View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7690_low_7 (Length: 461)

Name: NF7690_low_7
Description: NF7690
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7690_low_7
NF7690_low_7
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (17-449)||(18056952-18057384)
chr2 (23-444)||(15727552-15727973)
chr2 (23-444)||(15733571-15733992)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 449
Target Start/End: Original strand, 18056952 - 18057384
Alignment:
Q  17 aactcgaataatcatttgcatcattcacaactttgtataaatatgactcattcatatcaggaactatatctttagttatgttgttgattagttcttccac 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18056952 aactcaaataatcatttgcatcattcacaactttgtataaatatgactcattcatatcaggaactatatctttagttatgttgttgattagttcttccac 18057051  T
Q  117 atgttcatcactccctaaagaatgatgaataatccctttataatgaagaacagaaacatcgttgctcgagtttatgagtccgtttaagaaaaacatgtaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18057052 atgttcatcactccctaaagaatgatgaataatccctttataatgaagaacagaaacatcgttggtcgagtttatgagtccgtttaagaaaaacatgtaa 18057151  T
Q  217 tttgtcatgtctgggttgcatctcttgtgacatttctcgaatgcaacgatgttacgaaacacggttcctctatgatcaccaatgtacaatggaggaatag 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18057152 tttgtcatgtctgggttgcatctcttgtgacatttctcgaatgcaacgatgttacgaaacacggttcctctatgatcaccaatgtacaatggaggaatag 18057251  T
Q  317 ttagttgctttatcatgactccccannnnnnnccaaagcttatatccaacaattctctattctcacaagctttaattttcacacccccttcttttagttc 416  Q
    |||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18057252 ttagttgctttatcataactccccatttttttccaaagcttatatccaacaattctctattctcacaagctttaattttcacacccccttcttttagttc 18057351  T
Q  417 ggttattgaatgaatcatctcgctctgatgtcc 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18057352 ggttattgaatgaatcatctcgctctgacgtcc 18057384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 23 - 444
Target Start/End: Original strand, 15727552 - 15727973
Alignment:
Q  23 aataatcatttgcatcattcacaactttgtataaatatgactcattcatatcaggaactatatctttagttatgttgttgattagttcttccacatgttc 122  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||  | ||||||||    
T  15727552 aatactcattcgcctcattcaccactttgtacaaatatgactcattcatatcaggaactatttctttagctatgttgttgatcaattccgcgacatgttc 15727651  T
Q  123 atcactccctaaagaatgatgaataatccctttataatgaagaacagaaacatcgtt-gctcgagtttatgagtccgtttaagaaaaacatgtaatttgt 221  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  15727652 atcacttcctaaagaatgatgaataacccctttataatgaagagcagaaacatcattagct-gagtttatgagtctgtttaagaaaaacatgtaagttgt 15727750  T
Q  222 catgtctgggttgcatctcttgtgacatttctcgaatgcaacgatgttacgaaacacggttcctctatgatcaccaatgtacaatggaggaatagttagt 321  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  15727751 catgtctagattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcaccaatgtacaaaggtggaatagttagt 15727850  T
Q  322 tgctttatcatgactccccannnnnnnccaaagcttatatccaacaattctctattctcacaagctttaattttcacacccccttcttttagttcggtta 421  Q
    | ||||| ||| | ||||||       |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  15727851 tcctttaccataattccccatttttttccaaagcttatatccatcaattctctactctcacatgctttagttttcacaccccctttttttagttctgtta 15727950  T
Q  422 ttgaatgaatcatctcgctctga 444  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  15727951 ttgaatgaatcatctggctctga 15727973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 23 - 444
Target Start/End: Original strand, 15733571 - 15733992
Alignment:
Q  23 aataatcatttgcatcattcacaactttgtataaatatgactcattcatatcaggaactatatctttagttatgttgttgattagttcttccacatgttc 122  Q
    |||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||  | ||||||||    
T  15733571 aatactcattcgcctcattcaccacgttgtacaaatatgactcattcatatcaggaactatttctttagctatgttgttgatcaattccgcgacatgttc 15733670  T
Q  123 atcactccctaaagaatgatgaataatccctttataatgaagaacagaaacatcgtt-gctcgagtttatgagtccgtttaagaaaaacatgtaatttgt 221  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  15733671 atcacttcctaaagaatgatgaataacccctttataatgaagagcagaaacatcattagct-gaatttatgagtctgtttaagaaaaacatgtaagttgt 15733769  T
Q  222 catgtctgggttgcatctcttgtgacatttctcgaatgcaacgatgttacgaaacacggttcctctatgatcaccaatgtacaatggaggaatagttagt 321  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  15733770 catgtctggattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcaccaatgtacaaaggtggaatagttagt 15733869  T
Q  322 tgctttatcatgactccccannnnnnnccaaagcttatatccaacaattctctattctcacaagctttaattttcacacccccttcttttagttcggtta 421  Q
    | ||||| ||| | ||||||       |||||||||||||||| ||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15733870 tcctttaccataattccccatttttttccaaagcttatatccatcaactctctactctcgcaggctttaattttcacacccccttcttttagttctgtta 15733969  T
Q  422 ttgaatgaatcatctcgctctga 444  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  15733970 ttgaatgaatcatctggctctga 15733992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University