View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7617_low_13 (Length: 414)

Name: NF7617_low_13
Description: NF7617
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7617_low_13
NF7617_low_13
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (8-391)||(30264171-30264554)
chr4 (8-391)||(30287634-30288017)
chr4 (22-389)||(30271079-30271446)
chr4 (22-389)||(30280743-30281110)
chr4 (22-389)||(30304146-30304513)
chr4 (186-362)||(30048547-30048723)
chr4 (186-362)||(30062888-30063064)
chr4 (186-368)||(30032301-30032483)
chr4 (186-350)||(30228686-30228850)
chr4 (186-355)||(30220209-30220378)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (186-293)||(2311381-2311488)
chr7 (187-287)||(29483193-29483293)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (199-344)||(79534-79679)
scaffold0024 (235-341)||(72506-72612)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 391
Target Start/End: Original strand, 30264171 - 30264554
Alignment:
Q  8 gcagaacctgtgaaccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaatt 107  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30264171 gcagaaactctgaaccttcctcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatactccatccaaaatcagagattgaatt 30264270  T
Q  108 gaaaagggagaatatggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264271 gaaaagggagaatatggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaa 30264370  T
Q  208 ggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264371 ggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcat 30264470  T
Q  308 tgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264471 tgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagt 30264554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 30288017 - 30287634
Alignment:
Q  8 gcagaacctgtgaaccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaatt 107  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30288017 gcagaaactctgaaccttcctcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatactccatccaaaatcagagattgaatt 30287918  T
Q  108 gaaaagggagaatatggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287917 gaaaagggagaatatggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaa 30287818  T
Q  208 ggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287817 ggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcat 30287718  T
Q  308 tgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287717 tgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagt 30287634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 22 - 389
Target Start/End: Original strand, 30271079 - 30271446
Alignment:
Q  22 ccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||| |||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  30271079 ccttcctcaccattccatataggtgttttgtcatctttaagcattgagcttttggctatgctccatccaaaatcagagaaggaattgaaaaaggagaata 30271178  T
Q  122 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 221  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30271179 tggttgaaggaaaccacttgaaaaaacctttcttgggagataacaattgtgatggtttgcgtgaaggaaaagacaaaggaagagaagggtcatcagctct 30271278  T
Q  222 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 321  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      |||||| |||||||||||     
T  30271279 ttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcatttcttgttggatat 30271378  T
Q  322 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacata 389  Q
    || || | ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  ||||||||||||||    
T  30271379 ttaattaaatgtatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacata 30271446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 22 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 30281110 - 30280743
Alignment:
Q  22 ccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||| |||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  30281110 ccttcctcaccattccatataggtgttttgtcatctttaagcattgagcttttggctatgctccatccaaaatcagagaaggaattgaaaaaggagaata 30281011  T
Q  122 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 221  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30281010 tggttgaaggaaaccacttgaaaaaacctttcttgggagataacaattgtgatggtttgcgtgaaggaaaagacaaaggaagagaagggtcatcagctct 30280911  T
Q  222 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 321  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      ||||||||||||||||||     
T  30280910 ttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattgcttgttggatat 30280811  T
Q  322 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacata 389  Q
    || || | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  ||||||||||||||    
T  30280810 ttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacata 30280743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 22 - 389
Target Start/End: Original strand, 30304146 - 30304513
Alignment:
Q  22 ccttcgtcaccattccatataggtgatttatcatcttcaattattgaacttttcaatatgctccatccaaaatcagagattgaattgaaaagggagaata 121  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||  ||||| |||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||||| || |||||    
T  30304146 ccttcctcaccattccatataggtgttttgtcatctttaagcattgagcttttggctatgctccatccaaaatcagagaaggaattgaaaaaggggaata 30304245  T
Q  122 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctctcttgggagttaacaattgtgatgacttgcggttaggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctct 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  30304246 tggttgaagggaaccacttgaaaaagcctttcttgggagataacaattgtgatggtttgcgtgaaggaaaagacaaaggaagagaagggtcatcaactct 30304345  T
Q  222 atgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatac 321  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      ||||||||||||||||||     
T  30304346 ttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattgcttgttggatat 30304445  T
Q  322 ttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacata 389  Q
    || || | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  ||||||||||||||    
T  30304446 ttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacata 30304513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 186 - 362
Target Start/End: Original strand, 30048547 - 30048723
Alignment:
Q  186 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 285  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30048547 aggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgatgaagtttg 30048646  T
Q  286 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgt 362  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  30048647 aatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgt 30048723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 186 - 362
Target Start/End: Original strand, 30062888 - 30063064
Alignment:
Q  186 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 285  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30062888 aggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgatgaagtttg 30062987  T
Q  286 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgt 362  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  30062988 aatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgt 30063064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 186 - 368
Target Start/End: Original strand, 30032301 - 30032483
Alignment:
Q  186 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 285  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30032301 aggaaaagataaaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccgtcaccaagtgcatgatgaagtttg 30032400  T
Q  286 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttc 368  Q
    |||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  30032401 aatattatggtgcaagcttcattggttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgttctttc 30032483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 186 - 350
Target Start/End: Original strand, 30228686 - 30228850
Alignment:
Q  186 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 285  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30228686 aggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcactcatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgattaagtttg 30228785  T
Q  286 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggttt 350  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  30228786 aatattatggtgcaagcagcattggttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggttt 30228850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 186 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 30220378 - 30220209
Alignment:
Q  186 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 285  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  30220378 aggaaaagatagaggaagagaaggatcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttg 30220279  T
Q  286 aatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtctt 355  Q
    ||||| |  ||      |||||||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  30220278 aatatcaaagttcctttagcattgcttgttggatatttaatcaaatgaatttcccaaaggggtttatctt 30220209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 186 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 2311488 - 2311381
Alignment:
Q  186 aggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttg 285  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2311488 aggaaaagacaaaggaagagatggatcatcagcacgttgtagacaagaaagaagtgcacccattagagaataaccatctccaagtgcatggtgaagtttg 2311389  T
Q  286 aatattat 293  Q
    ||||||||    
T  2311388 aatattat 2311381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 187 - 287
Target Start/End: Original strand, 29483193 - 29483293
Alignment:
Q  187 ggaaaagacaaaggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttga 286  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |  |||||||   |||||||||||  ||| ||||| |||| |||||| |||| |||||    
T  29483193 ggaaaggacaaacggagagaaggatcatcagctctttgaaggctcgaaagaatgacacccatgagattgtagccatctccaattgcatggtgaaatttga 29483292  T
Q  287 a 287  Q
    |    
T  29483293 a 29483293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 199 - 344
Target Start/End: Original strand, 79534 - 79679
Alignment:
Q  199 ggaagagaaggatcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgt 298  Q
    ||||||||||| | ||||||||| |  | ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||      
T  79534 ggaagagaagggttatcagctctttctaaacatgaaagaagtgcacccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtac 79633  T
Q  299 aagcagcattgcttgttggatacttgataacatgtatttcccaaag 344  Q
     ||| |||||  |||||||||| || |||| |||||| ||||||||    
T  79634 cagctgcattttttgttggatatttaataatatgtatctcccaaag 79679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 235 - 341
Target Start/End: Original strand, 72506 - 72612
Alignment:
Q  235 agaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgta 334  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||| |||||  |||||||||| || |||| ||| |    
T  72506 agaagagctcccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtaccagctgcattttttgttggatatttaataatatgaa 72605  T
Q  335 tttccca 341  Q
    |||||||    
T  72606 tttccca 72612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University