View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7628_low_2 (Length: 712)

Name: NF7628_low_2
Description: NF7628
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7628_low_2
NF7628_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-702)||(28928110-28928818)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 702
Target Start/End: Original strand, 28928110 - 28928818
Alignment:
Q  1 acctaaactaaaaacacctctacatacaacatttacctttcatttttgtttattgttaattggtctcaataaaatgccatggttgatctccaaaaatatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28928110 acctaaactaaaaacacctctacatacaacatttacctttcatttttgtttactattaattggtctcaataaaatgtcatggttgatctccaaaaatatg 28928209  T
Q  101 tgcagagtcatatggatcaatatgttacttggtgcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaatgtactacaatgcataaacttttgacagttgttaaatgtgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |                     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  28928210 tgcagagtcatatggatcaatatgttacttggtacctttaatttttgtttatttttaagtgtactacaatgcataaacttttgacagttgttaaatgt-- 28928307  T
Q  201 agtttttaattgaagaatgtcaaggtcccag-actcata----tatagcataagaaatggtagaagtgaaaaggtagtacataaatgaactcatatatac 295  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28928308 agtttttaattgaagaatatcaaggtcccactactcatacatatatagcataagaaatggtagaagtgaaaagatagtacataaatgaactcatatatac 28928407  T
Q  296 aaacatggtttatttatttatttaagaatcgtatacaatttgtttgnnnnnnnnnnngaatcatatacaatcatcatcttaatacactatagcttatctc 395  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||            |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28928408 aaacatggtttatttattta----agaatcgtatataatttgtttgaaaaaaaaaaataatcatatacaatcatcatcttaatagactatagcttatctc 28928503  T
Q  396 tttg-aaaatattcaagttaacaacaacgtgtaactttcacaaacaccttatgtgtatatcataagttggttcatnnnnnnn-gtatatcacaagtttaa 493  Q
    |||  |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||        ||||| |||||||||||    
T  28928504 tttataaaagattcaagttaacaaaaacatgtaactttcacaaacaccttatgtgtatatcacaagtttgttcataaaaaaaagtataccacaagtttaa 28928603  T
Q  494 ggccgctacattgtgcaacatgttgacagtggcacct------atatcatttcatttactataagcaactcgaagaattctacacaataaaattgatttg 587  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28928604 ggcccctacatggtgcaacatgttgactgtggcacctccacatatatcattttatttactataagcaactcgaagaattctacacaataaaattgctttg 28928703  T
Q  588 atgttttctcaccattactaatgcaccttcaagttgttggtgtggaactggtgtacttattattatgtggtttaaaataattcgaaagattataaaactc 687  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  28928704 atgttttctcaccattactaatgcaccttcaagttgttggtgtggaactggtgtacttattattatgtggtttaaaataatttgaaagattatataactc 28928803  T
Q  688 acatgttcatctcac 702  Q
    || ||||||||||||    
T  28928804 acctgttcatctcac 28928818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University