View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7671_low_15 (Length: 410)

Name: NF7671_low_15
Description: NF7671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7671_low_15
NF7671_low_15
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (11-396)||(30241478-30241863)
chr5 (18-396)||(30436437-30436815)
chr5 (18-396)||(30060993-30061374)
chr5 (43-358)||(30750308-30750623)
chr5 (18-396)||(30207146-30207524)
chr5 (18-396)||(30484025-30484403)
chr5 (44-396)||(30400698-30401050)
chr5 (18-396)||(30337629-30338007)
chr5 (18-396)||(30712532-30712910)
chr5 (18-396)||(29853935-29854313)
chr5 (18-396)||(30676392-30676770)
chr5 (21-396)||(30475999-30476374)
chr5 (43-396)||(29872798-29873151)
chr5 (18-396)||(17417697-17418075)
chr5 (26-331)||(30520737-30521042)
chr5 (26-331)||(30561077-30561382)
chr5 (245-339)||(30330510-30330604)
chr5 (152-307)||(17983611-17983766)
chr5 (18-98)||(30330313-30330393)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (26-396)||(26707956-26708326)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-337)||(25293051-25293370)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (43-368)||(52352611-52352936)
chr4 (17-349)||(20295685-20296017)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (26-349)||(7100092-7100415)
chr1 (26-349)||(7580831-7581154)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 396
Target Start/End: Original strand, 30241478 - 30241863
Alignment:
Q  11 tgttaccgtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcaca 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30241478 tgttaccgtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttatcaca 30241577  T
Q  111 gaaaagaagtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtgga 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  30241578 gaaaagaagtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatttgctagttttggatgatgtgtgga 30241677  T
Q  211 atcaaaatgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30241678 atcaaaatgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatc 30241777  T
Q  311 cacacgtgatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  30241778 cactcgtgatgaggttgttgcaacaatcacaaaaacaagggaaactcaccgtttatctggtctctccgaggatgaatgttggttgt 30241863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 30436815 - 30436437
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| | |||||  | |||    
T  30436815 gtgagtcgcaattttgataaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaaaaggattttgtgttctattatagaatctatcacaagagaga 30436716  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||| || || |||||||||| ||||||   | | ||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30436715 agtgtgctgactttgatttagatgtaatggaaagaaaggtgcaaggattgttgcaagggaaaatatatttgctgattttggatgatgtgtggaatcaaaa 30436616  T
Q  218 tgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgt 317  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| ||| | |||| |    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  30436615 tgaacaattggaatttgggttaacacaagatagatgggatcatttgaaatctgttttgtcgtgtggatcaaaaggtagttccattttagtgtccactcgt 30436516  T
Q  318 gatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||  ||| ||||||||||    
T  30436515 gatgaggatgttgcaacaatcatgggaacatgggaaactcaccgtttgtctggtctctctgatagtgactgttggttgt 30436437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 30061374 - 30060993
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||| |||||||| | |  ||| ||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||||||||| |||||| ||| | |||||  | |||    
T  30061374 gtgagtggcaattttgaaaaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtgttctattatagaatctatcacattacaga 30061275  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||| |  || ||||||||    |||||   | | | ||||||| | |||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30061274 agtgtcctgactttgattatgctgtaatggaaagagaggtgcaaggattgttgcaagggaaaagatatttgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 30061175  T
Q  218 tgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgt 317  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  30061174 tcaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacaaattgaaacctgtgttgtcttgtggatccaaaggtagttccattttagtgtccacccgt 30061075  T
Q  318 gatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaac---tcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||   ||||   ||| ||||| |||| |||||| |||  ||||||||||||||    
T  30061074 gatgaagttgttgcaacgatcacaggaacataccaaactcatcatcgtttgtcttctctctctgatagtgaatgttggttgt 30060993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 43 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 30750623 - 30750308
Alignment:
Q  43 tttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagtatgatggctttgatttaaatgt 142  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||||||||| |||||| ||| | |||||  | |||||| |  || |||||| |    |||    
T  30750623 tttgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtgttctattatagaatctatcacattagagaagtgtcctgactttgagtatgctgt 30750524  T
Q  143 aacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaattggaatcagggttaaca 242  Q
    ||   | | ||||||||| | |||||| ||||| |||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750523 aatggaaagaaaggtgcaaggattgttgcaagggaaaagatatttgttggttttggatgatgtatggaatcaaaatgaacaattggaatcagggttaaca 30750424  T
Q  243 cgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggttgttgcaacaatcacag 342  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  30750423 cgagagaaatggaacaaattgaaacctgtgttgtcttgtggatccaaaggtagttccattttattgtccacccgtgatgaagttgttgcaacaatcacag 30750324  T
Q  343 gaacatgggaaactca 358  Q
    |||||||  |||||||    
T  30750323 gaacatgccaaactca 30750308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 30207524 - 30207146
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||| | |||||  | |||    
T  30207524 gtgagtagcaattttaatacaaaaatatgggtttgtgtttccgagactttctcggtcaagaggattttgtgctccattatagaatctatcacaagagaga 30207425  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||||||| |||||  ||||| |||||| ||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||    
T  30207424 agtatgacggcttcaatttagatgtaatacaaagaaaggtgcaggaattgctgcaaggtaaaatatatttgctgattttggatgatgtgtggaacaaaaa 30207325  T
Q  218 tgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgt 317  Q
    | | ||||||||||  || ||||  | |||||||||||| | | ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  30207324 tcagcaattggaattcggattaagccaagagaaatggaatatactgaaatcagtgttatcgtgtggatccaaaggtagttccattttagtgtccactcgt 30207225  T
Q  318 gatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    |||||||||||||| || ||||  ||||||||  |  |||| | ||||| |  |||||| ||| |||||||||||||||    
T  30207224 gatgaggttgttgcgacgatcatgggaacatgccacgctcatcctttatatgttctctctgataatgaatgttggttgt 30207146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 30484403 - 30484025
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  |||||| ||| | | |||  | |||    
T  30484403 gtgagtcgcaattttgataaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaagaggattttgtgttgtattatagaatctattacattagaga 30484304  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||| | ||| |||||| ||| ||||     | | ||||||||| | |||||| ||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30484303 agtgtcatgactttgagttagatgtcttggaaagaaaggtgcaaggattgttgcaacggaaaatatatttgctgattttggatgatgtgtggaatcaaaa 30484204  T
Q  218 tgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgt 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  30484203 tgaacaattggaatctgggttaacacaagatagatggaatcgtttgaaatctgttttgtcgtgtggatcaaaaggtagttccattttagtgtccactcgt 30484104  T
Q  318 gatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||||||| ||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||  ||| ||||||||||    
T  30484103 gatgaggatgttgcaacaatcatggggacatgggaaagtcaccgtttatctggtctctcagatagtgattgttggttgt 30484025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 44 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 30401050 - 30400698
Alignment:
Q  44 ttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagtatgatggctttgatttaaatgta 143  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| | | |||| | |||  | ||||| ||| |||| | |||||    
T  30401050 ttgggtttgtgtttccgagactttctctgtcaagaggattttgtgttctattatagaatatattacaggagagatatgtgatgccttggattcagatgta 30400951  T
Q  144 acacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaattggaatcagggttaacac 243  Q
    | ||| | ||||||||| |||||||| ||||| | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30400950 atacaaagaaaggtgcaagaattgttgcaagggagaatatatttgctgattttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaattggaatctgggttaacac 30400851  T
Q  244 gagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggttgttgcaacaatcacagg 343  Q
     ||| | ||||||    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||  ||    
T  30400850 aagatagatggaatcgtttgaaatctgttttgtcgtgtggatcaaaaggtagttccattttagtgtccacccgtgataaagttgttgcaacaatcatggg 30400751  T
Q  344 aacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||||||  || |||||  ||| ||| ||||||| |||  ||||||||||||||    
T  30400750 aacatgccaagctcactctttgtctggtctctctgatagtgaatgttggttgt 30400698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 30337629 - 30338007
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||| |||||||| | |  ||| ||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||||||||| |||||| ||| | |||||  | |||    
T  30337629 gtgagtggcaattttgaaaaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtaaagaggattttgtgttctattatagaatctatcacattagaga 30337728  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||| |  || ||||||||    |||||   |   ||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30337729 agtgtcctgactttgattatgctgtaatggaaggaaaggtgcaaggattgttgcaagggaaaatatatttgctgattttggatgatgtgtggaatcaaaa 30337828  T
Q  218 tgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgt 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  30337829 tgaacaattggaatctgggttaacacaagatagatggaatcgtttgaaatctgttttgtcgtgtggatcaaaaggtagttccattttagtgtccactcgt 30337928  T
Q  318 gatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||||||| ||||||| ||||||  || |||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||  ||| ||||||||||    
T  30337929 gatgaggatgttgcatcaatcatggggacatgggaaagtcaccgtttgtctggtctctctgatagtgattgttggttgt 30338007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 30712532 - 30712910
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||| |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  |||||| ||| | | |||  | |||    
T  30712532 gtgagtcgcaattttgataaaaaattttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaagaggattttgtgttgtattatagaatctattacattagaga 30712631  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||| |  || |||||| ||| ||||     | | |||| |||| | |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30712632 agtgtcctgactttgagttagatgtcttggaaagaaagctgcaaggattgttgcaagggaaaatatatttgctgattttggatgatgtgtggaatcaaaa 30712731  T
Q  218 tgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgt 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |    || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||    
T  30712732 tgaacaattggaatctgggttaacacaagatagatgggatcgtttaaaatctgttttgtcgtgtggatcaaaaggtagttccattttattgtccacccgt 30712831  T
Q  318 gatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||  ||| ||||||||||    
T  30712832 gatgaggttgttgcaactatcatgggaacatgggaaactcaccgtttgtctggtctctctgatagtgactgttggttgt 30712910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 29854313 - 29853935
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||| |||||||| |||  ||| |||||||||| |||||||| | |||||| ||||| || ||||||||||| ||| || ||| | |||||  | |||    
T  29854313 gtgagtggcaattttgataaaaaaatttgggtttgcgtttctgaaactttctcagtcaagagaattttgtgttctattgtagaatctatcacaagagaga 29854214  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||| || || |||||||||| |||||    | | || |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29854213 agtctgctgactttgatttagatgtattggaaagaagggtgcaagaattgttgcaaggtaaaatatatttgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 29854114  T
Q  218 tgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgt 317  Q
    | ||||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  29854113 tcaacaattggaatatgggttaacacaagataaatggaatcatttgaagtctgtgttgtcgtgtggatcaaaaggtagttccattttagtgtccactcgt 29854014  T
Q  318 gatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||| |  |||||||||||||||  ||||||||  || |||||  ||| | | ||||||| |||  ||||||||||||||    
T  29854013 gataaatttgttgcaacaatcatgggaacatgccaagctcactctttgtatggtctctctgatagtgaatgttggttgt 29853935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 30676392 - 30676770
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||| || ||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||| |  ||| | |||||  | |||    
T  30676392 gtgagtggccattttgataaaaaagtttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaagaggattttgtgttctattttcgaatctatcacattagaga 30676491  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||| |  || |||||| |    |||||   |   ||||||||| | |||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30676492 agtgtcctgactttgagtatgctgtaatggaaggaaaggtgcaaggattgttgcaagggaaaagatatttgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 30676591  T
Q  218 tgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgt 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  30676592 tgaacaattggaatctgggttaacacaagatagatggaatcgtttgaaatctgttttgtcgtgtggatctaaaggtagttccattttagtgtccactcgt 30676691  T
Q  318 gatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||||||| ||||||| ||||||  || |||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||  ||| ||||||||||    
T  30676692 gatgaggatgttgcatcaatcatggggacatgggaaagtcaccgtttgtctagtctctctgatagtgattgttggttgt 30676770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 21 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 30476374 - 30475999
Alignment:
Q  21 agtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagt 120  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||| || | ||||    
T  30476374 agtagcaattttaatacaaaagtttggatttgtgtttcggagactttctctgtcaaaaggattttgtgttccattatagaatctatcacaaaagacaagt 30476275  T
Q  121 atgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatga 220  Q
     ||||| ||| |||||| |||||| ||| | ||| |  |  ||| | || |||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||    |||| |    
T  30476274 ttgatgccttggatttagatgtaatacaaagaaaagcacgagaactattgcaaggtaaaagatttttgctggttttggatgatgtatggagcagaaatca 30476175  T
Q  221 acaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgat 320  Q
    |  |||||||  ||| ||||  | ||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||    
T  30476174 aggattggaactaggattaagccaagacaaatggaacaagttgaaatctgcgttgtcatgtggatccaaaggatcttccattttagtttccactcgtgat 30476075  T
Q  321 gaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
     ||| |||||||  |||||  ||||||||   | |||| | ||||||| ||||||| ||  | |||||||||||||    
T  30476074 aaggatgttgcagaaatcatgggaacatgtttagctcatcatttatctggtctctctgaaaacgaatgttggttgt 30475999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 43 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 29873151 - 29872798
Alignment:
Q  43 tttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagtatgatggctttgatttaaatgt 142  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||| | |||||  | |||||| || || ||| || ||| ||||    
T  29873151 tttgggtttgtgtttctgagactttctctgtcaagaggatttgttgttccattatagaatctatcacaagagagaagtgtgctgacttcgaattagatgt 29873052  T
Q  143 aacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaattggaatcagggttaaca 242  Q
    ||   | | ||||||||| ||| || | |||||||||| |||| |||| |||||||||||| |||||||  |||   ||||||||||||| ||  |||||    
T  29873051 aatggaaagaaaggtgcaagaagtgctgcaaggtaaaaaatatttgctcgttttggatgatctgtggaacaaaacccaacaattggaatctggactaaca 29872952  T
Q  243 cgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggttgttgcaacaatcacag 342  Q
    |  || || |||||    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||   |    
T  29872951 catgataagtggaatcatttgaagtctgtgttgtcgtgtggatcaaaaggtagttccattttagtgtccacccgtgataaagttgttgcaacaatcgtgg 29872852  T
Q  343 gaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    |||||||  || |||||  ||| ||| || |||| |||  ||||||||||||||    
T  29872851 gaacatgccaagctcactctttgtctggtatctctgatagtgaatgttggttgt 29872798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 396
Target Start/End: Original strand, 17417697 - 17418075
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||   ||||||  |||| ||||||||||||||||| ||| ||| | | | ||     |    
T  17417697 gtgagtagcaattttaatacaaaaatttggatttgtgtttctgatgctttctcaatcaagaggattttgtgttccatcatagaatctataataggtggaa 17417796  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||| ||||| ||| |||||| |||||  ||  | ||||||| | ||| | ||  ||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  17417797 agtgtgatgccttggatttagatgtattactaagaaaggtgaaagaactattgaaaggtaaaagatattttctggttttggacgatgtgtggaa-caaaa 17417895  T
Q  218 tg-aacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacg 316  Q
    || ||||||| | ||  || ||||  | |||||||||||| || |||||||| |||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  17417896 tgcaacaattagcattcggattaagccaagagaaatggaatacgttgaaatcagtgtttatgtgtggatccaaaggtagttccattttagtgtccactcg 17417995  T
Q  317 tgatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    |||||||||||||||  ||||||  ||||||||  || || | | ||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  17417996 tgatgaggttgttgcggcaatcatgggaacatgtcaagcttatcctttatatggtctctctgataatgaatgttggttgt 17418075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 331
Target Start/End: Original strand, 30520737 - 30521042
Alignment:
Q  26 caattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagtatgat 125  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||| | |||||| ||| | |  ||  | | |||| ||||    
T  30520737 caattttgatacaaaaatttgggtttgtgtttctgaggctttctctgttaacaaaattttgtgtactattatagaatctttttcaagagaaaagtgtgat 30520836  T
Q  126 ggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaat 225  Q
    | ||| |||||| |||| | |||   | | ||||| ||||||||  ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||   |||| || ||     
T  30520837 gccttagatttagatgttatacaacgacaagtgcaagaattgttggaaggtaaaagatatttgcttgttttggatgatgtgtggaacagaaatcaagaac 30520936  T
Q  226 tggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggt 325  Q
    ||||||  || ||||  | |||||||||||| |  |||||||| |||||||||  |||||||||||||   ||||||||||| ||||| |||||| |||     
T  30520937 tggaatttggattaagccaagagaaatggaataagttgaaatccgtgttgtcaactggatccaaaggttcatccattttagtctccactcgtgataagga 30521036  T
Q  326 tgttgc 331  Q
    ||||||    
T  30521037 tgttgc 30521042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 26 - 331
Target Start/End: Original strand, 30561077 - 30561382
Alignment:
Q  26 caattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagtatgat 125  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||  ||||||||| | |||||| ||| | |  ||  | | |||| ||||    
T  30561077 caattttgatacaaaaatttgggtttgtgtttctgaggctttctctgttaacaaaattttgtgtactattatagaatctttttcaagagaaaagtgtgat 30561176  T
Q  126 ggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaat 225  Q
    | ||| |||||| |||| | |||   | | ||||| ||||||||  ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||   |||| || ||     
T  30561177 gccttagatttagatgttatacaacgacaagtgcaagaattgttggaaggtaaaagatatttgcttgttttggatgatgtgtggaacagaaatcaagaac 30561276  T
Q  226 tggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggt 325  Q
    ||||||  || ||||  | |||||||||||| |  |||||||| |||||||||  |||||||||||||   ||||||||||| ||||| |||||| |||     
T  30561277 tggaatttggattaagccaagagaaatggaataagttgaaatccgtgttgtcaactggatccaaaggttcatccattttagtctccactcgtgataagga 30561376  T
Q  326 tgttgc 331  Q
    ||||||    
T  30561377 tgttgc 30561382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 245 - 339
Target Start/End: Original strand, 30330510 - 30330604
Alignment:
Q  245 agagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggttgttgcaacaatca 339  Q
    |||||||||||| |  ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |  ||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  30330510 agagaaatggaatatgttgaaatatgtgttgtcgtgtgtatccaaaggtagtttcatttttgcgtccactcctgatgaggttgttgcgacaatca 30330604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 152 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 17983766 - 17983611
Alignment:
Q  152 aaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaa 251  Q
    ||||||||| ||| |||| ||| |||||| ||   || ||||||| || |||||||||||  ||| |||| |||| ||||  || ||||  | | ||||     
T  17983766 aaaggtgcaagaaatgttgcaacgtaaaagatgcttgttggttttcgacgatgtgtggaacaaaagtgaagaatttgaattcggattaaaccaaaagaag 17983667  T
Q  252 tggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagt 307  Q
    ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17983666 tggaataggttgaagtctgtgttgtcttgtggatccaaaggtacttccattttagt 17983611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 18 - 98
Target Start/End: Original strand, 30330313 - 30330393
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattata 98  Q
    |||||| | ||||||||||  | | ||||||||||||| | ||||| ||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||    
T  30330313 gtgagtggaaattttaatataataatttgggtttgtgtatatgagactttctctctcaataggattgtgtgttctattata 30330393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 131; Significance: 8e-68; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 26 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 26708326 - 26707956
Alignment:
Q  26 caattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagtatgat 125  Q
    ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| | |||||  | |||||| |  |    
T  26708326 caattttgataaaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcagtcaagaggattttgtgttctattatagaatctatcacattagagaagtgtcct 26708227  T
Q  126 ggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaat 225  Q
    | |||||| ||| ||||||   | | ||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26708226 gactttgagttagatgtaatggaaagaaaggtgcaaggattgttgcaagggaaaatatatttgctgattttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaat 26708127  T
Q  226 tggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggt 325  Q
    ||||||  |||||||||| ||| | ||||||    ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||     
T  26708126 tggaatatgggttaacacaagatagatggaatcgtttgaaatctgttttgtcctgtggatcaaaaggtagttccattttagtgtccactcgtgataagga 26708027  T
Q  326 tgttgcaacaatcacaggaacatgggaaactcaccgtttatcttgtctctccgatgatgaatgttggttgt 396  Q
    ||||||||||||||  ||||||||  || |||||  ||| ||| ||||||| |||  ||| ||||||||||    
T  26708026 tgttgcaacaatcatgggaacatgccaagctcactctttgtctggtctctctgatagtgactgttggttgt 26707956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 337
Target Start/End: Original strand, 25293051 - 25293370
Alignment:
Q  18 gtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaaga 117  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||   | |||    
T  25293051 gtgagtagcacttttaatacaaaaatttgggtttgtgtttctgagactttctcggtcaagaggattttgtgttccattatagaatctatcactagagaga 25293150  T
Q  118 agtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaa 217  Q
    ||| ||||| |||||||||| |||||| ||| | ||||||| | ||| | || ||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||  ||||    
T  25293151 agtgtgatgcctttgatttagatgtaatacaaagaaaggtgtaagaactattgcaaggtaaaatatatttgcttattttggacgatgtgtggaacaaaaa 25293250  T
Q  218 tgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgt 317  Q
    | | ||||||||||   | ||||| | ||| |||| ||| |  ||||||||||| |||||   |||||||||  |||||||||||||||| ||||| |||    
T  25293251 tcagcaattggaattcagattaacccaagaaaaattgaatatgttgaaatctgtattgtcggttggatccaatcgtagttccattttagtgtccactcgt 25293350  T
Q  318 gatgaggttgttgcaacaat 337  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  25293351 gatgaggttgttgcgacaat 25293370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 43 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 52352936 - 52352611
Alignment:
Q  43 tttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagtatgatggctttgatttaaatgt 142  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | | |||  | | |||| ||||||||| |||||| ||||    
T  52352936 tttgggtttgtgtttctgaggatttctctgtcaataggattttgtgttccattatagaatctattacaagagaaaagtgtgatggcttagatttagatgt 52352837  T
Q  143 aacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaattggaatcagggttaaca 242  Q
     | ||| | ||  | ||| |||||||| |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||  ||||  | ||||  ||  ||| ||||      
T  52352836 gatacaaagaagagcgcaagaattgttgcaaggtaaaagatatttgttggttttggatgatgtgtggaatagaaatctagaattcaaactaggattaagc 52352737  T
Q  243 cgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggttgttgcaacaatcacag 342  Q
    | ||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||||||||| |||||  ||||| ||| |||||| |||||||  |    
T  52352736 caagaaaaatggaacaagttgaaatctgtgttgtcctgtggatccaaaggtgcttacattttagtttccacttgtgataaggatgttgcgacaatcatgg 52352637  T
Q  343 gaacatgggaaactcaccgtttatct 368  Q
    |||||||  ||||||| | |||||||    
T  52352636 gaacatgtcaaactcatcatttatct 52352611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 349
Target Start/End: Original strand, 20295685 - 20296017
Alignment:
Q  17 cgtgagtagcaattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaag 116  Q
    ||||||| |||||||| |||  | | ||||||||||||||||||||| ||||||  || | ||||||||| |||| |||||| ||| | |||||  | ||    
T  20295685 cgtgagtggcaattttgataaaagaatttgggtttgtgtttctgagactttctccttcgagaggattttgcgttctattatagaatctatcacattagag 20295784  T
Q  117 aagtatgatggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaa 216  Q
    |||| |  || |||||| ||| | |||    | | ||||||||| | |||||| ||||| ||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||    
T  20295785 aagtgtcctgactttgacttagacgtattggaaagaaaggtgcaaggattgttgcaagggaaaatatatttgttgattttagatgatgtgtggaatcaaa 20295884  T
Q  217 atgaacaattggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacg 316  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||  || | |||||     ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||    
T  20295885 atgatcaattggaatctgggttaacacccgatatatggactcgtttgaaatctgttttgtcatgtggatcaaaaggtagttccattttagtgtcaactcg 20295984  T
Q  317 tgatgaggttgttgcaacaatcacaggaacatg 349  Q
    |||| ||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  20295985 tgataaggatgttgcaacaatcatgggaacatg 20296017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 7100415 - 7100092
Alignment:
Q  26 caattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagtatgat 125  Q
    |||||| || || ||| |||||||||||||||| |||  |||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||   | ||| || | |||| ||||    
T  7100415 caatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggttttctcagtcaaggggattttgtgttccattatagaatccatgacaaaacaaaagtgtgat 7100316  T
Q  126 ggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaat 225  Q
        | || ||| |||||| ||| | ||| ||||| ||| || | ||||||| || || | || ||||||||||||||||||||||  |||||||| |||    
T  7100315 tcaatggagttagatgtaatacaaagaaaagtgcaagaaatgatgcaaggtacaagatgtttgttggttttggatgatgtgtggaacaaaaatgaagaat 7100216  T
Q  226 tggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggt 325  Q
    | ||||  ||  |||  | |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || || ||||||  ||     
T  7100215 ttgaattcggactaaaccaagagaaatggaataagttgaaatcggtgttgtcatgtggatccaaaggtacttccgttttagtgtctactcgtgatatgga 7100116  T
Q  326 tgttgcaacaatcacaggaacatg 349  Q
    ||||||  ||||||| ||||||||    
T  7100115 tgttgcctcaatcacgggaacatg 7100092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 349
Target Start/End: Original strand, 7580831 - 7581154
Alignment:
Q  26 caattttaatactaaagtttgggtttgtgtttctgagaatttctctgtcaacaggattttgtgttccattatacaatttctcacagaaaagaagtatgat 125  Q
    |||||| || || ||| |||||||||||||||| |||   ||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||   | ||| || |||||| ||||    
T  7580831 caatttcaaaacaaaaatttgggtttgtgtttcagaggtattctcggtcaaggggattttgtgttccattatagaatccatgacaaaacagaagtgtgat 7580930  T
Q  126 ggctttgatttaaatgtaacacagaaaaaggtgcaggaattgttacaaggtaaaatatatctgctggttttggatgatgtgtggaatcaaaatgaacaat 225  Q
    |   | | |||| |||||| ||| | ||||||||| ||| |||| ||||| |||| |  | ||||||||||||| ||||| ||||   ||| | || |||    
T  7580931 gcaatgggtttagatgtaatacaaagaaaggtgcaagaaatgttgcaaggaaaaagacgtttgctggttttggacgatgtttggataaaaagtcaagaat 7581030  T
Q  226 tggaatcagggttaacacgagagaaatggaacacattgaaatctgtgttgtcatgtggatccaaaggtagttccattttagtatccacacgtgatgaggt 325  Q
    | ||||  ||  ||   |  ||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| ||||||| || || ||||||  ||     
T  7581031 ttgaatttggactagaccatgagaaatggaataaattgaaatctgtgttgtctggtggatcgaaaggtacttccgttttagtgtctactcgtgatatgga 7581130  T
Q  326 tgttgcaacaatcacaggaacatg 349  Q
     |||||| ||||||  ||||||||    
T  7581131 ggttgcatcaatcatgggaacatg 7581154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University