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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF7704_low_1 (Length: 1012)
Name: NF7704_low_1
Description: NF7704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7704_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 802; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 802; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 997
Target Start/End: Original strand, 19085299 - 19086250
Alignment:
| Q |
34 |
atggataagggttctttttgttaatcttgtttagctttgatttaatcttgaatatattttctcagaagaaacttcagataaatgagaagaatctccaatg |
133 |
Q |
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| T |
19085299 |
atggataagggttctttttattaatcttgtttagctttgatttaatcttgaatatattttctcagaagaaacttcagataaatgagaagaatctccaatg |
19085398 |
T |
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| Q |
134 |
tgaactttccaaggtcatgacaacagtgtcaagatatgactcatcaataactgggaaggataatgttgaaacacattcattaaaaattgagcatccatta |
233 |
Q |
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| T |
19085399 |
tgaactttccaaggtcatgacaacagtgtcaagatatgactcatcaataattgggaaggataatgttcaaacacattcattaaaaattgaacatccatta |
19085498 |
T |
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| Q |
234 |
gagatgtacgattgtttcccaaaaggtttgggaaataaataccttcatgttgttcatgatgtatcatttaagaaaactttcagattacaacgtgctgaaa |
333 |
Q |
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| T |
19085499 |
gagatgtacgatcgtttcccacgaggtttgggaaataaataccttcatgttgttcatgatgtatcatttaagaaaactttcagattacaacgtgttgaaa |
19085598 |
T |
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| Q |
334 |
agatacctcattatacaacatggttacacttgattaggtaagtcttactttcaaatacacgtttattctttt----attccactttcaagtatacattta |
429 |
Q |
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| T |
19085599 |
agatacctcattatacaacatggttacacttgattaggtaagtcttactttcaaatacacgtttattcttttattaattccactttcaagtatacattt- |
19085697 |
T |
|
| Q |
430 |
aaaatgctaaatatattgatcaatgcatgtgtcattttttgtgttgctttattaaaatctttcacacaaaacagaaatgagagaatgacgaaagctgatg |
529 |
Q |
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| T |
19085698 |
--aatgctaaatatattgatcaatgcatgtgtcattttttgtgttgctttattaaaatctttcacacaaaacagaaatgagagaatgacgaaagctgatg |
19085795 |
T |
|
| Q |
530 |
ccttttctgcaagacgaaacatatattacgatcaacatgcaggtgaaacaatgatatgcagtgataccgatgaagaggtccaagagaacaaagaagttaa |
629 |
Q |
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| T |
19085796 |
ccttttctgcaagacgaaacatatattacgatcaacatgcaggtgaaacaatgatatgcagtgataccgatgaagaggtccaagagaacaaagaagttaa |
19085895 |
T |
|
| Q |
630 |
acgtgacttttcttatggtgaagataaacttctatggtaaatcaaaatttaga--tgttactatacttaaacttaaaag-ttatatttatttgtgaataa |
726 |
Q |
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| T |
19085896 |
acgtgacttttcttatggtgaagataaacttctatggtaaatcaaaatttaaacgtgttactatacttaaacttaaaagtttatatttatttgtg----- |
19085990 |
T |
|
| Q |
727 |
atataaaataacaataagagctaggttcatagttgcaatatttcatgttataatttaatttatatgaatatatcaggatggcaattgaggaatacagttt |
826 |
Q |
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| T |
19085991 |
------------aataagagctaggttcacagttgcaatatttcatgttataatttaatttatatgaatatatcaggatggcaattgaggaatactgttt |
19086078 |
T |
|
| Q |
827 |
aaccgatgaagtgttgagtattgttcaaagctatattggaggtaccactgaagaaattgaggtaaaatttaat-atatagggacataataatgcaattta |
925 |
Q |
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| T |
19086079 |
aaccgatgaagtgttgagtatcgttcaaagctatattggaggtaccactgcagaaattgaggtaaaatttaataatatagggacataataatgcaattta |
19086178 |
T |
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| Q |
926 |
atgacatataattgttaaccttaataatgattgcaaaatatggctgatctcatagacttaccggtactattt |
997 |
Q |
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|
| T |
19086179 |
atgacatataattgttaaccttaacaatgattgcaaaatatggctgatctcatagacttaccggtactattt |
19086250 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 65; Significance: 5e-28; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 473 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 13356315 - 13356074
Alignment:
| Q |
473 |
ttgctttattaaaatctttcacacaaaacagaaatgagagaatgacgaaagctgatgccttttctgcaagacgaaacatatattacgatcaacatgcagg |
572 |
Q |
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| T |
13356315 |
ttgctttattaaaatatttcatatataacagaaataagagaatggccaaagttgatgcactttctgcaagatgaaacatatactatgatcaacatggagg |
13356216 |
T |
|
| Q |
573 |
tgaaacaatgatatgcagtgataccgatga------------agaggtccaagagaacaaagaagttaaacgtgacttttcttatggtgaagataaactt |
660 |
Q |
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| T |
13356215 |
tgata--atgatatgtagtgataatgatgataacaatgaagaagaggtccaagagaaaaacgaagttaaacgtgtcttttctcagggtgaagaccaactt |
13356118 |
T |
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| Q |
661 |
ctatggtaaatcaaaatttagatgttactatacttaaacttaaaa |
705 |
Q |
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| T |
13356117 |
-tatggtaaatcaaaattgagatgttatgatacttacatttaaaa |
13356074 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 299 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 13356522 - 13356433
Alignment:
| Q |
299 |
atttaagaaaactttcagattacaacgtgctgaaaagatacctcattatacaacatggttacacttgattaggtaagtcttactttcaaa |
388 |
Q |
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| T |
13356522 |
atttaagaaaagtatcaaattacaacgtgttgaaaagatacctccttatacatcctggttacatttgtttaggtaagtctaactttcaaa |
13356433 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 487 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 12033879 - 12033809
Alignment:
| Q |
487 |
tctttcacacaaaacagaaatgagagaatgacgaaagctgatgccttttctgcaagacgaaacatatatta |
557 |
Q |
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| T |
12033879 |
tctttcacacataacacaaatgagtgaataaccaaagttgatgcattttctgcaagaagaaatatatatta |
12033809 |
T |
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