View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7694_low_2 (Length: 646)

Name: NF7694_low_2
Description: NF7694
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7694_low_2
NF7694_low_2
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (90-629)||(4783626-4784162)
chr7 (90-629)||(4816055-4816591)
chr7 (1-628)||(4636542-4637160)
chr7 (52-629)||(4711863-4712437)
chr7 (164-628)||(4845804-4846268)
chr7 (95-628)||(4630700-4631230)
chr7 (230-628)||(4662899-4663294)
chr7 (81-628)||(4666694-4667244)
chr7 (90-628)||(4863690-4864225)
chr7 (174-618)||(4653372-4653813)
chr7 (170-629)||(4696981-4697437)
chr7 (172-442)||(4643521-4643791)
chr7 (172-436)||(4672526-4672790)
chr7 (483-629)||(4643868-4644011)
chr7 (456-628)||(4672837-4673006)
chr7 (357-423)||(4647561-4647625)
chr7 (61-130)||(4846299-4846365)
chr7 (81-130)||(4643445-4643494)
chr7 (81-141)||(4672435-4672495)
chr7 (95-141)||(4697466-4697512)
chr7 (167-226)||(4647378-4647437)
chr7 (160-212)||(4661636-4661688)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (81-625)||(18925537-18926078)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 90 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 4784162 - 4783626
Alignment:
Q  90 ttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 189  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784162 ttatttttatcacttattttcaaaatctcaattccattcaacgtgacatcacgatataccgtaggcataggttttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 4784063  T
Q  190 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcac 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4784062 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaaccaaaggagcaccactccaccttatcac 4783963  T
Q  290 atcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 389  Q
    |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783962 atcagcagcatgttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 4783863  T
Q  390 accatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagctt 489  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||| |||    
T  4783862 accatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacacctt 4783763  T
Q  490 ctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaag 589  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||  |||  |||| | ||    |  | |  |||||||||||||   ||| || ||||||||||||||| |    
T  4783762 ctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttat---gtgtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaacg 4783666  T
Q  590 aggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatct 629  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4783665 aggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgtatct 4783626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 90 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 4816591 - 4816055
Alignment:
Q  90 ttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 189  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4816591 ttatttttatcacttattttcaaaatctcaattccattcaacgtgacatcacgatataccgaaggcataggttttggtaatcgatgtagcttgatcgaaa 4816492  T
Q  190 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcac 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4816491 gattaactttttcaatttgagagcttccgccatgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccatatcac 4816392  T
Q  290 atcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 389  Q
    |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816391 atcagcaaaaagttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaaaattctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 4816292  T
Q  390 accatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagctt 489  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||| ||| |||    
T  4816291 accatataagtaaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattgtaatcctctgtctcatacattccataacttcttgcagttaagtaaacacctt 4816192  T
Q  490 ctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaag 589  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||  |||  |||| | ||    |  | |  |||||||||||||   ||| || ||||||||||||||| |    
T  4816191 ctggtgcaatgtaatttggaatgacattgtttttatatgttaggttat---gtgtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaacg 4816095  T
Q  590 aggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatct 629  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4816094 aggagaatcattgtcccaattacgaaacatgcctgtatct 4816055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 628
Target Start/End: Original strand, 4636542 - 4637160
Alignment:
Q  1 ctccaactatgactatggttgacttcttggactttgattttttagatgaaagtataatgtgtttgttgggattcaaaccagcgagattgttatatttatc 100  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4636542 ctccaactatgactacagttgacttcttggacttttgtttttgagatgatagtataatgtgtttgttgggattcaaaccagcgagattgttatatttatc 4636641  T
Q  101 acttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttt 200  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||| |   | ||||||||||| || |||||||| | || |||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||    
T  4636642 actaattttgaaaatctcgattccattaagaataacatcacgatatactgtaggcatgggttgtggtaatcgttgaagcttgattgaaagataaactctt 4636741  T
Q  201 tcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttg 300  Q
    |||||||||||| ||   || |      ||||||  ||  |||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||||| ||  ||     
T  4636742 tcaatttgagagattaatccct------ccatagaaacaacataatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactccaccctatcacatccgcctttt 4636835  T
Q  301 gttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagt 400  Q
     |||| ||||| | | ||||||||| ||||||||   ||||||||| |  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4636836 cttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctatcacctttatagttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagt 4636935  T
Q  401 aaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatg 500  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||| || || ||||| ||| ||||||||||||||    
T  4636936 aaaagcagaatcaacttcaaagttccaagttacattataatcctttgtctcatacattccgtaacttcttgcagttaagtacacaacttctggtgcaatg 4637035  T
Q  501 taatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgt 600  Q
    ||||||||||||  |||||||  |||  |||| | ||    |  | |  |||||||||||||   ||| || |||||||||||||||||||||||||| |    
T  4637036 taatttggaatgacattgtttttatatgttaggttat---gtgtaaagtcacttgatacactagatgggtactctttctccaagtaaagaggaaaatcat 4637132  T
Q  601 tgtcccaactacgaaacatgcctgtatc 628  Q
    || ||||| | |||||||| ||||||||    
T  4637133 tgccccaattgcgaaacatacctgtatc 4637160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 52 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 4712437 - 4711863
Alignment:
Q  52 gtataatgtgtttgttgggattcaaaccagcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgt 151  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||   |||||||||| ||    ||    
T  4712437 gtataatgtgtttgatgggattcaaaccagcgagattatt---tttatcacttattttgaaaatctcaattccattcattatgacatcacggtaatttgt 4712341  T
Q  152 aggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatcctta 251  Q
        |||  || ||||  |||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||| |||||||||   ||||||   |||  |||| ||||||||||||    
T  4712340 gtagatactttctggttctcgttgaagcttaattgaaaggttaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtacattttcacagcataatcctta 4712241  T
Q  252 tgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcct 351  Q
    ||||||||||  |    | ||||||||||    |||||||||||   | ||||||||||| ||||||  || || ||||||||   ||||||||| |  |    
T  4712240 tgaacaggaatcatgttaccaccactccagtaaatcacatcagcgtattgttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttat 4712141  T
Q  352 gtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctc 451  Q
      |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  4712140 tcttgataagcagatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaactttgaaattccaagttacattataatcctctgtcac 4712041  T
Q  452 atccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaaca 551  Q
    |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4712040 atccattccataacttcttgcagtaaagtatacagcttctggtgcagtgtaattgggaatggtattgtttaaatagtttggatgatcacttccataaaca 4711941  T
Q  552 cttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatct 629  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  4711940 gttgatacactttgtggatattctttttccaggtaaagaggaaaatcactgtcccaattacgaaacatacctgtatct 4711863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 164 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 4846268 - 4845804
Alignment:
Q  164 tggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaaca 263  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||    ||  |||| ||||||||||||||||||||||      
T  4846268 tggtaatcgttgaagcttgattgaaagattaactctttcaatttcagagcttccattttgagagtagattttcacagcataatccttatgaacaggaatc 4846169  T
Q  264 aaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgcc 363  Q
    |    | ||||||||||    ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||  || || ||||||||   ||||||||| |  |  ||| || ||     
T  4846168 atgttaccaccactccaaaaaatcacatcagcatatagttcagccaaaatatcattgataaatatctgaaaaactctatcacctttattcttggtaagca 4846069  T
Q  364 aatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccata 463  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||    
T  4846068 gatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaactagaatcaacttcgaaattccaagttacattataatcctctgtcacatactttccata 4845969  T
Q  464 acttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactt 563  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  4845968 acttcttgcagttaagtatacagcttctggtgcagtgtaatttggaatagtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaaaacttgatacacta 4845869  T
Q  564 tgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatc 628  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  4845868 agtggatattctttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatc 4845804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 95 - 628
Target Start/End: Original strand, 4630700 - 4631230
Alignment:
Q  95 tttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagatta 194  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |  |||||||||||| |  ||  | |||| || ||||  |||| | |||||||| |||||||||    
T  4630700 tttatcacttattttgaaaatctcaattccattcagcaggacatcacgatatattgtgtgtatagtttctggtgctcgtcgaagcttgattgaaagatta 4630799  T
Q  195 actttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcag 294  Q
    ||| |||||||||||||||||||  |||||||   ||||  |||  ||||||||||||||  |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  4630800 actctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacataagcacaacataatccttatgagtaggaaccatacgagcaccactccaccttatcacatcag 4630899  T
Q  295 cacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccat 394  Q
    |  ||   ||||| | | | | | ||||||||||||||||   ||||||||| |  | | | ||   |   |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4630900 ctttttcctcagctagaatgttagctatgaaaatctgaaagactctatcaccttgatctcttatcgtcatttcaaactcacaaaaatgtaatcttaccat 4630999  T
Q  395 ataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggt 494  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  4631000 ataagtaaaagaagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtaatcctttgttgcatccattccataacttctcgcagttaagtaaacagcttctggt 4631099  T
Q  495 gcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaa 594  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4631100 gcagtgtaatttgaaatggtattgtttaaatagtttagatgat---gtccaaaataacttgatacactaagtggatattctttctccaagtaacgaggaa 4631196  T
Q  595 aatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatc 628  Q
    |||| ||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  4631197 aatcattgtcccaattgcgaaacatacctgtatc 4631230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 230 - 628
Target Start/End: Original strand, 4662899 - 4663294
Alignment:
Q  230 catagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatc 329  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| | | || ||  |||||||||||||||||| ||   |  |||| | ||| |||||||||| ||||||    
T  4662899 catagtcacaccataatccttatgaacaggaaccatacgaccattactccaccttatcacatcggctaattcttcaactaaattatcatctataaaaatc 4662998  T
Q  330 tgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaag 429  Q
    |||||  |||||||||| |  | | |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4662999 tgaaacattctatcacctttatttatgatattcggatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatgtatgtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaag 4663098  T
Q  430 ttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtt 529  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| | |||||||| |||| || || |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4663099 ttacattataatcctctgtcacatactttccataatttcttgcagttaagtatacagtttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaatagtt 4663198  T
Q  530 tagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatc 628  Q
    |||||||||   |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| || ||||||  ||||||||| ||||||||    
T  4663199 tagatgatc---tccaaaatcacttgatacactttgtggatattctatctccaagtaacgaggagaatcattttcccaataacgaaacatacctgtatc 4663294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 81 - 628
Target Start/End: Original strand, 4666694 - 4667244
Alignment:
Q  81 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagct 180  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |    ||||||||  ||    |||   | || || ||||| |||||| ||||    
T  4666694 gcgagattgttatttttgtcacttatttttaaaatctcgattccattaagaaggacatcactgtattttgtaaagacagtttctggtactcgttgaagct 4666793  T
Q  181 tgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactcca 280  Q
    | || |||||||||||| |||||||||||  ||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | || ||||||| |     
T  4666794 taattgaaagattaactctttcaatttgacggctccctccttgagaatccatagtcaaggcataatccttatgaacaggaaccatacgaacaccactact 4666893  T
Q  281 cctt---atcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaa 377  Q
    ||     | ||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||   |||||||||    |  ||||||||||||||||||||||||    
T  4666894 ccaataaagcacgtcagcccttggttcagccataatatcatctataaaaatctgaaaaactctatcacctggattcttgatatgccaatcaaactcacaa 4666993  T
Q  378 aaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtca 477  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||| || ||||| |||| |||| |  ||||||||||||||||||| || || |    
T  4666994 aaatgcaaccttaccatataagtaaaaatagaatcaactttaaaattccatgtcacattataattctctttggcatccattccataacttcttgcagtta 4667093  T
Q  478 agtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattcttt 577  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||  |||| ||  ||||||||  ||||||||||||| |||    
T  4667094 agtacacaacttctggtgcagtgtaatttggaatagtattttgtaaatagtttggatgatcaggtccaaaataacttgatatgctttgtggatattgttt 4667193  T
Q  578 ctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatc 628  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||    
T  4667194 ctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatc 4667244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 90 - 628
Target Start/End: Original strand, 4863690 - 4864225
Alignment:
Q  90 ttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagcttgatcgaaa 189  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    |||  ||| |  ||||||||| |||||| ||||| |||||    
T  4863690 ttatttttatcgcttattttaaaaatctcgattccattcaacgtaacatcacggtattttgtaaacatggtctttggtaattgttgtaacttgagcgaaa 4863789  T
Q  190 gattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactccaccttatcac 289  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||    |||| ||| | ||||||||||||||||||||| | | ||| ||| ||||||| ||||||    
T  4863790 ggttaactctttcaatttgagagcttccttcttcagagtttatagacacagtataatccttatgaacaggaaccatacgagaaccgctccaccgtatcac 4863889  T
Q  290 atcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaatgtaacctt 389  Q
    ||||||  ||   ||||||| ||||| | ||||||||||||||||   ||||||||| |  | | | |||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  4863890 atcagcgttttcctcagccatactattaactatgaaaatctgaaaggctctatcacctttatttgttatattcggatcaaactcacaaaaatgtaacctt 4863989  T
Q  390 accatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagtatacagctt 489  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |  ||| |||||||| || || ||||| ||| |||    
T  4863990 accatataagtaaaattagaatcaacttcaaaattccaagttacattgtactcctctgtggcatactgtccgtaacttcttgcagttaagtacacaactt 4864089  T
Q  490 ctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctccaagtaaag 589  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||    |  | || |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  4864090 ctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtggatattgtttctccaagtaacg 4864186  T
Q  590 aggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatc 628  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||    
T  4864187 aggaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatc 4864225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 174 - 618
Target Start/End: Original strand, 4653372 - 4653813
Alignment:
Q  174 tgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcac 273  Q
    ||||||||||| | |||||||||| |||||||||||| ||||||  ||| |||   |||||||||  |||||||||||||||||||||  ||| |||||     
T  4653372 tgtagcttgattgtaagattaactctttcaatttgagtgcttccttcttcagagtgcatagtcacaacataatccttatgaacaggaatcaaacgagcat 4653471  T
Q  274 cactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactc 373  Q
      |||||    |||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||| || ||||| ||   ||||||||| |  |  |||||| |||||||||| ||    
T  4653472 tgctccatgaaatcacatcagcatttggttcagccaagaaatcatgtataaatatctggaaaactctatcacctttatccttgatacgccaatcaaattc 4653571  T
Q  374 acaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcg 473  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| ||     
T  4653572 acaaaaatgtaacctgaccatataagtaaatgttgagtcaacttcgaaattccaagttacattgtaatcctctgtgacattcattccataacttctcgca 4653671  T
Q  474 gtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatatt 573  Q
    || | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||| |||||||   || || || |||||||||||||| |||||||||    
T  4653672 gttaggtatacagcttctggtgcgatgtaatttggaattgtattgtttttatagttgagatgat---ttacaaaatcacttgatacacttagtggatatt 4653768  T
Q  574 ctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaaca 618  Q
     |||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  4653769 gtttctctaagtaacgaggataatcgttatcccaattacgaaaca 4653813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 170 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 4697437 - 4696981
Alignment:
Q  170 tcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaagga 269  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||   ||||| ||| |||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  4697437 tcgttgtagcttgattgaaagattaagtctttcaatttgagagcttccttcttgagagtgcatagacacagcataatctttatgaacaggaaccatagga 4697338  T
Q  270 gcaccactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaa 369  Q
    | |  ||||||    |||||||||||  ||   || |||||| ||| | ||||||| || |||||   |||||||||    | ||||||||||  |||||    
T  4697337 gtagtactccaagaaatcacatcagcgtttatctccgccaaagtattagctatgaatatttgaaagactctatcacctatatttttgatatgctgatcaa 4697238  T
Q  370 actcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttct 469  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  4697237 actcacaaaaatgcaaccttaccatataagtaaaaccaacatcaacttcgaaattccaagttacattgaaatcctctgtctcatccaatccacgacttct 4697138  T
Q  470 agcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtgga 569  Q
     || || ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||    |  | || |||||||||  |||||||||    
T  4697137 tgcagttaagtacacagcttctggtgcagtgtaattttgaatggtgttgttttcatagttaagatgat---gtttaaaatcacttgatatgctttgtgga 4697041  T
Q  570 tattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatct 629  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||| || ||||||    
T  4697040 tattgtttctccaagtaacgaggaaaatcattgtcccagttacgaaacataccagtatct 4696981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 172 - 442
Target Start/End: Original strand, 4643521 - 4643791
Alignment:
Q  172 gttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagc 271  Q
    |||| |||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||  ||||| |  |||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  4643521 gttgaagcttgattgaaagattagctctttcaagttgagagcttccttcttgatagtccatagacattgcataatccttatgaacaggaaccaaacgagc 4643620  T
Q  272 accactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaac 371  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||  ||  |||| ||||| | | ||||||||| ||||||||   ||||||||| |  | | | |||| |  |||||||    
T  4643621 accactccaccctatcacatccgccttttcttcaaccaaagtgttatctatgaatatctgaaagactctatcacctttatttgttatatccggatcaaac 4643720  T
Q  372 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatc 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4643721 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacctcaaaattccaagttacattgaaatc 4643791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 172 - 436
Target Start/End: Original strand, 4672526 - 4672790
Alignment:
Q  172 gttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagc 271  Q
    |||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||   |||||| || ||||||||||||||||||||||| | | ||||    
T  4672526 gttgaagcttaatagaaagattaactctttcaatttgagagcttccttcttgagagtacatagtgacagcataatccttatgaacaggaaccatacgagc 4672625  T
Q  272 accactccaccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaac 371  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||   ||||||| | | | | |||| |||||||||||   |||||||||    |   ||||| |||  ||||||    
T  4672626 accactccaacttataacatcagctctttcctcagccagagtgttagctataaaaatctgaaaggctctatcacctgtattaatgataagcctgtcaaac 4672725  T
Q  372 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4672726 tcacaaaaatgtaaccttaccatataagtgaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacatt 4672790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 483 - 629
Target Start/End: Original strand, 4643868 - 4644011
Alignment:
Q  483 acagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctcca 582  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    | ||||| || ||||||| ||| | ||||||| ||||||||    
T  4643868 acagcttctggtgcagtgtaatttggaatggcattttttaaatagtttagatgat---gttcataatcatttgatacgcttagcggatattgtttctcca 4643964  T
Q  583 agtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatct 629  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  4643965 agtaacgaggataatcattgtcccaattacgaaacatacctgtatct 4644011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 456 - 628
Target Start/End: Original strand, 4672837 - 4673006
Alignment:
Q  456 attccataacttctagcggtcaagtatacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttg 555  Q
    |||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||   |   |||  ||||||    
T  4672837 attccataacttcttgcagttacgtaaacagcttctggtgcagtgtaatttggaatggtattgtttaaaaagttgagatgatgcat---atactcacttg 4672933  T
Q  556 atacactttgtggatattctttctccaagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgtatc 628  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||  | ||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||    
T  4672934 atacactaagtggatattgtttctccaagtaaccatgaaaatcattgtcccaattacgaaacataccagtatc 4673006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 357 - 423
Target Start/End: Original strand, 4647561 - 4647625
Alignment:
Q  357 atatgccaatcaaactcacaaaaatgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaat 423  Q
    ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||    
T  4647561 atatgtcaatcaaactcacaaaa--gtaaccttaccatataagtaaaaccagaatcaacttcaaaat 4647625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 4846365 - 4846299
Alignment:
Q  61 gtttgttgggattcaaaccagcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaa 130  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  4846365 gtttgttgggattcataccagccagattgtt---tttatcacttactttgaaaatctcgattccattcaa 4846299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 81 - 130
Target Start/End: Original strand, 4643445 - 4643494
Alignment:
Q  81 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaa 130  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4643445 gcgagattgttatttttgtcacttatttttaaaatctcgattccattcaa 4643494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 141
Target Start/End: Original strand, 4672435 - 4672495
Alignment:
Q  81 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcac 141  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  4672435 gcgagattattatttttatcacttactttgaaaatctcgattccatttaatgtgacatcac 4672495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 4697512 - 4697466
Alignment:
Q  95 tttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcac 141  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  4697512 tttatcatttattttcaaaatctcgatgccattcaatgtgacatcac 4697466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 226
Target Start/End: Original strand, 4647378 - 4647437
Alignment:
Q  167 taatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgaga 226  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||   ||||| ||||||||    
T  4647378 taatcgttgaagcttgattgaaagattaactctttcaatttgattccttcctccttgaga 4647437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 160 - 212
Target Start/End: Original strand, 4661636 - 4661688
Alignment:
Q  160 attttggtaatcgttgtagcttgatcgaaagattaactttttcaatttgagag 212  Q
    |||||| |||| |||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  4661636 attttgataatggttgaagcttgattgaaagatcaactctttcaatttgagag 4661688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 81 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 18926078 - 18925537
Alignment:
Q  81 gcgagattgttatatttatcacttattttcaaaatctcgattccattcaacgtgacatcacgatacaccgtaggcatagattttggtaatcgttgtagct 180  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||    |     |||  || ||||  |||||||||||    
T  18926078 gcgagattgttatttttgtcacttattttcaaaatctcgatcccattcaatgtgacattacggtattttgagtagatattttctggtgctcgttgtagct 18925979  T
Q  181 tgatcgaaagattaactttttcaatttgagagcttccgccttgagaacccatagtcacggcataatccttatgaacaggaacaaaaggagcaccactcca 280  Q
    | || |||||||||||| ||| |||||| ||||||||  || ||||   |||||||||  |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||    
T  18925978 ttattgaaagattaactcttttaatttgcgagcttccttctcgagagtacatagtcacaacataatccttatgaacaggaaccatacgagcaccactcca 18925879  T
Q  281 ccttatcacatcagcacttggttcagccaaactatcatctatgaaaatctgaaatcttctatcaccatcctgtttgatatgccaatcaaactcacaaaaa 380  Q
        |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||   ||||||||| |  |  || ||||||||||||||||| ||||||    
T  18925878 atgaatcacatcagcatttcgttcagccaaattatcatctataaaaatctgaaaaactctatcaccttgattctttatatgccaatcaaactcgcaaaaa 18925779  T
Q  381 tgtaaccttaccatataagtaaaagaagaatcaacctcaaaattccaagttacattgtaatcctctgtctcatccattccataacttctagcggtcaagt 480  Q
    || || ||||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| || || ||||    
T  18925778 tgcaatcttaccaaataagtaaaggcagaatcaacttcaaaattccaagttacattataatcctttgtcgcatccattccataacttcttgcagttaagt 18925679  T
Q  481 atacagcttctggtgcaatgtaatttggaatggtattgtttaaatagtttagatgatcacttccataaacacttgatacactttgtggatattctttctc 580  Q
    ||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| ||    |  | || || ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  18925678 atacaacttctggtgccgtgtagtttggaatggtattgtttatatagttgagattat---gtgtaaaatcatttgatacacttagtggatattgtttctc 18925582  T
Q  581 caagtaaagaggaaaatcgttgtcccaactacgaaacatgcctgt 625  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  18925581 caagtaacgaggaaaatcgttgtcccaataacgaaacatacctgt 18925537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University