View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7682_low_2 (Length: 756)

Name: NF7682_low_2
Description: NF7682
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7682_low_2
NF7682_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (26-738)||(42412159-42412873)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 667; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 738
Target Start/End: Original strand, 42412159 - 42412873
Alignment:
Q  26 tcaacaggtaatataaatattaaaaacatgccaaattaaaatgaatacatcacctctttcaaaagaataaaactacatatatttctcacaaaattaatta 125  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42412159 tcaacagataatataaatattaaaaacatgccaaattaaaatgaatacatcacctctttcaaaagaataaaactacatatatttctcacaaaattaatta 42412258  T
Q  126 ttttatttgaatataactaatatacttagcacaccattgaaataaataaactagaactccactttcttattgcagttgattgatttcagaaattgttt-c 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42412259 ttttatttgaatataactaatatacttagcacaccattgaaataaataaactagaactccactttcttattgcagttgattgatttcagaaattgttttc 42412358  T
Q  225 tttggagagtttt-ttatccaatttcataggttgtgttgcccagtacattctgttgctggtctttgccctccacggcaaacaccaacatttgttgggcga 323  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42412359 tttggagaatttttttatccaatttcataggttgtgttgcccagtacattctgttgctggtctttgccctccacggcaaacaccaacatttgttgggcaa 42412458  T
Q  324 ttgagacatttgtttgcaaagcttcctttgaaatttgtggatttgtgagttaactccaatggaagatttcccgtaagaaagttgtgatccaaatacaatc 423  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42412459 ttgagacagttgtttgcaaagcttcctttgaaatttgtggatttgtgagttaactccaatggaagatttcctgtaagaaagttgtgatccaaatacaatc 42412558  T
Q  424 ttctccatgttgttcttagttttaatccatactcttttggaataggaccatgtaattgattgtttgataaatttattatagtcaagtttgtgaaagtcac 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42412559 ttctccatgttgttcttagttttaatccatactcttttggaataggaccatgtaattgattgtttgataaatttattatagtcaagtttgtgaaagtcac 42412658  T
Q  524 caaattcactggcaaatgacccttcaaattgttagcttgagcctcaagcaaacgaagtcgttgtccttctccttgtccgttaacaacatcgatcgatgtg 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||     
T  42412659 caaattcactggcaaatgacccttcaaattgttagcttgagcctcaagcaaacgaagtcgttgtccttgtccttgtccgttaacaacattgatcgatgta 42412758  T
Q  624 aatctgttataagaaacatttaaatgactaacaaatcttaaggagagaatgtcccttcttataacacctgaaagtctattgtcacttatatctaaccatc 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42412759 aatctgttataagaaacatttaaatgactaacaaatcttaaggagagaatgtcccttcttataacacctgaaagtctattgtcacttatatctaaccatc 42412858  T
Q  724 ttacatgtataagat 738  Q
    |||||||||||||||    
T  42412859 ttacatgtataagat 42412873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University