View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF7711_low_10 (Length: 507)
Name: NF7711_low_10
Description: NF7711
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF7711_low_10 |
 | |
|
| [»] chr2 (8 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 31200271 - 31199783
Alignment:
| Q |
24 |
tcgtgttcggtatttgtgt----cagtgctttatagattttggtcaaggatttaagattcaatttttctcttattgagttttacagtgattaagaaatgt |
119 |
Q |
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| T |
31200271 |
tcgtgttcggtatttgtgtgtatcagtgctttatagattttggtcaaggatttaaaattcaatttttctctaattgagttttacagcgtttaacaaatgt |
31200172 |
T |
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| Q |
120 |
tatgcaggagaataagcgacttgaaaggatcagattctacatttccgcaacttattggcttgacaaatattgaaacattgtaagggaattgcttggatta |
219 |
Q |
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| T |
31200171 |
tatgcaggagaataagcgacttgaaaggatcagattctccatttccgcaagttattggcttgaaaaatattcaaacattgtaagggaattgcttggatta |
31200072 |
T |
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| Q |
220 |
ttagcataagtgcttgtttgcactt-aaaaatttacatagtatcaannnnnnngacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgacta |
318 |
Q |
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| T |
31200071 |
ttagcataagtgcttgtttgcactttaaaaatttacatagtatcaatttttttgacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgacta |
31199972 |
T |
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| Q |
319 |
tcttggaaatattactactttaaaatctttgtgagtaatgctaggaagtttcttgcattattcacatgtgttagaaccagttacaatagatacaatcagt |
418 |
Q |
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| T |
31199971 |
tcttggaaatattactactttaaaatctttgtgagtaatgctaggaagtttcttgcattattcacatgcgttagaaccagttacaatagatacaatcagt |
31199872 |
T |
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| Q |
419 |
actcaaattttggtgaaaaacaagatgcttcttttgttatgttatcgggactaaaccatttttcttgtcgaataatatttattctgagc |
507 |
Q |
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| T |
31199871 |
actcaaaatttggtgaaaaacaagatgcttcttttgttatgttatcgggactaaaccatttttcttgtcgaataatatttattctgagc |
31199783 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 31218898 - 31218410
Alignment:
| Q |
24 |
tcgtgttcggtatttgtgt----cagtgctttatagattttggtcaaggatttaagattcaatttttctcttattgagttttacagtgattaagaaatgt |
119 |
Q |
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| T |
31218898 |
tcgtgttcggtatttgtgtgtatcagtgctttatagattttggtcaaggatttaaaattcaatttttctctaattgagttttacagcgtttaacaaatgt |
31218799 |
T |
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| Q |
120 |
tatgcaggagaataagcgacttgaaaggatcagattctacatttccgcaacttattggcttgacaaatattgaaacattgtaagggaattgcttggatta |
219 |
Q |
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| T |
31218798 |
tatgcaggagaataagcgacttgaaaggatcagattctccatttccgcaagttattggcttgaaaaatattcaaacattgtaagggaattgcttggatta |
31218699 |
T |
|
| Q |
220 |
ttagcataagtgcttgtttgcactt-aaaaatttacatagtatcaannnnnnngacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgacta |
318 |
Q |
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| T |
31218698 |
ttagcataagtgcttgtttgcactttaaaaatttacatagtatcaatttttttgacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgacta |
31218599 |
T |
|
| Q |
319 |
tcttggaaatattactactttaaaatctttgtgagtaatgctaggaagtttcttgcattattcacatgtgttagaaccagttacaatagatacaatcagt |
418 |
Q |
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| T |
31218598 |
tcttggaaatattactactttaaaatctttgtgagtaatgctaggaagtttcttgcattattcacatgcgttagaaccagttacaatagatacaatcagt |
31218499 |
T |
|
| Q |
419 |
actcaaattttggtgaaaaacaagatgcttcttttgttatgttatcgggactaaaccatttttcttgtcgaataatatttattctgagc |
507 |
Q |
| |
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|
|
| T |
31218498 |
actcaaaatttggtgaaaaacaagatgcttcttttgttatgttatcgggactaaaccatttttcttgtcgaataatatttattctgagc |
31218410 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 31192266 - 31191786
Alignment:
| Q |
24 |
tcgtgttcggtatttgtgtcagtgctttatagattttggtcaaggatttaagattcaatttttctcttattgagttttacagtgattaagaaatgttatg |
123 |
Q |
| |
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|
| T |
31192266 |
tcgtgttcggtatttgtgttagtgctttatagattttggtcaaggatttaaaattcaatttttctcttattgagttttacagtgattaataaatgttatg |
31192167 |
T |
|
| Q |
124 |
caggagaataagcgacttgaaaggatcagattctacatttccgcaacttattggcttgacaaatattgaaacattgtaagggaattgcttggattattag |
223 |
Q |
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| T |
31192166 |
caggagaataagcgacttgaaaggatcagattctccttttccgcaacttattggcttgacaaatattcaaacattgtaagggaattgcttggattattag |
31192067 |
T |
|
| Q |
224 |
cataagtgcttgtttgcacttaaaaatttacatagtatcaannnnnnngacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgactatcttg |
323 |
Q |
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| T |
31192066 |
cataagtgcat---tgcacttaaaaatttacatagtatcaatttttttgacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgactatcttg |
31191970 |
T |
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| Q |
324 |
gaaatattactactttaaaatctttgtgagtaatgctaggaagtttcttgcattattcacatgtgttagaaccagttacaatagatacaatcagtactca |
423 |
Q |
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| T |
31191969 |
gacatattactactttaaaatctttgtaagtaatactaggaagtttcttgcattattcacatgcgttagaaccagttacaatagatgcaatcagtactca |
31191870 |
T |
|
| Q |
424 |
aattttggtgaaaaacaagatgcttcttttgttatgttatcgggactaaaccatttttcttgtcgaataatatttattctgagc |
507 |
Q |
| |
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|
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| T |
31191869 |
aattttggtgaaaaacaagatgcttcttttgttatgttatcgggactaaaacatttttcttgtcgaataatatttattctgagc |
31191786 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 31181229 - 31180733
Alignment:
| Q |
24 |
tcgtgttcggtatttgtgtcagtgctttatagattttggtcaaggatttaagattcaatttttctcttattgagttttacagtgattaagaaatgttatg |
123 |
Q |
| |
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| T |
31181229 |
tcgtgttcggtatttgtgtcagtgctttataaattttggtcaaggatttaaaattcaatttttctcttattgagttttacagtgattaagaaatgttatg |
31181130 |
T |
|
| Q |
124 |
caggagaataagcgacttgaaaggatcagattctacatttccgcaacttattggcttgacaaatattgaaacattgtaagggaattgcttggattattag |
223 |
Q |
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| T |
31181129 |
caggagaataagcgacttgaaaggatcagattctccatttccgcaacttattggcttgacaaatattgaaacattgtaagggaattgcttggattattag |
31181030 |
T |
|
| Q |
224 |
cataagtgcttgtttgcacttaaaaatttacatagtatcaannnnnnngacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgactatcttg |
323 |
Q |
| |
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| T |
31181029 |
cataagtgcatgtttgcacttaaaaatttacatagtatcaatttttttgacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgactatcttg |
31180930 |
T |
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| Q |
324 |
gaaatattactactttaaaatctttgtgagtaatgctaggaagttt-------------cttgcattattcacatgtgttagaaccagttacaatagata |
410 |
Q |
| |
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| T |
31180929 |
gacatattactactttaaaatctttgtaagtaatgctaggaagtttcttgcattattcacttgcattattcacatgtgttagaaccagttacaatagatg |
31180830 |
T |
|
| Q |
411 |
caatcagtactcaaattttggtgaaaaacaagatgcttcttttgttatgttatcgggactaaaccatttttcttgtcgaataatatttattctgagc |
507 |
Q |
| |
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|
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| T |
31180829 |
caatcagtactcatattttggtgaaaaacaagatgcttcttttattatgttatggggactataccatttttcttgtcgaataatatttattctgagc |
31180733 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 37 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 31234272 - 31234091
Alignment:
| Q |
37 |
ttgtgtcagtgctttatagattttggtcaaggatttaagattcaatttttctcttattgagttttacagtgattaagaaatgttatgcaggagaataagc |
136 |
Q |
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|
| T |
31234272 |
ttgtgtcagtgcttcatggtttgtggtcacggactcaaaattcaaattttctcttattgaatttcttaatgcttaagacatgttatgcaggagaataagt |
31234173 |
T |
|
| Q |
137 |
gacttgaaaggatcagattctacatttccgcaacttattggcttgacaaatattgaaacattgtaagggaattgcttggatt |
218 |
Q |
| |
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|
|
| T |
31234172 |
gacttgaaaggatcagattctcattttccgcaacttatgaacttgaaaaatttggaaacattgtgagtaaatttcttggatt |
31234091 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 83 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 31246069 - 31245924
Alignment:
| Q |
83 |
ttttctcttattgagttttacagtgattaagaaatgttatgcaggagaataagcgacttgaaaggatcagattctacatttccgcaacttattggcttga |
182 |
Q |
| |
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|
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| T |
31246069 |
ttttctcttattgaatttcaccatgcttaaaaaatgttatgcaggagaataagtgacttgaaaggatcagattctcattttccgcaacttaataacttga |
31245970 |
T |
|
| Q |
183 |
caaatattgaaacattgtaagggaattgcttggattattagcataa |
228 |
Q |
| |
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||| | |||||||||| || ||||| |||||||| |||| |||| |
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| T |
31245969 |
aaaacttggaaacattgtgagtgaatttcttggatttttagtataa |
31245924 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 236 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 31245872 - 31245753
Alignment:
| Q |
236 |
tttgcacttaaaaatttacatagtatcaannnnnnngacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgactatcttggaaatattacta |
335 |
Q |
| |
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| T |
31245872 |
tttgcacttaaagatttacatattatcaaattgtttgacagagtactgaggagttgcaatcttataggaacagttccagaatatcttggaaatattacca |
31245773 |
T |
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| Q |
336 |
ctttaaaatctttgtgagta |
355 |
Q |
| |
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| T |
31245772 |
atttaaaatcattgtaagta |
31245753 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 31234029 - 31233910
Alignment:
| Q |
236 |
tttgcacttaaaaatttacatagtatcaannnnnnngacagagtgctgaggagttgcaatcttataggagaagttcccgactatcttggaaatattacta |
335 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| ||||||| | |
|
|
| T |
31234029 |
tttgcacttaaagatttacatattatcaaattgtttgacagaatactgaggagttgcaatcttataggaacagttccagaatatcttggagatattacca |
31233930 |
T |
|
| Q |
336 |
ctttaaaatctttgtgagta |
355 |
Q |
| |
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||||| ||| |||| |||| |
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|
| T |
31233929 |
gtttaagatcattgtaagta |
31233910 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University