View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7630_low_3 (Length: 446)

Name: NF7630_low_3
Description: NF7630
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7630_low_3
NF7630_low_3
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (21-437)||(27878022-27878438)
chr6 (22-311)||(30967998-30968287)
chr6 (38-436)||(8480120-8480518)
chr6 (345-437)||(30968283-30968375)
chr6 (43-285)||(8481005-8481247)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (21-437)||(34352601-34353017)
chr5 (21-437)||(41718998-41719414)
chr5 (38-436)||(23318897-23319295)
chr5 (356-417)||(31502529-31502590)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (21-437)||(48701134-48701550)
chr4 (21-437)||(30949496-30949912)
chr4 (21-437)||(42266491-42266907)
chr4 (48-435)||(21514352-21514741)
chr4 (21-214)||(1999502-1999695)
chr4 (265-436)||(1999723-1999894)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (21-437)||(5822588-5823004)
chr3 (21-437)||(2816576-2816992)
chr3 (21-436)||(42585545-42585960)
chr3 (43-406)||(47277124-47277494)
chr3 (38-293)||(25877438-25877693)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (21-437)||(9443405-9443821)
chr8 (21-403)||(24597829-24598211)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (21-437)||(826067-826483)
chr2 (22-437)||(13843110-13843526)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (21-437)||(8137771-8138187)
chr7 (24-146)||(25441352-25441478)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (328-396)||(46452552-46452619)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 27878438 - 27878022
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878438 gcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 27878339  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878338 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 27878239  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27878238 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 27878139  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27878138 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacataactgatactc 27878039  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  27878038 ttcactttgatgatgtc 27878022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 311
Target Start/End: Original strand, 30967998 - 30968287
Alignment:
Q  22 caatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtatt 121  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30967998 caatagatggcagacctgcagatatcactgttgaaaagcggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtatt 30968097  T
Q  122 gtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagaga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30968098 gtcaagtattgctgaaaagaagacattaaaggagatctgggatattctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagaga 30968197  T
Q  222 aggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttct 311  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30968198 aggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacgaatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcatggcttct 30968287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 38 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8480518 - 8480120
Alignment:
Q  38 tgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaa 137  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||||| || |   || ||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||| | ||     
T  8480518 tgcaaatatcactgattaaaagtggaaaaagatggatgacaacgttttttccaatttgcacttagcaattgcagactcggtattttcaagtattacagag 8480419  T
Q  138 aagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttc 237  Q
    || ||| | |||| |||||||| ||||  | | || ||||||||| |||| || ||||| ||||  ||||| ||||||||  | || || |||||||| |    
T  8480418 aaaaagtctgcaagggagatctaggatgttattattaaattgtacaaggtgaagtcacttcacacaagaattttcttaaaatggagtctttacactctcc 8480319  T
Q  238 aaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcg 337  Q
     ||||  ||||| || |||   |||  ||||||| |||||| ||||||| |||||| |||| |||||  | || |||||||  ||||| |||||| | ||    
T  8480318 gaatgaatgaatacatatcgacaacaaatcacataaacaccatgaatacactatttgctcagctcacaacatcagatttcatgatagctgaaaataaacg 8480219  T
Q  338 tgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactcttcactttgatgatgt 436  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || | |||  ||||||| |||||||||||    
T  8480218 tgcagaacttctacttcagagtttacctgattcatatgatcaactcatcatcaacattacaaacaacaatattgttgactctcttcattttgatgatgt 8480120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 345 - 437
Target Start/End: Original strand, 30968283 - 30968375
Alignment:
Q  345 cttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactcttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  30968283 cttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatatctgatactcttcacttttatgatgtc 30968375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 43 - 285
Target Start/End: Original strand, 8481005 - 8481247
Alignment:
Q  43 atatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaaaagaa 142  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |   ||||| |||| ||| |||||||||| |||| | || | ||| ||||||   | || ||    
T  8481005 atatcactgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgatattgccgattttcacttagcaatggcagacttgatactttcatgtattgtatagaataa 8481104  T
Q  143 gacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcaaatg 242  Q
    ||| |||| |||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |  | ||| ||||| || || |||||||||||||| | ||||    
T  8481105 gactgcaagggagatctaggatactcttattaaattgtacgaggtcaagtcacttcaaacaataattttcttgaaaaggaggctctacactctccgaatg 8481204  T
Q  243 ggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaata 285  Q
      |||||||| |||  ||||  ||||||| |||||| ||||||    
T  8481205 aatgaatccatatcaataacaaatcacataaacaccatgaata 8481247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Original strand, 34352601 - 34353017
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34352601 gcaatagatggcagacctgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 34352700  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34352701 tgtcaagtattgctgaaaagaagacggcaaaggagatttgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 34352800  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34352801 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 34352900  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34352901 atagcggagaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 34353000  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  34353001 ttcactttgatgatgtc 34353017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Original strand, 41718998 - 41719414
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41718998 gcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 41719097  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41719098 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 41719197  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41719198 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 41719297  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41719298 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacataactgatactc 41719397  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  41719398 ttcactttgatgatgtc 41719414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 38 - 436
Target Start/End: Original strand, 23318897 - 23319295
Alignment:
Q  38 tgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaa 137  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||     
T  23318897 tgcagatatcaccgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgatgttgccaattttcacttagcaatgacaaactcggtattgtcaagtattgcagag 23318996  T
Q  138 aagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttc 237  Q
    || ||| | |||||||||||||  ||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||   ||||| |||||||| || ||| ||||||||||      
T  23318997 aaaaagtctgcaaaggagatctaagatgctcttattaaattgtacgaggtcaaatcacttcacgcaagaattttcttaaaaaggaggttctacactctct 23319096  T
Q  238 aaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcg 337  Q
     ||||  ||| |||| |||  ||||  ||||||| || ||| | ||||| |||||| |||| ||||| || || ||| |||  ||||| |||||||| ||    
T  23319097 gaatgtatgagtccatatcaataacaaatcacataaataccataaatacactatttgctcagctcacagcctcagatgtcatgatagctgaaaatgaacg 23319196  T
Q  338 tgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactcttcactttgatgatgt 436  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||  ||||||| |||||||||||    
T  23319197 tgcaaaacttctacttcagagtttacctcattcatatgaacaactcatcatcaacattacaaacaacaatattgctgactctcttcattttgatgatgt 23319295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 356 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 31502590 - 31502529
Alignment:
Q  356 gagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgata 417  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  31502590 gagtttacaagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataatatagatgata 31502529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 48701550 - 48701134
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48701550 gcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 48701451  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48701450 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 48701351  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48701350 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 48701251  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  48701250 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacataactgatactc 48701151  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  48701150 ttcactttgatgatgtc 48701134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 30949912 - 30949496
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30949912 gcaatagatggcagacctgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 30949813  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30949812 tgtcaagtattgctgaaaaaaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 30949713  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30949712 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacagatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttctgatttcaaa 30949613  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30949612 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctactccagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 30949513  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  30949512 ttcactttgatgatgtc 30949496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Original strand, 42266491 - 42266907
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266491 gcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 42266590  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266591 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 42266690  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42266691 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacagatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttctgatttcaaa 42266790  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266791 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 42266890  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  42266891 ttcactttgatgatgtc 42266907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 48 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 21514741 - 21514352
Alignment:
Q  48 actgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctg--aaaagaagac 145  Q
    ||||| |||||||||||||| |  || || ||||  ||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||||||||||||  ||  |||| |||||    
T  21514741 actgatgaaaagtggaaagaaaatgaagacaatgttgttgcaaatttgcaccttgcaatggtggattcaatattgtcaagtattattgggaaaaaaagac 21514642  T
Q  146 agcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttcaaatgggt 245  Q
    | |||| |||||  | |  |||||| |||||||| |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||    
T  21514641 aacaaatgagatacgaggcactctagtaaaattgaacgaggtcaaattacttcacaactgaatattcttaaaaataaggctctacactcttcgaatgagt 21514542  T
Q  246 gaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaac 345  Q
    |||||||   |   |||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||  ||||| ||  ||||  |||||| |||| |||||| |||| | | | |||    
T  21514541 gaatccaagacaacaacatatcacatcaataccctaaatacgttatttttccaacttacaacttcaaatttcagaataacggaaagtgagagagttaaac 21514442  T
Q  346 ttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactcttcactttgatgatg 435  Q
    |||||||| ||  |||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||  ||| ||||  | | |||||| ||||| ||||||||||    
T  21514441 ttctactttagtttttatcagatttgtatgataaactcatcgtcaacattatcaatgataatgtggttgatacccttcattttgatgatg 21514352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 21 - 214
Target Start/End: Original strand, 1999502 - 1999695
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    ||||| |||||||||| |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||| ||||||||||  | |||||||    
T  1999502 gcaattgatggcagacctgcaaatatcactgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgctgttaccaatttgcacttagcaatggcaaattcggtat 1999601  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattctt 214  Q
    ||||||||||| | || || ||| | ||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||    
T  1999602 tgtcaagtattccagagaaaaagtctgcaaaggagatatgggatgctcttattaaattgtacgaggtcaagtcacttcacacaagaattttctt 1999695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 265 - 436
Target Start/End: Original strand, 1999723 - 1999894
Alignment:
Q  265 atcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttacc 364  Q
    ||||||| || ||| ||||||| |||||| |||||||||| || || ||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1999723 atcacataaataccatgaatacactatttcctcaactcacagcctcagatttcacaatagctgaaaatgaacgtgcagaacttctacttcagagtttacc 1999822  T
Q  365 agattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactcttcactttgatgatgt 436  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| |||||||   | || || |||||  ||||||| |||||||||||    
T  1999823 tgattcatatgatcaactcatcatcaatattacaatatacaatattgctgactctcttcattttgatgatgt 1999894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 5823004 - 5822588
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5823004 gcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 5822905  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5822904 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 5822805  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5822804 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttctgatttcaaa 5822705  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5822704 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 5822605  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  5822604 ttcactttgatgatgtc 5822588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 2816992 - 2816576
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||    
T  2816992 gcaatagatggcagacctgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagatatggtggactcggtat 2816893  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2816892 tgtcaagtattgaagaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactttaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 2816793  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2816792 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttctgatttcaaa 2816693  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2816692 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctactttagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 2816593  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  2816592 ttcactttgatgatgtc 2816576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 21 - 436
Target Start/End: Original strand, 42585545 - 42585960
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  42585545 gcaattgatggcagacctgcagatatcactgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgttgttgccaatttgcacttagcaatggcagattcggtat 42585644  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    | ||||||||||| || || ||| | |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| ||    
T  42585645 tatcaagtattgcagagaaaaagtctgcaaaggagatctgggatgctcttattaaattgtacgaggtcaagtcacttcacacaagaattttcttaaaaag 42585744  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
     |||||||||||||| | ||||  |||||||| |||  ||||  ||||||| || ||| ||||||| |||||| |||| ||||| || || ||||||| |    
T  42585745 gaggctctacactctccgaatgaatgaatccatatcaataacaaatcacataaataccatgaatacactatttgctcagctcacagcctcagatttcaca 42585844  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||  |||    
T  42585845 atagctgaaaatgaacgtgcagaacttctacttcagagtttacctgattcatatgatcaactcatcatcaatattacaaataacaatattgttgactctc 42585944  T
Q  421 ttcactttgatgatgt 436  Q
    |||| |||||||||||    
T  42585945 ttcattttgatgatgt 42585960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 43 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 47277494 - 47277124
Alignment:
Q  43 atatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcg-----gtattgtcaagtattgctgaa 137  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| | |||      |||||||||||||||  |||     
T  47277494 atatcattgacgaaaaatggaaagagatagatgatattattgttgccaatttgcacctagcaatggcaggctcaacacagtattgtcaagtatttatgag 47277395  T
Q  138 aaga---agacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactc 234  Q
    ||||   | ||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |  ||||| | ||||| | |||||| |||||  |||| | |||||||     
T  47277394 aagattaatacaacaaaggagatatgtgatactctaataaaattatacgagatataatcatttcacaataaaatattattaaaaggaagacactacactt 47277295  T
Q  235 ttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaaatagcggaaaatga 334  Q
    ||  || |||||||||||| ||   |||  ||||||| |||||| |||||| || ||||||||| |||||  |||||  ||| | || ||||||||||||    
T  47277294 tttgaacgggtgaatccacgtca--aacatatcacat-aacaccttgaatatgcaattttctcatctcacaacttctcgttttagaaaagcggaaaatga 47277198  T
Q  335 gcgtgc--tgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataa 406  Q
    | |||   |||||||||||||| ||||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  47277197 gtgtgtgttgaacttctacttctgagttaaccatctttgtatgatcacctcatcatcaacattaccaacaataa 47277124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 38 - 293
Target Start/End: Original strand, 25877438 - 25877693
Alignment:
Q  38 tgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtattgtcaagtattgctgaa 137  Q
    |||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||  ||     
T  25877438 tgcaaatatcactgatcaaaagtgaaaagagatggatgacaatgttattgccaatttgcacttagtaatggcagactcgatattgtcaagtattggagag 25877537  T
Q  138 aagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagagaaggctctacactcttc 237  Q
    || |||    ||| ||||||||||||  ||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| || |||||||| ||||||     
T  25877538 aaaaagttttcaagggagatctgggacgctctttttaaattgtacgaggtcaagtcacttcacacaagaattttcttaaaaaggaggctctatactcttt 25877637  T
Q  238 aaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattt 293  Q
     ||||  |||||||| |||  ||||  ||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  25877638 gaatgaatgaatccatatcaataacaaatcacataaacaccatgaatacactattt 25877693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 9443821 - 9443405
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443821 gcaatagatggcagacctacagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 9443722  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443721 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 9443622  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9443621 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacagatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacagcttctgatttcaaa 9443522  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9443521 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 9443422  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||| ||||||||    
T  9443421 ttcactttaatgatgtc 9443405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 21 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 24598211 - 24597829
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  24598211 gcaattgatggcagacctgcagatatcaccgatcaaaagtggaaagagatggatgacaacgctgttgccaatttgcacttagcaatggcagattcggtat 24598112  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    ||||||||||||| || || ||| | |||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| ||    
T  24598111 tgtcaagtattgcagagaaaaagtctgcaaaggagatctgggatgctcttattaaattgtacgaggtcaagtcacttcacacaagaattttcttaaaaag 24598012  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
     |||||||||||||| | ||||  |||||||| |||  ||||  ||||||| || ||| ||||||| |||||| |||| ||||| || || ||||||| |    
T  24598011 gaggctctacactctccgaatgaatgaatccatatcaataacaaatcacataaataccatgaatacactatttgctcagctcacagcctcagatttcaca 24597912  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataa 403  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24597911 atagctgaaaatgaacgtgcagaacttctacttcagagtttacctgattcatatgatcaactcatcatcaatattacaaataa 24597829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Original strand, 826067 - 826483
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  826067 gcaatagatggcagacctgcagatatcactgatgaaaagtggaaagagatggatgataattccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 826166  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  826167 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatacactaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 826266  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  826267 aaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacatccgtaacagatcacatcaacacccttaatacgctattttctcaactcacagcttctgatttcaaa 826366  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  826367 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 826466  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  826467 ttcactttgatgatgtc 826483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 22 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 13843526 - 13843110
Alignment:
Q  22 caatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtatt 121  Q
    |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||    
T  13843526 caattgatggcaaacttgcaaatatcactgacgaaaagtaaaaagagatagatgataacgttgttgccaatttgcaccttgcaatggtagactcgatatt 13843427  T
Q  122 gtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaagga-gatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||  |    
T  13843426 gtcaagtattgttgaaaagaaggcaacaaaggaagatctaggacactctaataaaattgtacgaggtcaaataacttcataacataatattcttaaatgg 13843327  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
     |||||||||||||||  |||| |||||||||||||  ||||  ||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||| |    
T  13843326 gaggctctacactcttagaatgagtgaatccacatcaataacatatcacattaagaccttgaatacactattttctcaacttacaacttctgatttcata 13843227  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    ||||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||||    
T  13843226 atagcagaaaatgagcatgttgaacttctacttcatagtatatcaaatttgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataacaatatagttgacactc 13843127  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    |||||||||||||||||    
T  13843126 ttcactttgatgatgtc 13843110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 21 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 8138187 - 8137771
Alignment:
Q  21 gcaatagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctagcaatggcggactcggtat 120  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||  ||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||    
T  8138187 gcaatagatggcagacctgcagatatcactaacaaaaagtggaaaaagatggaagataatgttgttgccaacctgcacctagcaatggcagactgggtat 8138088  T
Q  121 tgtcaagtattgctgaaaagaagacagcaaaggagatctgggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccacaacagaatattcttaaagag 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8138087 tgtcaagtattgctgaaaagaagacaacaaacgagatcggggatactctaataaaattgtacgaggtcaaatcactccgcaacagaatattcttaaagag 8137988  T
Q  221 aaggctctacactcttcaaatgggtgaatccacatctgtaacggatcacatcaacaccctgaatacgctattttctcaactcacggcttctgatttcaaa 320  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |  ||||| ||||||||    
T  8137987 gaggctctacactcttcgaatgggtgaatccacattcataacagatcacatcaacaccctgaatacggtattttctaaaatcccaacttctaatttcaaa 8137888  T
Q  321 atagcggaaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacattacaaataataacatagctgatactc 420  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8137887 atagcggaaaatgagcgtgtggaacttctacttcagagtttaccatatttgtatgatcaactcatcatcaacattccaaataataacatagctgatactc 8137788  T
Q  421 ttcactttgatgatgtc 437  Q
    ||||||||||| |||||    
T  8137787 ttcactttgataatgtc 8137771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 24 - 146
Target Start/End: Original strand, 25441352 - 25441478
Alignment:
Q  24 atagatggcagacttgcagatatcactgacgaaaagtggaaagagatggatgataatgccgttgccaatttgcacctag----caatggcggactcggta 119  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | |    ||||| ||||||| |||    
T  25441352 atagatgtcagacctgcagatatcactgacggaaagtggaaagagatggatgataatgtcgtcgccaatttgcacatcgacgccaatgacggactcagta 25441451  T
Q  120 ttgtcaagtattgctgaaaagaagaca 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  25441452 ttgtcaagtattgctgaaaagaagaca 25441478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 328 - 396
Target Start/End: Original strand, 46452552 - 46452619
Alignment:
Q  328 aaaatgagcgtgctgaacttctacttcagagtttaccagattcgtatgatcaactcatcatcaacatta 396  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||  ||| || |||||| ||||||||||||||||||    
T  46452552 aaaatgagtgtgctaaacttctacttcatagtttattaga-tcctatgatgaactcatcatcaacatta 46452619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University