View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7618_high_1 (Length: 1141)

Name: NF7618_high_1
Description: NF7618
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7618_high_1
NF7618_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-1127)||(37444459-37445558)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 996; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 996; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1127
Target Start/End: Original strand, 37444459 - 37445558
Alignment:
Q  13 tggacatcatcggatcttgaagcatttgattgttgatcgactcatctataacatatgatgttttttatgttagaagtgctaatgttgttgtgatgagcac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444459 tggacatcatcggatcttgaagcatttgattgttgatcgactcatctataacatatgatgttttttatgttagaagtgctaatgttgttgtgatgagcac 37444558  T
Q  113 acatgtattattatggaatactataactaatggaaatttttgctacctgaagttgggttgttataatttgaaattagatgcaatgtgccaaattgttgaa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37444559 acatgtattattatggaatactataactaatggaaatttttgctacctgaagttgggttgttataatttgaaattagaggcaatgtgccaaattgttgaa 37444658  T
Q  213 tttgttggtccataaccgaggaagtttctgaataatgactaaaattaagttgtgttgttctctgatctaaatgtgaatcaaaataaatagcatgtgaact 312  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444659 tttgttggtccataaccaaggaggtttctgaataatgactaaaattaagttgtgttgtcctctgatctaaatgtgaatcaaaataaatagcatgtgaact 37444758  T
Q  313 aggaaatggtctctgactcaattccaacaatcgattatcacattgcaagagctttgcgtagtattggtcaagagctcccggagggaattgaagatagtgc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444759 aggaaatggtctctgactcaattccatcaatcgattatcacattgcaagagctttgcgtagtattggtcaagagctcccggagggaattgaagatagtgc 37444858  T
Q  413 ctcctgagtagaaagaaatatttgccatcaatgacaaaatgatatattgtatgtactataactataaatacaatcaagctgaatatgattgaatgaatct 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37444859 ctcctgagtagaaagaaatatttgccatcaatgacaaaatgatatattgtatgtac---------------aatcaagctgaatatgattgaatgaatct 37444943  T
Q  513 atttgtgtgttttcatccaaaagtaaaaagatgaaagtgtaataatgtggttaaaaagaaatacataccggtatttagaagcttgaccatgagtgaagtc 612  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37444944 atttgtgtgttttcatccaaaagtaaaaagatgaaagtgtaataatgtggttaaaaagaaatacataccggtatttggaagcttgaccatgagtgaagtc 37445043  T
Q  613 ttgagataaggtccacacagtatgctttccaggctttggttctatctcacgaaagaaggatggaactttgtctagctgtaaaaaacaaatccaatgaaaa 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445044 ttgagataaggtccacacagtatgctttccaggctttggttctatctcacgaaagaaggatggaactttgtctagctgtaaaaaacaaatccaatgaaaa 37445143  T
Q  713 ttaacatctatacatagttttcttaatgtgaatgtgtctgcatagcttatcacagtgtnnnnnnngactatttattaaagaaagaagtacctcaatttca 812  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445144 ttaacatctatacatagttttcttgatgtgaatgtgtctgcatagcttatcacagtgtaaaaaaagactatttattaaagaaagaagtacctcaatttca 37445243  T
Q  813 agaataccaggtaaattatcctcaagaacagctcgaatggctgaaatgttttgccaatgtatttcaatcttttcctttaaaccatcacgcaatatctccc 912  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445244 agaataccgggtaaattatcctcaagaacagctcgaatggctgaaatgttttgccaatgtatttcaatcttttcctttaaaccatcacgcaatatctccc 37445343  T
Q  913 acaccaattttcgtttagcataataaaacttagctaccaaatccgcaggatatttagcctcaatctgcatgcgcagcatgtaatatgagacaaatatttt 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37445344 acaccaattttcgtttagcataataaaacttagctaccaaatccgcaggatatttagcctcaatctgcatgcgcagcatgtaatatgagacaaatatttt 37445443  T
Q  1013 attatataataaaaaacctcgaatattgtggggtttttagaaatacttaattaatttgactattatacaagtcaaatattatatactagaagtaatagtt 1112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37445444 attatataataaaaaacctcgaatattttgggatttttagaaacacttaattaatttgactattatacaagtcaaatattatatactagtagtaatagtt 37445543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University