaatgcatacatcgacggtggcaagcatcttgcatggtgca--ggtagaaaattcactaattcataacttccaaaat 308  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||   ||||| ||||||||||||| |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| | | ||||||    
T  27056268 atcaagtttattaggagatgagaaaatacacgtatcgagggtggcaagcatcatgcatggtacacaggtaaaaaattcactaattcatagccttcaaaat 27056367  T
Q  309 ctaaattttcctgaaaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgcaccactagcttccaattccatgcttaaaccatcctcttgatttgtctc 408  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||| | ||   |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  27056368 ttaaattttcctgaaaatccaaatgtttcaattc-actagaaccgttactgcaccactatcttccaattccatgctcaaaccatcctcttgattcgtctc 27056466  T
Q  409 ataagagtttattgagtttcttacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacgatttcatagagtggcatttcgtcgagt 508  Q
      ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||     
T  27056467 caaagagtttattgagtttgtgacataatcagcaatgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacaatttcatagagtggcatttcgttgagc 27056566  T
Q  509 tcactcacttttaaaacaacttttgcatctatggtagaattgccataataccctttaggtaaagtttcataatccatcaagtttcgtctgataccaacta 608  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| |||||||||     
T  27056567 tcactcacttttaaaacaacatttacatctatagtagaatttccatattaccctttaggtaaagtatcataatcctccaagttgcgtctaataccaactg 27056666  T
Q  609 acacatttagcattgttttgtcattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaacctta- 707  Q
      |   | |||| |||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||     
T  27056667 caatggtcagcactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgacctctacacataacctgcaagtac-tcaaaagttgtgaaccttat 27056765  T
Q  708 tattttcattttcattcatcaaact 732  Q
    | |||||||||| ||||||||||||    
T  27056766 ttttttcatttttattcatcaaact 27056790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 109 - 380
Target Start/End: Original strand, 27040925 - 27041196
Alignment:
Q  109 aagaaatcttaaagcttcaatttcgtccttaaacttaggcatagcagaaacggggagtgaagtaaatatcctaactcctccatccattgatggatcatga 208  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  27040925 aagaaaacttaaagcttcaatttcgtccttgaacttaggcatagcagcaacagggagtgatgtaaatatcctaactcctccttccattgatagatcatga 27041024  T
Q  209 tcatcaagtttattaggtgatgagaaaatgcatacatcgacggtggcaagcatcttgcatggtgcaggtagaaaattcactaattcataacttccaaaat 308  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||   ||||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | | ||||||    
T  27041025 tcatcaagtttattaggagatgagaaaatacacgtatcgagggtgccaagcatcttgcatggtgcagttaaaaaattcactaattcatagccttcaaaat 27041124  T
Q  309 ctaaattttcctgaaaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgcaccactagcttccaattcca 380  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27041125 ttaaattttcctgaaaacccaaatgtttcaactcacttagagacgttactgcaccactagcttccaattcca 27041196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 630 - 908
Target Start/End: Original strand, 27041375 - 27041653
Alignment:
Q  630 cattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttatattttcattttcattcatcaa 729  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  27041375 cattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaacctcattttttcatttttattcatcaa 27041474  T
Q  730 actcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaacaattatgcttaataatttcagtattaggttgattcacaaagggtgaaaatgcaaca 829  Q
    |||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||  || ||||| ||   |||||||  |||||| ||||||||||||| || ||||    
T  27041475 actcaatttaagtcctgttatcatttcaccctctactttaaaacaatattgtttaattatcgtagtattattttgatttacaaagggtgaaagtgaaaca 27041574  T
Q  830 gattctctgtccatggggcattgtggaaatggttgtgtagttattgttccaacttggttttctctttcccacacaggtt 908  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| | ||| ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27041575 gattctcggtccatgggacattgtggaaaaggttttatagctattgatcgaacttgtttttctctttcccacacaggtt 27041653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 109 - 907
Target Start/End: Original strand, 27098001 - 27098796
Alignment:
Q  109 aagaaatcttaaagcttcaatttcgtccttaaacttaggcatagcagaaacggggagtgaagtaaatatcctaactcctccatccattgatggatcatga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||| |||||| ||| |||| ||||| | |||||||||||||| |    
T  27098001 aagaaatcttaaagcttcaatttcctccttgaacttgggcatggcagcaacagggagtgtagtaaaaatcttaacccctcctttcattgatggatcatca 27098100  T
Q  209 tcatcaagtttattaggtgatgagaaaatgcatacatcgacggtggcaagcatcttgcatggtgcaggtagaaaattcactaattcataacttccaaaat 308  Q
    |  |||| ||||||||| ||||  |||||||  |  || |  |  |||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||||  ||| |  |  |||||||    
T  27098101 ttgtcaaatttattaggagatgtaaaaatgctaatttcaattgacgcaaacatgttgcatggtgctggtactaaattcactgcttcgttcccaccaaaat 27098200  T
Q  309 ctaaattttcct---gaaaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgcaccactagcttccaattccatgcttaaaccatcctcttgatttgt 405  Q
    ||| |||| | |   ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  | |||  ||| || ||    | || |  | ||| ||    
T  27098201 ctacatttccatcaagaaaacctaaatgtttccactctgtcagaaccgttactgcaccagtacttacca--tccttgatt----cctcgttataattagt 27098294  T
Q  406 ctcataagagtttattgagtttcttacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacgatttcatagagtggcatttcgtcg 505  Q
    |||  | | ||| ||||| ||| | ||| ||||||  ||| ||||||| |||||||||||| | || |||||||  ||||||||||||||| |||| |||    
T  27098295 ctccaacgtgttgattgaatttttgacaaaatcagtggtggaagcaatgtttttagtctctctgatgagcttaataatttcatagagtggcctttcatcg 27098394  T
Q  506 agttcactcacttttaaaacaacttttgcatctatggtagaattgccataataccctttaggtaaagtttcataatccatcaagtttcgtctgataccaa 605  Q
    || ||||| |||||||| |||   |||||||| |     ||||| |||||||| || ||||||||||  ||| ||||| ||||||| ||||| |||||      
T  27098395 agctcactaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggatcaaaatccttcaagttgcgtctaatacctg 27098494  T
Q  606 ctaacacatttagcattgttttgtcattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaacct 705  Q
    |||  |   | || | |||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  27098495 ctacaatggtcagtactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccaaacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaacct 27098594  T
Q  706 tatattttcattttcattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaacaattatgcttaataatttcagtattaggttga 805  Q
    ||||||| || |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| || || |  ||||||||||  ||||| |||| |  ||| ||  |||||    
T  27098595 tatatttccactttccttcatcaagctcaacttaagccttgttatcatttcaccatcaatattaaaacaatattgcttcataactgtagtgttgtgttga 27098694  T
Q  806 ttcacaaagggtgaaaatgcaacagattctctgtccatggggcattgtggaaatggttgtgtagttattgttccaacttggttttctctttcccacacag 905  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| || |||||||||||||  |||||||| |||||   |  | ||||||||||||||||    
T  27098695 ttcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgttcagttattgatccaataagtctctctctttcccacacag 27098794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 161 - 380
Target Start/End: Original strand, 27085414 - 27085633
Alignment:
Q  161 gggagtgaagtaaatatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggtgatgagaaaatgcatacatcgacggtggcaagca 260  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||   ||||| |||| ||||||    
T  27085414 gggagtgatgtaaatatcctaactcctccttccattgacagatcatgatcatcaagtttattaggagatgagaaaatacacgtatcgagggtgccaagca 27085513  T
Q  261 tcttgcatggtgcaggtagaaaattcactaattcataacttccaaaatctaaattttcctgaaaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgc 360  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  |||||||||    
T  27085514 tcttgcatggtgcagttaaaaaattcactaattcatagccttcaaaatttaaattttcctgaaaacccaaatgtttcaactcacttagagacgttactgc 27085613  T
Q  361 accactagcttccaattcca 380  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  27085614 accactagcttccaattcca 27085633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 411 - 563
Target Start/End: Original strand, 27041197 - 27041349
Alignment:
Q  411 aagagtttattgagtttcttacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacgatttcatagagtggcatttcgtcgagttc 510  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  27041197 aagagtttattgagtttgtaacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaatggtttcatagagtggcatttcgttgagctc 27041296  T
Q  511 actcacttttaaaacaacttttgcatctatggtagaattgccataataccctt 563  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  27041297 actcacttttaaaacaacatttacatctatagtagaatttccataataccctt 27041349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 447 - 907
Target Start/End: Original strand, 27105335 - 27105795
Alignment:
Q  447 aagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacgatttcatagagtggcatttcgtcgagttcactcacttttaaaacaacttttgcatctatggtaga 546  Q
    ||||||| |||||||||||| | || || ||||  ||||||||||||||| |||| ||||| || || |||||||| |||   |||||||| |     ||    
T  27105335 aagcaatgtttttagtctctcttattaggttaataatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatga 27105434  T
Q  547 attgccataataccctttaggtaaagtttcataatccatcaagtttcgtctgataccaactaacacatttagcattgttttgtcattgctgctaagtttt 646  Q
    ||| |||||||| || |||||||||| |||| ||||| |||| || ||||| |||||| |||  |   | | || |||||   ||||| || ||||||||    
T  27105435 attcccataataaccattaggtaaaggttcaaaatccttcaacttgcgtctaataccagctacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagtttt 27105534  T
Q  647 aaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttatattttcattttcattcatcaaactcaacttaagtcttg 746  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||  | || |||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  27105535 aaggctcttgctcttgatctccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttg 27105634  T
Q  747 ttatcgtttcgccctctactttaaaacaattatgcttaataatttcagtattaggttgattcacaaagggtgaaaatgcaacagattctctgtccatggg 846  Q
    ||| | |||| ||||| || ||||||||||  | ||| |||| |  ||| ||   |||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| ||| ||    
T  27105635 ttaacatttcaccctccacattaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagg 27105734  T
Q  847 gcattgtggaaatggttgtgtagttattgttccaacttggttttctctttcccacacaggt 907  Q
    || || ||||||||||||| ||||||||| |||||   |  | ||||||||||||||||||    
T  27105735 gctttctggaaatggttgtttagttattgatccaataagtctctctctttcccacacaggt 27105795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 422 - 676
Target Start/End: Original strand, 27045580 - 27045834
Alignment:
Q  422 gagtttcttacataatcagcagtgaaagcaatatttttagtctctttaatcagcttaacgatttcatagagtggcatttcgtcgagttcactcactttta 521  Q
    |||||| | ||||||||||  | | ||||||| ||||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||    
T  27045580 gagtttttgacataatcagtggaggaagcaatctttttagcctctttgatcaacttaacaatttcatagagtggcatttcattgagctcactaactttta 27045679  T
Q  522 aaacaacttttgcatctatggtagaattgccataataccctttaggtaaagtttcataatccatcaagtttcgtctgataccaactaacacatttagcat 621  Q
    | ||||||||| |||| |  |||| ||| |||||||||||| |||| ||||  |||||| |  ||| | | ||||| ||||||||||||| ||| | |||    
T  27045680 acacaacttttccatccacagtagtattaccataataccctataggcaaaggatcataacctttcatgctgcgtctaataccaactaacatattcaacat 27045779  T
Q  622 tgttttgtcattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataa 676  Q
    ||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27045780 tgtttttccattgttgctaagttgtaaggctcttgctcttgacctccacacataa 27045834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 100 - 311
Target Start/End: Original strand, 27045255 - 27045466
Alignment:
Q  100 atttctataaagaaatcttaaagcttcaatttcgtccttaaacttaggcatagcagaaacggggagtgaagtaaatatcctaactcctccatccattgat 199  Q
    ||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| |||| ||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| | |||||||    
T  27045255 atttcaattaagtaatcttaaagcttcaatttcctccttgaaccttggcatggcagcaacagggagtgatgtaaaaatcttaactcctcctttcattgat 27045354  T
Q  200 ggatcatgatcatcaagtttattaggtgatgagaaaatgcatacatcgacggtggcaagcatcttgcatggtgcaggtagaaaattcactaattcataac 299  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||| |||| |||||||||  | || |  |  |||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| |    
T  27045355 ggatcatcatcatcaagtttaccaggagatgcgaaaatgcacccttccaaagacgcaaacatgttgcatggtgctggtacaaaattcactgattcatacc 27045454  T
Q  300 ttccaaaatcta 311  Q
     |||||||||||    
T  27045455 ctccaaaatcta 27045466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 161 - 237
Target Start/End: Original strand, 27079617 - 27079693
Alignment:
Q  161 gggagtgaagtaaatatcctaactcctccatccattgatggatcatgatcatcaagtttattaggtgatgagaaaat 237  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27079617 gggagtgatgtaaatatcctaactcctccttccattgacagatcatgatcatcaagtttattaggagatgagaaaat 27079693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 109 - 363
Target Start/End: Original strand, 27105000 - 27105257
Alignment:
Q  109 aagaaatcttaaagcttcaatttcgtccttaaacttaggcatagcagaaacggggagtgaagtaaatatcctaactcctccatccattgatggatcatga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||| |||||| ||| |||  ||||| | ||| |||||||||| |    
T  27105000 aagaaatcttaaagcttcaatttcctccttgaacttgggcatggcagcaacagggagtgtagtaaaaatcttaatccctcctttcatagatggatcatca 27105099  T
Q  209 tcatcaagtttattaggtgatgagaaaatgcatacatcgacggtggcaagcatcttgcatggtgcaggtagaaaattcactaattcataacttccaaaat 308  Q
    |  |||| ||||||||| | ||  |||||||  |  || | ||  |||| ||  ||||||||||| ||||  |||||||||  |||||  |  |||||||    
T  27105100 ttgtcaaatttattaggaggtgtaaaaatgctcatttccatggacgcaaacaagttgcatggtgctggtactaaattcactgcttcatgcccaccaaaat 27105199  T
Q  309 ctaaattt---tcctgaaaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgcacc 363  Q
    ||| ||||   ||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27105200 ctacatttccatcaagaaaacctaaatgtttccactctgtcagaaccgttactgcacc 27105257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 107 - 152
Target Start/End: Original strand, 27056182 - 27056227
Alignment:
Q  107 taaagaaatcttaaagcttcaatttcgtccttaaacttaggcatag 152  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27056182 taaagaaaccttaaagcttcaatttcgtccttgaacttaggcatag 27056227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 318 - 374
Target Start/End: Original strand, 19414221 - 19414277
Alignment:
Q  318 cctgaaaacccaaatgtttccactctgttagaaccgttactgcaccactagcttcca 374  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||| |||||    
T  19414221 cctgaaagcccaaatgcttccactctgtcaaaactgttactgcaccactagattcca 19414277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University