View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7660_high_2 (Length: 815)

Name: NF7660_high_2
Description: NF7660
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7660_high_2
NF7660_high_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-729)||(36542035-36542744)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 729
Target Start/End: Original strand, 36542035 - 36542744
Alignment:
Q  19 cttggggcacaagacaagccgtttttgtgccgatgttgttgacgggtaacaagaaaattaattgatggttttggtttaggtttgtgaccttgcacatgac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36542035 cttggggcacaagacaagccgtttttgtgccgatgttgttgacgggtaacaagaaaattaattgatggttttggtttaggtttgtgaccttgcacatgac 36542134  T
Q  119 acgtcatgtcatgtggattttgcataagctttctttgggttcaagttaagaaatgataaattggtgatgccttccatatttgctattcacaatgcaaatc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36542135 acgtcatgtcatgtggattttgcatatgctttctttgggttcaagttaagaaatgataaattggtgatgccttccatatttgctattcacaatgcaaatc 36542234  T
Q  219 gtgtgaaattctattccttttatgtttatatctctaaaagggaatatttccgattcagtttatattgattttgaaactaaacctacctatatattttaaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36542235 gtgtgaaattctattccttttatgtttatatctctaaaagggaatatttccgattcagtttatattgattttgaaactaaacctacctatatattttaaa 36542334  T
Q  319 agattaaaataacatgtagcctgattcggattgcttttaaaaaatattgatatgatccaatccaattaagatcagttttggttgaattggctaattctat 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36542335 agattaaaataacatgtagcctgattcggattgcttttaaaaaatattgatatgatccaatccaattaagatcagttttggttgaattggctaattctat 36542434  T
Q  419 attcgtcaacctataattctatatttatattatattggatagcttgctataaactaaataacatcaacatgtttattttggtnnnnnnnnnnnnnnnnnn 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
T  36542435 attcgtcaacctataattctatatttatattatattggatagcttgctataaactaaataacatcaacatgtttattttggtaaaaaaaaaaaaaaaaaa 36542534  T
Q  519 ntcagcaaacttaatgtagaagaatattattttggt-nnnnnnnnnnntcagcaaactattaaagtttaacacagagttgactcacctacaatgtgattt 617  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36542535 atcagcaaacttaatgtagaagaatattattttggtaaaaaaaaaaaatcagcaaactattaaaattta--acagagttgactcacctgcaatgtgattt 36542632  T
Q  618 gtacgtatatttctttgagtcttgatgtatatctgactctagtgagtgtttgaagcttagctcacctaaaagtcactatgtcgtatatgcaaacaaaaca 717  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36542633 gtacgtatatttcttttagtcttgatgtatatctgactctagtgagtgtttgaagcttagcgcaccaaaaagtcactatgtcgtatatgcaaacaaaaca 36542732  T
Q  718 acgtagcgtgtt 729  Q
    || |||||||||    
T  36542733 acatagcgtgtt 36542744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University