View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7705_high_2 (Length: 362)

Name: NF7705_high_2
Description: NF7705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7705_high_2
NF7705_high_2
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-362)||(8695700-8696061)
chr4 (53-362)||(8693205-8693520)
chr4 (54-362)||(8687182-8687492)
chr4 (1-362)||(8674974-8675346)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Original strand, 8695700 - 8696061
Alignment:
Q  1 acatagatagtaatggagttaatcttacattcatacatcaatattgcacttaataaataacgatgcaaaaccacccaaagaaaaaaccatgtatcatata 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8695700 acatagatagtaatggagttaatcttacattcatacatcaatattgcacttaataaataacgttgcaaaaccacccaaagaaaaaaccatgtatcatata 8695799  T
Q  101 catggacaaacaaagggtgacaaaaagtatgattaaagattttcatggcttcttggaagttctagctgcttcttgctgatacctagtagcataactatga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||    
T  8695800 catggacaaacaaagggtgacaaaaagtatgattaaagattttcatggcttcttggaagttctagctgcttcttgtcgataccttgtagcataactttga 8695899  T
Q  201 aacaaagcgagtgcgttactggtaacttctgcaacattcttcgccttaatcttaatcgtcgcaactcttttgctcatcctatgaccagggaatgattgta 300  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  8695900 aacaaagcaagtgcgttactagtaacttctgcaacattcttcgccttcaccttaatcgtcgcaaccctcttgctcattctatgaccagggaacgattgca 8695999  T
Q  301 cacaactactagcgtcggttaaggcagtgctaacccatgtctcaacattacttatgtgccac 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8696000 cacaactactagcgtcggttaaggcagtgctaacccatgtctcaacattacttatgtgccac 8696061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 53 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 8693520 - 8693205
Alignment:
Q  53 ataaataacgatgcaaaaccacccaaagaaaaaaccatgtatcatatacatggacaaacaaagggtgacaaaaa---gtatgatt-aaagattttcatgg 148  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    |||||||| |||| |||||||||    
T  8693520 ataaataacgatgtaaaaccacccaaagaaaaaac-atgtatcatatacatgaacaaacaaggggtgacaaaataaggtatgatttaaagtttttcatgg 8693422  T
Q  149 cttcttggaagttctagctg---cttcttgctgatacctagtagcataactatgaaacaaagcgagtgcgttactggtaacttctgcaacattcttcgcc 245  Q
    |||||| ||||||||||| |   || ||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  8693421 cttcttcgaagttctagccgtggctgcttgtcgataccttgtagcataactttgaaacaaagcaagtgcattactagttacttctgcaacattcttcgcc 8693322  T
Q  246 ttaatcttaatcgtcgcaactcttttgctcatcctatgaccagggaatgattgtacacaactactagcgtcggttaaggcagtgctaacccatgtctcaa 345  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8693321 ttaaccttaatcgtcgcaacactattgctcattctatgaccagggaacgattgcacacaactactagcatcggttaaggcagtgctaacccatgtctcaa 8693222  T
Q  346 cattacttatgtgccac 362  Q
    |||||||||||||||||    
T  8693221 cattacttatgtgccac 8693205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 54 - 362
Target Start/End: Original strand, 8687182 - 8687492
Alignment:
Q  54 taaataacgatgcaaaaccacccaaagaaaaaaccatgtatcatatacatggacaaacaaagggtgacaaaaa---gtatgatta-aagattttcatggc 149  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||| ||||    ||||||||  ||| ||||||||||    
T  8687182 taaataactatgtaaaaccacccaaagaaaaaac-atgtgt-atatacatggacaaacaaggggtgataaaataaggtatgatttcaagtttttcatggc 8687279  T
Q  150 ttcttggaagttctagctgcttcttgctgatacctagtagcataactatgaaacaaagcgagtgcgttactggtaacttctgcaacattcttcgccttaa 249  Q
    ||||||   |||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  8687280 ttcttgacggttctagccgctgcttgtcgatacctagtagcataactttgaaacaaagcaagtgcattactagttacttctgcaacattcttcgccttca 8687379  T
Q  250 tcttaatcgtcgcaactcttttgctcatcctatgaccagggaatgattgtacacaactactagcgtcggttaaggcagtgctaacccatgtctcaacatt 349  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8687380 ccttaatcgtcgcaactcttttgctcattctatgaccagggaacgattgcacacaactactagcgtcggttaaggcagtgctaacccatgtctcaacatt 8687479  T
Q  350 acttatgtgccac 362  Q
    |||||||||||||    
T  8687480 acttatgtgccac 8687492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 8675346 - 8674974
Alignment:
Q  1 acatagatagtaatggagttaatcttacattcata--catcaatattgcacttaataaataacgatgcaaaaccacccaaagaaaaaaccatgtat--ca 96  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||  |||  ||||| ||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||||  ||    
T  8675346 acataaataataatgaagttaatcatacattcatatacatcaatattaaactagataaagaactatgtaaaaccacccgaagaaaaaac-atgtatatca 8675248  T
Q  97 tatacatggacaaacaaagggtgacaaaa--agt-atgatt--aaagattttcatggcttcttggaagttctagctg---cttcttgctgatacctagta 188  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||||||||  ||||||||| |   || ||||  ||||||| |||    
T  8675247 tatacatggacaaacaaggggtgataaaataagttatgatttaaaagtttttcatggcttcttgacagttctagccgtggctgcttgtcgataccttgta 8675148  T
Q  189 gcataactatgaaacaaagcgagtgcgttactggtaacttctgcaacattcttcgccttaatcttaatcgtcgcaactcttttgctcatcctatgaccag 288  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  8675147 gcataactttgaaacaaagcaagtgcattactagttacttctgcaacattcttcgccttaaccttaatcgtcgcaaccctcttgctcattctatgaccag 8675048  T
Q  289 ggaatgattgtacacaactactagcgtcggttaaggcagtgctaacccatgtctcaacattacttatgtgccac 362  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8675047 ggaacgattgcacacaactactagcgtcggttaaggcagtgctaacccatgtctcaacattacttatgtgccac 8674974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University