View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7627_low_1 (Length: 561)

Name: NF7627_low_1
Description: NF7627
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7627_low_1
NF7627_low_1
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (1-543)||(30315446-30315997)
chr7 (1-342)||(30292147-30292479)
chr7 (4-342)||(30304781-30305127)
chr7 (1-342)||(30287113-30287456)
chr7 (1-342)||(30299989-30300332)
chr7 (338-543)||(30286865-30287064)
chr7 (338-543)||(30291899-30292098)
chr7 (338-543)||(30304533-30304732)
chr7 (496-543)||(30299323-30299370)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (198-339)||(46810441-46810582)
chr1 (494-541)||(46810286-46810333)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 30315997 - 30315446
Alignment:
Q  1 gcacaaaacttgttcttgattaatttattcatagtagaaa-ggtggaactctagttatagttacaagctaatgccgttttattcattgctcactatgagc 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30315997 gcacaaaacttattcttgattaatttattcatagtacaaaaggtggaactctagttacaattacaagataatgccgttttattctttgctcactatgagc 30315898  T
Q  100 tatagcttcttagagcgaacaagcataataag--------cattaaaaagttcccgaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttct 191  Q
    ||||| | |||| |||  ||| |||||| |          |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30315897 tatagttccttacagcatacatgcataacatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttgtctctggcttcgaccttct 30315798  T
Q  192 tccctttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagct 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30315797 tccctttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacct 30315698  T
Q  292 ctttcactggtctctgaatttggcttatcacattgtcttcctcaccttcaattaagaagaaccaaatattttaaataatgttaacatgtcattnnnnnnn 391  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  30315697 ctttcactggtctctctatttggcttatcacattgtcttcctcaccttcaattaagtagaaccaaatattttaaataatgttaacatgtcattaaaaata 30315598  T
Q  392 nnnnntaactaatataggctacattcaattcaatttaattttggtagaaaactgttgtaattaggccatacagaaggaaagagactgagtgagaatatag 491  Q
         ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30315597 aaaaataactaatataggctacattcaatttaatttaattttggtagaaaactattgtaattaggccatacagaaggaaagagaccgagtgagaatatag 30315498  T
Q  492 tatataccagcaaggaagttcctctgattgttctcagcattgataccaaatc 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30315497 tatataccagcaaggaagttcctctgattgttctcagcattgataccaaatc 30315446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30292479 - 30292147
Alignment:
Q  1 gcacaaaacttgttcttgattaatttattcatagtagaaaggtggaactctagttatagttacaagctaatgccgttttattcattgctcactatgagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30292479 gcacaaaacttgttcttgattaatttattcatagtaggaaagtggaactctagttatagttacaagctaatgccgttttattcattgctcactatgagct 30292380  T
Q  101 atagcttcttagagcgaacaagcataataagcattaaaaagttcccgaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttcttccctttcc 200  Q
             ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30292379 ---------tagagcatacaagcataataagcattaaaacgttcccgaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttcttccctttcc 30292289  T
Q  201 ctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagctctttcactg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30292288 ctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagctctttcactg 30292189  T
Q  301 gtctctgaatttggcttatcacattgtcttcctcaccttcaa 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30292188 gtctctgaatttggcttatcacattgtcctcctcaccttcaa 30292147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 4 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30305127 - 30304781
Alignment:
Q  4 caaaacttgttcttgattaatttattcatagtagaaaggtggaactctagttatagttacaagctaatgccgttttattcattgctcactatgagctata 103  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  30305127 caaaacttattcttgattcagttattcatagtagaaaggtggaactctagttatagttacaagataatgccgttttattcatcgctcattattagctata 30305028  T
Q  104 gcttcttagagcgaacaagcataataag--------cattaaaaagttcccgaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttcttccc 195  Q
    ||| | || | |  ||  ||||||||          |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30305027 gctccatatatcatacttgcataatatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttgtctctggcttcgaccttcttccc 30304928  T
Q  196 tttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagctcttt 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30304927 tttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagctcttt 30304828  T
Q  296 cactggtctctgaatttggcttatcacattgtcttcctcaccttcaa 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30304827 cactggtctctgaatttggcttatcacattgtcctcctcaccttcaa 30304781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30287456 - 30287113
Alignment:
Q  1 gcacaaaacttgttcttgattaatttattcatagtagaaaggtggaactctagttatagttacaagctaatgccgttttattcattgctcactatgagct 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||      |||| |||||||||||||||| || |||| ||||||||    
T  30287456 gcacaaaacttattcttgattaatttattcatagtagaaaggaggaactctagtta------caagataatgccgttttattcttttctcattatgagct 30287363  T
Q  101 atagcttcttagagcgaacaagcataataag--------cattaaaaagttcccgaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttctt 192  Q
    |||| | |||| |||  ||| |||||| |          |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30287362 atagttccttacagcatacatgcataacatttgatcactcattaaaaagctcccaaaattgaagaaataggctccctttgtctctggcttcgaccttctt 30287263  T
Q  193 ccctttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagctc 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30287262 ccctttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctc 30287163  T
Q  293 tttcactggtctctgaatttggcttatcacattgtcttcctcaccttcaa 342  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30287162 tttcactggtctctctatttggcttatcacattgtcctcctcaccttcaa 30287113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30300332 - 30299989
Alignment:
Q  1 gcacaaaacttgttcttgattaatttattcatagtagaaaggtggaactctagttatagttacaagctaatgccgttttattcattgctcactatgagct 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||      |||| || |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  30300332 gcacaaaacttattcttgattaatttattcatggtggaaaggtggaactctagata------caagatattgccgttttattctctgctcactatgagct 30300239  T
Q  101 atagcttcttagagcgaacaagcataataag--------cattaaaaagttcccgaaattgaagaaataggctccctttttctctggcttcgaccttctt 192  Q
    ||  || |||| |||  ||||||||||||          ||||||||   |||| |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30300238 atgactccttacagcatacaagcataatatttgatcactcattaaaatactcccaaaattgaagatataagctccctttgtctctggcttcgaccttctt 30300139  T
Q  193 ccctttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagctc 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30300138 ccctttccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagactctcaacatcttgagctgatccagggaatgctacctc 30300039  T
Q  293 tttcactggtctctgaatttggcttatcacattgtcttcctcaccttcaa 342  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30300038 tttcactggtctctctatttggcttatcacattgtcttcctcaccttcaa 30299989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 338 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 30287064 - 30286865
Alignment:
Q  338 ttcaattaagaagaaccaaatattttaaataatgttaacatgtcattnnnnnnnnnnnntaactaatataggctacattcaattcaatttaattttggta 437  Q
    |||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||            | ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30287064 ttcaattaagtagaagcaaatcttttaattaatgttaacatgtcattaaaaataaaaaattactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggta 30286965  T
Q  438 gaaaactgttgtaattaggccatacagaaggaaagagactgagtgagaatatagtatataccagcaaggaagttcctctgattgttctcagcattgatac 537  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  30286964 ggaaactattgtaattaggccataca----gaaagagactgagtgagaatacag--tataccagcaaggaagttcctttgattgttctccgcattgatac 30286871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 338 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 30292098 - 30291899
Alignment:
Q  338 ttcaattaagaagaaccaaatattttaaataatgttaacatgtcattnnnnnnnnnnnntaactaatataggctacattcaattcaatttaattttggta 437  Q
    |||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||            | ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30292098 ttcaattaagtagaagcaaatcttttaattaatgttaacatgtcattaaaaataaaaaattactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggta 30291999  T
Q  438 gaaaactgttgtaattaggccatacagaaggaaagagactgagtgagaatatagtatataccagcaaggaagttcctctgattgttctcagcattgatac 537  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  30291998 ggaaactattgtaattaggccataca----gaaagagactgagtgagaatacag--tataccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgatac 30291905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 338 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 30304732 - 30304533
Alignment:
Q  338 ttcaattaagaagaaccaaatattttaaataatgttaacatgtcattnnnnnnnnnnnntaactaatataggctacattcaattcaatttaattttggta 437  Q
    |||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||            | ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30304732 ttcaattaagtagaagcaaatcttttaattaatgttaacatgtcattaaaaataaaaaattactaacatatgctacattcaatttaatttaattttggta 30304633  T
Q  438 gaaaactgttgtaattaggccatacagaaggaaagagactgagtgagaatatagtatataccagcaaggaagttcctctgattgttctcagcattgatac 537  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  30304632 ggaaactattgtaattaggccataca----gaaagagactgagtgagaatacag--tataccagcaaggaagctcctctggttgttctcagcattgatac 30304539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 496 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 30299370 - 30299323
Alignment:
Q  496 taccagcaaggaagttcctctgattgttctcagcattgataccaaatc 543  Q
    |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  30299370 tacctgcaaggaagttcctctcgttgttctcagcattgataccaaatc 30299323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 198 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 46810582 - 46810441
Alignment:
Q  198 tccctttgttgaggctgagcatttgcaaagtaagattgtctctgattctttagtagcctctcaacatcttgagctgatccagggaatgctagctctttca 297  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||| | |||||| |    
T  46810582 tccctttgttgaggttgagcatttgcaaagtaagattgtctttggttctttattagcctatcaacctcttcagcagatccagggaatgcaacctctttta 46810483  T
Q  298 ctggtctctgaatttggcttatcacattgtcttcctcacctt 339  Q
    |||| || |  ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  46810482 ctggcctttctatttgacttatcacattgtcatcctcacctt 46810441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 494 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 46810333 - 46810286
Alignment:
Q  494 tataccagcaaggaagttcctctgattgttctcagcattgataccaaa 541  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46810333 tatacctgcaagaaagtttctctgattgttctcagcattgataccaaa 46810286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University