View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7702_high_3 (Length: 415)

Name: NF7702_high_3
Description: NF7702
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7702_high_3
NF7702_high_3
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-404)||(48912106-48912509)
chr4 (1-406)||(48958159-48958564)
chr4 (1-408)||(48965344-48965748)
chr4 (1-260)||(48961306-48961567)
chr4 (1-77)||(48974133-48974209)
chr4 (154-281)||(48951399-48951526)
[»] scaffold0536 (2 HSPs)
scaffold0536 (1-389)||(6287-6675)
scaffold0536 (1-406)||(10254-10657)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-392)||(12589942-12590336)
chr6 (1-407)||(12483222-12483631)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-301)||(13448378-13448675)
chr2 (1-339)||(13440215-13440550)
chr2 (49-242)||(13454897-13455087)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-361)||(3417334-3417691)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-293)||(12641353-12641645)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-344)||(12540700-12541040)
chr5 (138-339)||(28385483-28385684)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 48912509 - 48912106
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912509 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 48912410  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912409 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 48912310  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 300  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912309 gtcattctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 48912210  T
Q  301 tgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctc 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912209 tgacattggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctc 48912110  T
Q  401 tctc 404  Q
    ||||    
T  48912109 tctc 48912106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Original strand, 48958159 - 48958564
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  48958159 ggccacgtgatcattggaacccccgcgctaacagcctccacagtggagttccacccgcaatgtgtcataaatgcacccacggcaatgtggctcagaatca 48958258  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
     ||| ||||| ||||| ||| |||| |||| | | ||||||||||| ||  |||||||||| || || || |||||||| ||| |||||||||||||| |    
T  48958259 aaacttgtggggcccaccccctaatgatcaaacctttcttctttccaatgtttctctcttcgaatcctttcggcaaccactttcctttctcctcttcact 48958358  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 300  Q
     || |  ||  ||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  48958359 ctcgtcttctttccctttcttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacctgatgcttctatcccacacgcaatctcataaagttgtttatcagataaa 48958458  T
Q  301 tgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctc 400  Q
    | ||||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |   ||| |||| |||||||||| |||  | |||||||| |||||| |||| | ||| |    
T  48958459 taacatatgcttccaaagcatatgtacaacactgagttatgtctcttcaagttgagccaactcagacaaccatgcacactaacaacattctcatttcccc 48958558  T
Q  401 tctctg 406  Q
    ||||||    
T  48958559 tctctg 48958564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Original strand, 48965344 - 48965748
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    ||||| || ||||| |||||||| |||| ||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || | ||||||||||||||    
T  48965344 ggccatgtaatcatcggaacccccgcaccaacagcctccactgtggagttccaaccacaatgagtcataaaggcacccacagcggggtggctcagaatca 48965443  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
     |||||| |||||||||||| ||||||||| | |   ||||||||| ||  |||||||||| || |||||||| ||||| ||||  |||||||||||| |    
T  48965444 gaacctgcggagcccaacccctaataatcaaacc---cttctttccaatgtttctctcttcgaatccctttggtaaccacttttgcttctcctcttcact 48965540  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 300  Q
     |||| |||  |||  || ||    |||| ||||||||| || || |||| ||||||||| ||  | ||||||||||||||||| |||||||||  | ||    
T  48965541 ctcatcctctttcccgttattaaggggaataacccatataaaatcatgacccgatgcttctattgcacacgcaatctcataaagctgtttatcctgataa 48965640  T
Q  301 tgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctc 400  Q
     ||||  |||||||||||| |||||||| ||| ||||||| | | || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||| ||| |    
T  48965641 cgacagaggcttccaaagcttatgtacaacactgagttatgtcgcttggaattgagccaactcaaacactcttgcacgctcactgcactctcttgtcccc 48965740  T
Q  401 tctctgct 408  Q
    ||||||||    
T  48965741 tctctgct 48965748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Original strand, 48961306 - 48961567
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaa--ttccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaat 98  Q
    ||||| || |||||||| | |||||||||| | |||||||  |||||   |||||||| ||||| ||||||||  ||||||| |||||||||| ||| ||    
T  48961306 ggccatgttatcattgggatccctgcactaccagcctcaatggtggagagttccacccgcaatgcgtcataaacacacccaccgctgtgtggcccaggat 48961405  T
Q  99 cataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttca 198  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||| | ||  ||||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||     
T  48961406 cataacttgtggggcccaccccttaatgatcaaacccttcttcttttcaatgtttctctcttcaaatcctttcggcaaccacttgtctttctcctcttcg 48961505  T
Q  199 ttgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttc 260  Q
     | |||| | |  ||| ||| || ||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||    
T  48961506 ctctcatccactttcccttttttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacccgatgcttc 48961567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 77
Target Start/End: Original strand, 48974133 - 48974209
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacc 77  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  48974133 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaacggcttccacggtggagttccacccgcaatgtgtcaagaatgcacc 48974209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 154 - 281
Target Start/End: Original strand, 48951399 - 48951526
Alignment:
Q  154 ctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcg 253  Q
    |||||||||||| || | || ||||||||||| |||||||| ||| | || | |||| |||  |||||||| || ||||||||||||||||| | ||  |    
T  48951399 ctctcttcaaactccctgggtaaccatttttccttctcctcatcactctcgttctccttccccttcttttctgggacaacccatatgaattcataacctg 48951498  T
Q  254 atgcttcaatcccgcacgcaatctcata 281  Q
    || |||| ||| |||  |||||||||||    
T  48951499 attcttctatcgcgcttgcaatctcata 48951526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 2)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 6675 - 6287
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||| ||||||||| |||||    
T  6675 ggccacgtgatcatcggaacccctgcactaacagcctcaacagtggaattccacccacaatgcgtcataaacgcacccagagctttgtggctcaaaatca 6576  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  6575 taacttgtggagcccaacccctaataatcaaacccttcttctttccgatatttctctcttcgaatccctttggcaaccattttcctttctcctcttcact 6476  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 300  Q
     ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||  |||    
T  6475 ctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatttgtgacccgatgcttctatcccacatgcaatctcgtaaagttgtttatccgggaaa 6376  T
Q  301 tgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacact 389  Q
     | |||  |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||  |||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  6375 aggcataagcttccaaagcatatgtacaacactgagttatctggcttcgagtctagccaactcagacactcatgcacactcacaacact 6287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 10657 - 10254
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| |||||||    
T  10657 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaaccgcctccacggtggaattccacccacaatgtgtcataaacgcacccacaacagtgtggcttagaatca 10558  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||| ||| |||||||| || || || | |||||||||||||||||||| | |    
T  10557 taacctgaggggcccaacccttaataatcaaacccttcttctttgcaataactctttcttcaaatcctttcggtagccatttttctttctcctcttgact 10458  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 300  Q
     |||| |||  ||| |||||| ||||||||||| ||||  ||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10457 ctcattctctttccctttcttctcaggaacaactcatacaaattcgtaacccgatgcttctaccctgcacgcaatctcataaagttgtttatctgaaaaa 10358  T
Q  301 tgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctcctc 400  Q
    | |||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||| | ||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10357 taacataggcttccaaagcaaatgtacaacactga--tatctcgcttcaagttaagccaactcagacactcatgcacactcacaacactctgttctcctc 10260  T
Q  401 tctctg 406  Q
    ||||||    
T  10259 tctctg 10254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 12590336 - 12589942
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    ||||| |||||||| ||||  || |||||||| ||||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||  ||||||||| |||||    
T  12590336 ggccatgtgatcatcggaattccagcactaaccgcctccacgacggaattccatccacaatgtgtcataaacgcgcccactgcattgtggctcataatca 12590237  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttc---cgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttc 197  Q
    | || ||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||||||   | ||  ||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  12590236 ttacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttctttctcccaatgtttctctcttcaaatccactaggcaaccatttttgtttatcctcatc 12590137  T
Q  198 attgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaa 297  Q
    | | ||||  ||| ||| ||| || || |||| |||||||| ||||||||| |  |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||| ||     
T  12590136 actctcatcttccttcccttttttctcgggaataacccatacgaattcgtggcctgatgcttctatgccacacgaaatctcataaagttgtttatctgag 12590037  T
Q  298 aaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctc 392  Q
    ||||  |||  ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||    
T  12590036 aaatagcatatgctcccaaagcatatgtacaacacagagttatctcgcttcgagtttagccaactcagacactcttgcacgttcacaacactctc 12589942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 12483631 - 12483222
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| || || |||   |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || | |||||||| |||||    
T  12483631 ggccacgtgatcattggaatccctgcactaaccgcttccacaacagaattccatccacagtgagtcataaatgcacccactgcagggtggctcaaaatca 12483532  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataat---tctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttc 197  Q
      |||||||| ||||| ||| | || || | | || |||| || |   ||||   |||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||    
T  12483531 gtacctgtggtgcccaccccctgatgattaaacccatcttattccttctaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcctcatc 12483432  T
Q  198 attgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaa 297  Q
      | ||||  ||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||  | || ||||||||| || ||||| | ||| || ||||| |||||||| ||     
T  12483431 gctctcatcttccttcccttttttctcaggaacaacccatatgaattttttacccgatgcttctattccgcatgaaatttcgtaaagctgtttatcagag 12483332  T
Q  298 aaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaactcaaacactcgtgcacactcacaacactctcttctc 397  Q
    ||||  ||| |||| |||||||||||||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||||||   |||||| ||||| |||||||||||||| | ||    
T  12483331 aaattgcataggctcccaaagcatatgtacaacactgaattttcttgctttgagtttagccaactttgacactcatgcacgctcacaacactctcgtttc 12483232  T
Q  398 ctctctctgc 407  Q
    | ||||||||    
T  12483231 ccctctctgc 12483222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 301
Target Start/End: Original strand, 13448378 - 13448675
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || | ||||||||  |||     
T  13448378 ggccacgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatct 13448477  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||   |||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||  |    
T  13448478 taacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctcttcttcgct 13448574  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 300  Q
     ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||  |||||||| ||| | || || ||||| || ||||||||||| ||||||    
T  13448575 ctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgaccggatgcttctatcgcacatgccatctcgtatagttgtttatcagaaaaa 13448674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 13440215 - 13440550
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||| | ||| ||| | || |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || | ||||||||  |||     
T  13440215 ggccacgttatcattggaactcccgcactaacagactctacaattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatct 13440314  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||| | || || || |    ||  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || ||| |    
T  13440315 taacttgtggggcccaacccttaatgatcaaacccatcctccta---atgtttctctcttcgaatccctttggcaaccacttttctttctcttcctcact 13440411  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 300  Q
     ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||||| || |||    
T  13440412 ctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgactagatgcttctattgcgcacgccatctcatatagttgtttatcagagaaa 13440511  T
Q  301 tgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagtta 339  Q
    |       ||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  13440512 tagttgatgcttccaaaacatatgtacaacaccgagtta 13440550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Original strand, 13454897 - 13455087
Alignment:
Q  49 ttccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccga 148  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||| | ||||| || | ||| ||||  ||| |||| ||||| ||||||||| |||| |||| | |||| ||||   |||    
T  13454897 ttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtgactcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaaccctttttct---cga 13454993  T
Q  149 taattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaa 242  Q
    |  || |||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||  | ||||  ||  ||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  13454994 tgtttttctcttcaaatcccttcggcaaccacttttgtttctcctcttcgctctcatcttctttccctttcttctccggaacaacccatatgaa 13455087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 3417691 - 3417334
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||   || |||| ||||||||||||||||||| | || || || | ||||||||  |||     
T  3417691 ggccacgttatcattggaactcctgcaccaacagcctcaacaaatgagttccccccacaatgtgtcataaatccccctaccgcagggtggctcaatatct 3417592  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
     ||||||||| ||||||||| |||  |||| | |   ||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  3417591 gaacctgtggggcccaacccctaacgatcaaacc---cttctttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcttcttcgtt 3417495  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 300  Q
     ||||  ||  | | |||||| ||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||  || | ||||||||||| ||||||||||| || |||    
T  3417494 ctcatcttcttttcctttcttctcaagaacaacccatatgaatgggtgacccgatgcttctattgcgtatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaa 3417395  T
Q  301 tgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttgtttcgagttaagccaac 361  Q
    |    |  ||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||  ||||| |||||||    
T  3417394 tagtttaagcttccaaaacatatgtacaacactgagttaacttgttgtgagttgagccaac 3417334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 12641645 - 12641353
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||   ||| ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| || | |||||| | |||||    
T  12641645 ggccacgtgatcattggaatccctgcactaacagcctctaccaaggagttcgacccgcaatgcgtcatgaatgcacccacagcagcgtggcttaaaatca 12641546  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
    | || ||||| |||||  || |||| || | | | ||||| ||| | | | |||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||| |    
T  12641545 ttacttgtggggcccactccctaatgataaaacctttcttattttcaacatttctctcttcgaatcctttaggcaaccacttttctttctcctcttcact 12641446  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatc 293  Q
     ||||  |   ||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||  ||   ||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  12641445 ctcatcttttttccctttcttctcaggaacaacccatacaaattcgtgacctgaattttctattccgctcgcaatctcgtaaagttgtttatc 12641353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 12540700 - 12541040
Alignment:
Q  1 ggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgtgtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatca 100  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| ||| ||||| ||| | || || | ||||||||||||||||||| | ||||| || | ||||||||  |||     
T  12540700 ggccacgttatcattggaactcccgcaccaacagcctctacaattgagtttcccccacaatgtgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatct 12540799  T
Q  101 taacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcatt 200  Q
    |||||||||| ||||||||| |||| |||| | |   ||| ||||| ||  ||||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||| |    
T  12540800 taacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacc---cttttttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcatccacttttctttctcttcttcagt 12540896  T
Q  201 gtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccatatgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaa 300  Q
     ||||  ||  ||| | |||| |||||||||||||||||||||  ||||| |  | |||| |   | || ||||||||||| |||||||| ||  | |||    
T  12540897 ctcatcttctttccctctcttctcaggaacaacccatatgaatgggtgacccattccttctactgcacatgcaatctcatatagttgtttgtcaaagaaa 12540996  T
Q  301 tgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagttatcttg 344  Q
    |||  |  ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  12540997 tgatttatgcttccaaaacatatgtacaccactgagttaacttg 12541040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 138 - 339
Target Start/End: Original strand, 28385483 - 28385684
Alignment:
Q  138 cttctttccgataattctctcttcaaacccctttggcaaccatttttctttctcctcttcattgtcatgctccgtccgtttcttttcaggaacaacccat 237  Q
    ||||||||| ||  ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||  | ||||  ||  ||| |||||| |||||||||||||||    
T  28385483 cttctttccaatgtttctctcctcaaatccctttggcagccacttttctttctcttcttcgatctcatcttctttccctttcttctcaggaacaacccat 28385582  T
Q  238 atgaattcgtgactcgatgcttcaatcccgcacgcaatctcataaagttgtttatccgaaaaatgacatcggcttccaaagcatatgtacaccaccgagt 337  Q
    ||||||  |||||  |||||||| |   |||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||   |  ||||||||| ||||||||||| || ||||    
T  28385583 atgaatgggtgacctgatgcttctactgcgcatgcaatctcatatagttgtttatcagagaaatggtttatgcttccaaaacatatgtacacaactgagt 28385682  T
Q  338 ta 339  Q
    ||    
T  28385683 ta 28385684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University