View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7623_high_3 (Length: 528)

Name: NF7623_high_3
Description: NF7623
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7623_high_3
NF7623_high_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-519)||(47737198-47737712)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-519)||(13647461-13647975)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-519)||(41768999-41769498)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-509)||(35600676-35601156)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 47737712 - 47737198
Alignment:
Q  17 tgtgtataaacaagaattacaaccaaaatacttaactagaagacttaaagggtgtaacccataatctgtcaacattacttggacttagccaagaattaca 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47737712 tgtgcataaacaagaattacaaccaaaatacttaactagaagacttaaagggtgtaacccataatctgtcaacattacttggacttagccaagaattaca 47737613  T
Q  117 accaaaatacttgaccacaaaatacttaaccacataatacttaaccaaaatgctaggcagaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaacaaat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47737612 accaaaatacttgaccacaaaatacttaaccacataatacttaaccaaaatgctaggcaaaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaacaaat 47737513  T
Q  217 taaaacacattaaacatattttatggtgtcaacttttctaaggaggcctagacatgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47737512 taaaacacattaaacatattttatggtgtcaacttttctaaggaggcctatatatgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtc 47737413  T
Q  317 tccttctgagcatcaacattacaatcatcagctatatgaattgggtcatccatattctttcctggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcc 416  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47737412 tccttctgagcatcagcattacaatcttcatctatatgaattgggtcatccatattctttcctggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcc 47737313  T
Q  417 tacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactt------------tgcttgtgttggtgtaacagatggtttgggtggaacaga 504  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||            |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47737312 taccacttctcctcactttacctaagccatgcttcttaccttctgactttgattgtcttggtgcttgtgttggtgcaacagatggtttgggtggaacaga 47737213  T
Q  505 ttttagcacaggttc 519  Q
    |||||| ||||||||    
T  47737212 ttttaggacaggttc 47737198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 519
Target Start/End: Original strand, 13647461 - 13647975
Alignment:
Q  17 tgtgtataaacaagaattacaaccaaaatacttaactagaagacttaaagggtgtaacccataatctgtcaacattacttggacttagccaagaattaca 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13647461 tgtgcataaacaagaattacaaccaaaatacttaactagaagacttaaagggtgtaacccataatctgtcaacattacttggacttagccaagaattaca 13647560  T
Q  117 accaaaatacttgaccacaaaatacttaaccacataatacttaaccaaaatgctaggcagaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaacaaat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13647561 accaaaatacttgaccacaaaatacttaaccacataatacttaaccaaaatgctaggcaaaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaacaaat 13647660  T
Q  217 taaaacacattaaacatattttatggtgtcaacttttctaaggaggcctagacatgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13647661 taaaacacattaaacatattttatggtgtcaacttttctaaggaggcctaaaaatgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtc 13647760  T
Q  317 tccttctgagcatcaacattacaatcatcagctatatgaattgggtcatccatattctttcctggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcc 416  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13647761 tccttctgagcatcagcattacaatcttcaactatatgaattgggtcatccatattctttcctggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcc 13647860  T
Q  417 tacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactt------------tgcttgtgttggtgtaacagatggtttgggtggaacaga 504  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||            |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13647861 taccacttctcctcactttacctaagccatgcttcttaccttctgactttgattgtcttggtgcttgtgttggtgcaacagatggtttgggtggaacaga 13647960  T
Q  505 ttttagcacaggttc 519  Q
    |||||| ||||||||    
T  13647961 ttttaggacaggttc 13647975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 519
Target Start/End: Original strand, 41768999 - 41769498
Alignment:
Q  17 tgtgtataaacaagaattacaaccaaaatacttaactagaagacttaaagggtgtaacccataatctgtcaacattacttggacttagccaagaattaca 116  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41768999 tgtgcatagacaagaattacaaccaaaatagttaactaggatacttaaagggtgtaacccataatctgtcaacattacttggtcttagccaagaattaca 41769098  T
Q  117 accaaaatacttgaccacaaaatacttaaccacataatacttaaccaaaatgctaggcagaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaacaaat 216  Q
    ||||||||| ||               |||||| |||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41769099 accaaaatattt---------------aaccacttaatacttaaccaaaagggtatgcataattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaactaat 41769183  T
Q  217 taaaacacattaaacatattttatggtgtcaacttttctaaggaggcctagacatgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtc 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41769184 taaaacacattaaacatatttgatggtgtcaacttttctaatgaggcctagacatgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtc 41769283  T
Q  317 tccttctgagcatcaacattacaatcatcagctatatgaattgggtcatccatattctttcctggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcc 416  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41769284 tccttctgagcatcagcattacaatcatcaactatatcaattgggtcatccatcttctttcctggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcc 41769383  T
Q  417 tacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactt------------tgcttgtgttggtgtaacagatggtttgggtggaacaga 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41769384 tacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactttgcttgtcttggtgcttgtgttggtgcaacagatggtttgggtggaacaga 41769483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 17 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 35601156 - 35600676
Alignment:
Q  17 tgtgtataaacaagaattacaaccaaaatacttaactagaagacttaaagggtgtaacccataatctgtcaacattacttggacttagccaagaattaca 116  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35601156 tgtgcatagacaagaattacaaccaaaatacttaactaggatacttaaagggtgtaacccataatctgtcaacattacttggtcttagccaagaattaca 35601057  T
Q  117 accaaaatacttgaccacaaaatacttaaccacataatacttaaccaaaatgctaggcagaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaacaaat 216  Q
    ||||||               |||||||| ||||         ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35601056 accaaa---------------atacttaaacaca---------accaaaaggctaggcagaattccattcaagttgcatacacagttaaaaccaactaat 35600981  T
Q  217 taaaacacattaaacatattttatggtgtcaacttttctaaggaggcctagacatgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtc 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600980 taaaacacattaaacatatttgatggtgtcaacttctctaaggaggcctagacatgatccaagctttgcctctgggacaactttgacagggggatcagtc 35600881  T
Q  317 tccttctgagcatcaacattacaatcatcagctatatgaattgggtcatccatattctttcctggtcccttcttgttagcattagttctccaaacattcc 416  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35600880 tccttctgagcatcagcattacaatcatcatctatatcaattgggtcatccatcttctttcctggtcccttcttgttagcattagttctcaaaacattcc 35600781  T
Q  417 tacgacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactttgc------------ttgtgttggtgtaacagatggtttgggtggaacaga 504  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35600780 taccacttctcctcactttacctaagtcaagcttcttaccttctgactttgcttgtcttggtgcttgtgttggtgcaacagatggtttgggtggaacaga 35600681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University