View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF7712_low_1 (Length: 1340)

Name: NF7712_low_1
Description: NF7712
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF7712_low_1
NF7712_low_1
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (1-1323)||(35071623-35072987)
chr4 (1014-1323)||(35097695-35098004)
chr4 (1014-1323)||(36296451-36296760)
chr4 (1014-1270)||(35098037-35098293)
chr4 (1018-1323)||(35106873-35107178)
chr4 (1071-1306)||(36940530-36940765)
chr4 (1021-1265)||(36961300-36961545)
chr4 (1213-1323)||(36935974-36936084)
chr4 (328-524)||(35072805-35073001)
chr4 (1018-1129)||(36935859-36935971)
chr4 (328-524)||(35106859-35107055)
chr4 (403-524)||(36296653-36296774)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (761-1323)||(24013928-24014486)
chr6 (1018-1323)||(24040738-24041043)
chr6 (328-520)||(24040861-24041053)
chr6 (403-524)||(24014379-24014500)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1184-1316)||(3123093-3123225)
chr1 (433-514)||(3123082-3123163)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1176-1303)||(26578990-26579117)
chr5 (1020-1159)||(34919135-34919274)
chr5 (246-311)||(34919170-34919235)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1091; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1091; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1323
Target Start/End: Original strand, 35071623 - 35072987
Alignment:
Q  1 aataattgaaaaataacataattccgtagaatcacatgtgtggtggacatcaacacgtaggtgctttatctaacccgtattaatgcttatgatacacaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35071623 aataattgaaaaataacataattccgtagaatcacatgtgtggtggacatcaacacgtaggtgctttatctaactcgtattaatgcttatgatacacaca 35071722  T
Q  101 cgtttcttatttgtaacagcatttcctaatcactaacatacaaaaacaaatagccaaaatggaacatttttggattcaaatttcaa-------------- 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  
T  35071723 cgtttcttatttgtaacagcatttcctaatcactaacatacaaaaacaaatagccaaaatggaacatttttggattcaaatttcaatccacacgaacaga 35071822  T
Q  187 -cttttcataattactctcactgtgaactctgattggtcaaacgatcagggttggtaacctcttccttagggacagtaacagtaagaacaccatcttcaa 285  Q
     || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35071823 actgttcattattactctcactgtgaactctgattggtcaaacgatcagggttggtaacctcttccttagggacagtaacagtaagaacaccatcttcaa 35071922  T
Q  286 tagaagccttaacctgatccaatttacagttagctggaagagtaaaactcctcatgaatttaccactactacgctcaacacgctgacatccatcatttgt 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35071923 tagaagccttaacctgatccaatttacagttagctggaagagtaaaactcctcatgaatttaccactactacgctcaacacgctgacatccatcatttgt 35072022  T
Q  386 atcttgtctctccatgctcctctctcctgttatctgaagcactcttccatcttcaacctcaactttcacttcctctttgttcagccctggtacatcagct 485  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35072023 atcttgtctctccatgctcctctctcctgttatctgaagcactcttccatcttcaacctcaactttcacttcctctttgttcagccctggtacatcagct 35072122  T
Q  486 ttgaatacatgggcttctggagtttccttccaatcaatctggttgttgaggaaaattggattttctcgtgaaaattcttggattgaagtagagaatgggg 585  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35072123 ttgaatacatgggcttctggagtttccttccaatcaatctggttgttgaggaaaattggattttctcgtgaaaattcttggattgaagtagagaatgggg 35072222  T
Q  586 aattctcaaaagggatgttgttgcctggtatcatagacattttgttgtgagattaaaatattgcagagattgtgttatgttgtagagacatgttctgtct 685  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35072223 aattctcaaaagggctgttgttgcctggtatcatagacattttgttgtgagattaaaatattgcagagattgtgttatgttgtagagacatgttctgtct 35072322  T
Q  686 tatttgaagttgttttggaaggtgaagagaattctccgtaaacggacataattagatgtctccattcttaggatgttttacttgatctttgtggaattta 785  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  35072323 tatttgaagttgttttggaaggtgaggagaattctccgtaaacggacataattagatgtctccattcttaggatattctacttgatctttgtggaattta 35072422  T
Q  786 tgttatgctattattaactcttgtgtataaatagaatacaat---accaatacttaaaatagacataaaaaacgatgtgagacaatagatgataattaaa 882  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35072423 tgttatgctattattaactcttgtgtataaatagaatacaataccaccaatacttaaaatagacataaaaaacgatgtgagacaatatatgataattaaa 35072522  T
Q  883 ccatt----------------cttacaatagataattcacattactgaatttacttttacataaaacagatacgcattacaatgaaacaga--------a 958  Q
    |||||                ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |    
T  35072523 ccattcttacataatttattccttacaaaatataattcacattactgaatttacttttacataaaacagatacgcattacaatgaaacagaacacacaca 35072622  T
Q  959 cgtacactgcacactattctcaacccaaaaacagagtaatagagcttggatatgtgttcaaccagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaact 1058  Q
    |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35072623 cacacacttcacactattctcaacccaaaaacagagtaatagagcttgaatatgtgttcaaccagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaact 35072722  T
Q  1059 tcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcacttgattcatcttggcattttcgggcaatctgaatctcctcatgaact 1158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| || ||  |||| || ||||||||||| |    
T  35072723 tcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcacttgatccattttcgcattctctggttatctaaacctcctcatgaatt 35072822  T
Q  1159 ttccactgctgcgctccacgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaacattcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttc 1258  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35072823 ttccactgctacgctccacacgatgccattgatcattcttatcttctttttcaatgttcctctcaccgcttatctgaagaaccctatcatcttcaatttc 35072922  T
Q  1259 aaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagcttctggggtct 1323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35072923 aaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagcttctggggtct 35072987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1014 - 1323
Target Start/End: Complemental strand, 35098004 - 35097695
Alignment:
Q  1014 gttcaaccagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcactt 1113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35098004 gttcaaccagagatttcaatggacttaacatcaggcttcttgatctcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcactt 35097905  T
Q  1114 gattcatcttggcattttcgggcaatctgaatctcctcatgaactttccactgctgcgctccacgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaac 1213  Q
    | | ||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35097904 ggtccattttcgcattctcaggcaatctgaacctcctcatgaatttcccactgctacgctccacacgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaac 35097805  T
Q  1214 attcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagct 1313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  35097804 attcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttcttccttcttcagtccaggaagatcagcctcgaacacatgtgct 35097705  T
Q  1314 tctggggtct 1323  Q
    ||||||||||    
T  35097704 tctggggtct 35097695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1014 - 1323
Target Start/End: Original strand, 36296451 - 36296760
Alignment:
Q  1014 gttcaaccagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcactt 1113  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36296451 gttcaaccagagatctcaatagacttaacatcaggtttcttaacttcttcttttggaacagttacagtgagaacaccattctccattgcagctttcacct 36296550  T
Q  1114 gattcatcttggcattttcgggcaatctgaatctcctcatgaactttccactgctgcgctccacgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaac 1213  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||    
T  36296551 gatccatcttggcattttcgggcaatctgaacctcctcataaactttccactgctacgctccacgcgatgccattggttgttcttgtcttctttctcaac 36296650  T
Q  1214 attcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagct 1313  Q
     ||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||    
T  36296651 gttcctctctccactaatctgaagaactctgtcatcttcaatttcaaccttcacttcttccttcttcagtccaggaagatcagctttaaacacgtgtgct 36296750  T
Q  1314 tctggggtct 1323  Q
    ||||||||||    
T  36296751 tctggggtct 36296760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1014 - 1270
Target Start/End: Complemental strand, 35098293 - 35098037
Alignment:
Q  1014 gttcaaccagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcactt 1113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35098293 gttcaaccagagatttcaatggacttaacatcaggcttcttgatctcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcactt 35098194  T
Q  1114 gattcatcttggcattttcgggcaatctgaatctcctcatgaactttccactgctgcgctccacgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaac 1213  Q
    | | ||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35098193 ggtccattttcgcattctcaggcaatctgaacctcctcatgaatttcccactgctacgctccacacgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaac 35098094  T
Q  1214 attcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttc 1270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35098093 attcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttc 35098037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1018 - 1323
Target Start/End: Complemental strand, 35107178 - 35106873
Alignment:
Q  1018 aaccagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcacttgatt 1117  Q
    ||||||||||||| ||||  || || ||||| ||||| |  ||||| || || ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  35107178 aaccagagatttcaatggctttgacttcaggcttcttgatctcttccttagggacagtgacagcgagaacaccattctccatagcagctttcacttgatc 35107079  T
Q  1118 catcttggcattttcgggcaatctgaatctcctcatgaactttccactgctgcgctccacgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaacattc 1217  Q
    ||| || ||||| || || ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||    
T  35107078 cattttcgcattctctggtaatctaaacctcctcatgaattttccactgctacgctccacacgatgccattgatcattcttatcttctttttcaaagttc 35106979  T
Q  1218 ctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagcttctg 1317  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35106978 ctctcaccgcttatctgaagaaccctatcatcttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagcttctg 35106879  T
Q  1318 gggtct 1323  Q
    ||||||    
T  35106878 gggtct 35106873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 1071 - 1306
Target Start/End: Original strand, 36940530 - 36940765
Alignment:
Q  1071 acagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcacttgattcatcttggcattttcgggcaatctgaatctcctcatgaactttccactgctgc 1170  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |    
T  36940530 acagtgacagtgagaatgccattctccattgcagctttcatttgatccattttagcattctcaggcaatcttaatctcctcatgaacttcccactgctac 36940629  T
Q  1171 gctccacgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaacattcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttc 1270  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||| ||||    
T  36940630 gctccacgggatgccattgatcgttcttatcttctttctcaacgcttctttttccacttatctgaagaaccctatcatcttcaatctctactttcgcttc 36940729  T
Q  1271 ctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacac 1306  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||    
T  36940730 ctccttcttcattcctggaaaatcagcattgaacac 36940765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 1021 - 1265
Target Start/End: Complemental strand, 36961545 - 36961300
Alignment:
Q  1021 cagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgca-gctttcacttgattca 1119  Q
    ||||||| || |||| ||||||  ||||||| || |||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||||  ||   || ||||| |||| ||    
T  36961545 cagagatatcaatggtcttaactccaggttttttcacttcttccttaggaatagttacagtgagaacaccattctcccatgtttgcattcacctgatcca 36961446  T
Q  1120 tcttggcattttcgggcaatctgaatctcctcatgaactttccactgctgcgctccacgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaacattcct 1219  Q
    |||| ||||| || | |||||| ||  |||||||||| || ||||||||  ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||  | ||    
T  36961445 tcttagcattctctgccaatctaaacttcctcatgaatttcccactgctaagctccacgcaatgccattcattgttcttatcttctttctcaacgcttct 36961346  T
Q  1220 ctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttc 1265  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  36961345 ctctccgctgatctgaagaaccctatcaacttcaatctctaccttc 36961300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 1213 - 1323
Target Start/End: Original strand, 36935974 - 36936084
Alignment:
Q  1213 cattcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagc 1312  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || || ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||   |    
T  36935974 catttctctctccgcttatctgaagaaccatatcatcttcaatctctactttcacttcctccttcttcattcctggaagatccgccttgaacacatctac 36936073  T
Q  1313 ttctggggtct 1323  Q
    |||||||||||    
T  36936074 ttctggggtct 36936084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 328 - 524
Target Start/End: Original strand, 35072805 - 35073001
Alignment:
Q  328 taaaactcctcatgaatttaccactactacgctcaacacgctgacatccatcatttgtatcttgtctctccatgctcctctctcctgttatctgaagcac 427  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||  ||||||  |||||| | | || ||| ||||||| ||  |||||||||| ||    
T  35072805 taaacctcctcatgaattttccactgctacgctccacacgatgccattgatcattcttatcttctttttcaatgttcctctcaccgcttatctgaagaac 35072904  T
Q  428 tcttccatcttcaacctcaactttcacttcctctttgttcagccctggtacatcagctttgaatacatgggcttctggagtttccttccaatcaatc 524  Q
     ||  |||||||||  ||||| ||||||||||| || ||||| || || | |||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  35072905 cctatcatcttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagcttctggggtctccttccaatcaatc 35073001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 1018 - 1129
Target Start/End: Original strand, 36935859 - 36935971
Alignment:
Q  1018 aaccagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctcc-attgcagctttcacttgat 1116  Q
    |||||||||| || |||| ||| || ||||| |||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36935859 aaccagagatatcaatggtcttcacttcaggcttcttaacctcttcttgtggcacggtaacagtgagaacaccattctccaattgcagctttcacttgat 36935958  T
Q  1117 tcatcttggcatt 1129  Q
     ||| || |||||    
T  36935959 ccattttagcatt 36935971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 328 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 35107055 - 35106859
Alignment:
Q  328 taaaactcctcatgaatttaccactactacgctcaacacgctgacatccatcatttgtatcttgtctctccatgctcctctctcctgttatctgaagcac 427  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||  ||||||  |||||| | | || | | ||||||| ||  |||||||||| ||    
T  35107055 taaacctcctcatgaattttccactgctacgctccacacgatgccattgatcattcttatcttctttttcaaagttcctctcaccgcttatctgaagaac 35106956  T
Q  428 tcttccatcttcaacctcaactttcacttcctctttgttcagccctggtacatcagctttgaatacatgggcttctggagtttccttccaatcaatc 524  Q
     ||  |||||||||  ||||| ||||||||||| || ||||| || || | |||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  35106955 cctatcatcttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagcttctggggtctccttccaatcaatc 35106859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 524
Target Start/End: Original strand, 36296653 - 36296774
Alignment:
Q  403 tcctctctcctgttatctgaagcactcttccatcttcaacctcaactttcacttcctctttgttcagccctggtacatcagctttgaatacatgggcttc 502  Q
    ||||||||||  | |||||||| |||||  |||||||||  ||||| |||||||| || || ||||| || || | ||||||||| || || || |||||    
T  36296653 tcctctctccactaatctgaagaactctgtcatcttcaatttcaaccttcacttcttccttcttcagtccaggaagatcagctttaaacacgtgtgcttc 36296752  T
Q  503 tggagtttccttccaatcaatc 524  Q
    ||| || |||||||||||||||    
T  36296753 tggggtctccttccaatcaatc 36296774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 761 - 1323
Target Start/End: Original strand, 24013928 - 24014486
Alignment:
Q  761 ttttacttgatctttgtggaatttatgttatgctattattaactcttgtgtataaatagaatacaataccaatacttaaaatagacataaaaaacgatgt 860  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24013928 ttttacttgatccttgtggaatttatgttatgctattattaactcttgtgtataaatagaatacaataccaatacttaaaatagacataaaaaacgatgt 24014027  T
Q  861 gagacaatagatgataattaaaccatt----------------cttacaatagataattcacattactgaatttacttttacataaaacagatacgcatt 944  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||                ||||||| | ||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||      
T  24014028 gagacaatagat---aattaaaccattcttacataatttattccttacaaaatataattcaca-----gaatttacttttacataaaacaga-acgcac- 24014117  T
Q  945 acaatgaaacagaacgtacactgcacactattctcaacccaaaaacagagtaatagagcttggatatgtgttcaaccagagatttcgatggacttaacat 1044  Q
            ||| |||  ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24014118 --------acacaac--acacttcacaatattctcaacctaaaaacagagtaatagagcttgaatatgtgttcaaccagagatttcgatggacttaacat 24014207  T
Q  1045 caggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcacttgattcatcttggcattttcgggcaatctgaa 1144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||    
T  24014208 caggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcacttgatccattttcgcattttcgggcaacctgaa 24014307  T
Q  1145 tctcctcatgaactttccactgctgcgctccacgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaacattcctctctccgcttatctgaagaacccta 1244  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24014308 tctcctcatgaactttccgctgctgcgctccacacgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaacattcctctctccgcttatctgaagaacccta 24014407  T
Q  1245 tcaccttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagcttctggggtct 1323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24014408 tcaccttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgtgcttctggggtct 24014486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1018 - 1323
Target Start/End: Original strand, 24040738 - 24041043
Alignment:
Q  1018 aaccagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcacttgatt 1117  Q
    |||||||||| || |||| ||| || | ||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  24040738 aaccagagatatcaatggtcttcacttgaggcttcttaacttcttccttagggacagtgacagtgagaataccattctccattgcagctttcacttgatc 24040837  T
Q  1118 catcttggcattttcgggcaatctgaatctcctcatgaactttccactgctgcgctccacgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaacattc 1217  Q
    ||| || ||||| || || ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  24040838 cattttcgcattctctggtaatctaaacctcctcatgaattttccactgctacgctccacacgatgccattgatcattcttatcttctttttcaacgttc 24040937  T
Q  1218 ctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgagcttctg 1317  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24040938 ctctcaccgcttatctgaagaaccctatcatcttcaatttcaaccttcacttcttccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgtgcttctg 24041037  T
Q  1318 gggtct 1323  Q
    ||||||    
T  24041038 gggtct 24041043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 328 - 520
Target Start/End: Original strand, 24040861 - 24041053
Alignment:
Q  328 taaaactcctcatgaatttaccactactacgctcaacacgctgacatccatcatttgtatcttgtctctccatgctcctctctcctgttatctgaagcac 427  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||  ||||||  |||||| | | || | | ||||||| ||  |||||||||| ||    
T  24040861 taaacctcctcatgaattttccactgctacgctccacacgatgccattgatcattcttatcttctttttcaacgttcctctcaccgcttatctgaagaac 24040960  T
Q  428 tcttccatcttcaacctcaactttcacttcctctttgttcagccctggtacatcagctttgaatacatgggcttctggagtttccttccaatc 520  Q
     ||  |||||||||  ||||| |||||||| || || ||||| || || | |||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||    
T  24040961 cctatcatcttcaatttcaaccttcacttcttccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgtgcttctggggtctccttccaatc 24041053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 403 - 524
Target Start/End: Original strand, 24014379 - 24014500
Alignment:
Q  403 tcctctctcctgttatctgaagcactcttccatcttcaacctcaactttcacttcctctttgttcagccctggtacatcagctttgaatacatgggcttc 502  Q
    ||||||||||  |||||||||| || ||  || ||||||  ||||| ||||||||||| || ||||| || || | |||||| ||||| ||||| |||||    
T  24014379 tcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagtccaggaagatcagccttgaacacatgtgcttc 24014478  T
Q  503 tggagtttccttccaatcaatc 524  Q
    ||| || |||||||||||||||    
T  24014479 tggggtctccttccaatcaatc 24014500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 77; Significance: 4e-35; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 1184 - 1316
Target Start/End: Complemental strand, 3123225 - 3123093
Alignment:
Q  1184 ccattgatcgttcttatcttctttctcaacattcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttcctccttcttcagt 1283  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||      
T  3123225 ccatcgatcgttcttgtcttctttctcaacggtcctttctccgcttatctgaagaaccttatcatcttcaatttcaaccttcacctcttccttcttcaac 3123126  T
Q  1284 ccaggaagatcagccttgaacacatgagcttct 1316  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  3123125 cctggaagatcagctttgaacacatgtgcttct 3123093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 433 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 3123163 - 3123082
Alignment:
Q  433 catcttcaacctcaactttcacttcctctttgttcagccctggtacatcagctttgaatacatgggcttctggagtttcctt 514  Q
    |||||||||  ||||| ||||| || || || |||| |||||| | |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  3123163 catcttcaatttcaaccttcacctcttccttcttcaaccctggaagatcagctttgaacacatgtgcttctagagtttcctt 3123082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1176 - 1303
Target Start/End: Complemental strand, 26579117 - 26578990
Alignment:
Q  1176 acgcgatgccattgatcgttcttatcttctttctcaacattcctctctccgcttatctgaagaaccctatcaccttcaatttcaaccttcacttcctcct 1275  Q
    |||||||||||   ||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||| |||||||  | ||| | |||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  26579117 acgcgatgccaggtatcattcttgtcttccttctcaattttcctctctccacttatcttcaaaacacgatcctcttcaatctcaaccttcacttcctcct 26579018  T
Q  1276 tcttcagtccaggaagatcagccttgaa 1303  Q
    ||||||  || |||||||| || |||||    
T  26579017 tcttcacgccgggaagatcggctttgaa 26578990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1020 - 1159
Target Start/End: Complemental strand, 34919274 - 34919135
Alignment:
Q  1020 ccagagatttcgatggacttaacatcaggtttcttaacttcttcttttggaacagtaacagtgagaacaccattctccattgcagctttcacttgattca 1119  Q
    ||||| ||||| || |||||||| |||   |||||  ||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| || |||| ||    
T  34919274 ccagaaatttcaatagacttaacctcactcttcttctcttcttccttaggaacagtaacagtaagaaccccattctccataccagctttaacctgatcca 34919175  T
Q  1120 tcttggcattttcgggcaatctgaatctcctcatgaactt 1159  Q
    | ||  |||| || ||||| || || |||||||| |||||    
T  34919174 ttttaacattctcaggcaacctaaacctcctcataaactt 34919135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 246 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 34919235 - 34919170
Alignment:
Q  246 tcttccttagggacagtaacagtaagaacaccatcttcaatagaagccttaacctgatccaattta 311  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  || |||  ||| ||||||||||||| ||||    
T  34919235 tcttccttaggaacagtaacagtaagaaccccattctccataccagctttaacctgatccatttta 34919170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University