View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7708A_low_82 (Length: 324)

Name: NF7708A_low_82
Description: NF7708A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7708A_low_82
NF7708A_low_82
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (6-319)||(30049383-30049719)
chr8 (6-319)||(7162336-7162671)
chr8 (147-319)||(30045121-30045316)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (6-319)||(3945637-3945973)
chr4 (145-319)||(3941377-3941574)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (6-319)||(22365265-22365597)
chr3 (147-319)||(22361019-22361210)
chr3 (166-231)||(23397337-23397404)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (6-319)||(39949463-39949793)
chr7 (146-319)||(39953855-39954045)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (6-319)||(196311-196632)
chr5 (145-319)||(200690-200872)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (147-319)||(1330569-1330760)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 6 - 319
Target Start/End: Original strand, 30049383 - 30049719
Alignment:
Q  6 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049383 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 30049482  T
Q  106 gaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049483 gaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 30049582  T
Q  206 gcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatga 282  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  30049583 gcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatga 30049682  T
Q  283 catcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049683 catcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 30049719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 6 - 319
Target Start/End: Original strand, 7162336 - 7162671
Alignment:
Q  6 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 105  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7162336 gaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaaaaaaggcacttgctagtgccaagttcatggagctaa 7162435  T
Q  106 gaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 205  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162436 gaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 7162535  T
Q  206 gcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgcac---------------------aagttaagtaggtttatgtcatatgac 283  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||                     |||||||| ||||||||||||||||||    
T  7162536 gcttatgtgtgtaatcattttaacttattttgttagtaaaactatgctgcacaagtaataaggttatctgcacaagttaagcaggtttatgtcatatgac 7162635  T
Q  284 atcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7162636 atcagctaagcataggctgagtcattactaagtatt 7162671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 147 - 319
Target Start/End: Original strand, 30045121 - 30045316
Alignment:
Q  147 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgtt------- 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||           
T  30045121 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaa 30045220  T
Q  240 ------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045221 ctatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 30045316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 250; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 6 - 319
Target Start/End: Original strand, 3945637 - 3945973
Alignment:
Q  6 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945637 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 3945736  T
Q  106 gaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945737 gaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 3945836  T
Q  206 gcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatga 282  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  3945837 gcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatga 3945936  T
Q  283 catcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945937 catcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 3945973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 145 - 319
Target Start/End: Original strand, 3941377 - 3941574
Alignment:
Q  145 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgtt----- 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||         
T  3941377 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 3941476  T
Q  240 --------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtc----atatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941477 aactatgctgcacaagtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 3941574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 6 - 319
Target Start/End: Original strand, 22365265 - 22365597
Alignment:
Q  6 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 105  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365265 gaacagaatggagatgtaaaattgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 22365364  T
Q  106 gaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 205  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365365 gaagcaagctgggagtattccagataagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 22365464  T
Q  206 gcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatc 286  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||                   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365465 gcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcataagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatc 22365564  T
Q  287 agctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22365565 aactaagcataggctgagtcattactaagtatt 22365597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 147 - 319
Target Start/End: Original strand, 22361019 - 22361210
Alignment:
Q  147 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgtt------- 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||           
T  22361019 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaag 22361118  T
Q  240 ------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
                |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22361119 ctatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatt 22361210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 166 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 23397404 - 23397337
Alignment:
Q  166 aaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgctta--cgtgtgtaattattttaactt 231  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||| ||   ||||||||| ||||||||||    
T  23397404 aaaacttttctgaatatttcgttgttaatgttactttattgcctatgtgtgtgtaatgattttaactt 23397337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 6 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 39949793 - 39949463
Alignment:
Q  6 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949793 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 39949694  T
Q  106 gaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 205  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  39949693 gaagcaagctgggagtattccagaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttatt 39949594  T
Q  206 gcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaagattat-ctgca----------------caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcag 288  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949593 gcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgcaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcag 39949494  T
Q  289 ctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    |||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  39949493 ctaaacataggctgagttattactaagtatt 39949463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 146 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 39954045 - 39953855
Alignment:
Q  146 gtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaag 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39954045 gtgttgactaattgacctataaaacttttctttatactttattgtttatgttactttattgcttatgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaa 39953946  T
Q  246 attat-ctgca----------------caagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    | ||| |||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||    
T  39953945 actatgctgcacaagtaaggttatctgcaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaaacatagactgagttattactaagtatt 39953855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 6 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 196632 - 196311
Alignment:
Q  6 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196632 gaacaaaatggagatgtaaaactgcagcactgcagttctgaagaacaattggcagacattttaacaaaagcacttcctagtgccaagttcatggagctaa 196533  T
Q  106 gaagcaagctgggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttatt 205  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||    
T  196532 gaagcaagctaggagtatttcaaaaaagttttaaggaggagtgttgactaattgacctataaaacttttctgaa-----------ttatgttactttatt 196444  T
Q  206 gcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgtt-------------------agtaagattatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatc 286  Q
    | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||                   |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  196443 gtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaactatgctgcacaagtaaggttatctgcacgagttaagtaggtttacgtcatatgacatc 196344  T
Q  287 agctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  196343 agctaagcataggctgagtcattactaagtatt 196311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 200872 - 200690
Alignment:
Q  145 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaa 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  200872 agtgttgactaattgacctataaaacttttctgaat-----------tatgttactttattgtttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaa 200784  T
Q  245 ga-------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
     |                   ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  200783 aactatgctgcacaagtaaggttatctgcacaagttaagtaggtttacctcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattactaagtatt 200690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 147 - 319
Target Start/End: Original strand, 1330569 - 1330760
Alignment:
Q  147 tgttgactaattgacctataaaacttttctgaatactttattgtttatgttactttattgcttacgtgtgtaattattttaacttgttttgttagtaaga 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  1330569 tgttgactaattgacctataaaacttgtctgaatactttattgtttatgttactctattgcttatgtgtgtaatcattttaacttgttttgttagtaaaa 1330668  T
Q  247 -------------------ttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagctaagcataggctgagtcattacttagtatt 319  Q
                       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| | ||||||    
T  1330669 ctatactgcacaagtaatgttatctgcacaagttaagtaggtttatgtcatatgacatcagcaaagtataggttgagtcattagtaagtatt 1330760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University