View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7708A_low_98 (Length: 301)

Name: NF7708A_low_98
Description: NF7708A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7708A_low_98
NF7708A_low_98
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (16-301)||(42533576-42533854)
chr4 (16-154)||(44432656-44432794)
chr4 (16-159)||(5274266-5274409)
chr4 (16-154)||(22047140-22047278)
chr4 (16-154)||(4839767-4839905)
chr4 (16-159)||(46692769-46692911)
chr4 (17-159)||(55326162-55326304)
chr4 (34-160)||(6639355-6639481)
chr4 (30-159)||(19248428-19248556)
chr4 (32-159)||(26069069-26069195)
chr4 (23-154)||(8894230-8894360)
chr4 (42-154)||(35417446-35417557)
chr4 (42-154)||(40996292-40996404)
chr4 (34-111)||(30219079-30219155)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (16-159)||(24835147-24835290)
chr5 (16-159)||(11723906-11724049)
chr5 (16-159)||(30607811-30607954)
chr5 (16-154)||(14343885-14344023)
chr5 (16-154)||(33434000-33434138)
chr5 (16-154)||(7314378-7314516)
chr5 (16-154)||(9403713-9403851)
chr5 (16-154)||(34455587-34455725)
chr5 (24-159)||(11766144-11766279)
chr5 (17-154)||(6269309-6269447)
chr5 (16-154)||(34870300-34870437)
chr5 (37-149)||(30422188-30422299)
chr5 (66-120)||(42748256-42748310)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (16-159)||(29223102-29223245)
chr2 (16-159)||(29336401-29336544)
chr2 (16-154)||(8684070-8684209)
chr2 (18-159)||(32522383-32522515)
chr2 (16-154)||(36668470-36668607)
chr2 (93-159)||(29226728-29226794)
chr2 (93-159)||(29340027-29340093)
chr2 (75-159)||(31757713-31757798)
chr2 (93-152)||(29792577-29792636)
chr2 (34-159)||(27256908-27257032)
chr2 (75-154)||(40199502-40199582)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (16-160)||(38122667-38122811)
chr1 (16-154)||(16833380-16833518)
chr1 (16-154)||(12168806-12168944)
chr1 (16-154)||(33492826-33492963)
chr1 (16-151)||(13218665-13218800)
chr1 (41-154)||(39453350-39453462)
chr1 (36-154)||(25242410-25242528)
chr1 (26-154)||(13829598-13829725)
chr1 (42-154)||(16129004-16129115)
chr1 (41-120)||(7062711-7062789)
chr1 (66-120)||(13249909-13249963)
chr1 (78-154)||(432869-432945)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (16-159)||(3587788-3587931)
chr3 (16-154)||(27031417-27031555)
chr3 (25-154)||(10407589-10407718)
chr3 (16-160)||(4755488-4755632)
chr3 (16-154)||(52045513-52045651)
chr3 (16-154)||(52308623-52308761)
chr3 (16-164)||(7653851-7653998)
chr3 (16-159)||(8614913-8615055)
chr3 (20-168)||(36470063-36470211)
chr3 (49-154)||(11263597-11263703)
chr3 (31-154)||(33247302-33247424)
chr3 (75-107)||(25804553-25804585)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (16-154)||(27347440-27347578)
chr8 (16-159)||(27353515-27353658)
chr8 (16-159)||(28926774-28926917)
chr8 (24-154)||(3298195-3298325)
chr8 (16-154)||(22179903-22180041)
chr8 (16-160)||(8743998-8744142)
chr8 (16-154)||(9068797-9068935)
chr8 (16-159)||(36737491-36737633)
chr8 (23-154)||(1606596-1606726)
chr8 (83-154)||(16957901-16957972)
chr8 (101-159)||(28369584-28369642)
chr8 (75-159)||(4435537-4435621)
chr8 (42-154)||(24040006-24040117)
chr8 (75-154)||(21687382-21687462)
chr8 (75-154)||(21691706-21691786)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (16-154)||(22817832-22817970)
chr7 (16-161)||(7143044-7143189)
chr7 (16-160)||(23794481-23794625)
chr7 (16-154)||(10346936-10347074)
chr7 (24-154)||(31158914-31159044)
chr7 (16-159)||(2630809-2630951)
chr7 (16-154)||(12183259-12183397)
chr7 (16-154)||(22322514-22322652)
chr7 (16-159)||(19472890-19473033)
chr7 (16-154)||(45501261-45501400)
chr7 (16-154)||(2477074-2477212)
chr7 (16-159)||(2798171-2798314)
chr7 (16-154)||(31878015-31878153)
chr7 (74-154)||(31001376-31001456)
chr7 (73-145)||(8139848-8139920)
chr7 (76-154)||(31665265-31665343)
chr7 (66-159)||(24169396-24169489)
chr7 (66-159)||(20403074-20403168)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (16-154)||(26511131-26511269)
chr6 (16-154)||(26516247-26516385)
chr6 (16-159)||(34005893-34006036)
chr6 (24-154)||(3538441-3538571)
chr6 (16-154)||(9934615-9934753)
chr6 (16-159)||(24161855-24161997)
chr6 (26-151)||(26603622-26603746)
chr6 (16-154)||(31131280-31131417)
chr6 (16-111)||(15641761-15641855)
chr6 (66-154)||(2298290-2298378)
chr6 (19-154)||(5671670-5671804)
chr6 (19-154)||(24878410-24878544)
chr6 (66-120)||(18751341-18751395)
[»] scaffold0015 (2 HSPs)
scaffold0015 (24-159)||(174033-174168)
scaffold0015 (24-159)||(185191-185326)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (16-154)||(354370-354508)
[»] scaffold1494 (1 HSPs)
scaffold1494 (16-159)||(954-1096)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (16-159)||(117261-117404)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (16-154)||(17103-17241)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (68-154)||(79922-80008)
[»] scaffold0744 (1 HSPs)
scaffold0744 (30-154)||(1851-1974)
[»] scaffold0458 (1 HSPs)
scaffold0458 (26-154)||(10197-10324)
[»] scaffold0871 (1 HSPs)
scaffold0871 (77-160)||(4325-4408)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 16 - 301
Target Start/End: Original strand, 42533576 - 42533854
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42533576 cataaaatggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 42533675  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagcaagaatttgtgttgctgttgaaaaccattgcggaagatgcgaattcg 215  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  42533676 cctaagttagcacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagcatcaagcaagaatctgtgttgctgttgaaaaccattgaggaagatgtgaattcg 42533775  T
Q  216 tgtgttgtcatatttcttagcatattccatttgccgttgatttggtccggacctggcaaggtgagctagtcgcctcaaactattga 301  Q
    ||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42533776 tgtg-------atttcttagcatattccatttgccgttgatttggtccggacctggtaaggtgagctagtcgcctcaaactattga 42533854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 44432656 - 44432794
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44432656 cataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 44432755  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44432756 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 44432794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 5274266 - 5274409
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5274266 cataaattgcgtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 5274365  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5274366 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 5274409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 22047278 - 22047140
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22047278 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttg 22047179  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22047178 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 22047140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 4839767 - 4839905
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  4839767 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttcctcagataacttgcaaaacaaatcactaattcg 4839866  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4839867 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 4839905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 46692769 - 46692911
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  46692769 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatg 46692868  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||  ||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  46692869 cctagattaacacataaaatatattac-tttgagcacttatcaa 46692911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 55326304 - 55326162
Alignment:
Q  17 ataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgc 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |    
T  55326304 ataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcgtaaatggtacaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaacttc 55326205  T
Q  117 ctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||  |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55326204 ctagattaatacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 55326162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 34 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 6639481 - 6639355
Alignment:
Q  34 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 133  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||| ||    
T  6639481 aggcatgtaaagcataaatggtaaaattacaacaagttggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaccaaaatgcctaaattaacacatgaa 6639382  T
Q  134 atatgttacttttgagcacttttcaag 160  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||    
T  6639381 atatattactcttgagcacttatcaag 6639355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Original strand, 19248428 - 19248556
Alignment:
Q  30 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcaca 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||  ||| ||||    
T  19248428 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagattttccttagataacttgcaaaacaagccactaaagtgcctagattaacaca 19248526  T
Q  130 taaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  19248527 taaaatgtgttgcttttgagcacttatcaa 19248556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 26069195 - 26069069
Alignment:
Q  32 tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaat-ggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacat 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  || | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||    
T  26069195 tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaataacac--aattaggtagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacat 26069098  T
Q  131 aaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26069097 aaaatatgttacttttgagcacttatcaa 26069069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 8894360 - 8894230
Alignment:
Q  23 tgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagt 122  Q
    |||||| ||| |||||  |||||||||||||| | || |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  8894360 tgggtacaataaggcacataaagcataaatggcataattaca-tcaaattgtagctttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaat 8894262  T
Q  123 tagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    || ||||| |||||| | | ||||||||||||    
T  8894261 taacacatgaaatatatcagttttgagcactt 8894230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 42 - 154
Target Start/End: Original strand, 35417446 - 35417557
Alignment:
Q  42 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 141  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||| ||| ||  ||    
T  35417446 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataatttgcaaaacaagtcactaaaatgccttatttaacacatgaaagatagta 35417544  T
Q  142 cttttgagcactt 154  Q
    |||||||||||||    
T  35417545 cttttgagcactt 35417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 42 - 154
Target Start/End: Original strand, 40996292 - 40996404
Alignment:
Q  42 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttg-caaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 140  Q
    |||||||||||||| ||| |||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||  ||| ||||| ||| ||  |    
T  40996292 aaagcataaatggtcaaattacaat-aaatgattgcttttccttagataacttgacaaaacaagtcactaaaatacctattttaacacatgaaagataat 40996390  T
Q  141 acttttgagcactt 154  Q
    ||||||||||||||    
T  40996391 acttttgagcactt 40996404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 111
Target Start/End: Original strand, 30219079 - 30219155
Alignment:
Q  34 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaa 111  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||| || | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30219079 aggcatgtaaagcataaattgtgaaattacaa-caattgattgtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaa 30219155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 24835290 - 24835147
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24835290 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 24835191  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24835190 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 24835147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 11723906 - 11724049
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11723906 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 11724005  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11724006 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11724049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 30607811 - 30607954
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30607811 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 30607910  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30607911 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 30607954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 14344023 - 14343885
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14344023 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 14343924  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14343923 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 14343885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 33434138 - 33434000
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33434138 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 33434039  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  33434038 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcactt 33434000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 7314516 - 7314378
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7314516 cataaatttggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 7314417  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7314416 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 7314378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 9403851 - 9403713
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9403851 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatagtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 9403752  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9403751 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 9403713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 34455725 - 34455587
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34455725 cataaattgggtagaatcgggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 34455626  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34455625 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 34455587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 24 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 11766279 - 11766144
Alignment:
Q  24 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 123  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11766279 gggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttgcctaagtt 11766180  T
Q  124 agcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11766179 aacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11766144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 6269447 - 6269309
Alignment:
Q  17 ataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaa-tacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6269447 ataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattg 6269348  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6269347 cctaggttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 6269309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 34870300 - 34870437
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  34870300 cataaattgggcaaaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagtttttccttagataacttgcaaaacaagccactaaaatg 34870398  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34870399 cctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 34870437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 37 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 30422299 - 30422188
Alignment:
Q  37 catgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaata 136  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||    
T  30422299 catgtaaagcataaatggcaaaattacgat-aaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaata 30422201  T
Q  137 tgttacttttgag 149  Q
    | |||||||||||    
T  30422200 tattacttttgag 30422188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 120
Target Start/End: Original strand, 42748256 - 42748310
Alignment:
Q  66 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 120  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  42748256 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 42748310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 29223245 - 29223102
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29223245 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 29223146  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29223145 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29223102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 29336544 - 29336401
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29336544 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 29336445  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29336444 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29336401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 8684070 - 8684209
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattt 114  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8684070 cataaattgggtagaatcaggtatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaacggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattt 8684169  T
Q  115 gcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
     ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8684170 tcctaagttaacacatgaaatattttacttttgagcactt 8684209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 32522515 - 32522383
Alignment:
Q  18 taaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcc 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |    
T  32522515 taaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtca---------c 32522425  T
Q  118 taagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32522424 taaattaacacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 32522383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 36668470 - 36668607
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||    
T  36668470 cataaattgggcaaaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagccactaaaatg 36668568  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36668569 cctagattaacacataaaatatgttgcttttgagcactt 36668607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 93 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 29226794 - 29226728
Alignment:
Q  93 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29226794 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29226728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 93 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 29340093 - 29340027
Alignment:
Q  93 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29340093 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29340027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 75 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 31757798 - 31757713
Alignment:
Q  75 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  31757798 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 31757713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 29792636 - 29792577
Alignment:
Q  93 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcac 152  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29792636 ttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcac 29792577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 27257032 - 27256908
Alignment:
Q  34 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 133  Q
    |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  ||    
T  27257032 aggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaa 27256934  T
Q  134 atatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||| | |||||||||||||| ||||    
T  27256933 atatatcacttttgagcacttatcaa 27256908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 40199582 - 40199502
Alignment:
Q  75 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  40199582 agctttgccatagataatcttgcaaaacaaggcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 40199502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 16 - 160
Target Start/End: Original strand, 38122667 - 38122811
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38122667 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 38122766  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 160  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38122767 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 38122811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 16833380 - 16833518
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16833380 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacaatcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 16833479  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16833480 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 16833518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 12168806 - 12168944
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12168806 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttg 12168905  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12168906 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 12168944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 33492826 - 33492963
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33492826 cataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 33492924  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33492925 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 33492963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 151
Target Start/End: Original strand, 13218665 - 13218800
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||     
T  13218665 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaatta 13218764  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagca 151  Q
    ||||  ||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  13218765 cctagattaacacatgaaatatgttagttttgagca 13218800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 41 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 39453462 - 39453350
Alignment:
Q  41 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 140  Q
    |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||| ||||||| |||| ||    
T  39453462 taaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatacctaaattaacacataacatatatt 39453364  T
Q  141 acttttgagcactt 154  Q
    ||||||||||||||    
T  39453363 acttttgagcactt 39453350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 36 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 25242528 - 25242410
Alignment:
Q  36 gcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaat 135  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |  |   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||    
T  25242528 gcatttaaagcataaatggtaaaaaaatgcaacaatagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcattaaaatgcctaaattaacacatagaat 25242429  T
Q  136 atgttacttttgagcactt 154  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  25242428 atgttagttttgagcactt 25242410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 26 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 13829725 - 13829598
Alignment:
Q  26 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 125  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| | || |||||||||||||| |||||||||| |  |||||| |||||  ||| ||| |||     
T  13829725 gtagaatcaggcatgtaaagcacaaatagtaaaagtacaat-aattggtagcttttcctcagataacttgtaggacaagttactaaaatgcataatttaa 13829627  T
Q  126 cacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  13829626 cacatgaaatatattacctttgagcactt 13829598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 42 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 16129115 - 16129004
Alignment:
Q  42 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 141  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  ||| ||||| ||| ||| ||    
T  16129115 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataacttgcaaaacaagtcattaaaatgcctattttaacacatgaaagatggta 16129017  T
Q  142 cttttgagcactt 154  Q
    |||||||||||||    
T  16129016 cttttgagcactt 16129004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 41 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 7062789 - 7062711
Alignment:
Q  41 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 120  Q
    ||||||||||||||||   || || |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  7062789 taaagcataaatggtatttattca-tcaaattgtagtttttctttagataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 7062711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 120
Target Start/End: Original strand, 13249909 - 13249963
Alignment:
Q  66 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 120  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||  |||||||    
T  13249909 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgtaaaacaagtaactaaagtgcctaa 13249963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 154
Target Start/End: Original strand, 432869 - 432945
Alignment:
Q  78 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  432869 ttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaaatatatcacttttgagcactt 432945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 3587931 - 3587788
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3587931 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 3587832  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3587831 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 3587788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 27031417 - 27031555
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27031417 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 27031516  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27031517 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 27031555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 25 - 154
Target Start/End: Original strand, 10407589 - 10407718
Alignment:
Q  25 ggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10407589 ggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 10407688  T
Q  125 gcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10407689 acacatgaaatatgttacttttgagcactt 10407718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 160
Target Start/End: Original strand, 4755488 - 4755632
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4755488 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaggcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 4755587  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 160  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4755588 cctaatttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 4755632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 52045513 - 52045651
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52045513 cataaattggctagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcacaaatttg 52045612  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52045613 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 52045651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 52308623 - 52308761
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52308623 cataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaagcaagtcactaatttg 52308722  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52308723 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 52308761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 16 - 164
Target Start/End: Original strand, 7653851 - 7653998
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7653851 cataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 7653949  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatc 164  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7653950 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaatcatc 7653998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 8615055 - 8614913
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8615055 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttg 8614957  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8614956 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 8614913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 20 - 168
Target Start/End: Original strand, 36470063 - 36470211
Alignment:
Q  20 aaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgccta 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  36470063 aaattggtagaatcaggcatgtaaagcataattggtataaatacactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaaatcactaaattgccta 36470162  T
Q  120 agttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagc 168  Q
      ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  36470163 gattaacacattaaatatggtacttttgagcacttatcaaacatcaagc 36470211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 154
Target Start/End: Original strand, 11263597 - 11263703
Alignment:
Q  49 aaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttac-ttttg 147  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  11263597 aaatggtaaaaatacactcaaatgctagcgttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttactttttg 11263696  T
Q  148 agcactt 154  Q
    |||||||    
T  11263697 agcactt 11263703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 33247424 - 33247302
Alignment:
Q  31 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacat 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||    
T  33247424 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacat 33247326  T
Q  131 aaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  33247325 aaaatatgttacttttgagcactt 33247302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 25804585 - 25804553
Alignment:
Q  75 agcttttccttagataacttgcaaaacaagtca 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25804585 agcttttccatagataacttgcaaaacaagtca 25804553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 27347578 - 27347440
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27347578 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 27347479  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27347478 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 27347440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 27353658 - 27353515
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27353658 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 27353559  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27353558 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 27353515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 28926774 - 28926917
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28926774 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaaaaagtcactaatttg 28926873  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28926874 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28926917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 3298325 - 3298195
Alignment:
Q  24 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 123  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3298325 gggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaataaactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 3298226  T
Q  124 agcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3298225 aacacatgaaatatgttacttttgagcactt 3298195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 22180041 - 22179903
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22180041 cataaattgagtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagattttccttagataacttgcgaaacaagtcactaatttg 22179942  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  22179941 cctaagttaacgcataaaatatgttacttttgagcactt 22179903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 16 - 160
Target Start/End: Original strand, 8743998 - 8744142
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8743998 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaataataatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaataatttg 8744097  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 160  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8744098 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 8744142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 9068797 - 9068935
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9068797 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaagttgcactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaagtcactaatttg 9068896  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9068897 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgggcactt 9068935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 36737491 - 36737633
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||    
T  36737491 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtatagatacaa-caattgatagcctttccttagataacttgcagaacaagtcaccaaaatg 36737589  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||  ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  36737590 cctagattaacacataaaatatggtactttttagcacttatcaa 36737633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 1606726 - 1606596
Alignment:
Q  23 tgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagt 122  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |    
T  1606726 tgggtagaatcagacatgtaaaacataaatggtaaaagtacaa-caattgaaagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctaaat 1606628  T
Q  123 tagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    || ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1606627 taacacatgaaatatattacttttgagcactt 1606596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 83 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 16957972 - 16957901
Alignment:
Q  83 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16957972 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatatgcctagattaacgcataaaatatgttacttttgagcactt 16957901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 28369642 - 28369584
Alignment:
Q  101 caagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28369642 caagtcactaatttacctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28369584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 75 - 159
Target Start/End: Original strand, 4435537 - 4435621
Alignment:
Q  75 agcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  4435537 agcttttccatagataacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 4435621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 24040117 - 24040006
Alignment:
Q  42 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 141  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||| ||| ||  ||    
T  24040117 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttatataacttacaaaacaagtcactaaaatgcctattttaacacatgaaagataata 24040019  T
Q  142 cttttgagcactt 154  Q
    |||||||||||||    
T  24040018 cttttgagcactt 24040006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 21687462 - 21687382
Alignment:
Q  75 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21687462 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21687382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 21691786 - 21691706
Alignment:
Q  75 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21691786 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21691706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 22817970 - 22817832
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22817970 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactattttg 22817871  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  22817870 cctaagttaacacctgaaatatgttacttttgagcactt 22817832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 16 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 7143189 - 7143044
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7143189 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttt 7143090  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagc 161  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7143089 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagc 7143044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 16 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 23794625 - 23794481
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23794625 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagaataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 23794526  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 160  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23794525 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 23794481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 10346936 - 10347074
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10346936 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 10347035  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  10347036 cctaagttaacacatgaaaaatgttacttttgagcactt 10347074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 24 - 154
Target Start/End: Original strand, 31158914 - 31159044
Alignment:
Q  24 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31158914 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 31159013  T
Q  124 agcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31159014 aacacatgaaatatgttacttttgagcactt 31159044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 2630951 - 2630809
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2630951 cataaattgggtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 2630853  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2630852 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 2630809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 12183397 - 12183259
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  12183397 cataaattgggtagaatcaggcatgtgaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaggtcactaattta 12183298  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12183297 cataagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 12183259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 22322514 - 22322652
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22322514 cataaattgggtagaattaggtatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcgctaatttg 22322613  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22322614 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 22322652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 19472890 - 19473033
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19472890 cataaattgggtagaattaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaaaggtagcttttccttagataacttgcaaaataagtcactaatttg 19472989  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  19472990 cctaaattaacacatgaaatatgttacttttaagcacttatcaa 19473033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 45501261 - 45501400
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac-aagtcactaattt 114  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||    
T  45501261 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataaatttcaaaactaagtcactaaatt 45501360  T
Q  115 gcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45501361 gcctagattagcacatgaaatatgttacttttgagcactt 45501400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 2477212 - 2477074
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||    
T  2477212 cataaattaggtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtaaaaatacactcaattagtagctttttcttagataagttgcaaaacaagtcactaaaatg 2477113  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2477112 cctaggttaacgcataaaatatgttacttttgatcactt 2477074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 2798171 - 2798314
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  2798171 cataaattggatagaatcaggtatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgattgtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaattg 2798270  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  2798271 cctagattaacacataaaatatgttatttttgaacacttatcaa 2798314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 31878153 - 31878015
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  | |||||||||| ||     
T  31878153 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccctagataacttgcaggataagtcactaaatta 31878054  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||  ||| |||||||||||| |||  ||| |||||||    
T  31878053 cctatattaacacataaaatatattaactttaagcactt 31878015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 74 - 154
Target Start/End: Original strand, 31001376 - 31001456
Alignment:
Q  74 tagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31001376 tagctttttcttagataacttggagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 31001456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 73 - 145
Target Start/End: Original strand, 8139848 - 8139920
Alignment:
Q  73 gtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttt 145  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| |||||||    
T  8139848 gtagcttttccttagataacctgcaaaataagtcactaaagtgcctaaaataacacatgaaatatattacttt 8139920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 76 - 154
Target Start/End: Original strand, 31665265 - 31665343
Alignment:
Q  76 gcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    ||| ||  ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  31665265 gcttttccttagataacttgcataacaagtcactgtaatgcatattttaacacatgaaatatattacttttgagcactt 31665343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 66 - 159
Target Start/End: Original strand, 24169396 - 24169489
Alignment:
Q  66 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||  |||||||  ||  |||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  24169396 tcaaattgtaacttttccttaagtaacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaaataatacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 24169489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 20403168 - 20403074
Alignment:
Q  66 tcaaatggtagcttttcc-ttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  20403168 tcaaattgtagcttttcccttaagtaatttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 20403074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 26511131 - 26511269
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26511131 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 26511230  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26511231 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 26511269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 26516247 - 26516385
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26516247 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 26516346  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26516347 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 26516385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 34006036 - 34005893
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34006036 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcatttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 34005937  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34005936 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 34005893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 3538571 - 3538441
Alignment:
Q  24 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3538571 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttgcctaagtt 3538472  T
Q  124 agcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3538471 aacacatgaaatatgttacttttgagcactt 3538441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 9934615 - 9934753
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9934615 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattta 9934714  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  9934715 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttaagcactt 9934753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 24161855 - 24161997
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattt 114  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  24161855 cataaattggatagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtctctaattt 24161954  T
Q  115 gcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  24161955 gcctaagttaacacataaa--atgttacttttgagcacttatcaa 24161997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 26 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 26603746 - 26603622
Alignment:
Q  26 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 125  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||     
T  26603746 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtacaa-caattggtacattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaa 26603648  T
Q  126 cacataaaatatgttacttttgagca 151  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||    
T  26603647 cacatgaaatatatcacttttgagca 26603622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 31131417 - 31131280
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||| ||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  31131417 cataaattgggcagaattagacacataaagcataaatggtataaatacaa-caattgatagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatg 31131319  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31131318 cctagattaacacataaaatatgttacttttaagcactt 31131280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 15641855 - 15641761
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaa 111  Q
    ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15641855 cataaaagggttggaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtacaa-caattggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcactaa 15641761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 2298378 - 2298290
Alignment:
Q  66 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||  || ||||| |||||| | |||||||| |||||    
T  2298378 tcaaattgtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaagtgtctaaaataacacatgaaatatatcacttttgaacactt 2298290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 154
Target Start/End: Original strand, 5671670 - 5671804
Alignment:
Q  19 aaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcct 118  Q
    |||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  |||||    
T  5671670 aaaaagggtagagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcct 5671768  T
Q  119 aagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    || ||| || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  5671769 aaattaacataagaaatatatcacttttgagcactt 5671804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 24878544 - 24878410
Alignment:
Q  19 aaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcct 118  Q
    |||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  |||||    
T  24878544 aaaaagggtagagtaaggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcct 24878446  T
Q  119 aagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||  || || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  24878445 aaactaacataagaaatatatcacttttgagcactt 24878410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 120
Target Start/End: Original strand, 18751341 - 18751395
Alignment:
Q  66 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 120  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  18751341 tcaaattgtagtttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 18751395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 2)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 24 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 174168 - 174033
Alignment:
Q  24 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  174168 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 174069  T
Q  124 agcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  174068 aacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 174033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 24 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 185326 - 185191
Alignment:
Q  24 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  185326 gggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtcattaattttcctaagtt 185227  T
Q  124 agcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  185226 aacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 185191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 354370 - 354508
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  354370 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 354469  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  354470 tctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 354508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1494 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold1494
Description:

Target: scaffold1494; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 1096 - 954
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1096 cataaattgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttg 998  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  997 cctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 159
Target Start/End: Original strand, 117261 - 117404
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  117261 cataaattgggtagaatcagacatgtaaagcataaatggtataaacacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaattg 117360  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 159  Q
    ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  117361 cctagattaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 117404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 154
Target Start/End: Original strand, 17103 - 17241
Alignment:
Q  16 cataaaatgggtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttg 115  Q
    |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  17103 cataaattgggtagaatcaagcacgtaaagcataaatggtacaaatacaatcacttagtggcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaacaag 17202  T
Q  116 cctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17203 cctaggttaacacataaaatatgttacttttgagcactt 17241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 79; Significance: 6e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 68 - 154
Target Start/End: Original strand, 79922 - 80008
Alignment:
Q  68 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  79922 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 80008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0744 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0744
Description:

Target: scaffold0744; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 30 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 1974 - 1851
Alignment:
Q  30 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcaca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||| ||||    
T  1974 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtaactaaaatgcctaaattaacaca 1876  T
Q  130 taaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  1875 taaaatatgttacttttgagcactt 1851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0458
Description:

Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 154
Target Start/End: Original strand, 10197 - 10324
Alignment:
Q  26 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 125  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||     
T  10197 gtagaataaggcacataaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatacctaaattaa 10295  T
Q  126 cacataaaatatgttacttttgagcactt 154  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  10296 cacataacatatattacttttgagcactt 10324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0871 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0871
Description:

Target: scaffold0871; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 77 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4408 - 4325
Alignment:
Q  77 cttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 160  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||  |||||||| || ||||| |||| | | |||||||||||||| |||||    
T  4408 cttttccatagataacttgtaaaatcagtcactaaaatgcctaagctaacacatgaaatctatcacttttgagcacttatcaag 4325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University