View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7671_low_3 (Length: 627)

Name: NF7671_low_3
Description: NF7671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7671_low_3
NF7671_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-627)||(30516697-30517309)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (494-627)||(38894490-38894629)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 30517309 - 30516697
Alignment:
Q  18 cagctcattattaaggggtaacattggtaattacaccaacataatgggaacaacatctctagtccctaacaataacatgccaaaccattttccttcaatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30517309 cagctcattattaaggggtaacattggtaattacaccaacataatgggaacaacatctctagtccctaacaataacatgccaaaccattttccttcaatt 30517210  T
Q  118 ttcaaaccaatttcaactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnntt---gaatcaaccaatcaaactagaggactatccctttggatgaatcaaacttctcatt 214  Q
    ||||||||||||||||||||||                   |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30517209 ttcaaaccaatttcaactcctgatcatcatcatcatcatcatcatgaatcaaccaatcaaactagaggactatccctttggatgaatcaaacttctcatt 30517110  T
Q  215 ctcaacctcatgaaacaatgataaccaccaccaatggaaattctagtttgcatgagattcatcaacaaattgactcatcttcaagagaaattatgtatgg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30517109 ctcaacctcatgaaacaatgataaccaccaccaatggaaattctagtttgcatgagattcaacaacaacttgactcatcatcaagagaaattatgtatgg 30517010  T
Q  315 tggaaatgagaaccctccaccatattctaataattatcagctaaattgggtttttggaactaaactttcaaacaattgcagccaagaattaattactagt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30517009 tggaaatgagaaccctccaccatattctaataattatcagctaaattgggtttttggaactaaactttcaaacaattgcagccaagaattaattactagt 30516910  T
Q  415 actacaacttcacttccactaggaaacattaatgttaatgttaaggatgtttctcatgatgctacaagtcaacaaatttcttccttgtacagctcacaac 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516909 actacaacttcacttccactaggaaacattaatgttaatgttaaggatgtttctcatgatgctacaagtcaacaaatttcttccttgtacagctcacaac 30516810  T
Q  515 accaaatatcacatcaaacatcttcagcaaacatgtcagctacagctttgttacaaaaagctgctcaaattggatcaacttcaactgatacatcattcct 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516809 accaaatatcacatcaaacatcttcagcaaacatgtcagctacagctttgttacaaaaagctgctcaaattggatcaacttcaactgatacatcattcct 30516710  T
Q  615 tggaagtttaggt 627  Q
    |||||||||||||    
T  30516709 tggaagtttaggt 30516697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 494 - 627
Target Start/End: Complemental strand, 38894629 - 38894490
Alignment:
Q  494 cttccttgtacagctcacaacaccaa-----atatca-catcaaacatcttcagcaaacatgtcagctacagctttgttacaaaaagctgctcaaattgg 587  Q
    |||||||||| |||||||||||||||     || ||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38894629 cttccttgtatagctcacaacaccaatcacaatctcatcatcaaacaacctcagcaaacatgtcagcaacagctttgttgcaaaaagctgctcaaattgg 38894530  T
Q  588 atcaacttcaactgatacatcattccttggaagtttaggt 627  Q
      |||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||    
T  38894529 gacaacttcaactgaatcattattccttggaagcttaggt 38894490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University