View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7711_low_2 (Length: 772)

Name: NF7711_low_2
Description: NF7711
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7711_low_2
NF7711_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (24-753)||(28854306-28855034)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 753
Target Start/End: Original strand, 28854306 - 28855034
Alignment:
Q  24 tcgagagaatccaccaccaggcaccggccatgtttgtcactatccccaaagcacgacaggatgggcaaccctgtctagctaattggaaaatacccgagtg 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28854306 tcgagagaatccaccaccaggcaccggccatgtttgtcactatccccaaagcacgacaggatgggcc-ccctgtctagctaattggaaaatacccgagtg 28854404  T
Q  124 tcacgtgtgtttataagtgggaggcacccttcaccttacatgtgtgccgactttgtaaggatttagttaggacaaatctataaaaatctatttgaccatc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28854405 tcacgtgtgtttataagtgggaggcacccttcaccttacatgtgtgccgactttgtaaggatttagttaggacaaatctataaaaatctatttggccatc 28854504  T
Q  224 attatgtagccaacttgatagctatagtctcatgtatggttaggttttgaaatccatgtgcttagcctggtaggaagaaggttttcaatctggtcatgtg 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28854505 attatgtagccaacttgatagctatagtctcatgtatggttaggttttgaaatccatgtgtttagcctggtaggaagaaggttttcaatctggtcatgtg 28854604  T
Q  324 ggaaaaattccaagtttttattctttgattttgatccaataaccaaacggtcctttaatggacatacctccctagatatcaaatggctatatgctagttg 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28854605 ggaaaaattccaagtttttattctttgattttgatccaataaccaaacggtcctttaatggacatacctccctagatatcaaacggctatatgctagttg 28854704  T
Q  424 tttggattgaagaaaaagaatagttattatagttgagtagcatcatgtatctcaatctaacttaaaccttgagctgcaaatgagtgcttccgatgcacta 523  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28854705 tttggattgaagaaagagaatagttattatagttgagtagcatcatgtatctcaatctaacttaaaccttgagctgcaaatgagtgcttccgatgcacta 28854804  T
Q  524 atttgatactcgccactttatgctctgattgtttttgtatctcagctcctttaaccatatctatactatttgttatatgactaacaacttatacggtgtt 623  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28854805 atttgatactcgccactttatgctctgattgtttttgtatctcagctcctttaaccatatctatactatttgttatatgactaacaacttatacggtgtt 28854904  T
Q  624 cttgtcatctgttagtcggtaacttctattaagacatctgtgcgacatgtatttaaaattgacatttttcggctttccattccttaataaatacttaatc 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28854905 cttgtcatctgttagtcggtaacttctattaagacatctgtgcgacatgtatttaaaattgacatttttcggctttccattccttaataaatacttaatc 28855004  T
Q  724 tactattatcactgtattctcttgattgat 753  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28855005 tactattatcactgtattctcttgattgat 28855034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University