View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7665_high_1 (Length: 1045)

Name: NF7665_high_1
Description: NF7665
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7665_high_1
NF7665_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (15-1029)||(8202077-8203094)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 909; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 909; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 1029
Target Start/End: Complemental strand, 8203094 - 8202077
Alignment:
Q  15 aatataaacttatagataataaaatacagtcatattttgtttttcagaccacacttcttgcaaataaaacatcataagctagcttgctaattctctacct 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8203094 aatataaacttatagataataaaatacagtcatattttgtttttcagaccacacttcttgcaaataaaacatcataagctagcttgctaattctctacct 8202995  T
Q  115 agatggagagtttggaaccaacttttggtttaatacgagattacaaactaattaaagcttaaataacaacttaacaagtgctagct----gcttaattaa 210  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||    
T  8202994 agatggagagtatggaaccaactttaggtttaatgtgatattacaaactaattaaagctcaaataacaacttaacaagtgctagctagctgcttaattaa 8202895  T
Q  211 tttacaatgtctaattcaagcaaatttaacatgacattggttccattaattcagctgctcaaccaaggcgcaaatcgtcatttttgtaaccttcttctcc 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8202894 tttacaatgtctaattcaagcaaatttaacatgacattggttccattaattcagttgctcaaccaaggcgcaaatcgtcatttttgtaaccttcttctcc 8202795  T
Q  311 atggtgatgaggaagattcagatgagaatggtgctgacagaatgcatacagagtggaagcaccattggccaatgcaaccgctgattcctcgtctccttcg 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8202794 atggtgatgaggaagattcagatgagaatggtgctgacagaatgcatacagagtggaagcaccattggccaatgcaactgctgattcctcgtctccttcg 8202695  T
Q  411 tcgtggaaaagaaattgtggatggatcacacatttttccttcttattgttattccattcacgcaataaaaggaaacaaaatcatttcctcttctctatat 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8202694 tcgtggaaaagaaattgtggatggatcacacatttttccttcttattgttattccattcacgcaataaaaggaaacaaaatcatttcctcttctctatat 8202595  T
Q  511 gtaaatcatttacaatcacaacaaaatgcagttttctatctttttacttactnnnnnnngttgaaataacgactgaaattagagacagatttaataaaag 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8202594 gtaaatcatttacaatcacaacaaaatgcagttttctatctttttacttactaaaaaaagttgaaataacgactgaaattagagacagatttaataaaag 8202495  T
Q  611 tggtcactaaatttgacgtctctaacacttagatgcggaattagagacggattttgnnnnnnnnctgtctttaaatttatgttgtgtttcagcttttttc 710  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8202494 aggtcactaaatttgacgtctctaacacttagatgcggaattagagacggattttgttttttttctgtctttaaatttatgttgtgtttcagc-tttttc 8202396  T
Q  711 tagtagtatataacattaacttgaaagaaataatgttcttacaagttcaagcaagagatttccattcatctgctccaagcttctaacctgcatattattt 810  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8202395 tagtagtatataacattaacttgaaaggaataatgttcttacaagttcaagcaagagatttccattcatctgctccaagcttctaacctgcatattattt 8202296  T
Q  811 agataaagttttaatagaacattggtttatcaaattcacaagagcaagaaaaaactggatcatagattaaaaatattgctgacctttttcctacaggtat 910  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8202295 agataaagttttaatagaacattggtttatcaaattcacaagagcaagaaaaaactggatcatagattaaaaatattgctgacctttttcctacaggtat 8202196  T
Q  911 cagtccgagttttgatcacatgaaactgtgaaacagaatgcaacaaaaacacaacatgacagcatattagcttaaagactaaaaggaataaccgaataac 1010  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8202195 cagtccgagttttgatcacatgaaactgtgaaacagaatgcaacaaaaacacaacatgacagcatattagcttaaagactaaaaggaataaccgaataac 8202096  T
Q  1011 tgaatttacaagtgtaatc 1029  Q
    |||||||||||||||||||    
T  8202095 tgaatttacaagtgtaatc 8202077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University