View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7710_low_13 (Length: 505)

Name: NF7710_low_13
Description: NF7710
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7710_low_13
NF7710_low_13
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (5-448)||(17931630-17932073)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (5-448)||(32832570-32833013)
chr3 (5-448)||(32845851-32846294)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (5-491)||(46188109-46188595)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 17932073 - 17931630
Alignment:
Q  5 attgctgcacctcccatcctaaagatgcagttaagaggcaactttgatttttcattaccaggataccaaccatttgacagaatctctgtgcttagaacaa 104  Q
    ||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17932073 attgctgcactacccattctaaagctacagttaagatgcaactttgatctttctttaccgggataccaaccatttgacaaaatctctgtgcttagaacaa 17931974  T
Q  105 taacattagtgtttttgtgaactcggagaagattatgagccaaatcaatacaaatagcactagcactgcaccccataccagagacattatagcttttaat 204  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17931973 taacattagcgtttttgtgaactcggagaagattatgagctaaatcaatacaaataacactagcactgcaccccataccagagacattatagcttttaat 17931874  T
Q  205 gtcacttctcatacaatatttgttaacaacaattgttgttaaagaaggcgagggacaaaagccactgcagtttaagataagtatgtctatatcggaaggt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||    
T  17931873 gtcacttctcatacaatatttgttaacaacaatagatgttaaagaaggcgagggacaaaagccactgcaatttaagataagtatgtctatatcaataggt 17931774  T
Q  305 aaaatattggtttttgcaaaaagatcatgcatgatagggaaaagaaccatgtgagcctctttgatggattcaatattttgagtttttggtggaatgtagt 404  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17931773 aaaatattggtttttacaaaaagatcatccatgatagggaaaagaaccatgtgagcctctttgatggattcaatattttgagtttttggtggaatgtaga 17931674  T
Q  405 gtaaagaaggagggagataagtttcttcactttggcctgaagaa 448  Q
    |||| |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||    
T  17931673 gtaaggaaggagggacacaagtctcttcactttggcctgaagaa 17931630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 448
Target Start/End: Original strand, 32832570 - 32833013
Alignment:
Q  5 attgctgcacctcccatcctaaagatgcagttaagaggcaactttgatttttcattaccaggataccaaccatttgacagaatctctgtgcttagaacaa 104  Q
    |||||||||| |||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32832570 attgctgcacttcccattctaaaggtacagttaagatgcaactttgatctttctttaccgggataccaaccatttgacagaatctctgtgcttagaacaa 32832669  T
Q  105 taacattagtgtttttgtgaactcggagaagattatgagccaaatcaatacaaatagcactagcactgcaccccataccagagacattatagcttttaat 204  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32832670 taacattagcatttttgtgaactcggagaagattatgagctaaatcaatacaaatagcactagcactgcaccccataccagagacattatagcttttaat 32832769  T
Q  205 gtcacttctcatacaatatttgttaacaacaattgttgttaaagaaggcgagggacaaaagccactgcagtttaagataagtatgtctatatcggaaggt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  32832770 gtcacttctcatacaatatttgttaacaacaatagctgttaaagaaggtgagggacaaaagccactgcaatttaagataagcatgtctatatcgataggt 32832869  T
Q  305 aaaatattggtttttgcaaaaagatcatgcatgatagggaaaagaaccatgtgagcctctttgatggattcaatattttgagtttttggtggaatgtagt 404  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  32832870 aaaatattggtttttgcgaaaagatcatccatgatagggaaaagaaccatgtgagcctctttgatggattcaatagttttggtttttggtggaatgtagt 32832969  T
Q  405 gtaaagaaggagggagataagtttcttcactttggcctgaagaa 448  Q
    | || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  32832970 gcaaggaaggagggagacaagtatcttcactttggcctgaagaa 32833013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 448
Target Start/End: Original strand, 32845851 - 32846294
Alignment:
Q  5 attgctgcacctcccatcctaaagatgcagttaagaggcaactttgatttttcattaccaggataccaaccatttgacagaatctctgtgcttagaacaa 104  Q
    |||||||||| |||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32845851 attgctgcacttcccattctaaaggtacagttaagatgcaactttgatctttctttaccgggataccaaccatttgacagaatctctgtgcttagaacaa 32845950  T
Q  105 taacattagtgtttttgtgaactcggagaagattatgagccaaatcaatacaaatagcactagcactgcaccccataccagagacattatagcttttaat 204  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32845951 taacattagcatttttgtgaactcggagaagattatgagctaaatcaatacaaatagcactagcactgcaccccataccagagacattatagcttttaat 32846050  T
Q  205 gtcacttctcatacaatatttgttaacaacaattgttgttaaagaaggcgagggacaaaagccactgcagtttaagataagtatgtctatatcggaaggt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  32846051 gtcacttctcatacaatatttgttaacaacaatagctgttaaagaaggtgagggacaaaagccactgcaatttaagataagcatgtctatatcgataggt 32846150  T
Q  305 aaaatattggtttttgcaaaaagatcatgcatgatagggaaaagaaccatgtgagcctctttgatggattcaatattttgagtttttggtggaatgtagt 404  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||    
T  32846151 aaaatattggtttttgcgaaaagatcatccatgatagggaaaagaaccatgtgagcctctttgatggattcaatagttttggtttttggtggaatgtagt 32846250  T
Q  405 gtaaagaaggagggagataagtttcttcactttggcctgaagaa 448  Q
    | || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  32846251 gcaaggaaggagggagacaagtatcttcactttggcctgaagaa 32846294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 5 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 46188595 - 46188109
Alignment:
Q  5 attgctgcacctcccatcctaaagatgcagttaagaggcaactttgatttttcattaccaggataccaaccatttgacagaatctctgtgcttagaacaa 104  Q
    |||||||||| |||||| |||||||  ||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |  |||| ||||||||||||||  ||||    
T  46188595 attgctgcacttcccattctaaagagacagttaataagcaactttgatttttccttacctggataccaaccgtgggacaaaatctctgtgcttaagacaa 46188496  T
Q  105 taacattagtgtttttgtgaactcggagaagattatgagccaaatcaatacaaatagcactagcactgcaccccataccagagacattatagcttttaat 204  Q
    |||||||||  ||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46188495 taacattagattttttatgaactttgagaagattctgagctaaatcaatacaaatagcactagcactacaccccataccagagacattataacttttaat 46188396  T
Q  205 gtcacttctcatacaatatttgttaacaacaattgttgttaaagaaggcgagggacaaaagccactgcagtttaagataagtatgtctatatcggaaggt 304  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||||| |  ||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  46188395 gtcacttctcatagcatatttgttaactacaatggaagttaaagaaggtgaagaacaaaagccactacagtttaagataagtatgtctatatcaaaaggt 46188296  T
Q  305 aaaatattggtttttgcaaaaagatcatgcatgatagggaaaagaaccatgtgagcctctttgatggattcaatattttgagtttttggtggaatgtagt 404  Q
     |||  || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||  ||  || |||||||||||||||||||    
T  46188295 gaaagctttgtttttgcaaaaagatcatcaatgatagggaaaagaagcatgtgaagttctttgatggattcagaatgatgggtttttggtggaatgtagt 46188196  T
Q  405 gtaaagaaggagggagataagtttcttcactttggcctgaagaacgaacgagtttttccatgaaagtcatactttcgttgtcaaaac 491  Q
    | || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||  | |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  46188195 gcaaggaaggagggagacaagtttcttcactttgacctgaagagtgaagtactttttccatgaaagccatgctttcattgtcaaaac 46188109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University