View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7710_low_8 (Length: 570)

Name: NF7710_low_8
Description: NF7710
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7710_low_8
NF7710_low_8
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (10-570)||(39984552-39985112)
chr7 (51-541)||(8018144-8018634)
chr7 (51-538)||(8101614-8102101)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (34-570)||(17706377-17706911)
chr2 (10-391)||(17649198-17649568)
chr2 (408-570)||(17648630-17648792)
chr2 (265-307)||(17722080-17722122)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (52-538)||(23588467-23588953)
chr4 (52-538)||(23597319-23597805)
chr4 (217-502)||(54395536-54395821)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 570
Target Start/End: Original strand, 39984552 - 39985112
Alignment:
Q  10 catcatcatcatctgctgcagcgcccatgtcaggacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatctt 109  Q
    ||||||||||| | |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  39984552 catcatcatcaccgggagcagcacccatgtcaggacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacaccttcaagttccttcatctt 39984651  T
Q  110 gtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagc 209  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||    
T  39984652 gtcctcaaactcatcagcctctgcaagctggttggcatctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcgatcttctttttgtcatccgaatcaagc 39984751  T
Q  210 tttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgttgtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgttcttcatcct 309  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  39984752 tttcctgcaattttttcatccttaatggtgttcctcatgttgtatgcatagttttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgctcttcatctt 39984851  T
Q  310 cggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaatatcttccttagaaagtctacccttgtcattggtgatggtaatcttattcttctgtccggt 409  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| || ||    
T  39984852 ccgacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaatgtcttcctttgaaagtctacccttgtcattggtgatggtgattttgttcttctggccagt 39984951  T
Q  410 agttttgtcttcagcagagacattcaagataccattggcatcaatgtcaaagcacacagtgatctggggaacacccctaggagcaggaggaatgcctgaa 509  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| |||    
T  39984952 tgttttgtcttctgcagagacattcaagataccattggcatcaatgtcaaagcacacagtgatttggggaacacctctgggggcaggaggaatgccggaa 39985051  T
Q  510 agttcaaacttgcccaacaaattgttatctcttgtccttgtcccctctccttcaaagactt 570  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  39985052 agttcaaacttgcccaacaaattgttgtctcttgttcttgtcctctctccttcaaaaactt 39985112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 51 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 8018634 - 8018144
Alignment:
Q  51 ccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatcta 150  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || || | |||||||||||| || ||||||||||| |||||||| | |||||||   || |    
T  8018634 ccaccttgatacatcttggcaatgattgggttgcaaaggctctcaagttccttcatcttatcttcaaactcatcagcctctgccaactggttactgtcca 8018535  T
Q  151 gccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgtt 250  Q
     |||||| || ||||| ||||| |  || ||||||||||| ||||| || |    |||||||    ||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  8018534 accactgaattgcagcgtcaattgcatcatcaatcttctttttgtcctcaggtgaaagctttgaaccaatcttctcgtctttaattgtgttcctcatgtt 8018435  T
Q  251 gtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaata 350  Q
    ||| || || |||||||| |||||||| || || |||||||| || ||||| || || || | |||||| || ||||| || | |||||||||||||||     
T  8018434 gtaagcgtagttttccaaagcattctttgcatcaaccttctttttgtgttcctcgtcttcagccttgtatttttctgcttcctcaaccatcttctcaatt 8018335  T
Q  351 tcttccttagaaagtctacccttgtcattggtgatggtaatcttattcttctgtccggtagttttgtcttcagcagagacattcaagataccattggcat 450  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8018334 tcttccttagacaacctacctttgtcattggtgatggtaatcttgttcttctgcccagttgttttgtcctcagcagagacattcaagataccattggcat 8018235  T
Q  451 caatgtcaaagcacacagtgatctggggaacacccctaggagcaggaggaatgcctgaaagttcaaacttgcccaacaaattgttatctct 541  Q
    ||||||| ||||| || ||||| || |||||||| |  || || ||||||||||| ||||| || || || |||||||| ||||| |||||    
T  8018234 caatgtcgaagcaaactgtgatttgaggaacaccacggggtgctggaggaatgccagaaagctcgaattttcccaacaagttgttgtctct 8018144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 51 - 538
Target Start/End: Original strand, 8101614 - 8102101
Alignment:
Q  51 ccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatcta 150  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||   | || |  |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||| |    
T  8101614 ccaccttggtacatctttgcaatgattgggttacagattgtctcaagctccttcatcttgtcttcaaactcatcggcttcagcaagctggtttgcatcaa 8101713  T
Q  151 gccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgtt 250  Q
    |||| || || ||  ||||||| |  |||||||||| |||||||||  |      |||||||      ||||| || || ||||| ||||| ||||||||    
T  8101714 gccattgaatggctccctcaattgcatcctcaatctgcttcttgtctcctcctgaaagctttgaactgatcttctcgtctttaatggtgtttctcatgtt 8101813  T
Q  251 gtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaata 350  Q
    ||||||||| || ||||| |  ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| ||   |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||     
T  8101814 gtatgcatagttctccaaggagttctttgcctcaaccttcttcttgtgctcctcatcttcactcttgtatttctctgcttcttggaccatcttctcgatt 8101913  T
Q  351 tcttccttagaaagtctacccttgtcattggtgatggtaatcttattcttctgtccggtagttttgtcttcagcagagacattcaagataccattggcat 450  Q
    |||||||| || |  || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8101914 tcttcctttgacaaccttcccttatcgttggtgatggtaatcttgttcttctgcccggttgttttgtcctcagcagagacattcaagataccattggcat 8102013  T
Q  451 caatgtcaaagcacacagtgatctggggaacacccctaggagcaggaggaatgcctgaaagttcaaacttgcccaacaaattgttatc 538  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |  || || |||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  8102014 caatatcaaaacaaacagtgatctgaggaacaccgcggggtgctggaggaattccggaaagctcaaacttacccaacaagttgttatc 8102101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 34 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 17706911 - 17706377
Alignment:
Q  34 ccatgtcaggacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgc 133  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17706911 ccatgccaagaccagcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacaccttctggttccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgc 17706812  T
Q  134 aagctggttagcatctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatcctta 233  Q
    |||||| || || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||   ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17706811 aagctgattggcgtctagccaccggatagtagcctcaatggtgtcctcaattttctt---gtctttggaatcaagctttcctgcaatcttttcatcctta 17706715  T
Q  234 attgtgttcctcatgttgtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctctt 333  Q
    || |||| |||| ||||||||    | |||||||  |||||||||||||| |||| |||   ||| |||| | | || || ||||||||||| ||||||     
T  17706714 atggtgtccctcgtgttgtat----agttttccatagcattcttggcctcaacctcctt---atgctcttaaacttctgagttgtacttctccgcctctc 17706622  T
Q  334 gaaccatcttctcaatatcttccttagaaagtctacccttgtcattggtgatggtaatcttattcttctgtccggtagtttt--------gtcttcagca 425  Q
    |||| |||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||  ||| |  ||||||||         |||||||||    
T  17706621 gaactatcttctcaatgacttcctttgaaagtcttcccttgtcattggtgatggtgattttgatcaactggcaagtagtttttgtcttcactcttcagca 17706522  T
Q  426 gagacattcaagataccattggcatcaatgtcaaagcacacagtgatctggggaacacccctaggagcaggaggaatgcctgaaagttcaaacttgccca 525  Q
     |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||| || ||||    
T  17706521 aagacattcaatataccattaggatcaatgtcaaagcatacaatgatctgtggaacaccccaaggagcaggagggatgccggaaagttgaaattttccca 17706422  T
Q  526 acaaattgttatctcttgtccttgtcccctctccttcaaagactt 570  Q
    |||||||||||||| |  | ||||| |||||||||||||||||||    
T  17706421 acaaattgttatctttaattcttgttccctctccttcaaagactt 17706377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 10 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 17649568 - 17649198
Alignment:
Q  10 catcatcatcatctgctgcagcgcccatgtcaggacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatctt 109  Q
    ||||||||||| |||  || ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |  |  ||||||||||||    
T  17649568 catcatcatcacctggagcggcatccatgtcaagacctgcaccaccttggtacatcttggcaatgatagggttgccgacacctcgcggttccttcatctt 17649469  T
Q  110 gtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagc 209  Q
     ||||||||||||||||||| | |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| | ||||||||||    
T  17649468 atcctcaaactcatctgcctattcaagctggtt-gggtctagccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaa---tcttcttgtctttggaatcaagc 17649373  T
Q  210 tttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgttgtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgttcttcatcct 309  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    ||| |||||||||||||||||| |||  ||   || |||||| |||||||| |    
T  17649372 tttcatgcaatcttttcatcattaatggtgttcctcatgttgt----atagttttccaatgcattcttgtccttaac---ctacttatgctcttcatctt 17649280  T
Q  310 cggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaatatcttccttagaaagtctacccttgtcattggtgatggtaat 391  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17649279 ccgacttgtacttctctgcctctcgaaccatcttctcaatgttttcctttgaaagtctacccttgtcattggtgatggtaat 17649198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 408 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 17648792 - 17648630
Alignment:
Q  408 gtagttttgtcttcagcagagacattcaagataccattggcatcaatgtcaaagcacacagtgatctggggaacacccctaggagcaggaggaatgcctg 507  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  17648792 gtagttttgtcttcagcaaagacatccaatataccattagcatcaatgtcaaagcatacactgatctgtggaacacctctaggagcaggagggatgccgg 17648693  T
Q  508 aaagttcaaacttgcccaacaaattgttatctcttgtccttgtcccctctccttcaaagactt 570  Q
    |||||| ||| || |||||||||||||||||| |  | ||||| |||||||||||||||||||    
T  17648692 aaagttgaaattttcccaacaaattgttatctttaattcttgttccctctccttcaaagactt 17648630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 265 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 17722122 - 17722080
Alignment:
Q  265 ccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgttcttcatc 307  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  17722122 ccaatgcattcttggcctcaacctccttcttatgctcttcatc 17722080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 3e-77; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 52 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 23588953 - 23588467
Alignment:
Q  52 caccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatctag 151  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |  |  ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||  |||| |     
T  23588953 caccttgatacatccttgcaatgatagggttgcaaatgccctccagctccttcatcttgtcctcaaattcatcagcctctccaagttgatttccatccaa 23588854  T
Q  152 ccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgttg 251  Q
    ||| || |||||  ||||||| |  || ||||| |||||||| ||||| | |   | |||    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  23588853 ccattgaatagccccctcaatagcatcttcaattttcttcttatcatcagcagacaacttcgaagcaatcttgtcgtctttgattgtgttcctcatgttg 23588754  T
Q  252 tatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaatat 351  Q
    || ||||| || || | ||||||||||||||| || ||||| || || || || ||||| ||||||||||| || || || || |||||||||||||| |    
T  23588753 taggcatagttctcaagtgcattcttggcctccactttctttttgtgctcctcgtcctcagacttgtacttttcagcttcctgcaccatcttctcaattt 23588654  T
Q  352 cttccttagaaagtctacccttgtcattggtgatggtaatcttattcttctgtccggtagttttgtcttcagcagagacattcaagataccattggcatc 451  Q
    ||||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || || || ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||    
T  23588653 cttccttggagagcctacccttgtcattggtgattgtaatcttgtttttctgccctgttgtcttgtcctctgctgagacattcaaaatgccattggcatc 23588554  T
Q  452 aatgtcaaagcacacagtgatctggggaacacccctaggagcaggaggaatgcctgaaagttcaaacttgcccaacaaattgttatc 538  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || || |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  23588553 aatgtcaaagcagacagtgatctgaggaacaccccttggagcaggagggatacccgacaactcaaacttgcccaacaaattgttatc 23588467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 52 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 23597805 - 23597319
Alignment:
Q  52 caccttggtacatcttggcaatgatagggttgcagacactttccaattccttcatcttgtcctcaaactcatctgcctctgcaagctggttagcatctag 151  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||||| | ||  ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||  |||| |     
T  23597805 caccttgatacatccttgcaatgatagggttgcaaataccctccagctccttcatcttgtcctcaaattcatcagcctctccaagttgatttccatccaa 23597706  T
Q  152 ccactggatagcagcctcaatggtgtcctcaatcttcttcttgtcatcggaatcaagctttcctgcaatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgttg 251  Q
    ||| || |||||  ||||||| |  || ||||| |||||||| ||||| |     | |||    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  23597705 ccattgaatagccccctcaatagcatcttcaattttcttcttatcatcagccgacaacttcgaagcaatcttgtcgtctttgattgtgttcctcatgttg 23597606  T
Q  252 tatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgttcttcatcctcggacttgtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaatat 351  Q
    || ||||| || || |  ||||| |||||||| |||||| | || || || ||||||||||| |||||||| || || || || ||||| |||||||| |    
T  23597605 taggcatagttctcaagcgcatttttggcctccaccttccttttgtgctcctcatcctcggatttgtacttttccgcttcctgcaccattttctcaatgt 23597506  T
Q  352 cttccttagaaagtctacccttgtcattggtgatggtaatcttattcttctgtccggtagttttgtcttcagcagagacattcaagataccattggcatc 451  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||| || || || ||||| || ||||| || || ||||||||||| || |||||||||||    
T  23597505 cctccttggagagcctacccttgtcattggtaattgtaatcttgtttttttgcccggttgtcttgtcctctgctgagacattcaaaatgccattggcatc 23597406  T
Q  452 aatgtcaaagcacacagtgatctggggaacacccctaggagcaggaggaatgcctgaaagttcaaacttgcccaacaaattgttatc 538  Q
     ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  23597405 gatgtcaaagcagacagtgatctgaggaacaccccttggagcaggaggaatacccgacagctcaaacttgcccaacaaattgttatc 23597319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 217 - 502
Target Start/End: Original strand, 54395536 - 54395821
Alignment:
Q  217 caatcttgtcatccttaattgtgttcctcatgttgtatgcataattttccaatgcattcttggcctcgaccttcttcttatgttcttcatcctcggactt 316  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| || | || |||||| ||||| || ||||||||    ||||||||||| | |||    
T  54395536 caatcttctcatccttaattgtattcctcatattataagcataattctcaattgaattcttcgcctccactttcttcttcacctcttcatcctctgcctt 54395635  T
Q  317 gtacttctctgcctcttgaaccatcttctcaatatcttccttagaaagtctacccttgtcattggtgatggtaatcttattcttctgtccggtagttttg 416  Q
     ||||||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||||    |  || ||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||  ||| |  |||||     
T  54395636 atacttctctgcatctttcaccatcttctctatctcttccttgctcaacctccccttatcattcgtgatcgttatcttgttcttcactccagctgtttta 54395735  T
Q  417 tcttcagcagagacattcaagataccattggcatcaatgtcaaagcacacagtgatctggggaacacccctaggagcaggaggaat 502  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||| ||||||| || ||||| || ||||||||||||||    
T  54395736 tcttcagcagaaacgttcaatataccattcgcatcaatgtcgaaacaaacattgatctgtggtacacctcttggagcaggaggaat 54395821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University