View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7708_low_1 (Length: 1693)

Name: NF7708_low_1
Description: NF7708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7708_low_1
NF7708_low_1
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (437-1678)||(4189216-4190470)
chr7 (1-430)||(4190524-4190952)
chr7 (780-1678)||(4192356-4193234)
chr7 (780-1678)||(4233854-4234743)
chr7 (782-1504)||(4251038-4251754)
chr7 (776-1222)||(4246879-4247325)
chr7 (780-1327)||(4210535-4211079)
chr7 (1330-1676)||(4196110-4196453)
chr7 (1555-1672)||(4246456-4246570)
chr7 (1555-1678)||(4250885-4251005)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1086; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1086; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 437 - 1678
Target Start/End: Complemental strand, 4190470 - 4189216
Alignment:
Q  437 aatgatagagtcaagtcccttttnnnnnnnntgattgagtcaattcaaaaacaaagcaaacatattctaaaaattttgggactctgaagtgacgaataat 536  Q
    |||||||||||||||||||||||        ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4190470 aatgatagagtcaagtcccttttaaaaaaaatgat--agtcaattcaaaaacaaagcaaacatattttaaaaattttgggactctgaagtgacgaataat 4190373  T
Q  537 tttaagaagttcgaatcatgatcttgatgtcatgttaacaaaatagagaatcatnnnnnnngaaaataacaaactaagcaacatatatttaaataatatc 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  4190372 tttaagaagttcgaatcatgatcttgatgtcatgttaacaaaatagagaatcatagaaaaagaaaataacaaacgaggcaacatagatttaaataatatc 4190273  T
Q  637 aaaagcataacttattaaaattaggtttacaagtgaatattatataataaaatctaaaaggactcaattcacttaaaccctaaaa--------------g 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||              |    
T  4190272 aaaagcataacttattaaaattaggtttacaagtgaatattatataataaaatctaaaaggactcgattcacttaaaccctaaaaagatccaacaacatg 4190173  T
Q  723 atccc-acatcttattatctaacacattgcacttgcatcccaaaatcaattggagcatagtccttcaagaaacaaattgctaaagagatccattacatgc 821  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4190172 agcccgacatcttattatctaacacattgcacttgcatcccacaatcaattggagcatagtccttcaagaaacaaattgctaaagagatccattacatgc 4190073  T
Q  822 ttattaagaacaagaccaatttcaaccccaccattgccatctttgctttctgcgaaaccaatggttaaacctctatccaccgacactatctccaccttct 921  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4190072 ttattaagaacaagaccaatttcaaccccaccattgccatctttgctttctgcgaaaccaatggttaaacctctatcaaccgacactatctccaccttct 4189973  T
Q  922 ttggccttccccaaccaaaatcagtctcataaacaccaaatctattagaccccgacactccaaacacaccaaatccttcatttatcaaataattatactt 1021  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4189972 ttggccttccccaaccaaaatcagtctcataaacaccaaatctattagaccccgacactccaaacacaccaaatccttcatttatcaaataattatactt 4189873  T
Q  1022 atcatacccatcattaatagccccttcaagaacaccgttctcatttatcatctttattttctcgtaaatacacttagcaactaagaaaacaccgtcttct 1121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4189872 atcatacccatcattaatagccccttcaagaacaccgttctcatttatcatctttattttctcgtaaatacacttagcaactaagaaaacaccgtctttt 4189773  T
Q  1122 ttaatgaaatccaacggttgtgtattgatgaggttcccccaaacacagtttccaaaatagttacttggtattggtggttctaaccttgctctgcaatcta 1221  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4189772 ttaatgaaatccaacggttgtgtactgatgaagttcccccaaacacagtttccaaaatagttacttggtattggtggttctaaccttgctctgcaatcta 4189673  T
Q  1222 cggtgaaagcaaaagaaaacttttctttctccatatcagctcggtgaatcgcttttgcataacaaacgagtgaataggcacaagtgagaacaaaagatga 1321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4189672 cggtgaaagcaaaagaaaacttttctttctccatatctgctcggtgaatcgcttttgcataacaaacgagtgaataagcacaagtgagaacaaaagatga 4189573  T
Q  1322 taaagtttgtggctttgaatatgattcatttgtatcataaaattcccattttgataacaccatttgctttatctcgttcaaatcttcacgcgtgagattg 1421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4189572 taaagtttgtggctttgaatatgattcatttgtatcataaaattcccattttgataacaccatttgctttatcttgttcaaatcttcacgcgtgagattg 4189473  T
Q  1422 aatgtggcacgaacggagtcttcaagttttggttcaaagtgtaaaatatttaagctacgttcgtttcctttttcgcttgggaaaatcgtggatatgatct 1521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4189472 aatgtggcacgaacggagtcttcaagttttggttcaaagtgtaaaatatttaagctatgttcgtttcctttttcgcttgggaaaatcgtggatatgatct 4189373  T
Q  1522 cggtccagctatttgtgaatgtaacaccaagctcattcgggtctttgatgacttccctatcaaataaaggttctaactcaggtaacaaagttggtgattc 1621  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4189372 cggtccagctatttgtgaatgtaacaccaagctcattcgggtctttgatgacttccctatcaaataaaggttctaactcaggtaacaaagttggtgattc 4189273  T
Q  1622 ttctttggtttcaattattttgtggcatagataagcccaagctttcatgaacatggt 1678  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4189272 ttctttggtttcaattattttgtggcatagataagcccaagctttcatgaacatggt 4189216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 4190952 - 4190524
Alignment:
Q  1 tcacgtggaaaatatgaggctttagcttgttagtattgagctcacattatgagtcccatattctaagctaggttggtttttgagtaaaccatgttatata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4190952 tcacgtggaaaatatgaggctttagcttgttagtattgagctcacattatgagtcccatattctaagctaggttggtttttgaataaaccatgttatata 4190853  T
Q  101 tgggcaccatatttaattattgtaatatacataaagtttggcaccatatttaaaactacaaatgtaaaggtatagggtaaaatattcttactagagtcct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4190852 tgggcaccatatttaattattgtaatatacataaagtttggcaccatatttaaaactacaaatgtaaaggtatagggtaaaatattcttactagagtcct 4190753  T
Q  201 tctaattatactacatattcgcatgtaatctttgattcaagtttcaacccatgaacatatttcatcataaaatatatctttgtttttgtagcaattattt 300  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  4190752 tctaattatataacatattcgcatgtaatctttgattcaagtttcaacccatgaacatatttcatcataaaatagatctttgcttttgtagcaattattt 4190653  T
Q  301 caacagttggactatgttggattttcgaatatggccaatcaagcaacaaattttcaacgatcggcatcaattagttaaatttccaaaggattcaattcta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4190652 caacagttggactatgttggattttcgaatatggccaatcaagcaacaaattttcaacgat-ggcatcaattagttaaatttccaaaggattcaattcca 4190554  T
Q  401 attgttctaagtaacaaccttcaaccggaa 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4190553 attgttctaagtaacaaccttcaaccggaa 4190524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 780 - 1678
Target Start/End: Complemental strand, 4193234 - 4192356
Alignment:
Q  780 agtccttcaagaaacaaattgctaaagagatccattacatgcttattaagaacaagaccaatttcaaccccaccattgccatctttgctttctgcgaaac 879  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  4193234 agtccttcaaaaaagaaactgctaaagagatccattacaagcttattaagaacaagctcaacttcaaccccaccattgccatctttgctctctgccaaac 4193135  T
Q  880 caatggttaaacctctatccaccgacactatctccaccttctttggccttccccaaccaaaatcagtctcataaacaccaaatctattagaccccgacac 979  Q
    |||||  ||||||||||||||| || ||| || ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||   ||    
T  4193134 caatgtataaacctctatccactgatactgtcaccaccttttctggctttccccaaccaaaatcagtctcataaacaccaaatttgttagaacccccaac 4193035  T
Q  980 tccaaacacaccaaatccttcatttatcaaataattatacttatcatacccatcattaatagccccttcaagaacaccgttctcatttatcatctttatt 1079  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||  || |||||||||||||||  |||| || |||||| |  ||||||||||||||||||    
T  4193034 tccaaaaacaccaaatccctcatttatcaaagaattatatttgccaaacccatcattaatagatccttgaaaaacaccatgatcatttatcatctttatt 4192935  T
Q  1080 ttctcgtaaatacacttagcaactaagaaaacaccgtcttctttaatgaaatccaacggttgtgtattgatgaggttcccccaaacacagtttccaaaat 1179  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||  ||||| | |||||||  || || | | | |||| |||||  |  |  | |||||| ||||||||||||||||    
T  4192934 ttctcatgaatacacttagcaactaaataaacatcatcttcttccataaagttcgatggttttgtatcaacaaaatgcccccagacacagtttccaaaat 4192835  T
Q  1180 agttacttggtattggtggttctaaccttgctctgcaatctacggtgaaagcaaaagaaaacttttctttctccatatcagctcggtgaatcgcttttgc 1279  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||  ||||||||||||||    
T  4192834 agttatttggtattggtggttctaaccttgatctgcaatctatggggaaagcaaaagaaaacttatctttctccttagcagctccatgaatcgcttttgc 4192735  T
Q  1280 ataacaaacgagtgaataggcacaagtgagaacaaaagatgataaagtttgtggctttgaatatgattcatttgtatcataaaattcccattttgataac 1379  Q
      ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||||| |||||  || |||| |||||||| |     
T  4192734 caaacaaacaagcgaatatgcacaagtgagaacaaaagctgataaagattgtggctttaaatttgattcatttttatcaacaacttccaattttgatgat 4192635  T
Q  1380 accatttgctttatctcgttcaaatcttcacgcgtgagattgaatgtggcacgaacggagtcttcaagttttggttcaaagtgtaaaatatttaagctac 1479  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4192634 accatttgctttatcttgatcaaatcttcaagcgtgagattgaacgtggcacgaactgagtctttgagttttggttcaaagtgtaaaatatttaagcta- 4192536  T
Q  1480 gttcgtttcctttttcgcttgggaaaatcgtggatatgatctcggtccagctatttgtgaatgtaacaccaagctcattcgggtctttgatgacttccct 1579  Q
                      |||||  |||| |||||||||||||  | || |||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |    
T  4192535 -----------------tttggg--aatcatggatatgatctcattgcaactatttttgaatgtaacaccaagttcatttgggtctttgatgatttccat 4192455  T
Q  1580 atcaaataaaggttctaactcaggtaacaaagttggtgattcttctttggtttcaattattttgtggcatagataagcccaagctttcatgaacatggt 1678  Q
     |  |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  4192454 gttgaatagaggttctaacttagctaacaaagttggtgattcttcattggtttcaattgttttgttgcataaataagcccaagctttgatgaacatggt 4192356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 780 - 1678
Target Start/End: Complemental strand, 4234743 - 4233854
Alignment:
Q  780 agtccttcaagaaacaaattgctaaagagatccattacatgcttattaagaacaagaccaatttcaaccccaccattgccatctttgctttctgcgaaac 879  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||  ||||| || ||||||||||| || || |||     
T  4234743 agtccttcaacaaacaaagttctaaagagattcattacatggttattaagaacaagcccaacttcaattccacctttaccatctttgctctccgccaaag 4234644  T
Q  880 caatggttaaacctctatccaccgacactatctccaccttctttggccttccccaaccaaaatcagtctcataaacaccaaatctattagaccccgacac 979  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  ||    
T  4234643 caatggttaaacctctatccgcagaaactatctccacctttgttggtcttccccaaccaaaatcaatctcataaacaccaaatctattagacccggcaac 4234544  T
Q  980 tccaaacacaccaaatccttcatttatcaaataattatacttatcatacccatcattaatagccccttcaagaacaccgttctcatttatcatctttatt 1079  Q
    ||| | ||   ||| |  |||| ||   ||| ||    | |||||| ||  |||| |||   | || ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  4234543 tcccatcatttcaagtttttcacttgctaaagaagcgaatttatcaaacatatcactaa---ctccatcaagaacacccttttcatttatcatctttatt 4234447  T
Q  1080 ttctcgtaaatacacttagcaactaagaaaacaccgtcttctttaatgaaatccaacggttgtgtattgatgaggttcccccaaacacagtttccaaaat 1179  Q
    || || | |||||||||||||||||| || || || ||||| || ||| ||||||| |||| |||||  |  |  |  ||||| || |||||||||||||    
T  4234446 ttttcatgaatacacttagcaactaaaaacaccccatcttcgtttatgtaatccaatggttttgtatcaactaaatgtccccatacgcagtttccaaaat 4234347  T
Q  1180 agttacttggtattggtggttctaaccttgctctgcaatctacggtgaaagcaaaagaaaacttttctttctccatatcagctcggtgaatcgcttttgc 1279  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||| ||||||||| | ||| |||  ||||| ||||||||    
T  4234346 agttatttggtagtggtggctctaaccttgctctgcaatctacggtgaatgcaaacccaaacttctctttctccttttcaactccatgaattgcttttgc 4234247  T
Q  1280 ataacaaacgagtgaataggcacaagtgagaacaaaagatgataaagtttgtggctttgaatatgattcatttgtatcataaaattcccattttgataac 1379  Q
      ||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  | ||||||| || ||  | |||||||||||||||||     
T  4234246 caaacaaacaagcgagtaagcacaagtgagaacaaaagatgataaagttggtggcttagaagttaattcattcgtgtccaataattcccattttgataat 4234147  T
Q  1380 accatttgctttatctcgttcaaatcttcacgcgtgagattgaatgtggcacgaacggagtcttcaagttttggttcaaagtgtaaaatatttaagctac 1479  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||  ||||||| ||||||||||||||  ||||||| || ||||| |    
T  4234146 accatttgctttatcttattcaaatcttcacgtgtgagcttgaatgtagaacgaacatagtcttcgagttttggttcaaaaggtaaaatcttcaagcttc 4234047  T
Q  1480 gttcgtttcctttttcgcttgggaaaatcgtggatatgatctcggtccagctatttgtgaatgtaacaccaagctcattcgggtctttgatgacttccct 1579  Q
     ||| |||||||||||  ||||||| ||| ||| ||| ||||| |||||| | ||||||||  || |||||||  ||||   ||||||||||| ||||||    
T  4234046 tttcatttcctttttcatttgggaacatcatggttattatctccgtccagttttttgtgaacttatcaccaagtccatt---gtctttgatgatttccct 4233950  T
Q  1580 atcaaataaaggttctaactcaggtaacaaagttggtgattcttctttggtttcaattattttgtggcatagataagcccaagctttcatgaacatggt 1678  Q
     || |||| ||||| |||||| || |||||||||||   |||||||   ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  4233949 gtctaatagaggttttaactctggcaacaaagttggcagttcttct---gtttcaatagttttgttgcatagatatgcccaagctttgatgaacatggt 4233854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 782 - 1504
Target Start/End: Complemental strand, 4251754 - 4251038
Alignment:
Q  782 tccttcaagaaacaaattgctaaagagatccattacatgcttattaagaacaagaccaatttcaaccccaccattgccatctttgctttctgcgaaacca 881  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||| |||| ||| | ||| || || | ||||||||| ||||| ||||||    
T  4251754 tccttcaagaaacaaagtgctaaagatatccattacaggtttattaagagcaagcccaacttctatccctcctttactatctttgctctctgccaaacca 4251655  T
Q  882 atggttaaacctctatccaccgacactatctccaccttctttggccttccccaaccaaaatcagtctcataaacaccaaatctattagaccccgacactc 981  Q
    || |||| ||||||||| |  ||||| ||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4251654 attgttacacctctatctattgacacgatctcaaccttttccggccttccccaaccaaaatcaatctcataaacaccaaatctatgagaccccgccactc 4251555  T
Q  982 caaacacaccaaatccttcatttatcaaataattatacttatcatacccatcattaatagccccttcaagaacaccgttctcatttatcatctttatttt 1081  Q
    | |  |   ||||||||||| |    ||| || ||   |||| | ||  |||||||||  |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||    
T  4251554 ccataaattcaaatccttcactcgataaagaaataattttattaaacatatcattaatctccccttcaagaaaacccttttcatttatcatctttatttt 4251455  T
Q  1082 ctcgtaaatacacttagcaactaagaaaacaccgtcttctttaatgaaatccaacggttgtgtattgatgaggttcccccaaacacagtttccaaaatag 1181  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||  || |  | | |||||||||||||||||| ||||    
T  4251454 ctcataaatactcttagcaactaaaaaaacaccatcttcttttataaaatccaacggctgtgtatcaataaaatacgcccaaacacagtttccaagatag 4251355  T
Q  1182 ttacttggtattggtggttctaaccttgctctgcaatctacggtgaaagcaaaagaaaacttttctttctccatatcagctcggtgaatcgcttttgcat 1281  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||| ||  ||| ||| |  |||||||||||||||     
T  4251354 ttatttggtattgttggttctaaccttgctctgcaatctacgctgaacacaaaagaaaacttctctttgtcattatgagccccatgaatcgcttttgcaa 4251255  T
Q  1282 aacaaacgagtgaataggcacaagtgagaacaaaagatgataaagtttgtggctttgaatatgattcatttgtatcataaaattcccattttgataacac 1381  Q
     ||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||      |||||| || |||||  | | ||||||| | ||||||||    
T  4251254 cacaaacgagcgaataagcacaagtgatgacaaatgatgatagagtttgtggctt------tgattctttcgtatcgaatatttcccatgtagataacac 4251161  T
Q  1382 catttgctttatctcgttcaaatcttcacgcgtgagattgaatgtggcacgaacggagtcttcaagttttggttcaaagtgtaaaatatttaagctacgt 1481  Q
      ||||||||||||  | |||||||||| |  |||| || || || |||||||| |||||||| |||| |||||||||  | ||||| |||||||| |      
T  4251160 tctttgctttatcttatccaaatcttcatgtttgagcttaaaagtagcacgaacagagtcttcgagttgtggttcaaatgggaaaatctttaagcttcta 4251061  T
Q  1482 tcgtttcctttttcgcttgggaa 1504  Q
    || ||||||||||| ||||||||    
T  4251060 tcatttcctttttcacttgggaa 4251038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 776 - 1222
Target Start/End: Complemental strand, 4247325 - 4246879
Alignment:
Q  776 gcatagtccttcaagaaacaaattgctaaagagatccattacatgcttattaagaacaagaccaatttcaaccccaccattgccatctttgctttctgcg 875  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||| | ||||||||||| |||||     
T  4247325 gcataatccttcatgaaacaaagtgctaaagaaattcattacatgtttattaagaacaagcccaacttcaactccaccacttccatctttgctctctgcc 4247226  T
Q  876 aaaccaatggttaaacctctatccaccgacactatctccaccttctttggccttccccaaccaaaatcagtctcataaacaccaaatctattagaccccg 975  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||  ||||  |||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||| |    
T  4247225 aaaccaatggctaaacctctatcaatcgacactatttccaccttagttggttttccccaaccaagatcaatgtcatacacaccaaatctattagaccctg 4247126  T
Q  976 acactccaaacacaccaaatccttcatttatcaaataattatacttatcatacccatcattaatagccccttcaagaacaccgttctcatttatcatctt 1075  Q
      |||||||| |   ||||||||||  || ||||| || |||  |||| |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| || ||||||||||||||    
T  4247125 caactccaaatatttcaaatccttctcttgtcaaacaactatgtttattatacacatcatcaatagcctcttcaagaaaacccttttcatttatcatctt 4247026  T
Q  1076 tattttctcgtaaatacacttagcaactaagaaaacaccgtcttctttaatgaaatccaacggttgtgtattgatgaggttcccccaaacacagtttcca 1175  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||  ||||||| |||||||| || ||||| |||||||||| ||  ||||  | |||||||| ||||||||||    
T  4247025 tattttctcataaatacttttagcaactaaagaaacaccatcttcttttataaaatctaacggttgtgcatcaatgaaatgcccccaaatacagtttcca 4246926  T
Q  1176 aaatagttacttggtattggtggttctaaccttgctctgcaatctac 1222  Q
    | ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||  || ||||||||    
T  4246925 atatagttatttgctattggtggttttaaccttgtcctacaatctac 4246879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 780 - 1327
Target Start/End: Complemental strand, 4211079 - 4210535
Alignment:
Q  780 agtccttcaagaaacaaattgctaaagagatccattacatgcttattaagaacaagaccaatttcaaccccaccattgccatctttgctttctgcgaaac 879  Q
    |||||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||  ||||| || ||||||||||| ||||| |  |    
T  4211079 agtccttcaagaaacaacgttttaaagagatccattacatgtttatttagaacaagcccaacttcaattccacctttaccatctttgctctctgccaggc 4210980  T
Q  880 caatggttaaacctctatccaccgacactatctccaccttctttggccttccccaaccaaaatcagtctcataaacaccaaatctattagaccccgacac 979  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  4210979 caattgttaaacctctatctaccgaaactatctccacctttgttggtcttccccacccaaaatcaatctcataaacaccaaatctattagatcccgccac 4210880  T
Q  980 tccaaacacaccaaatccttcatttatcaaataattatacttatcatacccatcattaatagccccttcaagaacaccgttctcatttatcatctttatt 1079  Q
    ||| |  |   ||||||||||| ||  |||||||||  | |||  | |||||||   | |||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  4210879 tcctattatttcaaatccttcagttgacaaataattgaatttactaaacccatc---actagctccttcaagaccacccttttcatttatcatctttatt 4210783  T
Q  1080 ttctcgtaaatacacttagcaactaagaaaacaccgtcttctttaatgaaatccaacggttgtgtattgatgaggttcccccaaacacagtttccaaaat 1179  Q
    ||||| | |||||||||||||||||| || || || ||||| || ||| ||||| | |||| |||||  |  |  |  ||||| ||||| ||||||||||    
T  4210782 ttctcatgaatacacttagcaactaaaaacaccccatcttcatttatgtaatccgatggttttgtatcaaccaaatgtccccatacacaatttccaaaat 4210683  T
Q  1180 agttacttggtattggtggttctaaccttgctctgcaatctacggtgaaagcaaaagaaaacttttctttctccatatcagctcggtgaatcgcttttgc 1279  Q
    ||||| |||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||| ||||||||||| | |  ||  ||||| ||||||||    
T  4210682 agttatttggtagtgatggctctaaccttgctctgcaatctacggtgaatccaaatgcaaacttctctttctccattttaattccatgaattgcttttgc 4210583  T
Q  1280 ataacaaacgagtgaataggcacaagtgagaacaaaagatgataaagt 1327  Q
      ||||||| || | ||| | ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  4210582 caaacaaacaagggcataagaacatgtgagaacaaacgatgataaagt 4210535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 1330 - 1676
Target Start/End: Complemental strand, 4196453 - 4196110
Alignment:
Q  1330 gtggctttgaatatgattcatttgtatcataaaattcccattttgataacaccatttgctttatctcgttcaaatcttcacgcgtgagattgaatgtggc 1429  Q
    ||||||| |||| | |||||||||| ||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| || ||    
T  4196453 gtggcttagaatttaattcatttgtgtccaataattcccattttgttaacaccatttgctttatcttgttcaaatcttcacgtgtgagcttgaacgtagc 4196354  T
Q  1430 acgaacggagtcttcaagttttggttcaaagtgtaaaatatttaagctacgttcgtttcctttttcgcttgggaaaatcgtggatatgatctcggtccag 1529  Q
    |||||  |||||||| || |||||||||||   |||||| || ||||  | |||||||||||||||  ||||||| ||  ||| ||||| |||  ||||     
T  4196353 acgaagagagtcttcgaggtttggttcaaaagctaaaatcttcaagcatctttcgtttcctttttcatttgggaacatgttggttatgaactctctccaa 4196254  T
Q  1530 ctatttgtgaatgtaacaccaagctcattcgggtctttgatgacttccctatcaaataaaggttctaactcaggtaacaaagttggtgattcttctttgg 1629  Q
     ||||||||||  || ||||||| ||||   | ||||| | ||  | |||||||||||| |||| ||| ||  | ||||||||||||| ||||||   ||    
T  4196253 ttatttgtgaacttatcaccaagttcatctagatctttcacgatattcctatcaaataatggttgtaattctcgcaacaaagttggtggttcttc---gg 4196157  T
Q  1630 tttcaattattttgtggcatagataagcccaagctttcatgaacatg 1676  Q
    |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4196156 tttcaatggttttgttgcatagataagcccaagctttgatgaacatg 4196110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 1555 - 1672
Target Start/End: Complemental strand, 4246570 - 4246456
Alignment:
Q  1555 cattcgggtctttgatgacttccctatcaaataaaggttctaactcaggtaacaaagttggtgattcttctttggtttcaattattttgtggcatagata 1654  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| |  |||| ||||| ||||||  | |||| |||||||||||||||   |||||||| | |||||| |||||||||    
T  4246570 catttgggtctttgatgatttccctgttgaatataggttttaactcttgcaacagagttggtgattcttc---ggtttcaaatgttttgttgcatagata 4246474  T
Q  1655 agcccaagctttcatgaa 1672  Q
    |||||||||||| |||||    
T  4246473 agcccaagctttgatgaa 4246456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 1555 - 1678
Target Start/End: Complemental strand, 4251005 - 4250885
Alignment:
Q  1555 cattcgggtctttgatgacttccctatcaaataaaggttctaactcaggtaacaaagttggtgattcttctttggtttcaattattttgtggcatagata 1654  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| |||    |||||||   ||| | |||||||||    
T  4251005 catttgggtctttgatgacttccctattgaatgaaggttcgaactctgacaacaaagttggtgattcatct---ctttcaatagcttttttgcatagata 4250909  T
Q  1655 agcccaagctttcatgaacatggt 1678  Q
    |||||||||||| | |||||||||    
T  4250908 agcccaagctttgacgaacatggt 4250885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University