View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7680_high_1 (Length: 1036)

Name: NF7680_high_1
Description: NF7680
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7680_high_1
NF7680_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-979)||(42341796-42342756)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (439-494)||(9522495-9522550)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 888; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 888; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 979
Target Start/End: Original strand, 42341796 - 42342756
Alignment:
Q  18 gatatgaatggtttacgaggaagaaagaggatggttgatggtcctgttgaaagggtggtggagagaaggcagaggaggatgatcaagaatagagagtcag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42341796 gatatgaatggtttacgaggaagaaagaggatggttgatggtcctgttgaaagggtggtggagagaaggcagaggaggatgatcaagaatagagagtcag 42341895  T
Q  118 cagcaagatctagagccagaaaacaggttcctgaaattttaaccaatcatattatacttaaatctaaaattatgtatccacaaatgtatgaattatttga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42341896 cagcaagatctagagccagaaaacaggttcctgaaattttaaccaatcatattatacttaa-tctaaaattatgtatccacaaatgtatgaattatttga 42341994  T
Q  218 aattcttatgtatatatgatcaagataatacaacattatatttatatgctattgaaggtaacattagtttaagaagaattggtaatatgtcaatttttta 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42341995 aattcttatgtatatatgatcaagataatacagcattatatttatatgctattgaaggtaacattagtttaagaagaattggtaatatgtcaatttttta 42342094  T
Q  318 tcaactctttacatccaaattagaaatagtatgtttaatctagtttaatatttgccattatattgttaatgtgactcctttgtgacacannnnnnnnnnn 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  42342095 tcaactctttacatccaaattagaaatagtatgtttaatctagtttaatatttgccattatattgttaatgtgactcctttgtgacacatttttctttgt 42342194  T
Q  418 nnnnnnngcaggcctatacagttgaattagaagcagaactgaatcaattaagagaagagaattctcaactgaaacaggcactggtactgccaaacaacat 517  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342195 tgcttttgcaggcctatacagttgaattagaagcagaactgaatcaattaagagaagagaattctcaactgaaacaggcactggtactgccaaacaacat 42342294  T
Q  518 gaactattataagaatatttgatagtttttctttagtgattcaattatactgacaaggatcatgcttcttttattcttcaggctgaactcgagaggagaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342295 gaactattataagaatatttgatagtttttctttagtgattcaattatactgacaaggatcatgcttcttttattcttcaggctgaactcgagaggagaa 42342394  T
Q  618 gaagacaacaggtaaccaatgatggtctaaactataattagccatagaaaatttagagacattaaaactccttttattttgaatcaaatggattgaaatc 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342395 gaagacaacaggtaaccaatgatggtctaaactataattagccatagaaaatttagagacattaaaactccttttattttgaatcaaatggattgaaatc 42342494  T
Q  718 aaatctaaattactgtcttatgattatctcatgcagtgtttagaggaaacaaacgtgagagttcaaacgaaagctcagaaagcaaaagagaaactgagag 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342495 aaatctaaattactgtcttatgattatctcatgcagtgttcagaggaaacaaacgtgagagttcaaacgaaagctcagaaagcaaaagagaaactgagag 42342594  T
Q  818 gcttaagaaggaatacaagttgtcatctgtgaagaaaacatcacatggtaaagagtgaaatccttgatgcataagtgcatcttcttgtgtagttaaaact 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342595 gcttaagaaggaatacaagttgtcatctgtgaagaaaacatcacatggtagagagtgaaatccttgatgcataagtgcatcttcttgtgtagttaaaact 42342694  T
Q  918 gagaaaagtgcacatgatgcagatcaagaaccaagaagaatatactaaagtcaaaaccagtc 979  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42342695 gagaaaagtgcacatgatgcagatcaagaaccaagaagaatatactaaagtcaaaaccagtc 42342756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 439 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 9522550 - 9522495
Alignment:
Q  439 ttgaattagaagcagaactgaatcaattaagagaagagaattctcaactgaaacag 494  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||||||    
T  9522550 ttgaattagaagcagaattgaatcagttaagataagataattcttgactgaaacag 9522495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University